BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-019J21
Chromosome1 (Build37)
Map Location 66,656,137 - 66,820,098
singlet/doubletdoublet
Overlap geneRpe, 1110028C15Rik
Upstream geneCrygf, LOC667781, EG667786, Mtap2, C030018G13Rik
Downstream geneAcadl, Myl1, LOC100043192, Lancl1, Cps1, Kif22-ps
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-019J21.bB6Ng01-019J21.g
ACCDH852655DH852656
length1,0261,083
definitionDH852655|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-019J21, 5' end.DH852656|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-019J21, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(66,656,137 - 66,657,168)(66,819,002 - 66,820,098)
sequence
gaattctcaactgaggaataccgaagggctgagaagcacttaaaaaaaaa
atgtccaatatccttaatcatgagggaaatgcaaatcaaaacaaccctga
gattccacctcacaccagtcagaatggctaggattaaaaattcaggtgac
agcagatgctggtgaggatgtggagaaagaggaacactctctgatccttt
ctttacagagcaagtcaccttttttttttccaacagaggtattcatacca
ttcaagaaggagctatctataacagggttgggatgtcagtttcttctgtt
tgtctgatatttaggggtacagctttatctcaggtcttttgcttgtctgc
tgcaacatagtccctttggtggctttgtcaatgagcttggagcatgtgca
gaccatgcatgcagcagccaaagaaggatgttggttgtgttcctttatca
atttccatagtattcctttaaagaaaggtctcacctttagcctcaagctg
acccattccagctaagtcagtcagctctcaggattcgcctatctctgcct
tcccagtgctggggttatatgcacattcaatcatactcagttcttctgag
aattctgaggatttcaaagtcatgttctcatactcttacacactaagcca
tcgtgttaaaccagaagctgctcttatttctttaccatgtgaaaccttga
atcatgacaaacagcttcattaaggaatcagctgagaagagataaatcat
cgtcatatgcaatgtagtcagggaggggccattccaacaagttcgccaca
tactattggtgagaagaaagttgttagtctaactcacactcaatgggagg
agctttcacagagcataaatactagattgtatagatcactaggtatcatc
ttagaaatataactagtaaaggaatattagtgacagtattttaaagttat
agattataggtgctaaaccagttgtgctgacatcagaacttacatatgag
atatctgaaacaagtttatgatatgc
gaattctcaggttccccagaggagtgaagagcctttaccagaacacgatt
ttgagatgtcaccaagcagccctacactacttcttcgaaacatagagaaa
caggtatgtagagttcttgctttacgaaataactttagatacatttttgc
ttcttaaactgcttggcaagatttagatatcaaatgtttctccaaaagtc
acatgtattcagcattagtccctaggtcataatcccagctcttgaggggt
gattgggtcatttagatcctgagagattaacccatagatgtgtaatttgg
tcataaggtgaggtcttgatagtaggccaatgggaacacatttttaaaaa
acactgtgactaaataggcgtcattttagtgatgtaagaattcttcagta
tgtgtaaatcaataaatacaatataagaattctcaggacagaattcagga
tcttcatgatgcttagctacactaaagtgttaactgtttctttgtagagt
gcacagttgactgagatcattaacagtttgattgcccctctcaacttgtc
tccaacttcatcacccctctcttccaaatcctgtagccacaaatgtctgg
ctaatggcatttccagaaggtaggtgtcacttgagtagtttggtttctga
atttggcttattttattttgactttgttgattaatacctaatacaactat
ttttcttctacattaaggactacaatactacaatcagtggatcataggta
cagttttagacaaaagagttcatggaattaatgcagtcataaaagcttcc
catgaggaggtgcatttctaggaattttagtgcttctgaagctcatacca
tggatagtatagctctgcaagtactgccttggtaccatgatttcacgcca
tggatagcattagctctgcaattactgccttgttaccatgatttctgttt
ggtatagttttcccttggtctccagttcattgtaacttaaaagaccttag
atctagagtgggcacagaagatgcatatcatcataatttacattgaattt
ttattcatatcgaatagtatattaagaatttcc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_66656137_66657168
seq2: B6Ng01-019J21.b_44_1069

seq1  GAATTCTCAACTGAGGAATACCGAAGGGCTGAGAAGCACTTAAAAAAAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCAACTGAGGAATACCGAAGGGCTGAGAAGCACTTAAAAAAAAA  50

seq1  ATGTCCAATATCCTTAATCATGAGGGAAATGCAAATCAAAACAACCCTGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCCAATATCCTTAATCATGAGGGAAATGCAAATCAAAACAACCCTGA  100

seq1  GATTCCACCTCACACCAGTCAGAATGGCTAGGATTAAAAATTCAGGTGAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTCCACCTCACACCAGTCAGAATGGCTAGGATTAAAAATTCAGGTGAC  150

seq1  AGCAGATGCTGGTGAGGATGTGGAGAAAGAGGAACACTCTCTGATCCTTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGATGCTGGTGAGGATGTGGAGAAAGAGGAACACTCTCTGATCCTTT  200

seq1  CTTTACAGAGCAAGTCACCTTTTTTTTTTCCAACAGAGGTATTCATACCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTACAGAGCAAGTCACCTTTTTTTTTTCCAACAGAGGTATTCATACCA  250

seq1  TTCAAGAAGGAGCTATCTATAACAGGGTTGGGATGTCAGTTTCTTCTGTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAGAAGGAGCTATCTATAACAGGGTTGGGATGTCAGTTTCTTCTGTT  300

seq1  TGTCTGATATTTAGGGGTACAGCTTTATCTCAGGTCTTTTGCTTGTCTGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTGATATTTAGGGGTACAGCTTTATCTCAGGTCTTTTGCTTGTCTGC  350

seq1  TGCAACATAGTCCCTTTGGTGGCTTTGTCAATGAGCTTGGAGCATGTGCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAACATAGTCCCTTTGGTGGCTTTGTCAATGAGCTTGGAGCATGTGCA  400

seq1  GACCATGCATGCAGCAGCCAAAGAAGGATGTTGGTTGTGTTCCTTTATCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCATGCATGCAGCAGCCAAAGAAGGATGTTGGTTGTGTTCCTTTATCA  450

seq1  ATTTCCATAGTATTCCTTTAAAGAAAGGTCTCACCTTTAGCCTCAAGCTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCCATAGTATTCCTTTAAAGAAAGGTCTCACCTTTAGCCTCAAGCTG  500

seq1  ACCCATTCCAGCTAAGTCAGTCAGCTCTCAGGATTCGCCTATCTCTGCCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCATTCCAGCTAAGTCAGTCAGCTCTCAGGATTCGCCTATCTCTGCCT  550

seq1  TCCCAGTGCTGGGGTTATATGCACATTCAATCATACTCAGTTCTTCTGAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCAGTGCTGGGGTTATATGCACATTCAATCATACTCAGTTCTTCTGAG  600

seq1  AATTCTGAGGATTTCAAAGTCATGTTCTCATACTCTTACACACTAAGCCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCTGAGGATTTCAAAGTCATGTTCTCATACTCTTACACACTAAGCCA  650

seq1  TCGTGTTAAACCAGAAGCTGCTCTTATTTCTTTACCATGTGAAACCTTGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGTGTTAAACCAGAAGCTGCTCTTATTTCTTTACCATGTGAAACCTTGA  700

seq1  ATCATGACAAACAGCTTCATTAAGGAATCAGCTGAGAAGAGATAAATCAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATGACAAACAGCTTCATTAAGGAATCAGCTGAGAAGAGATAAATCAT  750

seq1  CGTCATATGCAATGTAGTCAGGGAGGGGCCATTCCAACAAGTTCGCCACA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTCATATGCAATGTAGTCAGGGAGGGGCCATTCCAACAAGTTCGCCACA  800

seq1  TACTATTGGTGAGAAGAAAGTTGTTAGTCTAACTCACACTCAATGGGAGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTATTGGTGAGAAGAAAGTTGTTAGTCTAACTCACACTCAATGGGAGG  850

seq1  AGCTTTCACAGAGCATAAATACTAGATTGTATAGATCACTAGGTATCATC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTTCACAGAGCATAAATACTAGATTGTATAGATCACTAGGTATCATC  900

seq1  TTAGAAATATAACTAGTAAAGGAATATTAGTGACAGTATTTTAAAGTTAT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGAAATATAACTAGTAAAGGAATATTAGTGACAGTATTTTAAAGTTAT  950

seq1  AGATTATAGGTTGCTAAACCAGTTGTTGCTGACATCAGAACTTACATATG  1000
      |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTATAGG-TGCTAAACCAGTTG-TGCTGACATCAGAACTTACATATG  998

seq1  AGAATTATCTGAAACAAAGTTTAGTGATATGC  1032
      |||  |||||||||| ||||||| ||||||||
seq2  AGA--TATCTGAAAC-AAGTTTA-TGATATGC  1026

seq1: chr1_66819002_66820098
seq2: B6Ng01-019J21.g_68_1150 (reverse)

seq1  GGAAATTTCTTAATATAACTAATATGATTATGAATATAAAAATCAATGTA  50
      ||||| |||||||||| ||| ||  || |||||||| |||| ||||||| 
seq2  GGAAA-TTCTTAATAT-ACT-ATTCGA-TATGAATA-AAAATTCAATGT-  44

seq1  AAATTATGATGATATATGCCAATCTTCTGTGCCCACCTCTAGATCTAAGG  100
      |||||||||||  ||||||  |||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  AAATTATGATG--ATATGC--ATCTTCTGTGCCCA-CTCTAGATCTAAGG  89

seq1  TCTTTTTAAGTTACAATGAACTGGAGACCAAGGGAAAAACTATACCAAAC  150
      || ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  TC-TTTTAAGTTACAATGAACTGGAGACCAAGGG-AAAACTATACCAAAC  137

seq1  AGAAATCATGGTAACAAGGCAGTAATTGCAGAGCTAATGCTATCCATGGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAATCATGGTAACAAGGCAGTAATTGCAGAGCTAATGCTATCCATGGC  187

seq1  GTGAAATCATGGTACCAAGGCAGTACTTGCAGAGCTAATACTATCCATGG  250
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  GTGAAATCATGGTACCAAGGCAGTACTTGCAGAGCT-ATACTATCCATGG  236

seq1  TATGAGCTTCAGAAGCACTAAAATTCCTAGAAATGCACCTCCTCATGGGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGAGCTTCAGAAGCACTAAAATTCCTAGAAATGCACCTCCTCATGGGA  286

seq1  AGCTTTTATGACTGCATTAATTCCATGAACTCTTTTGTCTAAAACTGTAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTTTATGACTGCATTAATTCCATGAACTCTTTTGTCTAAAACTGTAC  336

seq1  CTATGATCCACTGATTGTAGTATTGTAGTCCTTAATGTAGAAGAAAAATA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGATCCACTGATTGTAGTATTGTAGTCCTTAATGTAGAAGAAAAATA  386

seq1  GTTGTATTAGGTATTAATCAACAAAGTCAAAATAAAATAAGCCAAATTCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTATTAGGTATTAATCAACAAAGTCAAAATAAAATAAGCCAAATTCA  436

seq1  GAAACCAAACTACTCAAGTGACACCTACCTTCTGGAAATGCCATTAGCCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACCAAACTACTCAAGTGACACCTACCTTCTGGAAATGCCATTAGCCA  486

seq1  GACATTTGTGGCTACAGGATTTGGAAGAGAGGGGTGATGAAGTTGGAGAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATTTGTGGCTACAGGATTTGGAAGAGAGGGGTGATGAAGTTGGAGAC  536

seq1  AAGTTGAGAGGGGCAATCAAACTGTTAATGATCTCAGTCAACTGTGCACT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTGAGAGGGGCAATCAAACTGTTAATGATCTCAGTCAACTGTGCACT  586

seq1  CTACAAAGAAACAGTTAACACTTTAGTGTAGCTAAGCATCATGAAGATCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACAAAGAAACAGTTAACACTTTAGTGTAGCTAAGCATCATGAAGATCC  636

seq1  TGAATTCTGTCCTGAGAATTCTTATATTGTATTTATTGATTTACACATAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATTCTGTCCTGAGAATTCTTATATTGTATTTATTGATTTACACATAC  686

seq1  TGAAGAATTCTTACATCACTAAAATGACGCCTATTTAGTCACAGTGTTTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGAATTCTTACATCACTAAAATGACGCCTATTTAGTCACAGTGTTTT  736

seq1  TTAAAAATGTGTTCCCATTGGCCTACTATCAAGACCTCACCTTATGACCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAAATGTGTTCCCATTGGCCTACTATCAAGACCTCACCTTATGACCA  786

seq1  AATTACACATCTATGGGTTAATCTCTCAGGATCTAAATGACCCAATCACC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTACACATCTATGGGTTAATCTCTCAGGATCTAAATGACCCAATCACC  836

seq1  CCTCAAGAGCTGGGATTATGACCTAGGGACTAATGCTGAATACATGTGAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCAAGAGCTGGGATTATGACCTAGGGACTAATGCTGAATACATGTGAC  886

seq1  TTTTGGAGAAACATTTGATATCTAAATCTTGCCAAGCAGTTTAAGAAGCA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGGAGAAACATTTGATATCTAAATCTTGCCAAGCAGTTTAAGAAGCA  936

seq1  AAAATGTATCTAAAGTTATTTCGTAAAGCAAGAACTCTACATACCTGTTT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATGTATCTAAAGTTATTTCGTAAAGCAAGAACTCTACATACCTGTTT  986

seq1  CTCTATGTTTCGAAGAAGTAGTGTAGGGCTGCTTGGTGACATCTCAAAAT  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTATGTTTCGAAGAAGTAGTGTAGGGCTGCTTGGTGACATCTCAAAAT  1036

seq1  CGTGTTCTGGTAAAGGCTCTTCACTCCTCTGGGGAACCTGAGAATTC  1097
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGTTCTGGTAAAGGCTCTTCACTCCTCTGGGGAACCTGAGAATTC  1083