BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-006H10
Chromosome1 (Build37)
Map Location 81,246,650 - 81,363,234
singlet/doubletdoublet
Overlap gene9430031J16Rik
Upstream geneCul3, EG620899, 1700016L21Rik, Dock10, LOC665092
Downstream geneEG621020, LOC433328, EG665145, Irs1, Rhbdd1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-006H10.bB6Ng01-006H10.g
ACCDH843315DH843316
length1,146984
definitionDH843315|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-006H10, 5' end.DH843316|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-006H10, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(81,362,078 - 81,363,234)(81,246,650 - 81,247,636)
sequence
gaattcacagatcaaccaagatacacacacacaaacacacacacacatgc
acacacatccacacatgtacacatatatgtctatatatgcataatttata
cttataagtttgttccatatatgatagatgaactttgatactttcataga
tatatcatagcatagcaaagtttgaatggatttatattagacgttatacc
aacctacattctatgtggtaaataacacctgtatagttcatctatagttg
tctgtgctggaggcaagaactcatattttaatggaggccccagcaataga
gtctagcctgaaccacctaaaaaaatatccgaagttatataaccatgact
ttccaaacaaggataacaccaacaaacatgccaaactggcctacatagag
aactccagacccccagaaaagatgggagtggcaaaggtggtcctccccag
ggaagagcacaacagtcgtttgttcaatgaccaacatccctgagaatata
catgcaaataaccttatatgaactgtatatgttacatttaagaaactaag
tgtgtgtatatacatatggatacaataataattaatgaagaaagaggtca
tgaatttgaaggataatgaggaggagcatttgagaggtttggaagagagc
aaagaaaattatattgtagttacattataattccaaattaaaaaaaaaaa
aaaaagctgggcaatggtggcagcagggcagaggcagaggcaggtagatt
tctgagtttgaggccagcctggtctacagagtgagttccaaaacagccag
agctacacagagaaaccttgtctcaaaaactttttaagaaaaaatagatt
ttgagcacggtgttgccattcagtctctgcttccccacctgtagcataca
gtcctggggcaggagaaaaaggaagcatcctactccagccaaccttggaa
tgagatttatagggtttggacagtctggacctcactcttggcccacagga
agtcttcctcacaggaacaggactctcatgccccatagagaagtgctata
gtaacacaaatgctggagatttcattaccactccacctgttctggattag
tcaatctggatcttgtgtccgagtctaggtaaactctacgtctccc
gaattcaaacagatcacctcaaaatgttcctctactactttattgttaat
cttccttgaatgctgaagaattaattttggttgttgcgggaaatacatta
aaaacgaaactggcacgtttcctgtgtttgtacctctgccccagtggcct
ggctggccatgcactggcgagcaatggccgacctcgtggagactctgact
cagaactgcacaatctctccacccagcttgctaggttcccattggcggat
ctttaccacaccaaaccagtgcttcaaatccccagtgccctttgtggtac
acctcaggcagacccacactttgccaccgtaccgggatgagccagcccgt
gaaggaaaacacaacacaaacttagttctgaaacgatggtaactcgatcg
ctgggcacagcaactaaaatcctaatcttgtagccttgttaaatctaatc
ctccagtggcgaatcctgatggatccaccattaaaaccttaaaaccggga
gacgcttgtaattacatcttgtcctcatgctatcccagttcaaaaggtct
aactctcttctcctccttctcttcctctgtccaaccccgtagtccctcct
actcatccagtgtttggctcctttattcattagggattggttcacaagaa
gtcacctgagtacatgactcactccttgtccccaacccctccttggagaa
caaaataaacatcaaatacaaacagcgtcaggcccatccacaacaacagg
ttaataaaagattcctttaatgtatcagtaggaaataaaagggaagaaaa
gaaaaaagaacattaaataaagaaatgttaatttctatacctagcaatgg
gtcttcactcaagggcatgccctctatgtggtatctacagctcacctctt
ccattccaccttaacgtcagctcctgtctactcacctaagtcatatgtac
ctatttgttctctgactgtgatctgtctacatct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_81362078_81363234
seq2: B6Ng01-006H10.b_41_1186 (reverse)

seq1  GGGAGAAGTAGAGTTAAACTAGACATCTGACACAAGGATCAAGATTGGAA  50
      |||||| |||||||| | |||||| || ||||||| |||| ||||||  |
seq2  GGGAGACGTAGAGTTTACCTAGAC-TCGGACACAA-GATCCAGATTG--A  46

seq1  CTTAATCAGAGACAGAGTGGAGGTGGTAAATGAAATTCTTCAGCATTTGT  100
      || |  |||| |||| ||||| ||||| ||||||| ||| ||||||||||
seq2  CTAATCCAGA-ACAG-GTGGA-GTGGT-AATGAAA-TCTCCAGCATTTGT  91

seq1  GTTTACTATAGGCAC-TCTCTATGGGGCATGAGAGTCCTGTTCCTGTGGG  149
      | |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  G-TTACTATA-GCACTTCTCTATGGGGCATGAGAGTCCTGTTCCTGTGAG  139

seq1  GAAGACTTCCTGTGGG-CAAGAGTGGGGTCAAGACTTGTCCAAACCCTAT  198
      |||||||||||||||| |||||||| |||| |||| ||||||||||||||
seq2  GAAGACTTCCTGTGGGCCAAGAGTGAGGTCCAGAC-TGTCCAAACCCTAT  188

seq1  AAATCTCATTCCAAGGTTGGCTGGAGTAGGATTGCTTCCTTTTCTCCCTG  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||   ||||
seq2  AAATCTCATTCCAAGGTTGGCTGGAGTAGGA-TGCTTCCTTTTTCTCCTG  237

seq1  CCCCAGGACTGTATGCTACAGGTGGGGAAGCAGAGACTGAATGGCAACAC  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCAGGACTGTATGCTACAGGTGGGGAAGCAGAGACTGAATGGCAACAC  287

seq1  CCTGCTCAAAATCTATTTTTTCTTAAAAAGTTTTTGAGACAAGGTTTCTC  348
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGCTCAAAATCTATTTTTTCTTAAAAAGTTTTTGAGACAAGGTTTCTC  337

seq1  TGTGTAGCTCTGGCTGTTTTGGAACTCACTCTGTAGACCAGGCTGGCCTC  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTAGCTCTGGCTGTTTTGGAACTCACTCTGTAGACCAGGCTGGCCTC  387

seq1  AAACTCAGAAATCTACCTGCCTCTGCCTCTGCCCTGCTGCCACCATTGCC  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTCAGAAATCTACCTGCCTCTGCCTCTGCCCTGCTGCCACCATTGCC  437

seq1  CAGCTTTTTTTTTTTTTTTTAATTTGGAATTATAATGTAACTACAATATA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTTTTTTTTTTTTTTTTAATTTGGAATTATAATGTAACTACAATATA  487

seq1  ATTTTCTTTGCTCTCTTCCAAACCTCTCAAATGCTCCTCCTCATTATCCT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTCTTTGCTCTCTTCCAAACCTCTCAAATGCTCCTCCTCATTATCCT  537

seq1  TCAAATTCATGACCTCTTTCTTCATTAATTATTATTGTATCCATATGTAT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAATTCATGACCTCTTTCTTCATTAATTATTATTGTATCCATATGTAT  587

seq1  ATACACACACTTAGTTTCTTAAATGTAACATATACAGTTCATATAAGGTT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACACACACTTAGTTTCTTAAATGTAACATATACAGTTCATATAAGGTT  637

seq1  ATTTGCATGTATATTCTCAGGGATGTTGGTCATTGAACAAACGACTGTTG  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGCATGTATATTCTCAGGGATGTTGGTCATTGAACAAACGACTGTTG  687

seq1  TGCTCTTCCCTGGGGAGGACCACCTTTGCCACTCCCATCTTTTCTGGGGG  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCTTCCCTGGGGAGGACCACCTTTGCCACTCCCATCTTTTCTGGGGG  737

seq1  TCTGGAGTTCTCTATGTAGGCCAGTTTGGCATGTTTGTTGGTGTTATCCT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGAGTTCTCTATGTAGGCCAGTTTGGCATGTTTGTTGGTGTTATCCT  787

seq1  TGTTTGGAAAGTCATGGTTATATAACTTCGGATATTTTTTTAGGTGGTTC  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTGGAAAGTCATGGTTATATAACTTCGGATATTTTTTTAGGTGGTTC  837

seq1  AGGCTAGACTCTATTGCTGGGGCCTCCATTAAAATATGAGTTCTTGCCTC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTAGACTCTATTGCTGGGGCCTCCATTAAAATATGAGTTCTTGCCTC  887

seq1  CAGCACAGACAACTATAGATGAACTATACAGGTGTTATTTACCACATAGA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCACAGACAACTATAGATGAACTATACAGGTGTTATTTACCACATAGA  937

seq1  ATGTAGGTTGGTATAACGTCTAATATAAATCCATTCAAACTTTGCTATGC  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTAGGTTGGTATAACGTCTAATATAAATCCATTCAAACTTTGCTATGC  987

seq1  TATGATATATCTATGAAAGTATCAAAGTTCATCTATCATATATGGAACAA  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGATATATCTATGAAAGTATCAAAGTTCATCTATCATATATGGAACAA  1037

seq1  ACTTATAAGTATAAATTATGCATATATAGACATATATGTGTACATGTGTG  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTATAAGTATAAATTATGCATATATAGACATATATGTGTACATGTGTG  1087

seq1  GATGTGTGTGCATGTGTGTGTGTGTTTGTGTGTGTGTATCTTGGTTGATC  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTGTGTGCATGTGTGTGTGTGTTTGTGTGTGTGTATCTTGGTTGATC  1137

seq1  TGTGAATTC  1157
      |||||||||
seq2  TGTGAATTC  1146

seq1: chr1_81246650_81247636
seq2: B6Ng01-006H10.g_67_1050

seq1  GAATTCAAACAGATCACCTCAAAATGTTCCTCTACTACTTTATTGTTAAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAACAGATCACCTCAAAATGTTCCTCTACTACTTTATTGTTAAT  50

seq1  CTTCCTTGAATGCTGAAGAATTAATTTTGGTTGTTGCGGGAAATACATTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCTTGAATGCTGAAGAATTAATTTTGGTTGTTGCGGGAAATACATTA  100

seq1  AAAACGAAACTGGCACGTTTCCTGTGTTTGTACCTCTGCCCCAGTGGCCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACGAAACTGGCACGTTTCCTGTGTTTGTACCTCTGCCCCAGTGGCCT  150

seq1  GGCTGGCCATGCACTGGCGAGCAATGGCCGACCTCGTGGAGACTCTGACT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGGCCATGCACTGGCGAGCAATGGCCGACCTCGTGGAGACTCTGACT  200

seq1  CAGAACTGCACAATCTCTCCACCCAGCTTGCTAGGTTCCCATTGGCGGAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAACTGCACAATCTCTCCACCCAGCTTGCTAGGTTCCCATTGGCGGAT  250

seq1  CTTTACCACACCAAACCAGTGCTTCAAATCCCCAGTGCCCTTTGTGGTAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTACCACACCAAACCAGTGCTTCAAATCCCCAGTGCCCTTTGTGGTAC  300

seq1  ACCTCAGGCAGACCCACACTTTGCCACCGTACCGGGATGAGCCAGCCCGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCAGGCAGACCCACACTTTGCCACCGTACCGGGATGAGCCAGCCCGT  350

seq1  GAAGGAAAACACAACACAAACTTAGTTCTGAAACGATGGTAACTCGATCG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGAAAACACAACACAAACTTAGTTCTGAAACGATGGTAACTCGATCG  400

seq1  CTGGGCACAGCAACTAAAATCCTAATCTTGTAGCCTTGTTAAATCTAATC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGCACAGCAACTAAAATCCTAATCTTGTAGCCTTGTTAAATCTAATC  450

seq1  CTCCAGTGGCGAATCCTGATGGATCCACCATTAAAACCTTAAAACCGGGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCAGTGGCGAATCCTGATGGATCCACCATTAAAACCTTAAAACCGGGA  500

seq1  GACGCTTGTAATTACATCTTGTCCTCATGCTATCCCAGTTCAAAAGGTCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACGCTTGTAATTACATCTTGTCCTCATGCTATCCCAGTTCAAAAGGTCT  550

seq1  AACTCTCTTCTCCTCCTTCTCTTCCTCTGTCCAACCCCGTAGTCCCTCCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCTCTTCTCCTCCTTCTCTTCCTCTGTCCAACCCCGTAGTCCCTCCT  600

seq1  ACTCATCCAGTGTTTGGCTCCTTTATTCATTAGGGATTGGTTCACAAGAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCATCCAGTGTTTGGCTCCTTTATTCATTAGGGATTGGTTCACAAGAA  650

seq1  GTCACCTGAGTACATGACTCACTCCTTGTCCCCAACCCCTCCTTGGAGAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACCTGAGTACATGACTCACTCCTTGTCCCCAACCCCTCCTTGGAGAA  700

seq1  CAAAATAAACATCAAATACAAACAGCGTCAGGCCCATCCACAACAACAGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAATAAACATCAAATACAAACAGCGTCAGGCCCATCCACAACAACAGG  750

seq1  TTAATAAAAGATTCCTTTAATGTATCAGTAGGAAATAAAAGGGAAGAAAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATAAAAGATTCCTTTAATGTATCAGTAGGAAATAAAAGGGAAGAAAA  800

seq1  GAAAAAAGAACATTAAATAAAAGAAAATGTTAA-TTCTATACCTAGCAAT  849
      |||||||||||||||||||||   ||||||||| ||||||||||||||||
seq2  GAAAAAAGAACATTAAATAAA--GAAATGTTAATTTCTATACCTAGCAAT  848

seq1  GGGTCTTCACTCAAGGGCATGCCCTCTATGTGGTATCTACAGCTCACCTC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTCTTCACTCAAGGGCATGCCCTCTATGTGGTATCTACAGCTCACCTC  898

seq1  TTCCATTCCACCTTAACGTCAGCTCCTGTCTACTCAACCTAAGTCATATG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  TTCCATTCCACCTTAACGTCAGCTCCTGTCTACTC-ACCTAAGTCATATG  947

seq1  TACCTATTTGTTCTCTGACTGTGATCTGTCTTACATCT  987
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  TACCTATTTGTTCTCTGACTGTGATCTGTC-TACATCT  984