BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-052J13
Chromosome1 (Build37)
Map Location 43,412,011 - 43,565,523
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100041644, Nck2
Upstream gene2610017I09Rik, Pou3f3, Mrps9, Gpr45, LOC100041588, Tgfbrap1, AI597479, Fhl2, EG666642, EG666644
Downstream gene1500015O10Rik, Uxs1, LOC666676, LOC100042303, EG666690, Tpp2, A530098C11Rik, EG666713, 1700029F09Rik, Kdelc1, Bivm, Ercc5, 4832428D23Rik, LOC435619, Txn-ps1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-052J13.bB6Ng01-052J13.g
ACCDH875903DH875904
length926953
definitionDH875903|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-052J13, 5' end.DH875904|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-052J13, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(43,412,011 - 43,412,934)(43,564,571 - 43,565,523)
sequence
gaattcttgaaggaagaaaatgaagacttgcatggaaattaagcccagtg
cttatggagagattgctagctctatttctctactaatttattttttcaaa
tgtaatacattacaaataaacactgaagcttttaaaggttcagctgccaa
aatctattaaaggaggatgttaggataaagtcttacaaaatacaacgatg
gtgagtaataaacaaatgtggtttgtaaaagaagtgtctgtatagaacac
ctagagaagtcactgcatttatttttaaatgagaattaaaactagaatgt
actgtgtaatgaaaatagacaaatgatgaataaataagactcagtgctat
aaagggtaatgtgaatcactctcaccaactcttaaaatgagactgctcag
gcaattaaaagctttaaaagaaattggcccatatgtgtcaagagccctaa
aaacaattaatgcctttaaaaccaatgatcccacttctactaatttatct
taaataagtaatcatgtacttaggttgggagtgtgtagatcagtagtatg
actttcgtctatcatgcactaggctatgggtttcattctttagattaccc
ttctaaaaattatagctggttttggtcatgtgaccaggattagggagata
gatcagtaatagagtgcttacctagcatgtctgatatgtcatatatatga
tgtctgtgcactgttttgtgtcaccagtgcccatggagaccagaagaagg
aattggatcttctggattggaaactatagccagtttattacatgccaagg
tgctggaaattaaacctacatcctgtggaagagcagcaagtgctcttatt
ggctgaatcatctctccatcaccaagaggctgagtttttggcttgatggg
tcccattatacacatgtggatctctt
gaattcctctttatgcattctctatctcaagagtcagatggttttaacag
tatgatttactgtaaggaaaaacccataagcaactacgatgagaatattt
aatgtctttctttctgtaggtgtttactataagatgaaatgaagagctgg
tatctggattcaagttcttatttctcctgttaaaaccacatgtgacttgg
ccatggccctaccgaccacctctatatttctaagtttcagatctattctg
gaagaaaattagatttttaaaaaatattttaattgatagggaacttgtct
gaagtcaggctttctaaagaatacttgtgcagctgttggatctagcaatc
ttccaggacagacatgaattttacaaagcattaattcccttggggagtgt
gtaggtcagctttctactgctatgacaaaatacctaaggaaaataattga
cttcgatagaggaaagatttattatggctcagggttttagagcatttagt
ccatagcaggctggctccattgtttgggggcctagggcaagacagaagga
atacatgatataacaacgttgctaacctcacatggaatagaaagtaaaga
aaggagaatgtggcctgggttctaatagtcctttcaagggctcaggcaaa
aggacctaacttccttcttggaaaccagtgtttctcaacctccctaatgc
tgtggccctttaaaacagttcctcattgttgtagtaaccccaaccactaa
atcatcctttgttgctactttcctaagtgcaattttgctactgttatgaa
ttttaaatatctgtgtcccccaccactgccatatcacaaacatgcttaaa
cacatgcaacagcagacacccccatatgcactgtcatccagcctcaacac
tacaggcacctctccaggtgagtgaagcaagcgtatatacaaccttatgg
cgc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_43412011_43412934
seq2: B6Ng01-052J13.b_45_970

seq1  GAATTCTTGAAGGAAGAAAATGAAGACTTGCATGGAAATTAAGCCCAGTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTGAAGGAAGAAAATGAAGACTTGCATGGAAATTAAGCCCAGTG  50

seq1  CTTATGGAGAGATTGCTAGCTCTATTTCTCTACTAATTTATTTTTTCAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATGGAGAGATTGCTAGCTCTATTTCTCTACTAATTTATTTTTTCAAA  100

seq1  TGTAATACATTACAAATAAACACTGAAGCTTTTAAAGGTTCAGCTGCCAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAATACATTACAAATAAACACTGAAGCTTTTAAAGGTTCAGCTGCCAA  150

seq1  AATCTATTAAAGGAGGATGTTAGGATAAAGTCTTACAAAATACAACGATG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTATTAAAGGAGGATGTTAGGATAAAGTCTTACAAAATACAACGATG  200

seq1  GTGAGTAATAAACAAATGTGGTTTGTAAAAGAAGTGTCTGTATAGAACAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGTAATAAACAAATGTGGTTTGTAAAAGAAGTGTCTGTATAGAACAC  250

seq1  CTAGAGAAGTCACTGCATTTATTTTTAAATGAGAATTAAAACTAGAATGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGAGAAGTCACTGCATTTATTTTTAAATGAGAATTAAAACTAGAATGT  300

seq1  ACTGTGTAATGAAAATAGACAAATGATGAATAAATAAGACTCAGTGCTAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTGTAATGAAAATAGACAAATGATGAATAAATAAGACTCAGTGCTAT  350

seq1  AAAGGGTAATGTGAATCACTCTCACCAACTCTTAAAATGAGACTGCTCAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGGTAATGTGAATCACTCTCACCAACTCTTAAAATGAGACTGCTCAG  400

seq1  GCAATTAAAAGCTTTAAAAGAAATTGGCCCATATGTGTCAAGAGCCCTAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAATTAAAAGCTTTAAAAGAAATTGGCCCATATGTGTCAAGAGCCCTAA  450

seq1  AAACAATTAATGCCTTTAAAACCAATGATCCCACTTCTACTAATTTATCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAATTAATGCCTTTAAAACCAATGATCCCACTTCTACTAATTTATCT  500

seq1  TAAATAAGTAATCATGTACTTAGGTTGGGAGTGTGTAGATCAGTAGTATG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATAAGTAATCATGTACTTAGGTTGGGAGTGTGTAGATCAGTAGTATG  550

seq1  ACTTTCGTCTATCATGCACTAGGCTATGGGTTTCATTCTTTAGATTACCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTCGTCTATCATGCACTAGGCTATGGGTTTCATTCTTTAGATTACCC  600

seq1  TTCTAAAAATTATAGCTGGTTTTGGTCATGTGACCAGGATTAGGGAGATA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTAAAAATTATAGCTGGTTTTGGTCATGTGACCAGGATTAGGGAGATA  650

seq1  GATCAGTAATAGAGTGCTTACCTAGCATGTCTGATATGTCATATATATGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCAGTAATAGAGTGCTTACCTAGCATGTCTGATATGTCATATATATGA  700

seq1  TGTCTGTGCACTG-TTTGTGTCACCAGTGCCCATGGAGACCAGAAGAAGG  749
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTGTGCACTGTTTTGTGTCACCAGTGCCCATGGAGACCAGAAGAAGG  750

seq1  AATTGGATCTTCTGGAATTGGAAACTATAGCCAG-TTATTACATGCCAAG  798
      ||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  AATTGGATCTTCTGG-ATTGGAAACTATAGCCAGTTTATTACATGCCAAG  799

seq1  GTGCTGGAAATTAAACCTACATCCTGTGGAAGAGCAGCAAGTGCTCTTAA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  GTGCTGGAAATTAAACCTACATCCTGTGGAAGAGCAGCAAGTGCTCTTAT  849

seq1  TGGCTGAATCATCTCTCCATCCACCAAGA-GCTGAGTTTTTGGCTTGAT-  896
      |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| 
seq2  TGGCTGAATCATCTCTCCAT-CACCAAGAGGCTGAGTTTTTGGCTTGATG  898

seq1  GGTCCCATTATACACATGTGTATCTCTT  924
      |||||||||||||||||||| |||||||
seq2  GGTCCCATTATACACATGTGGATCTCTT  926

seq1: chr1_43564571_43565523
seq2: B6Ng01-052J13.g_68_1020 (reverse)

seq1  GCGCCAATTAGGTTGTATATACGCTTTGCTTACACTCACCTGGAGAGGTG  50
      ||||| || ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||
seq2  GCGCC-ATAAGGTTGTATATACGC-TTGCTT-CACTCACCTGGAGAGGTG  47

seq1  CCTGTAGTTGTTGAGGCTGGATGACAGTGCATATGGGGGTGTCTGCTGTT  100
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTAG-TGTTGAGGCTGGATGACAGTGCATATGGGGGTGTCTGCTGTT  96

seq1  GCATGTGTTTAAGCATGGTTGTGATATGGCAGTGGTGGGGGACACAGATA  150
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGTGTTTAAGCATGTTTGTGATATGGCAGTGGTGGGGGACACAGATA  146

seq1  CTTAAAATTCATAACAGTAGCAAAATTGCACTTAGG-AAGTAGCAACAAA  199
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  TTTAAAATTCATAACAGTAGCAAAATTGCACTTAGGAAAGTAGCAACAAA  196

seq1  -GATGATTTAGTGGTTGGGGTTACTACAAC-ATGAGGAACTGTTTTAAAG  247
       ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  GGATGATTTAGTGGTTGGGGTTACTACAACAATGAGGAACTGTTTTAAAG  246

seq1  GGCCACAGCATTAGGGAGGTTGAGAAACACTGGTTTCCAAGAAGGAAGTT  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCACAGCATTAGGGAGGTTGAGAAACACTGGTTTCCAAGAAGGAAGTT  296

seq1  AGGTCCTTTTGCCTGAGCCCTTG-AAGGACTATTAGAACCCAGGCCACAT  346
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTCCTTTTGCCTGAGCCCTTGAAAGGACTATTAGAACCCAGGCCACAT  346

seq1  TCTCCTTTCTTTACTTTCTATTCCATGTGAGGTTAGCAACGTTGTTATAT  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCTTTCTTTACTTTCTATTCCATGTGAGGTTAGCAACGTTGTTATAT  396

seq1  CATGTATTCCTTCTGTCTTGCCCTAGGCCCCCAAACAATGGAGCCAGCCT  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTATTCCTTCTGTCTTGCCCTAGGCCCCCAAACAATGGAGCCAGCCT  446

seq1  GCTATGGACTAAATGCTCTAAAACCCTGAGCCATAATAAATCTTTCCTCT  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTATGGACTAAATGCTCTAAAACCCTGAGCCATAATAAATCTTTCCTCT  496

seq1  ATCGAAGTCAATTATTTTCCTTAGGTATTTTGTCATAGCAGTAGAAAGCT  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCGAAGTCAATTATTTTCCTTAGGTATTTTGTCATAGCAGTAGAAAGCT  546

seq1  GACCTACACACTCCCCAAGGGAATTAATGCTTTGTAAAATTCATGTCTGT  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCTACACACTCCCCAAGGGAATTAATGCTTTGTAAAATTCATGTCTGT  596

seq1  CCTGGAAGATTGCTAGATCCAACAGCTGCACAAGTATTCTTTAGAAAGCC  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGAAGATTGCTAGATCCAACAGCTGCACAAGTATTCTTTAGAAAGCC  646

seq1  TGACTTCAGACAAGTTCCCTATCAATTAAAATATTTTTTAAAAATCTAAT  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTTCAGACAAGTTCCCTATCAATTAAAATATTTTTTAAAAATCTAAT  696

seq1  TTTCTTCCAGAATAGATCTGAAACTTAGAAATATAGAGGTGGTCGGTAGG  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTCCAGAATAGATCTGAAACTTAGAAATATAGAGGTGGTCGGTAGG  746

seq1  GCCATGGCCAAGTCACATGTGGTTTTAACAGGAGAAATAAGAACTTGAAT  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATGGCCAAGTCACATGTGGTTTTAACAGGAGAAATAAGAACTTGAAT  796

seq1  CCAGATACCAGCTCTTCATTTCATCTTATAGTAAACACCTACAGAAAGAA  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGATACCAGCTCTTCATTTCATCTTATAGTAAACACCTACAGAAAGAA  846

seq1  AGACATTAAATATTCTCATCGTAGTTGCTTATGGGTTTTTCCTTACAGTA  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACATTAAATATTCTCATCGTAGTTGCTTATGGGTTTTTCCTTACAGTA  896

seq1  AATCATACTGTTAAAACCATCTGACTCTTGAGATAGAGAATGCATAAAGA  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCATACTGTTAAAACCATCTGACTCTTGAGATAGAGAATGCATAAAGA  946

seq1  GGAATTC  953
      |||||||
seq2  GGAATTC  953