BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-005M16
Chromosome1 (Build37)
Map Location 186,105,993 - 186,276,796
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneEG666649, 1700056E22Rik, Dusp10
Downstream geneEG433387, EG629032, LOC666714, Hlx1, Mosc1, Mosc2, LOC100039079, C130074G19Rik, Mark1, Iars2, Bpnt1, Eprs, 9630028B13Rik, LOC100039138
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-005M16.bB6Ng01-005M16.g
ACCDH842832DH842833
length743944
definitionDH842832|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-005M16, 5' end.DH842833|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-005M16, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(186,276,055 - 186,276,796)(186,105,993 - 186,106,937)
sequence
gaattcatattaaatgtgtgtgagggctatggtatactgacgtggtccgt
tcctgcggatgaaaggctccgcatttaatcccacgcagggcaagaggaag
gcaagaatcagttgttacataggctggacaaaaaaatctcaagatttgaa
aattccgaggatataggattagtctatttgtattgttctgggttgggcct
gggccgcaaaagactcacagagccttgttttaaaacctctgggccggaca
aattctgaacttcagaatttggggatctgggagtggtcacatggtatggg
catggcgtgttacaatccacagtgtagtcagatgtagcagactgtgccca
agtgtgggcacatttttaaagatgtggaatcaaggtgttttctccctaga
ctgtaggaggaaaatccgtgtgtgttgtgtcagttcaagtcaagatttac
caccatatgagcggagctcatgtaaagtgttctcggctgagtgaggaaga
aagaaggaatgaactgtggaaaacacaccaggagctgtggactctgtaca
gactggtcggtccaagctaatacaggagccatggtgggcagcctgtatta
ggtcacatgacctgaggtttcacaggcccttggttcagttcctcccacat
ctgctcatcttcctattaggagactgttttgttgttttctttatttaaca
aaagatttatcctattttgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgcg
gaattctctttctttctctcctttcactgtataggttgctagatggaaat
atcacagagatatgagcccactatatgaagcaaaaaaattgagatcagag
attctgatctggatattcccttacaatcagagtatttcaaaaaataccca
gtttaggacagttttcaagttatttatgtctttggagcaagaatatcaaa
ataggagatgtatttgaacttaagactaccttaataacaaatacgtagaa
gtagcattatacagattgagcaagtcatttttatatatttgggaataaaa
tatttatctacatacacacaaatttatgtaacaacagttaatgataaatg
gggcataaatttgaaaaagaacaagggaggtatttgagagggtttgaagg
gaaggagaatatgatgcaatcatattataataccaaaaataaaagaataa
atagaaatttctaccttgaaaatcaatttaactatatttaaataaaccca
catttactttcaaatagaaaaaaatgcccccttcttcctcttcttcttaa
ttatttttcttctctatcctataactcaaacttaaaatctaagatgatca
ttgacttagtcttccttatatgatgctgatcgtcccaccaagggtttcct
gtggtgatgaaggtcagttttactgtgactccatgcctgatggtcttctg
ttaatgttctaggttttcaaactctaaggaatttaggaatacacagtcca
ggacctttcgtgagtagtggtattcatacactgagggaggagacacttgg
aggaccagggatggtggggacagaggtcatgtgggatgtccactggagga
tgggactcagaccacagggtaaaggatttcacccaggtagcagctcacga
tagaatgatatgatgttacagagtggcggatggggggggagttg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_186276055_186276796
seq2: B6Ng01-005M16.b_45_787 (reverse)

seq1  CGCACACACACACACACACACACAC-AAATAGGATAAATCTTTTGTTAAA  49
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCACACACACACACACACACACACAAAATAGGATAAATCTTTTGTTAAA  50

seq1  TAAAGAAAACAACAAAACAGTCTCCTAATAGGAAGATGAGCAGATGTGGG  99
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGAAAACAACAAAACAGTCTCCTAATAGGAAGATGAGCAGATGTGGG  100

seq1  AGGAACTGAACCAAGGGCCTGTGAAACCTCAGGTCATGTGACCTAATACA  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAACTGAACCAAGGGCCTGTGAAACCTCAGGTCATGTGACCTAATACA  150

seq1  GGCTGCCCACCATGGCTCCTGTATTAGCTTGGACCGACCAGTCTGTACAG  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGCCCACCATGGCTCCTGTATTAGCTTGGACCGACCAGTCTGTACAG  200

seq1  AGTCCACAGCTCCTGGTGTGTTTTCCACAGTTCATTCCTTCTTTCTTCCT  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCACAGCTCCTGGTGTGTTTTCCACAGTTCATTCCTTCTTTCTTCCT  250

seq1  CACTCAGCCGAGAACACTTTACATGAGCTCCGCTCATATGGTGGTAAATC  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCAGCCGAGAACACTTTACATGAGCTCCGCTCATATGGTGGTAAATC  300

seq1  TTGACTTGAACTGACACAACACACACGGATTTTCCTCCTACAGTCTAGGG  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGACTTGAACTGACACAACACACACGGATTTTCCTCCTACAGTCTAGGG  350

seq1  AGAAAACACCTTGATTCCACATCTTTAAAAATGTGCCCACACTTGGGCAC  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAACACCTTGATTCCACATCTTTAAAAATGTGCCCACACTTGGGCAC  400

seq1  AGTCTGCTACATCTGACTACACTGTGGATTGTAACACGCCATGCCCATAC  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTGCTACATCTGACTACACTGTGGATTGTAACACGCCATGCCCATAC  450

seq1  CATGTGACCACTCCCAGATCCCCAAATTCTGAAGTTCAGAATTTGTCCGG  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTGACCACTCCCAGATCCCCAAATTCTGAAGTTCAGAATTTGTCCGG  500

seq1  CCCAGAGGTTTTAAAACAAGGCTCTGTGAGTCTTTTGCGGCCCAGGCCCA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGAGGTTTTAAAACAAGGCTCTGTGAGTCTTTTGCGGCCCAGGCCCA  550

seq1  ACCCAGAACAATACAAATAGACTAATCCTATATCCTCGGAATTTTCAAAT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCAGAACAATACAAATAGACTAATCCTATATCCTCGGAATTTTCAAAT  600

seq1  CTTGAGATTTTTTTGTCCAGCCTATGTAACAACTGATTCTTGCCTTCCTC  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGAGATTTTTTTGTCCAGCCTATGTAACAACTGATTCTTGCCTTCCTC  650

seq1  TTGCCCTGCGTGGGATTAAATGCGGAGCCTTTCATCCGCAGGAACGGACC  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCCTGCGTGGGATTAAATGCGGAGCCTTTCATCCGCAGGAACGGACC  700

seq1  ACGTCAGTATACCATAGCCCTCACACACATTTAATATGAATTC  742
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGTCAGTATACCATAGCCCTCACACACATTTAATATGAATTC  743

seq1: chr1_186105993_186106937
seq2: B6Ng01-005M16.g_69_1012

seq1  GAATTCTCTTTCTTTCTCTCCTTTCACTGTATAGGTTGCTAGATGGAAAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTTTCTTTCTCTCCTTTCACTGTATAGGTTGCTAGATGGAAAT  50

seq1  ATCACAGAGATATGAGCCCACTATATGAAGCAAAAAAATTGAGATCAGAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACAGAGATATGAGCCCACTATATGAAGCAAAAAAATTGAGATCAGAG  100

seq1  ATTCTGATCTGGATATTCCCTTACAATCAGAGTATTTCAAAAAATACCCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTGATCTGGATATTCCCTTACAATCAGAGTATTTCAAAAAATACCCA  150

seq1  GTTTAGGACAGTTTTCAAGTTATTTATGTCTTTGGAGCAAGAATATCAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTAGGACAGTTTTCAAGTTATTTATGTCTTTGGAGCAAGAATATCAAA  200

seq1  ATAGGAGATGTATTTGAACTTAAGACTACCTTAATAACAAATACGTAGAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGGAGATGTATTTGAACTTAAGACTACCTTAATAACAAATACGTAGAA  250

seq1  GTAGCATTATACAGATTGAGCAAGTCATTTTTATATATTTGGGAATAAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGCATTATACAGATTGAGCAAGTCATTTTTATATATTTGGGAATAAAA  300

seq1  TATTTATCTACATACACACAAATTTATGTAACAACAGTTAATGATAAATG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTATCTACATACACACAAATTTATGTAACAACAGTTAATGATAAATG  350

seq1  GGGCATAAATTTGAAAAAGAACAAGGGAGGTATTTGAGAGGGTTTGAAGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCATAAATTTGAAAAAGAACAAGGGAGGTATTTGAGAGGGTTTGAAGG  400

seq1  GAAGGAGAATATGATGCAATCATATTATAATACCAAAAATAAAAGAATAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGAGAATATGATGCAATCATATTATAATACCAAAAATAAAAGAATAA  450

seq1  ATAGAAATTTCTACCTTGAAAATCAATTTAACTATATTTAAATAAACCCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGAAATTTCTACCTTGAAAATCAATTTAACTATATTTAAATAAACCCA  500

seq1  CATTTACTTTCAAATAGAAAAAAATGCCCCCTTCTTCCTCTTCTTCTTAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTACTTTCAAATAGAAAAAAATGCCCCCTTCTTCCTCTTCTTCTTAA  550

seq1  TTATTTTTCTTCTCTATCCTATAACTCAAACTTAAAATCTAAGATGATCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTTTCTTCTCTATCCTATAACTCAAACTTAAAATCTAAGATGATCA  600

seq1  TTGACTTAGTCTTCCTTATATGATGCTGATCGTCCCACCAAGGGTTTCCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGACTTAGTCTTCCTTATATGATGCTGATCGTCCCACCAAGGGTTTCCT  650

seq1  GTGGTGATGAAGGTCAGTTTTACTGTGACTCCATGCCTGATGGTCTTCTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTGATGAAGGTCAGTTTTACTGTGACTCCATGCCTGATGGTCTTCTG  700

seq1  TTAATGTTCTAGG-TTTCAAACTCTAAGGAATTTAGGAATACACAGTCCA  749
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATGTTCTAGGTTTTCAAACTCTAAGGAATTTAGGAATACACAGTCCA  750

seq1  GGACC-TTCGTGAGTAGTGGTATTCATACACTGAGGGAGGAGACACTTGG  798
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACCTTTCGTGAGTAGTGGTATTCATACACTGAGGGAGGAGACACTTGG  800

seq1  AGGACCAGGGATGGTGGGGACAGAGGTCATGTGGGATGTCCACTGGAGGA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACCAGGGATGGTGGGGACAGAGGTCATGTGGGATGTCCACTGGAGGA  850

seq1  TGGGACTCAGACCACAGGGTAAAGGATTTCACCCAGGTAGCAAGCTCACG  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| 
seq2  TGGGACTCAGACCACAGGGTAAAGGATTTCACCCAGGTAGC-AGCTCAC-  898

seq1  GATAGAATGATATGATGTTACAGAGGTGGCGGGATGGGGGGGAGTTG  945
      |||||||||||||||||||||||| |||||||   ||||||||||||
seq2  GATAGAATGATATGATGTTACAGA-GTGGCGGATGGGGGGGGAGTTG  944