BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-060I06
Chromosome1 (Build37)
Map Location 97,285,521 - 97,351,060
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC666025, LOC100040685, LOC383603, Tmem157
Downstream geneLOC100041686, Rnu7-ps2, St8sia4
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-060I06.bB6Ng01-060I06.g
ACCDH881469DH881470
length963701
definitionDH881469|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-060I06, 5' end.DH881470|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-060I06, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(97,350,099 - 97,351,060)(97,285,521 - 97,286,219)
sequence
gaattccatttgggatttcttgtttctggctccggctctttgaatgcatt
ccagaaaaatcctctttaacttgtatacagaagcttgaaacaagaacaga
ggtttaaatatagaaaacaatagccctttggatttggtttcctgaattct
tttaatagtttcaagtgaaagaagatcttgacagcagggttcccaataca
atggtgtttggccaaacaaaatgaacatataaatcacaaatttataatcg
cagaaatgctattgatttggataaactatggcttttaaacttaatttttg
ttcacaatatatgagttagcaaatagcaaatctaaagatatttacaagct
aaataattgttctgatcttccaggatggttatcaatacccaccatcaatt
tgtttaggaatagaaaaataatctttaaaaattaccttgacaaataaaac
ttctgttctgacaagttatctagatctgtaattgacataatggcaggagt
ggataaccacagagaacctggaactgccacaggggtaatgacattgtcat
gggatgagaattcatcctccaagttgtatgtcattctcaaaattatgtct
caccaccaggccaaattaagagattgttaagaactaagtatgtcaaagca
aggcaaaagaaatctatgcattcattttttgcaaatgttattgctactac
acgtaagcatgcataagatatatccttaaggttatatactaataaatgta
tatgttatcaaagtgattcatattgtaataaaacagaaaaacaagatttg
cgacatctgctttttacagctctagactttaaaaagcaaaacctgtcttc
gcagctggaatctgcaatcaggacacttggaaaccttaagcaggaggtca
ctgcaagtgtcagctcagcagagcattgtagagagattgagatggggagg
gtggagttgtatg
gaattccaataaaaaaaaacaaatcaacaacatggtttgatacaattgga
cttcaaggtagatttttaaaatgagtttgatgttgaagatttgattgaac
caacgcacttgaccaaaatgtgaatctgtgatttctttgcttgattatgc
agactgtactaattttaattgcttccacgatatactggccttaggtgaca
ttcagagctgtcacaccatttccttacataatataccaatgtcatatgct
acaattatgttataaaattattatcactactctcatatgctaaattagtt
ttatatttttctgtttgtttgtgcatatgtatgtgtaagcataagtgcca
cagcacacacttggaagtcagttctttctttgcatcatgtgagctttggg
gactcaagtcaggtcatcaaaattatcagcaagtgcctttactcacagaa
ttatctccttaggtgctaggctcatacttgtaacatatgatagaaatact
gtctctatacattatctaactgtatgtatgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtg
tatgtgtgaaactatcttcttttaaaatccttagaatgtggtgttctcct
gacagtctctttgccttattcctcattaaatatatgttgatgctgaaaaa
gaacagtaacaatttttcgagaaataaatcaaaagcttcaaagagttttt
g
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_97350099_97351060
seq2: B6Ng01-060I06.b_43_1005 (reverse)

seq1  CATAC-ACTCCACCCTCCCCATCTCAATCTCTCTACAATGCTCTGCTGGG  49
      ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  CATACAACTCCACCCTCCCCATCTCAATCTCTCTACAATGCTCTGCTGAG  50

seq1  CTGACACTTGCAGTGACCTCCTGCTTAAGGTTTCCAAGTGTCCTGATTGC  99
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACACTTGCAGTGACCTCCTGCTTAAGGTTTCCAAGTGTCCTGATTGC  100

seq1  AGATTCCAGCTGCGAAGACAGGTTTTGCTTTTTAAAGTCTAGAGCTGTAA  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTCCAGCTGCGAAGACAGGTTTTGCTTTTTAAAGTCTAGAGCTGTAA  150

seq1  AAAGCAGATGTCGCAAATCTTGTTTTTCTGTTTTATTACAATATGAATCA  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCAGATGTCGCAAATCTTGTTTTTCTGTTTTATTACAATATGAATCA  200

seq1  CTTTGATAACATATACATTTATTAGTATATAACCTTAAGGATATATCTTA  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGATAACATATACATTTATTAGTATATAACCTTAAGGATATATCTTA  250

seq1  TGCATGCTTACGTGTAGTAGCAATAACATTTGCAAAAAATGAATGCATAG  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATGCTTACGTGTAGTAGCAATAACATTTGCAAAAAATGAATGCATAG  300

seq1  ATTTCTTTTGCCTTGCTTTGACATACTTAGTTCTTAACAATCTCTTAATT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCTTTTGCCTTGCTTTGACATACTTAGTTCTTAACAATCTCTTAATT  350

seq1  TGGCCTGGTGGTGAGACATAATTTTGAGAATGACATACAACTTGGAGGAT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCCTGGTGGTGAGACATAATTTTGAGAATGACATACAACTTGGAGGAT  400

seq1  GAATTCTCATCCCATGACAATGTCATTACCCCTGTGGCAGTTCCAGGTTC  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCATCCCATGACAATGTCATTACCCCTGTGGCAGTTCCAGGTTC  450

seq1  TCTGTGGTTATCCACTCCTGCCATTATGTCAATTACAGATCTAGATAACT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTGGTTATCCACTCCTGCCATTATGTCAATTACAGATCTAGATAACT  500

seq1  TGTCAGAACAGAAGTTTTATTTGTCAAGGTAATTTTTAAAGATTATTTTT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCAGAACAGAAGTTTTATTTGTCAAGGTAATTTTTAAAGATTATTTTT  550

seq1  CTATTCCTAAACAAATTGATGGTGGGTATTGATAACCATCCTGGAAGATC  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTCCTAAACAAATTGATGGTGGGTATTGATAACCATCCTGGAAGATC  600

seq1  AGAACAATTATTTAGCTTGTAAATATCTTTAGATTTGCTATTTGCTAACT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACAATTATTTAGCTTGTAAATATCTTTAGATTTGCTATTTGCTAACT  650

seq1  CATATATTGTGAACAAAAATTAAGTTTAAAAGCCATAGTTTATCCAAATC  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATATTGTGAACAAAAATTAAGTTTAAAAGCCATAGTTTATCCAAATC  700

seq1  AATAGCATTTCTGCGATTATAAATTTGTGATTTATATGTTCATTTTGTTT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGCATTTCTGCGATTATAAATTTGTGATTTATATGTTCATTTTGTTT  750

seq1  GGCCAAACACCATTGTATTGGGAACCCTGCTGTCAAGATCTTCTTTCACT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCAAACACCATTGTATTGGGAACCCTGCTGTCAAGATCTTCTTTCACT  800

seq1  TGAAACTATTAAAAGAATTCAGGAAACCAAATCCAAAGGGCTATTGTTTT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAACTATTAAAAGAATTCAGGAAACCAAATCCAAAGGGCTATTGTTTT  850

seq1  CTATATTTAAACCTCTGTTCTTGTTTCAAGCTTCTGTATACAAGTTAAAG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATATTTAAACCTCTGTTCTTGTTTCAAGCTTCTGTATACAAGTTAAAG  900

seq1  AGGATTTTTCTGGAATGCATTCAAAGAGCCGGAGCCAGAAACAAGAAATC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATTTTTCTGGAATGCATTCAAAGAGCCGGAGCCAGAAACAAGAAATC  950

seq1  CCAAATGGAATTC  962
      |||||||||||||
seq2  CCAAATGGAATTC  963

seq1: chr1_97285521_97286219
seq2: B6Ng01-060I06.g_68_768

seq1  GAATTCCAATAAAAAAAAACAAATCAACAACATGGTTTGATACAATTGGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAATAAAAAAAAACAAATCAACAACATGGTTTGATACAATTGGA  50

seq1  CTTCAAGGTAGATTTTTAAAATGAGTTTGATGTTGAAGATTTGATTGAAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAAGGTAGATTTTTAAAATGAGTTTGATGTTGAAGATTTGATTGAAC  100

seq1  CAACGCACTTGACCAAAATGTGAATCTGTGATTTCTTTGCTTGATTATGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACGCACTTGACCAAAATGTGAATCTGTGATTTCTTTGCTTGATTATGC  150

seq1  AGACTGTACTAATTTTAATTGCTTCCACGATATACTGGCCTTAGGTGACA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTGTACTAATTTTAATTGCTTCCACGATATACTGGCCTTAGGTGACA  200

seq1  TTCAGAGCTGTCACACCATTTCCTTACATAATATACCAATGTCATATGCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGAGCTGTCACACCATTTCCTTACATAATATACCAATGTCATATGCT  250

seq1  ACAATTATGTTATAAAATTATTATCACTACTCTCATATGCTAAATTAGTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATTATGTTATAAAATTATTATCACTACTCTCATATGCTAAATTAGTT  300

seq1  TTATATTTTTCTGTTTGTTTGTGCATATGTATGTGTAAGCATAAGTGCCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATATTTTTCTGTTTGTTTGTGCATATGTATGTGTAAGCATAAGTGCCA  350

seq1  CAGCACACACTTGGAAGTCAGTTCTTTCTTTGCATCATGTGAGCTTTGGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCACACACTTGGAAGTCAGTTCTTTCTTTGCATCATGTGAGCTTTGGG  400

seq1  GACTCAAGTCAGGTCATCAAAATTATCAGCAAGTGCCTTTACTCACAGAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTCAAGTCAGGTCATCAAAATTATCAGCAAGTGCCTTTACTCACAGAA  450

seq1  TTATCTCCTTAGGTGCTAGGCTCATACTTGTAACATATGATAGAAATACT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCTCCTTAGGTGCTAGGCTCATACTTGTAACATATGATAGAAATACT  500

seq1  GTCTCTATACATTATCTAACTGTATGTATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCTATACATTATCTAACTGTATGTATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  550

seq1  TATGTGTGAAACTATCTTCTTTTAAAATCCTTAGAATGTGGTGTTCTCCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTGTGAAACTATCTTCTTTTAAAATCCTTAGAATGTGGTGTTCTCCT  600

seq1  GACAGTCTCTTTGCCTTATTCCTCATTAAACATATGTTGATGCTG-AAAA  649
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||
seq2  GACAGTCTCTTTGCCTTATTCCTCATTAAATATATGTTGATGCTGAAAAA  650

seq1  GAACAGCAACAA-TTCTCGAGAAGCAAATCAAAAGCTTCAAAGAGTTTTT  698
      |||||| ||||| || |||||||  |||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACAGTAACAATTTTTCGAGAAATAAATCAAAAGCTTCAAAGAGTTTTT  700

seq1  G  699
      |
seq2  G  701