BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-021E04
Chromosome1 (Build37)
Map Location 56,466,157 - 56,626,203
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC626009, 9130227L01Rik
Downstream geneHsfy2, Satb2, EG329160, 9130024F11Rik, LOC100042869, LOC383509, 1700066M21Rik, 1110034B05Rik, 9430016H08Rik, LOC667339
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-021E04.bB6Ng01-021E04.g
ACCDH853815DH853816
length1,0551,058
definitionDH853815|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-021E04, 5' end.DH853816|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-021E04, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(56,466,157 - 56,467,220)(56,625,126 - 56,626,203)
sequence
gaattcagtgactttccaatcctctaaatgaatagtagagagcatgaaac
atttgttaaacatgatgaattgtgcaacttgaagttaagtaggagaatga
agagaagagcccacgaaagaaagacagacagtgacaatatgtgacatcat
ctgaattacagataagaattatacctttcatctggaaggaaattggcaac
tgctgagcattgtgagccagaggtagtggcatgaccagggagagtagtct
gtaccatggaattaatgcagtgtgttcctaaccgaaatgaaaactttgtg
gcacaactgtgataatttctaggatgagccatgagttccaatgaagacac
aaatcccagtctatgaacatagcatggaagtagtagctaaagttctaaaa
taaaattaagaattctgtatatgatgtattgtttaaaccccttacacttg
cttgctttttatatactattataagggtactgtctattttactattgaag
ttttcactcatgttcagtccatgcagctatgaagatgtatgagacaatta
aagaaactaactggctcatacactagctgctaaattaagcacttatggca
ttagatcacttgacccttaatgtataacttgtaaacgtaaggttcaaaat
gctccaatgaaaaactgtgcatgcttgtttgttatttcaaaggcacaatg
tgaagtgctcatcataatctggttaaaaatcctaaataacaagaatgcta
gtctcccagacggagtaattctaattaaccttataaaaatgagatttgta
ccgtatgtagaaaattaaggataaaaacaaccattaaaagaaaagcctaa
ttacattataataattaagttcaagggacacaataggccacagtcacata
acagtaccatattttaaatgacatcataaataataggaaatggaaatgtt
gtgccatgtattatttcaaataatctttttagttaccctttacatggtca
agcagttgttctataatatggagtttgatgtggttggtgtagatcttaag
aaagg
gaattctaataccagatatggaccagtgaggctcataacacaggctggag
aaatgaggtagcaggcaggtgtttgaagagcatgtggatacatgatgtat
tcctgtggggcacaggtcacattggggttcatctttttgcatcagtctta
tttatttcatgaagaagacagtgtgtaagcaaataggaatttttgtgcta
tcctcatattgttccctagtctgtctattgcagggaaatatatttatatt
cttaaaataagagttagagtatagatgatctactttgtcaaaacttaaaa
tagaaatgattcatttgaaatgataactgtgtattgcttaaggactggtg
aaactattgcacattacctgttctcggcatgttagctcatgctttgggca
tgttctgactgctgccactgtcagcatcagatctagtccatgtcgctgtc
cattatactttgggcttggtacaacaaagctaagcaggcatggttctggg
cttctccagagttcatgctgagagagaggaggtggcaggcattcctcaaa
ttacaggtgttgtgtctttgtcttacctgcctcaaaacaactttatgctt
gggccgaattctttagtgttggtagataagaagaggcaggtggctcatta
tgtgccaaggaatgaatgtggggaagaattgggagcctaagagacgtcaa
agcaggctcctaccactgtagagaccacgcactcctggaggaaaaatgtc
attagaagtcatctgttcttattaatagaagaatgaactcacaaatctct
tcttattatggtatctgtcatatacatatcttcatattatgaaacatata
ggacataagtgtttaagtcaccatttatgtcatggatatagaatgtccta
gatatttgatggtcttttgttcttacccttagtataaatactgttttcat
tttgaaaatcttcccttgtgttatctgtccttatttaaccacacccacac
acaccacgtaatcctatgcataagtctgttgggattcattgaatttacat
caagattt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_56466157_56467220
seq2: B6Ng01-021E04.b_45_1099

seq1  GAATTCAGTGACTTTCCAATCCTCTAAATGAATAGTAGAGAGCATGAAAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTGACTTTCCAATCCTCTAAATGAATAGTAGAGAGCATGAAAC  50

seq1  ATTTGTTAAACATGATGAATTGTGCAACTTGAAGTTAAGTAGGAGAATGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGTTAAACATGATGAATTGTGCAACTTGAAGTTAAGTAGGAGAATGA  100

seq1  AGAGAAGAGCCCACGAAAGAAAGACAGACAGTGACAATATGTGACATCAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAAGAGCCCACGAAAGAAAGACAGACAGTGACAATATGTGACATCAT  150

seq1  CTGAATTACAGATAAGAATTATACCTTTCATCTGGAAGGAAATTGGCAAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAATTACAGATAAGAATTATACCTTTCATCTGGAAGGAAATTGGCAAC  200

seq1  TGCTGAGCATTGTGAGCCAGAGGTAGTGGCATGACCAGGGAGAGTAGTCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGAGCATTGTGAGCCAGAGGTAGTGGCATGACCAGGGAGAGTAGTCT  250

seq1  GTACCATGGAATTAATGCAGTGTGTTCCTAACCGAAATGAAAACTTTGTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACCATGGAATTAATGCAGTGTGTTCCTAACCGAAATGAAAACTTTGTG  300

seq1  GCACAACTGTGATAATTTCTAGGATGAGCCATGAGTTCCAATGAAGACAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACAACTGTGATAATTTCTAGGATGAGCCATGAGTTCCAATGAAGACAC  350

seq1  AAATCCCAGTCTATGAACATAGCATGGAAGTAGTAGCTAAAGTTCTAAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCCCAGTCTATGAACATAGCATGGAAGTAGTAGCTAAAGTTCTAAAA  400

seq1  TAAAATTAAGAATTCTGTATATGATGTATTGTTTAAACCCCTTACACTTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATTAAGAATTCTGTATATGATGTATTGTTTAAACCCCTTACACTTG  450

seq1  CTTGCTTTTTATATACTATTATAAGGGTACTGTCTATTTTACTATTGAAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCTTTTTATATACTATTATAAGGGTACTGTCTATTTTACTATTGAAG  500

seq1  TTTTCACTCATGTTCAGTCCATGCAGCTATGAAGATGTATGAGACAATTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCACTCATGTTCAGTCCATGCAGCTATGAAGATGTATGAGACAATTA  550

seq1  AAGAAACTAACTGGCTCATACACTAGCTGCTAAATTAAGCACTTATGGCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAACTAACTGGCTCATACACTAGCTGCTAAATTAAGCACTTATGGCA  600

seq1  TTAGATCACTTGACCCTTAATGTATAACTTGTAAACGTAAGGTTCAAAAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGATCACTTGACCCTTAATGTATAACTTGTAAACGTAAGGTTCAAAAT  650

seq1  GCTCCAATGAAAAACTGTGCATGCTTGTTTGTTATTTCAAAGGCACAATG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCCAATGAAAAACTGTGCATGCTTGTTTGTTATTTCAAAGGCACAATG  700

seq1  TGAAGTGCTCATCATAATCTGGTTAAAAATCCTAAATAACAAGAATGCTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGTGCTCATCATAATCTGGTTAAAAATCCTAAATAACAAGAATGCTA  750

seq1  GTCTCCCAGACGGAGTAATTCTAATTAACCTTATAAAAATGAGATTTGTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCCCAGACGGAGTAATTCTAATTAACCTTATAAAAATGAGATTTGTA  800

seq1  CCGTATGTAGAAAATTAAGGATAAAAACAACCATTAAAAGAAAAGCCTAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGTATGTAGAAAATTAAGGATAAAAACAACCATTAAAAGAAAAGCCTAA  850

seq1  TTACATTATAATAATTAAGTTCAAGGGACACAATAGGCCACAGTCACATA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACATTATAATAATTAAGTTCAAGGGACACAATAGGCCACAGTCACATA  900

seq1  ACAGTACCATATTTTAAATGACATCATAAATAATAGGAAATGGAAATGTT  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  ACAGTACCATATTTTAAATGACATCATAAATAATAGGAAATGGAAATG-T  949

seq1  TGTGCCATGTTATTATTTCAAATAATCTTTTTTAGTTACCCCTTTACATG  1000
      ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||
seq2  TGTGCCATG-TATTATTTCAAATAATC-TTTTTAGTTA-CCCTTTACATG  996

seq1  GTCAAGCAAGTTGTTCTATTAATATGGAGGTTTGAATGTGGGTTGTGTAG  1050
      ||||||| |||||||||| ||||||||| ||||| |||||| | ||||||
seq2  GTCAAGC-AGTTGTTCTA-TAATATGGA-GTTTG-ATGTGGTTGGTGTAG  1042

seq1  ATCTGTAAGAAAGG  1064
      |||| |||||||||
seq2  ATCT-TAAGAAAGG  1055

seq1: chr1_56625126_56626203
seq2: B6Ng01-021E04.g_66_1123 (reverse)

seq1  AAATCTTGATGTTAAAGTTCAATGAATTCCAAACAGACTGTATTGCATAG  50
      ||||||||||||  || ||||||||| ||| |||||||| || |||||||
seq2  AAATCTTGATGT--AAATTCAATGAA-TCCCAACAGACT-TA-TGCATAG  45

seq1  GGATTTACGTGGTGTGTGTGTGTGTGTGTAAAATAAGGACAAGATAAACA  100
      |   |||||||||||||||| ||||| || |||||||||| |||| ||||
seq2  G--ATTACGTGGTGTGTGTGGGTGTG-GTTAAATAAGGAC-AGAT-AACA  90

seq1  ACAAAGGGAAGATTTATCAAAATGAAAACAGTATTTATGACTAAGGGTAA  150
         |||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  --CAAGGGAAGATTT-TCAAAATGAAAACAGTATTTAT-ACTAAGGGTAA  136

seq1  GAACAAAAGACCATCAAATATCTTAGGACATTCTTATATCCATGACATAA  200
      |||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||
seq2  GAACAAAAGACCATCAAATATC-TAGGACATTC-TATATCCATGACATAA  184

seq1  ATGGTGACTTAAACACTTATTGTCCTATATGTTTCATAAATATGAAGATT  250
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| |
seq2  ATGGTGACTTAAACACTTA-TGTCCTATATGTTTCAT-AATATGAAGA-T  231

seq1  ATGTATATGACAGATACCATAATAAGAAGAGAATTTGTGAGTTCATTCTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  ATGTATATGACAGATACCATAATAAGAAGAG-ATTTGTGAGTTCATTCTT  280

seq1  CTATTAATAAGAACAGATGACTTCTAATGACATTTTTCCTCCAGGAGTGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTAATAAGAACAGATGACTTCTAATGACATTTTTCCTCCAGGAGTGC  330

seq1  GTGGTCTCTACAGTGGTAGGAGCCTGCTTTGACGTCTCTTAGGCTCCCAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTCTCTACAGTGGTAGGAGCCTGCTTTGACGTCTCTTAGGCTCCCAA  380

seq1  TTCTTCCCCACATTCATTCCTTGGCACATAATGAGCCACCTGCCTCTTCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTCCCCACATTCATTCCTTGGCACATAATGAGCCACCTGCCTCTTCT  430

seq1  TATCTACCAACACTAAAGAATTCGGCCCAAGCATAAAGTTGTTTTGAGGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTACCAACACTAAAGAATTCGGCCCAAGCATAAAGTTGTTTTGAGGC  480

seq1  AGGTAAGACAAAGACACAACACCTGTAATTTGAGGAATGCCTGCCACCTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTAAGACAAAGACACAACACCTGTAATTTGAGGAATGCCTGCCACCTC  530

seq1  CTCTCTCTCAGCATGAACTCTGGAGAAGCCCAGAACCATGCCTGCTTAGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCTCTCAGCATGAACTCTGGAGAAGCCCAGAACCATGCCTGCTTAGC  580

seq1  TTTGTTGTACCAAGCCCAAAGTATAATGGACAGCGACATGGACTAGATCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTGTACCAAGCCCAAAGTATAATGGACAGCGACATGGACTAGATCT  630

seq1  GATGCTGACAGTGGCAGCAGTCAGAACATGCCCAAAGCATGAGCTAACAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGCTGACAGTGGCAGCAGTCAGAACATGCCCAAAGCATGAGCTAACAT  680

seq1  GCCGAGAACAGGTAATGTGCAATAGTTTCACCAGTCCTTAAGCAATACAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCGAGAACAGGTAATGTGCAATAGTTTCACCAGTCCTTAAGCAATACAC  730

seq1  AGTTATCATTTCAAATGAATCATTTCTATTTTAAGTTTTGACAAAGTAGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTATCATTTCAAATGAATCATTTCTATTTTAAGTTTTGACAAAGTAGA  780

seq1  TCATCTATACTCTAACTCTTATTTTAAGAATATAAATATATTTCCCTGCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCTATACTCTAACTCTTATTTTAAGAATATAAATATATTTCCCTGCA  830

seq1  ATAGACAGACTAGGGAACAATATGAGGATAGCACAAAAATTCCTATTTGC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGACAGACTAGGGAACAATATGAGGATAGCACAAAAATTCCTATTTGC  880

seq1  TTACACACTGTCTTCTTCATGAAATAAATAAGACTGATGCAAAAAGATGA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACACACTGTCTTCTTCATGAAATAAATAAGACTGATGCAAAAAGATGA  930

seq1  ACCCCAATGTGACCTGTGCCCCACAGGAATACATCATGTATCCACATGCT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCCAATGTGACCTGTGCCCCACAGGAATACATCATGTATCCACATGCT  980

seq1  CTTCAAACACCTGCCTGCTACCTCATTTCTCCAGCCTGTGTTATGAGCCT  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAAACACCTGCCTGCTACCTCATTTCTCCAGCCTGTGTTATGAGCCT  1030

seq1  CACTGGTCCATATCTGGTATTAGAATTC  1078
      ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGGTCCATATCTGGTATTAGAATTC  1058