BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-007N07
Chromosome1 (Build37)
Map Location 45,959,147 - 46,076,209
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSlc40a1, LOC670603, EG227054, LOC100042453
Upstream geneLOC100041752, LOC383640, Col3a1, Col5a2, EG666799, LOC631429, LOC666814, EG666819, Wdr75, EG433297, LOC383644
Downstream geneEG212225, Dnahc7b, LOC666855, Slc39a10
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-007N07.bB6Ng01-007N07.g
ACCDH844284DH844285
length1,175848
definitionDH844284|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-007N07, 5' end.DH844285|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-007N07, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(46,075,029 - 46,076,209)(45,959,147 - 45,959,991)
sequence
gaattctctggaatgtacaggattgattgagtgtatatgagggctgtcaa
gctagcagaagtataggatacacactgaggtcatgtgggaggtagcatga
gctatgtggccacacacagctgaatagatgagctttcttgctctaactga
agcagaagcacggcagggcctgcctgagtcctccatcagtacctttggtt
ccacctgcttctctctcacacaagtcacaagcagtatgaagcactactcc
tggctgccaacatcacatgggctttgttcacgctgtagacagggcataaa
agaatctattctcctcctacctatgaactggacttgggataggagaacat
cagatccctaggtctagtttatattcccagaatgtatcaaggaaatattt
caacaacagatttcctgttcttagaagccaaattaaacctgtcagttcaa
cagtcttatcaaagatgatactctgggagtcacctaaaccaggcccttag
ctcttcctcctgatcatttcctctgtggtgttgaagaccagcagagagct
aagcaaggacctcaaagtcactctaagactccaccctgggctaacacact
gagaggcacttaagattcacttgagagctgtccaagagcacacacttggg
ccccaccacagagaaaaggagatcaaagctcacatgggtccaggagatta
aaacctaacccaacaatgcttgcacagtgagtatttgattcaacacactg
tatccccagtaccagagccagagccactaggtggcaggatgtgatgtgaa
attaatagccagtaacatcctcagtggcaaggcaagcaacttcagggaaa
cctcaaacttagactctggggtagggccacgatccagcaaggaaaatttc
taagagaaaactgtttccaggagtattacagcttcaataacacggatgct
ctcaggtgattcttggtgaaatactcagactttttcccttacttgaaggt
acttcccccttccaccatgacgggtaacaggaaactaggccaacaaatga
tgggcagcccagagaaggatctatggatgcttacacccgtgtgagaagga
gtgaaccttgggcacaacctctgctgccgtcgaaagttccctcaagcaag
gaaaccgattgctgtctggatccat
gaattctgcccatttccagggtaagatgcagttgatataaataggtccat
caagaacatttcccactaggaaagctctcataggactttgagtggtaaag
aggaaagtagacaaatggtttgagagcctgttctgcattttgccaactat
gtactcatacaatatttattctacaggtcagtctttcccacctgtacaat
atgcagtatatatttttcactaacttatggtgggaattaaatgaattaga
tacaaacaaataactgatgttcaaatattatctttttctgctctactatc
ccaaataccttttacctaaataccttagaattaagtgagaaaatttgcat
ccagttgataaatacataatgctaaataaaatattaactctatcatggca
aaattttctttctagaatataacacaaaaaaaccttgtaagtctgatcta
aaccacaatgtgcattatgttatttattttagggctttgaaaattagttc
tataaaatttcacatatacatgtagtaaggacagcaaccgcctaagatag
tttggatatagttattttaagaacatgacggtgcacttttcatgtagtaa
aatttcaataaggaaaatgttcaaatagaaaatctatgccagctttgcac
aagggcagggataaaagaattcacctgtgctttgatatcccatttgtcta
ctccttagaaaaaaaatacgtgctcccttgtagatctggaagtgtgagca
agtctacatacaaagaaggatgtatactttttaattttttaaagtatggg
gaagatgaacagttcataccctgtcaggtaaatatgcactttgctgtc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_46075029_46076209
seq2: B6Ng01-007N07.b_45_1219 (reverse)

seq1  ATGGAT-CAGACAGCAGTCCTGTTTTCCTTGCTCTGAGGAACTTTTCTGC  49
      |||||| ||||||||| ||  | |||||||||| ||||| |  |||| | 
seq2  ATGGATCCAGACAGCAATC--GGTTTCCTTGCT-TGAGGGAACTTTC-GA  46

seq1  TGGCAGCGAGGGTTGCTGCCCCAGTGTCACTTCCCTCTCACA-GTGTGTA  98
       ||||||   ||||| ||||| ||  |||| ||| ||||||| | |||||
seq2  CGGCAGCAGAGGTTG-TGCCCAAGGTTCAC-TCCTTCTCACACGGGTGTA  94

seq1  AGCATCCAT-GATTC-TCTCTGTGCTGCCCATCATTTGTTGGCCTTGGTT  146
      ||||||||| ||| | |||||| ||||||||||||||||||||| | |||
seq2  AGCATCCATAGATCCTTCTCTGGGCTGCCCATCATTTGTTGGCC-TAGTT  143

seq1  TCCTTGTTACCAGTCATGGTGGAGGGGGGAAGTTACCTCAAGTAAAGGAA  196
      ||| ||||||| ||||||||||| |||||||||  | |||||| |||| |
seq2  TCC-TGTTACCCGTCATGGTGGAAGGGGGAAGTACCTTCAAGT-AAGGGA  191

seq1  AAAAGTGCTGAGTTATTTCACCAAGAATCACCTGAGAGCATCCGTGTTAT  246
      |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGT-CTGAG-TATTTCACCAAGAATCACCTGAGAGCATCCGTGTTAT  239

seq1  TG-AGCTGTAATACTCCTGGAAACAGTTTTCTCTTAGGAAGTTTTCCTTG  295
      || ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||
seq2  TGAAGCTGTAATACTCCTGGAAACAGTTTTCTCTTA-GAAATTTTCCTTG  288

seq1  CTGGATCGTGGCCCTA-CCCAGAGTCTAAGTTTGAGGTTTCCCTGAAGTT  344
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGATCGTGGCCCTACCCCAGAGTCTAAGTTTGAGGTTTCCCTGAAGTT  338

seq1  GCTTGCCTTGCCACTGAGGATGTTACTGGCTATTAATTTCACATCACATC  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGCCTTGCCACTGAGGATGTTACTGGCTATTAATTTCACATCACATC  388

seq1  CTGCCACCTAGTGGCTCTGGCTCTGGTACTGGGGATACAGTGTGTTGAAT  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCACCTAGTGGCTCTGGCTCTGGTACTGGGGATACAGTGTGTTGAAT  438

seq1  CAAATACTCACTGTGCAAGCATTGTTGGGTTAGGTTTTAATCTCCTGGAC  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATACTCACTGTGCAAGCATTGTTGGGTTAGGTTTTAATCTCCTGGAC  488

seq1  CCATGTGAGCTTTGATCTCCTTTTCTCTGTGGTGGGGCCCAAGTGTGTGC  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGTGAGCTTTGATCTCCTTTTCTCTGTGGTGGGGCCCAAGTGTGTGC  538

seq1  TCTTGGACAGCTCTCAAGTGAATCTTAAGTGCCTCTCAGTGTGTTAGCCC  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGGACAGCTCTCAAGTGAATCTTAAGTGCCTCTCAGTGTGTTAGCCC  588

seq1  AGGGTGGAGTCTTAGAGTGACTTTGAGGTCCTTGCTTAGCTCTCTGCTGG  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTGGAGTCTTAGAGTGACTTTGAGGTCCTTGCTTAGCTCTCTGCTGG  638

seq1  TCTTCAACACCACAGAGGAAATGATCAGGAGGAAGAGCTAAGGGCCTGGT  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCAACACCACAGAGGAAATGATCAGGAGGAAGAGCTAAGGGCCTGGT  688

seq1  TTAGGTGACTCCCAGAGTATCATCTTTGATAAGACTGTTGAACTGACAGG  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGTGACTCCCAGAGTATCATCTTTGATAAGACTGTTGAACTGACAGG  738

seq1  TTTAATTTGGCTTCTAAGAACAGGAAATCTGTTGTTGAAATATTTCCTTG  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAATTTGGCTTCTAAGAACAGGAAATCTGTTGTTGAAATATTTCCTTG  788

seq1  ATACATTCTGGGAATATAAACTAGACCTAGGGATCTGATGTTCTCCTATC  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACATTCTGGGAATATAAACTAGACCTAGGGATCTGATGTTCTCCTATC  838

seq1  CCAAGTCCAGTTCATAGGTAGGAGGAGAATAGATTCTTTTATGCCCTGTC  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGTCCAGTTCATAGGTAGGAGGAGAATAGATTCTTTTATGCCCTGTC  888

seq1  TACAGCGTGAACAAAGCCCATGTGATGTTGGCAGCCAGGAGTAGTGCTTC  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGCGTGAACAAAGCCCATGTGATGTTGGCAGCCAGGAGTAGTGCTTC  938

seq1  ATACTGCTTGTGACTTGTGTGAGAGAGAAGCAGGTGGAACCAAAGGTACT  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTGCTTGTGACTTGTGTGAGAGAGAAGCAGGTGGAACCAAAGGTACT  988

seq1  GATGGAGGACTCAGGCAGGCCCTGCCGTGCTTCTGCTTCAGTTAGAGCAA  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGAGGACTCAGGCAGGCCCTGCCGTGCTTCTGCTTCAGTTAGAGCAA  1038

seq1  GAAAGCTCATCTATTCAGCTGTGTGTGGCCACATAGCTCATGCTACCTCC  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGCTCATCTATTCAGCTGTGTGTGGCCACATAGCTCATGCTACCTCC  1088

seq1  CACATGACCTCAGTGTGTATCCTATACTTCTGCTAGCTTGACAGCCCTCA  1144
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATGACCTCAGTGTGTATCCTATACTTCTGCTAGCTTGACAGCCCTCA  1138

seq1  TATACACTCAATCAATCCTGTACATTCCAGAGAATTC  1181
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACACTCAATCAATCCTGTACATTCCAGAGAATTC  1175

seq1: chr1_45959147_45959991
seq2: B6Ng01-007N07.g_69_916

seq1  GAATTCTGCCCATTTCCAGGGTAAGATGCAGTTGATATAAATAGGTCCAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGCCCATTTCCAGGGTAAGATGCAGTTGATATAAATAGGTCCAT  50

seq1  CAAGAACATTTCCCACTAGGAAAGCTCTCATAGGACTTTGAGTGGTAAAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGAACATTTCCCACTAGGAAAGCTCTCATAGGACTTTGAGTGGTAAAG  100

seq1  AGGAAAGTAGACAAATGGTTTGAGAGCCTGTTCTGCATTTTGCCAACTAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAAGTAGACAAATGGTTTGAGAGCCTGTTCTGCATTTTGCCAACTAT  150

seq1  GTACTCATACAATATTTATTCTACAGGTCAGTCTTTCCCACCTGTACAAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACTCATACAATATTTATTCTACAGGTCAGTCTTTCCCACCTGTACAAT  200

seq1  ATGCAGTATATATTTTTCACTAACTTATGGTGGGAATTAAATGAATTAGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCAGTATATATTTTTCACTAACTTATGGTGGGAATTAAATGAATTAGA  250

seq1  TACAAACAAATAACTGATGTTCAAATATTATCTTTTTCTGCTCTACTATC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAAACAAATAACTGATGTTCAAATATTATCTTTTTCTGCTCTACTATC  300

seq1  CCAAATACCTTTTACCTAAATACCTTAGAATTAAGTGAGAAAATTTGCAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAATACCTTTTACCTAAATACCTTAGAATTAAGTGAGAAAATTTGCAT  350

seq1  CCAGTTGATAAATACATAATGCTAAATAAAATATTAACTCTATCATGGCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTTGATAAATACATAATGCTAAATAAAATATTAACTCTATCATGGCA  400

seq1  AAATTTTCTTTCTAGAATATAACACAAAAAAACCTTGTAAGTCTGATCTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTTTCTTTCTAGAATATAACACAAAAAAACCTTGTAAGTCTGATCTA  450

seq1  AACCACAATGTGCATTATGTTATTTATTTTAGGGCTTTGAAAATTAGTTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCACAATGTGCATTATGTTATTTATTTTAGGGCTTTGAAAATTAGTTC  500

seq1  TATAAAATTTCACATATACATGTAGTAAGGACAGCAACCGCCTAAGATAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAAATTTCACATATACATGTAGTAAGGACAGCAACCGCCTAAGATAG  550

seq1  TTTGGATATAGTTATTTTAAGAACATGACGGTGCACTTTTCATGTAGTAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGATATAGTTATTTTAAGAACATGACGGTGCACTTTTCATGTAGTAA  600

seq1  AA-TTCAATAAGGAAAATGTTCAAATAGAAAATCTATGCCAGC-TTGCAC  648
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  AATTTCAATAAGGAAAATGTTCAAATAGAAAATCTATGCCAGCTTTGCAC  650

seq1  AAGGGCAGGGATAAAAGAATTCACCTGTGCTTTGATATCCCATTTGTCTA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGCAGGGATAAAAGAATTCACCTGTGCTTTGATATCCCATTTGTCTA  700

seq1  CTCCTTAGAAAAAAAATACGTGCTCCCTTGTAGATCTGGAAAGTGTGAGC  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  CTCCTTAGAAAAAAAATACGTGCTCCCTTGTAGATCTGG-AAGTGTGAGC  749

seq1  AAGTCTACATACAAAGAAGAATGTATACTTTTTAA-TTTTTAAAGTATGG  797
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  AAGTCTACATACAAAGAAGGATGTATACTTTTTAATTTTTTAAAGTATGG  799

seq1  GGAAGATGAACAGTTCATA-CCTGTCAGGTAAAATATGCAC-TTGCTGTC  845
      ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||| ||||||||
seq2  GGAAGATGAACAGTTCATACCCTGTCAGGT-AAATATGCACTTTGCTGTC  848