BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-054O12
Chromosome1 (Build37)
Map Location 92,648,036 - 92,794,369
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCol6a3
Upstream geneCentg2, Gbx2, Asb18, Iqca, Cxcr7, Cops8
Downstream geneMlph, Prlh, Rab17, Lrrfip1, Gm817, LOC665766, Ramp1, Ube2f, LOC665783, Scly, Espnl, Klhl30, BC056923, Ilkap, 1700020N18Rik, Hes6, Per2, Traf3ip1, Asb1, Twist2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-054O12.bB6Ng01-054O12.g
ACCDH877520DH877521
length9841,115
definitionDH877520|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-054O12, 5' end.DH877521|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-054O12, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(92,793,383 - 92,794,369)(92,648,036 - 92,649,172)
sequence
gaattctctcctctgtgcataaaagtagaggcaacaggcaatgccagtca
agctctgttcttgggcactatatactccagcgcttaataacatcaagggc
aatagcacaagtagggactatttgcgggagaggtgagcaaggctcagaga
cggtgagtgtctgatcagagagtgacatagccttggctttcatagtcagc
ttaggacacctctctctacttacctgctccagggaacctgtcccaagttc
tatttactgaggtgggtggtacagaggaacaagagagaatctcttgtttt
attcatgagcattaatttctcactgaagcaatgattcatatgatgtagaa
ggactgggaagagtgaagcaatgatgtctttagttccttgcatagtggag
aaagctctcagtgggttaagtttaccgccagtgagcagtttctacgggaa
attccgtcccaaactccaaacaattaccttggaaacagccctggaatgga
gcctgtgtgtaaatcagagcatgtgtgactgtgaaatttggtcgttgtgg
acacacctccaatggggctgctttccctcactcttgctttctctcacctt
tctctgcattgtgctgtgcaaagaccctcggcttcctgttctagtaagct
ggccaactccctcccctagtcttgcacacatttctgtaactaccccccag
aggcttccttcatcaagtaaggaaaaccgaattctgttttcctaagtgac
gggatgtgtttatccagggactccaagcgggctccagtgcctggccagat
ggttccagatacgctcagcagaacgcaaggcgcaagccccagggctctcc
acaaccatgtgactcacagaaggccggtgccaaagacgtgcactgagtgt
cctgcccatgctgggctgcacatagggtacacacaggcttctgctccttg
gctgcttagtgtgctggggcgggggaaggggagg
gaattcctcgctgtgcttctctccatctgtctgcctcccacccatttctc
tccatcccctctctacatgtatagccttgacagttagtctgaatctctca
gaacttgattcctccatctgtgcagtgggcttattgtgccctccctgcct
ctttaatgaagccttcatcatcactgtatcatcttccctttgtgccctct
tcatgggcctgctgggaagtaaaaggaaataatgtacgtgaaattgccaa
cccagtgccaaggctagacagcagggtttctatggcaaacacagcaacaa
atactttcctagaaatgaatcatggctaattcatacaagtttccacaatg
gcggtggatgcttttgatctcaagcttagccttcgtccttatggtgtcag
agcagtctctaggtcacgaagtccacgcatctggactacagttggctgat
atgcaattgctgtggaataataaatggaagttgtccagattttcagaaat
aacattctccacactaaaacatatcatttaaaagtagagaccagcagaac
ggctcggcaagttgggcttaatgacttgagtttaatctccaggacccaca
aggtagaaggaaagaattgatgcctgaaaattgtctagtggcatgtgcgc
tccatcaaacacatctgtgcttgggtaaacacacacacacactcacatgc
acactcacacacatgcatgcaatacacatacacatgttcacacacacaca
aagagagaaagagagattggtaaaacattttactctttttaaaagtatgt
atgagtgtatgcctgcatacatgtatgcacaccacatatatgcagtgtcc
aaagaggtcagaagagcaattgggatctcctgaaactgtagtttcagttt
tgtgctactatgtgggtttggggatctaatccaaggccatctgcaagagc
aggggtgctctaacactgagcatctctcagcttcaagagacaccactcac
tcttttctctcttaatttagaagtatatatttatgctatgtgtctgtgct
taccgtactctgtgccacttcatgcctgaaatcgtgggaacagaagagca
tggaccttggaatca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_92793383_92794369
seq2: B6Ng01-054O12.b_44_1027 (reverse)

seq1  CCTCCCCTTCCCCCGCCCCAGCACCACCTAAGGCAGCCAAGGAGCAGAAG  50
      ||||||||||||||||||||||||   |||| ||||||||||||||||||
seq2  CCTCCCCTTCCCCCGCCCCAGCAC--ACTAA-GCAGCCAAGGAGCAGAAG  47

seq1  CCTGTGTGTACCCTATGTGCAGCCCAGCATGGGCAGGACACTCAGTGCAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTGTGTACCCTATGTGCAGCCCAGCATGGGCAGGACACTCAGTGCAC  97

seq1  GTCTTTGGCACCGGCCTTCTGTGAGTCACATGGTTGTGGAGAGCCCTGGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTTGGCACCGGCCTTCTGTGAGTCACATGGTTGTGGAGAGCCCTGGG  147

seq1  GCCTGCGCCTTGCGTTCTGCTGAGCGTATCTGGAACCATCTGGCCAGGCA  200
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGCGCCTTGCGTTCTGCTGAGCGTATCTGGAACCATCTGGCCAGGCA  197

seq1  CTGGAGCCCGCTTGGAGTCCCTGGATAAACACATCCCGTCACTTAGGAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGAGCCCGCTTGGAGTCCCTGGATAAACACATCCCGTCACTTAGGAAA  247

seq1  ACAGAATTCGGTTTTCCTTACTTGATGAAGGAAGCCTCTGGGGGGTAGTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAATTCGGTTTTCCTTACTTGATGAAGGAAGCCTCTGGGGGGTAGTT  297

seq1  ACAGAAATGTGTGCAAGACTAGGGGAGGGAGTTGGCCAGCTTACTAGAAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAAATGTGTGCAAGACTAGGGGAGGGAGTTGGCCAGCTTACTAGAAC  347

seq1  AGGAAGCCGAGGGTCTTTGCACAGCACAATGCAGAGAAAGGTGAGAGAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAGCCGAGGGTCTTTGCACAGCACAATGCAGAGAAAGGTGAGAGAAA  397

seq1  GCAAGAGTGAGGGAAAGCAGCCCCATTGGAGGTGTGTCCACAACGACCAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGAGTGAGGGAAAGCAGCCCCATTGGAGGTGTGTCCACAACGACCAA  447

seq1  ATTTCACAGTCACACATGCTCTGATTTACACACAGGCTCCATTCCAGGGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCACAGTCACACATGCTCTGATTTACACACAGGCTCCATTCCAGGGC  497

seq1  TGTTTCCAAGGTAATTGTTTGGAGTTTGGGACGGAATTTCCCGTAGAAAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTCCAAGGTAATTGTTTGGAGTTTGGGACGGAATTTCCCGTAGAAAC  547

seq1  TGCTCACTGGCGGTAAACTTAACCCACTGAGAGCTTTCTCCACTATGCAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCACTGGCGGTAAACTTAACCCACTGAGAGCTTTCTCCACTATGCAA  597

seq1  GGAACTAAAGACATCATTGCTTCACTCTTCCCAGTCCTTCTACATCATAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACTAAAGACATCATTGCTTCACTCTTCCCAGTCCTTCTACATCATAT  647

seq1  GAATCATTGCTTCAGTGAGAAATTAATGCTCATGAATAAAACAAGAGATT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATCATTGCTTCAGTGAGAAATTAATGCTCATGAATAAAACAAGAGATT  697

seq1  CTCTCTTGTTCCTCTGTACCACCCACCTCAGTAAATAGAACTTGGGACAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCTTGTTCCTCTGTACCACCCACCTCAGTAAATAGAACTTGGGACAG  747

seq1  GTTCCCTGGAGCAGGTAAGTAGAGAGAGGTGTCCTAAGCTGACTATGAAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCCCTGGAGCAGGTAAGTAGAGAGAGGTGTCCTAAGCTGACTATGAAA  797

seq1  GCCAAGGCTATGTCACTCTCTGATCAGACACTCACCGTCTCTGAGCCTTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAAGGCTATGTCACTCTCTGATCAGACACTCACCGTCTCTGAGCCTTG  847

seq1  CTCACCTCTCCCGCAAATAGTCCCTACTTGTGCTATTGCCCTTGATGTTA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACCTCTCCCGCAAATAGTCCCTACTTGTGCTATTGCCCTTGATGTTA  897

seq1  TTAAGCGCTGGAGTATATAGTGCCCAAGAACAGAGCTTGACTGGCATTGC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGCGCTGGAGTATATAGTGCCCAAGAACAGAGCTTGACTGGCATTGC  947

seq1  CTGTTGCCTCTACTTTTATGCACAGAGGAGAGAATTC  987
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTGCCTCTACTTTTATGCACAGAGGAGAGAATTC  984

seq1: chr1_92648036_92649172
seq2: B6Ng01-054O12.g_67_1181

seq1  GAATTCCTCGCTGTGCTTCTCTCCATCTGTCTGCCTCCCACCCATTTCTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTCGCTGTGCTTCTCTCCATCTGTCTGCCTCCCACCCATTTCTC  50

seq1  TCCATCCCCTCTCTACATGTATAGCCTTGACAGTTAGTCTGAATCTCTCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATCCCCTCTCTACATGTATAGCCTTGACAGTTAGTCTGAATCTCTCA  100

seq1  GAACTTGATTCCTCCATCTGTGCAGTGGGCTTATTGTGCCCTCCCTGCCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTTGATTCCTCCATCTGTGCAGTGGGCTTATTGTGCCCTCCCTGCCT  150

seq1  CTTTAATGAAGCCTTCATCATCACTGTATCATCTTCCCTTTGTGCCCTCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTAATGAAGCCTTCATCATCACTGTATCATCTTCCCTTTGTGCCCTCT  200

seq1  TCATGGGCCTGCTGGGAAGTAAAAGGAAATAATGTACGTGAAATTGCCAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGGGCCTGCTGGGAAGTAAAAGGAAATAATGTACGTGAAATTGCCAA  250

seq1  CCCAGTGCCAAGGCTAGACAGCAGGGTTTCTATGGCAAACACAGCAACAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGTGCCAAGGCTAGACAGCAGGGTTTCTATGGCAAACACAGCAACAA  300

seq1  ATACTTTCCTAGAAATGAATCATGGCTAATTCATACAAGTTTCCACAATG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTTTCCTAGAAATGAATCATGGCTAATTCATACAAGTTTCCACAATG  350

seq1  GCGGTGGATGCTTTTGATCTCAAGCTTAGCCTTCGTCCTTATGGTGTCAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGGTGGATGCTTTTGATCTCAAGCTTAGCCTTCGTCCTTATGGTGTCAG  400

seq1  AGCAGTCTCTAGGTCACGAAGTCCACGCATCTGGACTACAGTTGGCTGAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGTCTCTAGGTCACGAAGTCCACGCATCTGGACTACAGTTGGCTGAT  450

seq1  ATGCAATTGCTGTGGAATAATAAATGGAAGTTGTCCAGATTTTCAGAAAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCAATTGCTGTGGAATAATAAATGGAAGTTGTCCAGATTTTCAGAAAT  500

seq1  AACATTCTCCACACTAAAACATATCATTTAAAAGTAGAGACCAGCAGAAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATTCTCCACACTAAAACATATCATTTAAAAGTAGAGACCAGCAGAAC  550

seq1  GGCTCGGCAAGTTGGGCTTAATGACTTGAGTTTAATCTCCAGGACCCACA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCGGCAAGTTGGGCTTAATGACTTGAGTTTAATCTCCAGGACCCACA  600

seq1  AGGTAGAAGGAAAGAATTGATGCCTGAAAATTGTCTAGTGGCATGTGCGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTAGAAGGAAAGAATTGATGCCTGAAAATTGTCTAGTGGCATGTGCGC  650

seq1  TCCATCAAACACATCTGTGCTTGGGTAAACACACACACACACTCACATGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATCAAACACATCTGTGCTTGGGTAAACACACACACACACTCACATGC  700

seq1  ACACTCACACACATGCATGCAATACACATACACATGTTCACACACACACA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTCACACACATGCATGCAATACACATACACATGTTCACACACACACA  750

seq1  AAGAGAGAAAGAGAGATTGGTAAAACATTTTACTCTTTTTAAAAAGTATG  800
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  AAGAGAGAAAGAGAGATTGGTAAAACATTTTACTCTTTTT-AAAAGTATG  799

seq1  TATGAGTGTATGCCTGCATACATGTATGCACACCACATATATGCAGTGTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGAGTGTATGCCTGCATACATGTATGCACACCACATATATGCAGTGTC  849

seq1  CAAAGAGGTCAGAAGAGCAATT-GGATCTCCTGAAACTGTAGTTTCAGTT  899
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGAGGTCAGAAGAGCAATTGGGATCTCCTGAAACTGTAGTTTCAGTT  899

seq1  TTGTGCTACTATGTGGGTTTGGGGATCTAATCCCAGGCCATCTGCAAGAG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  TTGTGCTACTATGTGGGTTTGGGGATCTAATCCAAGGCCATCTGCAAGAG  949

seq1  CAGGGGGTGCTCTTAACCACTGAGCCATCTCTCCAGCTCCAAGAGACACC  999
      || ||||||||||  | ||||||| ||||||| ||||| |||||||||||
seq2  CA-GGGGTGCTCT--AACACTGAG-CATCTCT-CAGCTTCAAGAGACACC  994

seq1  ACTCACTC-TTTCTCTACTTAATTTTAGAATTATTAATATTTTATGCATA  1048
      |||||||| ||||||| ||||| ||||||| |||  ||| ||||||| ||
seq2  ACTCACTCTTTTCTCT-CTTAA-TTTAGAAGTAT--ATA-TTTATGC-TA  1038

seq1  TGTGTCTGTGCCTACACGTATCTCTGTGCCACACTTCCATGCCTGACATC  1098
      ||||||||||| ||| |||| |||||||||||   | ||||||||| |||
seq2  TGTGTCTGTGCTTAC-CGTA-CTCTGTGCCAC---TTCATGCCTGAAATC  1083

seq1  TGTGGAGACCAGAAGAGGGCATTGGCTCTTTTGGAATCA  1137
       |||| || |||||||  |||| | |    |||||||||
seq2  -GTGG-GAACAGAAGA--GCATGGAC---CTTGGAATCA  1115