BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-006B22
Chromosome1 (Build37)
Map Location 136,366,182 - 136,487,144
singlet/doubletdoublet
Overlap geneKlhl12, Rabif, 4931440L10Rik, Jarid1b
Upstream geneLOC667371, Snrpe, Zc3h11a, LOC667118, Lax1, Atp2b4, Optc, Prelp, LOC100042352, LOC100042358, Fmod, Btg2, EG667414, Chit1, Chi3l1, Mybph, Adora1, Myog, Ppfia4, LOC100042382, Tmem183a, 4933406M09Rik, Cyb5r1, Adipor1
Downstream geneLOC100042418, Syt2, Ppp1r12b, Ube2t, Lgr6, Ptprv, LOC100042432, Ptpn7, Arl8a, Gpr37l1, LOC100043064, Elf3, Rnpep, Timm17a, Lmod1, Tmem58, Ipo9, Nav1, EG215714
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-006B22.bB6Ng01-006B22.g
ACCDH843069DH843070
length1,1341,078
definitionDH843069|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-006B22, 5' end.DH843070|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-006B22, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(136,366,182 - 136,367,324)(136,486,052 - 136,487,144)
sequence
gaattcactctgtagaccaggctggcctcgacctcagaaatccacctgcc
tctgcctcctgagtactgggattaaaggcgtgcaccaacacactggctga
gtttggaattgttaagtcttgggcatggtaggcaagtactgtgtcactga
accaccctggactcagctctacagtatctgttctgtggcattgacctcat
ttgatcctcacatcctgcagttatcagaaactgtggctcagaggtaaacc
ctcacaccattgtaggtagtaagtaatagagccaggattccgatccaggc
aagcagctagatgcgataccacacatctggattccagcatacaggagcca
gagctatgaagttcaaagccatcctatagaagaaaccttgactcaaaaaa
ccaacaaaaaaaggtaaaggaaaaatttaaaagctgagtatactagctta
tacctgtatttccatcacataggcagtatattcagtttaaaaccttcctc
tgctacatattgagtaccagactagcttgggctgtatgaaactctttctc
caaacaacaacaacaaaaagaagaagaagaaatactcagaaacaaatcag
gccatgaattcccaaggctgtcctggaactcactttgtagaccaggctgg
cctcagaaatccacctgcctctgcctcccaagagctgggattaaaggcgt
gtgccgccttgcccagcttctctgaaattttaacttgcttgtttttagac
aaaagaaaacagtattattttttttttttagatttttcaagactgggttt
ctctgtgtagccctgaccatcctggaactctgtagaccaggttggccttg
aactacacagatgcctttgcctccccagtgccaccatcgccaggcaagaa
aaattatctttatataaacatcctgcatcctccccatcccctgtctgtaa
gatggatcaccttgacctcccacatatttctcctagactgtcacatttgg
agtctagcctgttgtgcaaagaagactagactgatctgcagctctggccc
tctaagtgttctacccaaagtcaacacagcagtgttgcaaaaacctctta
tgcctgtcttactgagcattcaagtgaatcgagt
gaattcaaaaggtaagttttattctatacctatataggcaactaaatact
tatagggtgtaactataaaacagagagcaaaatctagtatgtggtccaca
actgtaatccaaaacttaggaggctgaggcaggagaagcacatgttcaag
ggcagcccaggatgcacactgtgatggttaataaagtcactttgacggga
tttagaatcacctaagagacacgctgcattccaacccataaggaattgtc
tagattaattaaggtagagctacactaattgtggatagcaccattccagg
aactgtgatactacaacccataaagagaaagcacaaaataagcaggagca
tttagttctctctgcctcttgcctgcaaacacaacatgaccacctctcca
tcatgcttctgacaccgtgcttccctgccatcatggactatataaactca
caagaactcatacagcaaaacactgtctcaaatgaatgacatcatccatg
gctcactaaacactaacatgcattttatagaggggagagggatgaaggtg
taggcctgttggcaaagtacttggctcagatgtacaaaagtcctgggtct
tttgtatgaactgagcatggtgatggtgcaggctgtgatcccatcacttg
ggagggagaagcaagatgagtagaagttcaaggtcatcaaggtatacaac
aaagttgaggccagtctgtgctgcataagaccctgtccaaacaaagccac
acctacaatcatcacttaggagacagagacagacatctcttgtgtgtcat
gggccagtttagcttaaatgacaaatataaaatggccagggctacacaca
aacaacattccaatttgaagactgggtgatacagtcagtggtagaacttc
agtttgataaccagtaagcaataaaaagatttcaagaagtttcaagaaac
aaaaaacgccatgatttagattagcattgcactgtgcagttatagtatta
gggtacaattttcatgtttgtttgactgagacttgattccctcaatcttt
ccccgcacagaaatgaagttcaggacgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_136366182_136367324
seq2: B6Ng01-006B22.b_46_1179

seq1  GAATTCACTCTGTAGACCAGGCTGGCCTCGACCTCAGAAATCCACCTGCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTCTGTAGACCAGGCTGGCCTCGACCTCAGAAATCCACCTGCC  50

seq1  TCTGCCTCCTGAGTACTGGGATTAAAGGCGTGCACCAACACACTGGCTGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCCTCCTGAGTACTGGGATTAAAGGCGTGCACCAACACACTGGCTGA  100

seq1  GTTTGGAATTGTTAAGTCTTGGGCATGGTAGGCAAGTACTGTGTCACTGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGGAATTGTTAAGTCTTGGGCATGGTAGGCAAGTACTGTGTCACTGA  150

seq1  ACCACCCTGGACTCAGCTCTACAGTATCTGTTCTGTGGCATTGACCTCAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACCCTGGACTCAGCTCTACAGTATCTGTTCTGTGGCATTGACCTCAT  200

seq1  TTGATCCTCACATCCTGCAGTTATCAGAAACTGTGGCTCAGAGGTAAACC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATCCTCACATCCTGCAGTTATCAGAAACTGTGGCTCAGAGGTAAACC  250

seq1  CTCACACCATTGTAGGTAGTAAGTAATAGAGCCAGGATTCCGATCCAGGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACACCATTGTAGGTAGTAAGTAATAGAGCCAGGATTCCGATCCAGGC  300

seq1  AAGCAGCTAGATGCGATACCACACATCTGGATTCCAGCATACAGGAGCCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAGCTAGATGCGATACCACACATCTGGATTCCAGCATACAGGAGCCA  350

seq1  GAGCTATGAAGTTCAAAGCCATCCTATAGAAGAAACCTTGACTCAAAAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTATGAAGTTCAAAGCCATCCTATAGAAGAAACCTTGACTCAAAAAA  400

seq1  CCAACAAAAAAAGGTAAAGGAAAAATTTAAAAGCTGAGTATACTAGCTTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAACAAAAAAAGGTAAAGGAAAAATTTAAAAGCTGAGTATACTAGCTTA  450

seq1  TACCTGTATTTCCATCACATAGGCAGTATATTCAGTTTAAAACCTTCCTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTGTATTTCCATCACATAGGCAGTATATTCAGTTTAAAACCTTCCTC  500

seq1  TGCTACATATTGAGTACCAGACTAGCTTGGGCTGTATGAAACTCTTTCTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTACATATTGAGTACCAGACTAGCTTGGGCTGTATGAAACTCTTTCTC  550

seq1  CAAACAACAACAACAAAAAGAAGAAGAAGAAATACTCAGAAACAAATCAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACAACAACAACAAAAAGAAGAAGAAGAAATACTCAGAAACAAATCAG  600

seq1  GCCATGAATTCCCAAGGCTGTCCTGGAACTCACTTTGTAGACCAGGCTGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATGAATTCCCAAGGCTGTCCTGGAACTCACTTTGTAGACCAGGCTGG  650

seq1  CCTCAGAAATCCACCTGCCTCTGCCTCCCAAGAGCTGGGATTAAAGGCGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCAGAAATCCACCTGCCTCTGCCTCCCAAGAGCTGGGATTAAAGGCGT  700

seq1  GTGCCGCCTTGCCCAGCTTCTCTGAAATTTTAACTTGCTTGTTTTTAGAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCCGCCTTGCCCAGCTTCTCTGAAATTTTAACTTGCTTGTTTTTAGAC  750

seq1  AAAAGAAAACAGTATTA-TTTTTTTTTTTAGATTTTTCAAGACTGGGTTT  799
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGAAAACAGTATTATTTTTTTTTTTTAGATTTTTCAAGACTGGGTTT  800

seq1  CTCTGTGTAGCCCTGACCATCCTGGAACTCTGTAGACCAGGTTGGCCTTG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGTGTAGCCCTGACCATCCTGGAACTCTGTAGACCAGGTTGGCCTTG  850

seq1  AACTACACAGATGCCTTTGCCTCCCCAGTGCCACCATCGCCAGGCAAGAA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTACACAGATGCCTTTGCCTCCCCAGTGCCACCATCGCCAGGCAAGAA  900

seq1  AAATTATCTTTATAATAAACATCCTGCATCCTCCCCATCCCCTGTCTGTA  949
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTATCTTTAT-ATAAACATCCTGCATCCTCCCCATCCCCTGTCTGTA  949

seq1  AGATGGATCACCTTGACCTCCCACATATTTCTCCTAGACTGTCACAATTG  999
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  AGATGGATCACCTTGACCTCCCACATATTTCTCCTAGACTGTCACATTTG  999

seq1  GAGTCTAGCCTGTTGTGCAAAGAAGACTAGAACTGATCTTGCAGCTCTTG  1049
      |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||
seq2  GAGTCTAGCCTGTTGTGCAAAGAAGACTAG-ACTGATC-TGCAGCTC-TG  1046

seq1  GCCCTTCTAAGTGTTCTACCCACAGTCACCACAGCAGTGTTTGCAAACAT  1099
      |||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||| | 
seq2  GCCC-TCTAAGTGTTCTACCCAAAGTCAACACAGCAGTG-TTGCAAAAAC  1094

seq1  CTCTTTATTGCTGTCTTACTGGAAGCATTCAAGTGATATCGAGT  1143
      ||| ||||  |||||||||||  ||||||||||||| |||||||
seq2  CTC-TTATGCCTGTCTTACTG--AGCATTCAAGTGA-ATCGAGT  1134

seq1: chr1_136486052_136487144
seq2: B6Ng01-006B22.g_64_1141 (reverse)

seq1  AAGTCCTGTAACTTCATTTCTGTGCTGTGGAAAGATTGAGG--ATACAGT  48
      | |||||| |||||||||||||||| | |||||||||||||  ||  || 
seq2  ACGTCCTG-AACTTCATTTCTGTGC-GGGGAAAGATTGAGGGAATCAAG-  47

seq1  TTCTCAGGTCAAAACAAACATGAAAATTGTACCCTAATACTATAAACTGG  98
       ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| 
seq2  -TCTCA-GTC-AAACAAACATGAAAATTGTACCCTAATACTAT-AACTG-  92

seq1  CAACAGTGCAATGCTAAATCTTAAATCATGGCGTTTTTTGTTTTCTTTTG  148
        ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||   | |||
seq2  -CACAGTGCAATGCT-AATC-TAAATCATGGCGTTTTTTGTT---TCTTG  136

seq1  AAACCTTCTTGAAATTCTTTTTTATTTGCTTACTGGTTATCAAACTGAAG  198
      ||| |||||||||| |||||||   |||||||||||||||||||||||||
seq2  AAA-CTTCTTGAAA-TCTTTTT--ATTGCTTACTGGTTATCAAACTGAAG  182

seq1  TTCTACCACTGACTGTATCACCCAGTCTTCAAATTGGAATGTTGTTTGTG  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTACCACTGACTGTATCACCCAGTCTTCAAATTGGAATGTTGTTTGTG  232

seq1  TGTAGCCCTGGCCATTTTATATTTGTCATTTAAGCTAAACTGG-CCATGA  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| 
seq2  TGTAGCCCTGGCCATTTTATATTTGTCATTTAAGCTAAACTGGCCCATG-  281

seq1  ACACACAAGAGATGTCTGTCTCTGTCTCCTAAGTGATGATTGTAGGTGTG  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACAAGAGATGTCTGTCTCTGTCTCCTAAGTGATGATTGTAGGTGTG  331

seq1  GCTTTGTTTGGACAGGGTCTTATGCAGCACAGACTGGCCTCAAC-TTGTT  396
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  GCTTTGTTTGGACAGGGTCTTATGCAGCACAGACTGGCCTCAACTTTGTT  381

seq1  GTATACCTTGATGACCTTGAACTTCTACTCATCTTGCTTCTCCCTCCCAA  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATACCTTGATGACCTTGAACTTCTACTCATCTTGCTTCTCCCTCCCAA  431

seq1  GTGATGGGATCACAGCCTGCACCATCACCATGCTCAGTTCATACAAAAGA  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATGGGATCACAGCCTGCACCATCACCATGCTCAGTTCATACAAAAGA  481

seq1  CCCAGGACTTTTGTACATCTGAGCCAAGTACTTTGCCAACAGGCCTACAC  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGGACTTTTGTACATCTGAGCCAAGTACTTTGCCAACAGGCCTACAC  531

seq1  CTTCATCCCTCTCCCCTCTATAAAATGCATGTTAGTGTTTAGTGAGCCAT  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCATCCCTCTCCCCTCTATAAAATGCATGTTAGTGTTTAGTGAGCCAT  581

seq1  GGATGATGTCATTCATTTGAGACAGTGTTTTGCTGTATGAGTTCTTGTGA  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGATGTCATTCATTTGAGACAGTGTTTTGCTGTATGAGTTCTTGTGA  631

seq1  GTTTATATAGTCCATGATGGCAGGGAAGCACGGTGTCAGAAGCATGATGG  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTATATAGTCCATGATGGCAGGGAAGCACGGTGTCAGAAGCATGATGG  681

seq1  AGAGGTGGTCATGTTGTGTTTGCAGGCAAGAGGCAGAGAGAACTAAATGC  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGTGGTCATGTTGTGTTTGCAGGCAAGAGGCAGAGAGAACTAAATGC  731

seq1  TCCTGCTTATTTTGTGCTTTCTCTTTATGGGTTGTAGTATCACAGTTCCT  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGCTTATTTTGTGCTTTCTCTTTATGGGTTGTAGTATCACAGTTCCT  781

seq1  GGAATGGTGCTATCCACAATTAGTGTAGCTCTACCTTAATTAATCTAGAC  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATGGTGCTATCCACAATTAGTGTAGCTCTACCTTAATTAATCTAGAC  831

seq1  AATTCCTTATGGGTTGGAATGCAGCGTGTCTCTTAGGTGATTCTAAATCC  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCCTTATGGGTTGGAATGCAGCGTGTCTCTTAGGTGATTCTAAATCC  881

seq1  CGTCAAAGTGACTTTATTAACCATCACAGTGTGCATCCTGGGCTGCCCTT  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTCAAAGTGACTTTATTAACCATCACAGTGTGCATCCTGGGCTGCCCTT  931

seq1  GAACATGTGCTTCTCCTGCCTCAGCCTCCTAAGTTTTGGATTACAGTTGT  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACATGTGCTTCTCCTGCCTCAGCCTCCTAAGTTTTGGATTACAGTTGT  981

seq1  GGACCACATACTAGATTTTGCTCTCTGTTTTATAGTTACACCCTATAAGT  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACCACATACTAGATTTTGCTCTCTGTTTTATAGTTACACCCTATAAGT  1031

seq1  ATTTAGTTGCCTATATAGGTATAGAATAAAACTTACCTTTTGAATTC  1093
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTAGTTGCCTATATAGGTATAGAATAAAACTTACCTTTTGAATTC  1078