BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-009O13
Chromosome1 (Build37)
Map Location 171,014,967 - 171,100,421
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream genePbx1
Downstream geneEG383613, Nuf2, Rgs5, Rgs4, LOC100039960, 1700084C01Rik, Hsd17b7, Ddr2, LOC100040571, Uap1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-009O13.bB6Ng01-009O13.g
ACCDH845727DH845728
length799925
definitionDH845727|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-009O13, 5' end.DH845728|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-009O13, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(171,014,967 - 171,015,763)(171,099,492 - 171,100,421)
sequence
gaattcctttatttattccttctatgcctaggaagagagaatagtgtctt
agcttacacgcggtgttaagagaaatatttgcctttctatttaggttttc
cttactaaatttatgacaggggagtgtcttctctcattcccatgtatgta
aggcatacatacttagtgatccttcttatgattattctggagtttaagtg
atatagtgcatgtaaactacataataattttaactcagggtgaatttgca
tctccacatttactgaataatgaatacaaatccacaattattgaatgaac
taattttatggttgtgggtcaccacaatatgaggaaccttattggagcat
cacaccattaaatatgttgagaaacatgtcccttgtatactttagagtct
tgctccaccctttgaagttgtgaccctgaaccctaagcttcgtccaaaga
aaagagacaggatctgggaggcagacacaccaagttactgagattatttc
agcagagaaaaacaaggaggtgaagtcttgtaagcagagaatgcactagg
ccctcaaagcaggggctactccccagatgtagactgcgggattataacac
atgaatttacaacatctgaagtcccctccatttttggtgatttttccccc
actcccatatgggggttcttatcatgtcatggcaaagagttgataccttc
ctctctccaaatatgggaatataatggcacttggtgatttccttggagat
aagcaagagtgagactgggagagaagtggtgtctgcattcgtcaacgcc
gaattcactttgttcttcactattaaaaatatttgggaagtgggaacaaa
acacccttggaaggagttacagagacaaagtttggagctgagatgaaagg
atggaccatgtagagactgccatatccagggatccaccccataatcagca
tccaaacgctgacaccattgcatacactagcaagattttctcgaaaggac
ccagatgtagctgtctcttgtgagactatgccggggcctagcaaacacag
aagtggatgctcacagtcagctaatggatggatcacagggctcccaatgg
aggagctagagaaagtagccaaggagctaaagggatctgcaaccctatag
gtggatcaacattatgatctaaccagtacctcggagctcttgactctagc
tgcatatatatcaaaagatggcctagtcggccatcactggaaagagaggc
ccattggacacgaaaactttatatgccccagaacaggggaacgccagggc
caaaaagggggagtgggcgggtaggggagacttttggtatagcattggaa
atgtaaatgagctaaatacctaattaaaaatggaaagaaaaaaaaagtca
aaaataaaaataaaaatatttggactaatagctaccgatagacttgttca
agtcttgattgtcattgatcccattccaacccatctagaggtaggataag
cttaatgttagaagttacaatcacagcccagataaagcccatctcaactt
gttttgctttccactgaataatcggaaatctttagaggaagctgactata
acttacgttccagttaagagcataatacaggggatagagttcagctcact
gactgttggggctctttaactaaacatttgtaatcaagatgtatggactt
gcacacttattcacttccttcctcc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_171014967_171015763
seq2: B6Ng01-009O13.b_45_843

seq1  GAATTCCTTTATTTATTCCTTCTATGCAGAGGAAGAGAGAATAGTGTCTT  50
      |||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTTTATTTATTCCTTCTATGCCTAGGAAGAGAGAATAGTGTCTT  50

seq1  AGCTTACACGCGGTGTTAAGAGAAATATTTGCCTTTCTATTTAGGTTTTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTACACGCGGTGTTAAGAGAAATATTTGCCTTTCTATTTAGGTTTTC  100

seq1  CTTACTAAATTTATGACAGGGGAGTGTCTTCTCTCATTCCCATGTATGTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTACTAAATTTATGACAGGGGAGTGTCTTCTCTCATTCCCATGTATGTA  150

seq1  AGGCATACATACTTAGTGATCCTTCTTATGATTATTCTGGAGTTTAAGTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCATACATACTTAGTGATCCTTCTTATGATTATTCTGGAGTTTAAGTG  200

seq1  ATATAGTGCATGTAAACTACATAATAATTTTAACTCAGGGTGAATTTGCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATAGTGCATGTAAACTACATAATAATTTTAACTCAGGGTGAATTTGCA  250

seq1  TCTCCACATTTACTGAATAATGAATACAAATCCACAATTATTGAATGAAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCACATTTACTGAATAATGAATACAAATCCACAATTATTGAATGAAC  300

seq1  TAATTTTATGGTTGTGGGTCACCACAATATGAGGAACCTTATTGGAGCAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTTTATGGTTGTGGGTCACCACAATATGAGGAACCTTATTGGAGCAT  350

seq1  CACACCATTAAATATGTTGAGAAACATGTCCCTTGTATACTTTAGAGTCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACCATTAAATATGTTGAGAAACATGTCCCTTGTATACTTTAGAGTCT  400

seq1  TGCTCCACCCTTTGAAGTTGTGACCCTGAACCCTAAGCTTCGTCCAAAGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCCACCCTTTGAAGTTGTGACCCTGAACCCTAAGCTTCGTCCAAAGA  450

seq1  AAAGAGACAGGATCTGGGAGGCAGACACACCAAGTTACTGAGATTATTTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAGACAGGATCTGGGAGGCAGACACACCAAGTTACTGAGATTATTTC  500

seq1  AGCAGAGAAAAACAAGGAGGTGAAGTCTTGTAAGCAGAGAATGCACTAGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGAGAAAAACAAGGAGGTGAAGTCTTGTAAGCAGAGAATGCACTAGG  550

seq1  CCCTCAAAGCAGGGGCTACTCCCCAGATGTAGACTGCGGGATTATAACAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCAAAGCAGGGGCTACTCCCCAGATGTAGACTGCGGGATTATAACAC  600

seq1  ATGAATTTACAACATCTGAAGTCCCCTCCATTTTTGGTGA-TTTTCCCCC  649
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  ATGAATTTACAACATCTGAAGTCCCCTCCATTTTTGGTGATTTTTCCCCC  650

seq1  ACTCCCATATGGGGGTTCTTATCATGTCATGGCAAAGAGTTGACACCTTC  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  ACTCCCATATGGGGGTTCTTATCATGTCATGGCAAAGAGTTGATACCTTC  700

seq1  CTCTCTCCAAATAT-GGAATATAATGGCACTTGGTGATTTCCTTGGAGAT  748
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCTCCAAATATGGGAATATAATGGCACTTGGTGATTTCCTTGGAGAT  750

seq1  AAGCAAGAGTGAGACTGGGAGAGAAGTGGTGTCTGCATTCGTCAACGCC  797
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAAGAGTGAGACTGGGAGAGAAGTGGTGTCTGCATTCGTCAACGCC  799

seq1: chr1_171099492_171100421
seq2: B6Ng01-009O13.g_70_994 (reverse)

seq1  GGAGGAAGGAAGTGAATAAGGTGTGCAAGTCCATACATACTTGCTTACAA  50
      ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||
seq2  GGAGGAAGGAAGTGAATAA-GTGTGCAAGTCCATACAT-CTTGATTACAA  48

seq1  ATGCTCTAGTTAAAGAGCCCCAACAGTCAGTGAGCTGAACTCTATCCCCT  100
      ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATG-TTTAGTTAAAGAGCCCCAACAGTCAGTGAGCTGAACTCTATCCCCT  97

seq1  GTACTTATGCTCTTAACTGTGAACGTAAGTTATAGTCAGCTTCCTCTAAA  150
      ||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  GTA-TTATGCTCTTAACTG-GAACGTAAGTTATAGTCAGCTTCCTCT-AA  144

seq1  AGATTTCCGATTATTCAGTGGAAAGC-AAACAAGTTGAGATGGGC-TTAT  198
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||
seq2  AGATTTCCGATTATTCAGTGGAAAGCAAAACAAGTTGAGATGGGCTTTAT  194

seq1  CTGGGCTGTGATTGTAACTTCTATACATTAAGCTTATCCTACCTCTAGAT  248
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGCTGTGATTGTAACTTCTA-ACATTAAGCTTATCCTACCTCTAGAT  243

seq1  GGGTTGGAATGGGATCAATGACAATCAAGACTTGAACAAGTCTATCGGTA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTGGAATGGGATCAATGACAATCAAGACTTGAACAAGTCTATCGGTA  293

seq1  GCTATTAGTCCAAATATTTTTATTTTTATTTTTGACTTTTTTTTTCTTTC  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTATTAGTCCAAATATTTTTATTTTTATTTTTGACTTTTTTTTTCTTTC  343

seq1  CATTTTTAATTAGGTATTTAGCTCATTTACATTTCCAATGCTATACCAAA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTTTAATTAGGTATTTAGCTCATTTACATTTCCAATGCTATACCAAA  393

seq1  AGTCTCCCCTACCCGCCCACTCCCCCTTTTTGGCCCTGGCGTTCCCCTGT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTCCCCTACCCGCCCACTCCCCCTTTTTGGCCCTGGCGTTCCCCTGT  443

seq1  TCTGGGGCATATAAAGTTTTCGTGTCCAATGGGCCTCTCTTTCCAGTGAT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGGGCATATAAAGTTTTCGTGTCCAATGGGCCTCTCTTTCCAGTGAT  493

seq1  GGCCGACTAGGCCATCTTTTGATATATATGCAGCTAGAGTCAAGAGCTCC  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCGACTAGGCCATCTTTTGATATATATGCAGCTAGAGTCAAGAGCTCC  543

seq1  GAGGTACTGGTTAGATCATAATGTTGATCCACCTATAGGGTTGCAGATCC  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTACTGGTTAGATCATAATGTTGATCCACCTATAGGGTTGCAGATCC  593

seq1  CTTTAGCTCCTTGGCTACTTTCTCTAGCTCCTCCATTGGGAGCCCTGTGA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTAGCTCCTTGGCTACTTTCTCTAGCTCCTCCATTGGGAGCCCTGTGA  643

seq1  TCCATCCATTAGCTGACTGTGAGCATCCACTTCTGTGTTTGCTAGGCCCC  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATCCATTAGCTGACTGTGAGCATCCACTTCTGTGTTTGCTAGGCCCC  693

seq1  GGCATAGTCTCACAAGAGACAGCTACATCTGGGTCCTTTCGAGAAAATCT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCATAGTCTCACAAGAGACAGCTACATCTGGGTCCTTTCGAGAAAATCT  743

seq1  TGCTAGTGTATGCAATGGTGTCAGCGTTTGGATGCTGATTATGGGGTGGA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTAGTGTATGCAATGGTGTCAGCGTTTGGATGCTGATTATGGGGTGGA  793

seq1  TCCCTGGATATGGCAGTCTCTACATGGTCCATCCTTTCATCTCAGCTCCA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTGGATATGGCAGTCTCTACATGGTCCATCCTTTCATCTCAGCTCCA  843

seq1  AACTTTGTCTCTGTAACTCCTTCCAAGGGTGTTTTGTTCCCACTTCCCAA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTTGTCTCTGTAACTCCTTCCAAGGGTGTTTTGTTCCCACTTCCCAA  893

seq1  ATATTTTTAATAGTGAAGAACAAAGTGAATTC  930
      ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTTTTAATAGTGAAGAACAAAGTGAATTC  925