BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-005L01
Chromosome1 (Build37)
Map Location 196,636,135 - 196,780,613
singlet/doubletdoublet
Overlap genePlxna2, Cd34
Upstream geneLOC667208, EG623172
Downstream geneCd46, Crry, Cr2, EG635956, LOC623380
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-005L01.bB6Ng01-005L01.g
ACCDH842758DH842759
length1,068840
definitionDH842758|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-005L01, 5' end.DH842759|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-005L01, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(196,779,550 - 196,780,613)(196,636,135 - 196,636,970)
sequence
gaattcaaaaaaaaaaccaaaaatatagtagttcctctaaaatagattta
ccatatcgtttagaaattatacagcttggtatttacctcaaagtttatat
tagggtgccataaaacatgtccatatgtattcatagccactttattcaca
atagccaacaaatggaaaaaaacaagtgtctactaatgaatgagtagatg
gacagaatgaagtacacatacataactgaatattattcagacttaatcca
gaagtaatctgtgttatgatctcatatcagtacctagaataaccaagttc
atggagatagacaggagagcagtagttgcctggggagtagggaaccatgt
cataggaagatacacagagttccagagagactggcttcaaggtatatgta
gtgttgatgttcaaattactcagttttaatgagaaattgtaatggtagta
cttttcatgttgtgggtattttactacaattaaaaatgttggtgaattcc
cctgtacctatgactacgatataagaaaataaagtaatcttatattttag
aaaggatcttgagaatcttgatcacaaacactaaattaagcagatagtga
agtggaaagaatggaaataagacctggggagacatgatgctctactaaca
aggactttgagattaggcaacatgcttgaaaacattctattccttagcat
gtataagatgctcagaagcaaaggatgcagaaacaggagagttagtgggg
agtcactgttactgaatgtttatactaaaagatctaaatggtctacacag
ggagagctagcacctttgttgctcatcatgcatcttgcaaaatgggggct
gggaaggctgaggaccacatacacagttatgtggaaactttgtactagtt
aggtatcagtatcaaattgagtttctgcaggatgtgttcttaggggaaaa
cccaattcctttatgtttcttaattttggggtgttgggtagggcctgagt
ctcaactagtaaggtgatcctaactctctcaatgctggggtcttagccag
tcccccattttttggtaa
gaattcattctcttctcttttagaatggaatatctgctctaccattcagc
agtaaggggaaagtattgggaaggggcaatgtcaaagtgcattcttcagg
gtactctgccttttcctacagccttccacttcgtttctgggtgaatgtca
tcaagaaccctcaatttgtatttgacatccacaagggcagcatcacagat
gcctgcctctctgtggtagcccagacctttatggactcctgttccacatc
agagcaccgactaggcaaggactcaccttccaacaagctgctctatgcca
aggatatccccagttataagaactgggtagaaaggtcagtaattccctca
agacacccactgtgagcatcagtggccactgaagagcaggacctcatacc
tcctatgttgtgggaaggaaggggatttggtgaggtctgataattatcat
cctaattaacatttattggacatgtaagcattattgtgataaggatttta
tatgtattatttcactgaaatatttcaaatggacagttgtaaaatagctg
ctatgattatccctattttactagtgaatgaatggaggcacagaaaagct
aggtaacttgccaaagctcacaagctatgaggtaaaagagctgaaatatg
aacacaaggagtgttgcctgagtctggggttttgactactcaggacccag
cataggactcagtcttagctgactggagtgtccttcagaaatttgggact
gcaccttagactcacaccttagcttgaagcagagggccacatcagagaag
agatggaaggcaggaattgttttggacccttggctttatt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_196779550_196780613
seq2: B6Ng01-005L01.b_43_1110 (reverse)

seq1  TTACCAAAACATGAGGGACTGTGCTAAAGGACCACAGCATTGAGAAGATT  50
      ||||||||| ||| ||||||| |||||  |||| |||||||||| ||| |
seq2  TTACCAAAAAATGGGGGACTG-GCTAA--GACCCCAGCATTGAG-AGAGT  46

seq1  AAGAACCACTATACTAGTTGGAGACTCAGGCCCTACCC-ACACCCCAAA-  98
       || | |||  |||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| 
seq2  TAGGATCACCTTACTAGTT-GAGACTCAGGCCCTACCCAACACCCCAAAA  95

seq1  -TTAGGAACATAAAGG-ATTTGGTTTTTCCCTATGAACACATCCTGCAG-  145
       | || |||||||||| ||| |||||| ||||| ||||||||||||||| 
seq2  TTAAGAAACATAAAGGAATTGGGTTTTCCCCTAAGAACACATCCTGCAGA  145

seq1  AACTC-ATTTGATACTGATACCTAACTAGTAC-AAGTTTCAACATAACTG  193
      ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||
seq2  AACTCAATTTGATACTGATACCTAACTAGTACAAAGTTTCCACATAACTG  195

seq1  TGTATGTGGTCCTCAGCCTTCCCAGCCCCCATTTTGCAAGATGCATGATG  243
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATGTGGTCCTCAGCCTTCCCAGCCCCCATTTTGCAAGATGCATGATG  245

seq1  AGCAAC-AAGGTGCTAGCTCTCCCTGTGTAGACCATTTAGATCTTTTAGT  292
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAACAAAGGTGCTAGCTCTCCCTGTGTAGACCATTTAGATCTTTTAGT  295

seq1  ATAAACATTCAGTTACAGTGACTCCCCACTAACTCTCCTG-TTCTGCATC  341
      ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  ATAAACATTCAGTAACAGTGACTCCCCACTAACTCTCCTGTTTCTGCATC  345

seq1  CTTTGCTTCTGAGCATCTTATACATGCTAAGGAATAGAATGTTTTCAAGC  391
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGCTTCTGAGCATCTTATACATGCTAAGGAATAGAATGTTTTCAAGC  395

seq1  ATGTTGCCTAATCTCAAAGTCCTTGTTAGTAGAGCATCATGTCTCCCCAG  441
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTGCCTAATCTCAAAGTCCTTGTTAGTAGAGCATCATGTCTCCCCAG  445

seq1  GTCTTATTTCCATTCTTTCCACTTCACTATCTGCTTAATTTAGTGTTTGT  491
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTATTTCCATTCTTTCCACTTCACTATCTGCTTAATTTAGTGTTTGT  495

seq1  GATCAAGATTCTCAAGATCCTTTCTAAAATATAAGATTACTTTATTTTCT  541
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCAAGATTCTCAAGATCCTTTCTAAAATATAAGATTACTTTATTTTCT  545

seq1  TATATCGTAGTCATAGGTACAGGGGAATTCACCAACATTTTTAATTGTAG  591
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATCGTAGTCATAGGTACAGGGGAATTCACCAACATTTTTAATTGTAG  595

seq1  TAAAATACCCACAACATGAAAAGTACTACCATTACAATTTCTCATTAAAA  641
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATACCCACAACATGAAAAGTACTACCATTACAATTTCTCATTAAAA  645

seq1  CTGAGTAATTTGAACATCAACACTACATATACCTTGAAGCCAGTCTCTCT  691
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGTAATTTGAACATCAACACTACATATACCTTGAAGCCAGTCTCTCT  695

seq1  GGAACTCTGTGTATCTTCCTATGACATGGTTCCCTACTCCCCAGGCAACT  741
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACTCTGTGTATCTTCCTATGACATGGTTCCCTACTCCCCAGGCAACT  745

seq1  ACTGCTCTCCTGTCTATCTCCATGAACTTGGTTATTCTAGGTACTGATAT  791
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCTCTCCTGTCTATCTCCATGAACTTGGTTATTCTAGGTACTGATAT  795

seq1  GAGATCATAACACAGATTACTTCTGGATTAAGTCTGAATAATATTCAGTT  841
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATCATAACACAGATTACTTCTGGATTAAGTCTGAATAATATTCAGTT  845

seq1  ATGTATGTGTACTTCATTCTGTCCATCTACTCATTCATTAGTAGACACTT  891
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTATGTGTACTTCATTCTGTCCATCTACTCATTCATTAGTAGACACTT  895

seq1  GTTTTTTTCCATTTGTTGGCTATTGTGAATAAAGTGGCTATGAATACATA  941
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTTTTCCATTTGTTGGCTATTGTGAATAAAGTGGCTATGAATACATA  945

seq1  TGGACATGTTTTATGGCACCCTAATATAAACTTTGAGGTAAATACCAAGC  991
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGACATGTTTTATGGCACCCTAATATAAACTTTGAGGTAAATACCAAGC  995

seq1  TGTATAATTTCTAAACGATATGGTAAATCTATTTTAGAGGAACTACTATA  1041
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATAATTTCTAAACGATATGGTAAATCTATTTTAGAGGAACTACTATA  1045

seq1  TTTTTGGTTTTTTTTTTGAATTC  1064
      |||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTGGTTTTTTTTTTGAATTC  1068

seq1: chr1_196636135_196636970
seq2: B6Ng01-005L01.g_69_908

seq1  GAATTCATTCTCTTCTCTTTTAGAATGGAATATCTGCTCTACCATTCAGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTCTCTTCTCTTTTAGAATGGAATATCTGCTCTACCATTCAGC  50

seq1  AGTAAGGGGAAAGTATTGGGAAGGGGCAATGTCAAAGTGCATTCTTCAGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAAGGGGAAAGTATTGGGAAGGGGCAATGTCAAAGTGCATTCTTCAGG  100

seq1  GTACTCTGCCTTTTCCTACAGCCTTCCACTTCGTTTCTGGGTGAATGTCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACTCTGCCTTTTCCTACAGCCTTCCACTTCGTTTCTGGGTGAATGTCA  150

seq1  TCAAGAACCCTCAATTTGTATTTGACATCCACAAGGGCAGCATCACAGAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGAACCCTCAATTTGTATTTGACATCCACAAGGGCAGCATCACAGAT  200

seq1  GCCTGCCTCTCTGTGGTAGCCCAGACCTTTATGGACTCCTGTTCCACATC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGCCTCTCTGTGGTAGCCCAGACCTTTATGGACTCCTGTTCCACATC  250

seq1  AGAGCACCGACTAGGCAAGGACTCACCTTCCAACAAGCTGCTCTATGCCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCACCGACTAGGCAAGGACTCACCTTCCAACAAGCTGCTCTATGCCA  300

seq1  AGGATATCCCCAGTTATAAGAACTGGGTAGAAAGGTCAGTAATTCCCTCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATATCCCCAGTTATAAGAACTGGGTAGAAAGGTCAGTAATTCCCTCA  350

seq1  AGACACCCACTGTGAGCATCAGTGGCCACTGAAGAGCAGGACCTCATACC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACACCCACTGTGAGCATCAGTGGCCACTGAAGAGCAGGACCTCATACC  400

seq1  TCCTATGTTGTGGGAAGGAAGGGGATTTGGTGAGGTCTGATAATTATCAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTATGTTGTGGGAAGGAAGGGGATTTGGTGAGGTCTGATAATTATCAT  450

seq1  CCTAATTAACATTTATTGGACATGTAAGCATTATTGTGATAAGGATTTTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAATTAACATTTATTGGACATGTAAGCATTATTGTGATAAGGATTTTA  500

seq1  TATGTATTATTTCACTGAAATA-TTCAAATGGACAGTTGTAAAATAGCTG  549
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTATTATTTCACTGAAATATTTCAAATGGACAGTTGTAAAATAGCTG  550

seq1  CTATGATTATCCCTATTTTACTAGTGAATGAATGGAGGCACAGAAAAGCT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGATTATCCCTATTTTACTAGTGAATGAATGGAGGCACAGAAAAGCT  600

seq1  AGGTAACTTGCCAAAGCTCACAAGCTATGAGGTAAAAGAGCTGAAATATG  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTAACTTGCCAAAGCTCACAAGCTATGAGGTAAAAGAGCTGAAATATG  650

seq1  AACACAAGGAGTGTTGCCTGAGTCTGGGGTTTTGACTACTCAGGACCCAG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACAAGGAGTGTTGCCTGAGTCTGGGGTTTTGACTACTCAGGACCCAG  700

seq1  CATAGGACTCAGTCTTAGCTGACTGGAGTGTCCTTCAGAAATTT-GGACT  748
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  CATAGGACTCAGTCTTAGCTGACTGGAGTGTCCTTCAGAAATTTGGGACT  750

seq1  GCACCTTAGACTCACACCTCAGCTTGAAGCAGA-GGCCACATCAGAGAAG  797
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  GCACCTTAGACTCACACCTTAGCTTGAAGCAGAGGGCCACATCAGAGAAG  800

seq1  AGATGGAAGGCAGGAATAG-TTTGGACCCATGGCTTTATT  836
      ||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||
seq2  AGATGGAAGGCAGGAATTGTTTTGGACCCTTGGCTTTATT  840