BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-033C11
Chromosome1 (Build37)
Map Location 94,721,769 - 94,879,039
singlet/doubletdoublet
Overlap geneGpc1, Ankmy1, Dusp28, LOC100040511, Rnpepl1, Capn10, Gpr35
Upstream geneTwist2, Hdac4, LOC100040419, LOC665883, Ndufa10, Olfr1416, Olfr1415, Olfr1414, Olfr1413, Olfr1412, Olfr1411, Olfr1410, Olfr12, Myeov2, Otos
Downstream geneAqp12, Kif1a, Agxt, 2310007B03Rik, E030010N08Rik, Sned1, Mterfd2, LOC665966, Pask, Ppp1r7, Tmem16g, Hdlbp, Sept2, Farp2, Stk25, Bok, Thap4, Atg4b, Dtymk, Ing5, D2hgdh, Gal3st2, LOC100041596, EG666009
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-033C11.bB6Ng01-033C11.g
ACCDH862288DH862289
length894826
definitionDH862288|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-033C11, 5' end.DH862289|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-033C11, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(94,878,140 - 94,879,039)(94,721,769 - 94,722,595)
sequence
gaattctggagcaggcatgcctcacacctgaaactccccttcccaaagaa
accacagaaactgtaaaaaaaaaaaaaaacaaaaaaaaaaaccaaaaaaa
caaaacaaacaaacaaacaaacaaacaacaacaacaacaacaacaacaaa
aaacaaacaaacaaaaaaccctcagggcctaacctctgctcactggacag
ttagggatatccaaagcctccagagatgatgggaagacttaatgtggcag
accattccgaagctagagacagaacgaccccgcccatctccttagtcagt
ctccttggaccagcctgttgcaggggagatggcagtagtaggagtgtcta
caggcgctctccagctctctaaagctcaagtcctaggcagagatgaatgc
ccaccagccttacccagcatacagtgggaggcctcagcagggagacctca
gacgcagctctacctattggcctaaggatcccatgggccttataactttc
tgcccccaacctggctgcaagaagacacctatatttgattgacagatgta
gccagcactcatgctgcctggtctggaagacaacagagggtatagcctga
gatggtctctggaaagctgtggaaacttctgaggtaccaccactaggccc
acatcatcctaagggccaaacccaggctcgtgtctgagatctgggttctc
agaggtacctccaggacctggatggactcaaggttcctgccactgcaatt
gtcaggaatgtctccaaagctacccttccttgtccactctctacaatgag
gccaggaggtacccgagcccttcaaaccccagccaggtgggcttgggcag
gggtctgacaatacggatgacagggggatagcaatcatacaccc
gaattctctcccacctccagctgcatcttgttggatgagaccagtctccc
tgacacatccaggatcctggaatatccttgtattgcccaccccaagtccc
tccgcatggctaccctctcatcccctttcctgaagcactcacagaaattg
tagaccctgttgtctctcctccagtcatcaagaagctgtgcaccccacct
gttcaggtccactgctcttgtttcttgccctctagagaccacctggcaaa
ggtgcccttatagagaggaatacatatgacatagggctgtagctcaccta
ctaaggctgtacaacttgctctccagacccgtgtggtgcctccccttata
acaagactctaccttatgggcctgtctcttcctgccttaggccagtgcct
atagtgcagacctgagtcctgatccagtgcaagcctgggtcctcctcagc
ctgtgtgctgccagcaagagtttcagaggccactgacacctcccaagcag
gcctgggactcctagcccagatggagggggatgtccactcctgctctctg
ccttccatggctgggagatgaagataccctacctagtccctttcccttgt
ccagctcagctctgaggtaactctccctagggataattccggggagcaac
agctaggagtcccataacagcctcatcagggacagatacgtccagaataa
atcatgaagaaagacactgctagagtggctatgtctctgctgagctgcca
catggtacctactttttatgttctagccttgagtgagggtcatatctggg
gatgtatacaaaggtcagagagtggc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_94878140_94879039
seq2: B6Ng01-033C11.b_34_927 (reverse)

seq1  GGGTGTCTGATTGCTATGCCACCTGTCATACCGTATATGTCAGACCACTG  50
      |||||| |||||||||| || |||||||| |||||| ||||||||| |||
seq2  GGGTGTATGATTGCTAT-CCCCCTGTCAT-CCGTAT-TGTCAGACCCCTG  47

seq1  CCCAAGCCCACCTGGCTGGGGTTTGATGGGCTCGGGTACCCTCCTGGGCC  100
      |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| ||||
seq2  CCCAAGCCCACCTGGCTGGGGTTTGAAGGGCTCGGGTA-CCTCCT-GGCC  95

seq1  TCATTGTAGAGAGTGGACAAGGAAGGGTAGCTTTGGAGACATTCCTGACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTGTAGAGAGTGGACAAGGAAGGGTAGCTTTGGAGACATTCCTGACA  145

seq1  ATTGCAGTGGCAGGAACCTCTGAGTCCATCCAGGTCCTGGAGGTACCTCT  200
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGCAGTGGCAGGAACCT-TGAGTCCATCCAGGTCCTGGAGGTACCTCT  194

seq1  GAGAACCCAGATCTCAGACACGAGCCTGGGTTTGGCCCTTAGGATGATGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAACCCAGATCTCAGACACGAGCCTGGGTTTGGCCCTTAGGATGATGT  244

seq1  GGGCCTAGTGGTGGTACCTCAGAAGTTTCCACAGCTTTCCAGAGACCATC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCCTAGTGGTGGTACCTCAGAAGTTTCCACAGCTTTCCAGAGACCATC  294

seq1  TCAGGCTATACCCTCTGTTGTCTTCCAGACCAGGCAGCATGAGTGCTGGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGCTATACCCTCTGTTGTCTTCCAGACCAGGCAGCATGAGTGCTGGC  344

seq1  TACATCTGTCAATCAAATATAGGTGTCTTCTTGCAGCCAGGTTGGGGGCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATCTGTCAATCAAATATAGGTGTCTTCTTGCAGCCAGGTTGGGGGCA  394

seq1  GAAAGTTATAAGGCCCATGGGATCCTTAGGCCAATAGGTAGAGCTGCGTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGTTATAAGGCCCATGGGATCCTTAGGCCAATAGGTAGAGCTGCGTC  444

seq1  TGAGGTCTCCCTGCTGAGGCCTCCCACTGTATGCTGGGTAAGGCTGGTGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGTCTCCCTGCTGAGGCCTCCCACTGTATGCTGGGTAAGGCTGGTGG  494

seq1  GCATTCATCTCTGCCTAGGACTTGAGCTTTAGAGAGCTGGAGAGCGCCTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTCATCTCTGCCTAGGACTTGAGCTTTAGAGAGCTGGAGAGCGCCTG  544

seq1  TAGACACTCCTACTACTGCCATCTCCCCTGCAACAGGCTGGTCCAAGGAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGACACTCCTACTACTGCCATCTCCCCTGCAACAGGCTGGTCCAAGGAG  594

seq1  ACTGACTAAGGAGATGGGCGGGGTCGTTCTGTCTCTAGCTTCGGAATGGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGACTAAGGAGATGGGCGGGGTCGTTCTGTCTCTAGCTTCGGAATGGT  644

seq1  CTGCCACATTAAGTCTTCCCATCATCTCTGGAGGCTTTGGATATCCCTAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCACATTAAGTCTTCCCATCATCTCTGGAGGCTTTGGATATCCCTAA  694

seq1  CTGTCCAGTGAGCAGAGGTTAGGCCCTGAGGGTTTTTTGTTTGTTTGTTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCCAGTGAGCAGAGGTTAGGCCCTGAGGGTTTTTTGTTTGTTTGTTT  744

seq1  TTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTTG  794

seq1  TTTTTTTGGTTTTTTTTTTTGTTTTTTTTTTTTTTTACAGTTTCTGTGGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTTGGTTTTTTTTTTTGTTTTTTTTTTTTTTTACAGTTTCTGTGGT  844

seq1  TTCTTTGGGAAGGGGAGTTTCAGGTGTGAGGCATGCCTGCTCCAGAATTC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTGGGAAGGGGAGTTTCAGGTGTGAGGCATGCCTGCTCCAGAATTC  894

seq1: chr1_94721769_94722595
seq2: B6Ng01-033C11.g_69_894

seq1  GAATTCTCTCCCACCTCCAGCTGCATCTTGTTGGATGAGACCAGTCTCCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTCCCACCTCCAGCTGCATCTTGTTGGATGAGACCAGTCTCCC  50

seq1  TGACACATCCAGGATCCTGGAATATCCTTGTATTGCCCACCCCAAGTCCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACACATCCAGGATCCTGGAATATCCTTGTATTGCCCACCCCAAGTCCC  100

seq1  TCCGCATGGCTACCCTCTCATCCCCTTTCCTGAAGCACTCACAGAAATTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCGCATGGCTACCCTCTCATCCCCTTTCCTGAAGCACTCACAGAAATTG  150

seq1  TAGACCCTGTTGTCTCTCCTCCAGTCATCAAGAAGCTGTGCACCCCACCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGACCCTGTTGTCTCTCCTCCAGTCATCAAGAAGCTGTGCACCCCACCT  200

seq1  GTTCAGGTCCACTGCTCTTGTTTCTTGCCCTCTAGAGACCACCTGGCAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCAGGTCCACTGCTCTTGTTTCTTGCCCTCTAGAGACCACCTGGCAAA  250

seq1  GGTGCCCTTATAGAGAGGAATACATATGACATAGGGCTGTAGCTCACCTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGCCCTTATAGAGAGGAATACATATGACATAGGGCTGTAGCTCACCTA  300

seq1  CTAAGGCTGTACAACTTGCTCTCCAGACCCGTGTGGTGCCTCCCCTTATA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGGCTGTACAACTTGCTCTCCAGACCCGTGTGGTGCCTCCCCTTATA  350

seq1  ACAAGACTCTACCTTATGGGCCTGTCTCTTCCTGCCTTAGGCCAGTGCCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGACTCTACCTTATGGGCCTGTCTCTTCCTGCCTTAGGCCAGTGCCT  400

seq1  ATAGTGCAGACCTGAGTCCTGATCCAGTGCAAGCCTGGGTCCTCCTCAGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTGCAGACCTGAGTCCTGATCCAGTGCAAGCCTGGGTCCTCCTCAGC  450

seq1  CTGTGTGCTGCCAGCAAGAGTTTCAGAGGCCACTGACACCTCCCAAGCAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGTGCTGCCAGCAAGAGTTTCAGAGGCCACTGACACCTCCCAAGCAG  500

seq1  GCCTGGGACTCCTAGCCCAGATGGAGGGGGATGTCCACTCCTGCTCTCTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGGGACTCCTAGCCCAGATGGAGGGGGATGTCCACTCCTGCTCTCTG  550

seq1  CCTTCCATGGCTGGGAGATGAAGATACCCTACCTAGTCCCTTTCCCTTGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCCATGGCTGGGAGATGAAGATACCCTACCTAGTCCCTTTCCCTTGT  600

seq1  CCAGCTCAGCTCTGAGGTAACTCTCCCTAGGGATAATTCCGGGGAGCAAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCTCAGCTCTGAGGTAACTCTCCCTAGGGATAATTCCGGGGAGCAAC  650

seq1  AGCTAGGAGTCCCATAACAGCCTCACCAGGGACAGATACGTCCAGAAT-A  699
      ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |
seq2  AGCTAGGAGTCCCATAACAGCCTCATCAGGGACAGATACGTCCAGAATAA  700

seq1  ATCATGAAGAAAGACACTGCTCAGAGTGGCTATGTCTCTGCTGAGCTGCC  749
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATGAAGAAAGACACTGCT-AGAGTGGCTATGTCTCTGCTGAGCTGCC  749

seq1  ACATGGCACCTACTTTTTAGTGTTCTAGCCCTGAGTGA-GGTCATTATCT  798
      |||||| |||||||||||| |||||||||| ||||||| ||||| |||||
seq2  ACATGGTACCTACTTTTTA-TGTTCTAGCCTTGAGTGAGGGTCA-TATCT  797

seq1  GTGGATGTATACAAAGGTCAGAGAGTGGC  827
      | |||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGATGTATACAAAGGTCAGAGAGTGGC  826