BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-062E24
Chromosome1 (Build37)
Map Location 39,433,372 - 39,586,485
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTbc1d8
Upstream geneAff3, Lonrf2, Chst10, EG625775, Nms, Pdcl3, Npas2, LOC100041999, Rpl31
Downstream geneD1Bwg0212e, Rnf149, EG329126, Creg2, 4933400N17Rik, LOC100042065, Map4k4, Il1r2, Il1r1, Il1rl2, Il1rl1, Il18r1, Il18rap
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-062E24.bB6Ng01-062E24.g
ACCDH882751DH882752
length1,2561,147
definitionDH882751|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-062E24, 5' end.DH882752|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-062E24, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(39,433,372 - 39,434,645)(39,585,338 - 39,586,485)
sequence
gaattccattagtctgggtttaagcttggaggccaaacccttgttgagtg
tgtctagtacccttgcatccaaatgctagaaataactgaagggcagggga
tcttgtatgtgttgtgcttttcaaagattgtgattttatgtacacagcaa
atcaggaccacaccttaaatacctcccatccctgaaggacattaagggtg
actaacaggagcctgcagagcacagaatgatgttaaacaagctaattaca
aacacatggattgtatggatctgcccgccctatcttctgttcccaaatga
atgccaagtccgctcactacagggagacataaggaaagagtccagtcata
cctagacagcttgtgaaggctttgaactctatgagctggtccatgttgtc
gtccagaagcctgaagagcctctcagcaaggatctctgtatggaccccac
aggtccatggcgataccaactggaataggtgtgcaaactgccgggcatcg
atgcggtactgttcagcatagggcctgctgggatcatggcgcagggccat
gggcctgtggtgctcccagtaacagctcatcatgtgtgctctcttaaagc
atgggagagaaaaaagctttgcttcagtccacattctgtaatgcaggaga
aggggtcatccgaatgtgtgcacttgtgtgtatccataggcagccataag
agggaaacccacttcaccacattgacaccaattactttacagggaagggc
cacttccaatttttggttactttgaagttttttttcttaaatggtgagaa
aggtattttatgtcttaatgcagaccatagaaggaagcaaagtaagaact
cgtgccctggggcataatcacccagcacagtgtgcacatttagctgatca
ttcggaaaattacgtccaaggtctcaactggagagagatgagacatcaca
agcctgggctcagaaatcccacggactacttagcatcagtaataaaaaga
agtggcatcaagtcgcagccatcatcatctctctctgtggtgctaaggat
caagctcaggcctggctgtgcacgtgtgctggtggtcttaagtgtcaaca
gaatcaggatcaccttgaagacccacgggaatctcctagatcaagcttgt
ctatagtgtgccagaaaaaggaaatgctgcttgaatgtgtatataagtga
gaaagcaatcgtttgttacaattcctagatagaagaacttgaacaactaa
gagaaa
gaattcagtcccaagcaaaggccatcctctcatcctcccacgcattgatc
cacacggcaaatatggcaaccagagggaataaggatctttcatctcaatc
gatctcagtgtaagggagaaatgggattccggtgttgctaactcagaaca
gcacacagcacagtcagatcctctccacagccaacatagtgggggaggga
gttttgttgctctcagtgcattactgcctccagcaaatggtcttagacct
tattactgcattacacacacacacacacacacacacacacacaccacaca
gatacaaagacacacacagagagacataaacacaggcacatgcaccccac
acacacagacatacacacatagcctccacacagacagacagacagaagat
acatcacagcacacacacagagtcagagacatcaaagattctcagaaagc
aagcaggaaataacacagtgtgtcatccagggcatagtgagactggttac
attgttcttagaggtcagttaattctggacaagctgattccagtatggaa
tctgaatgactgcgttgttataaatgatctcagagcacattgcctgtaac
ttggttacagggtaggtgaaaagtatgatgtgtaatggccatatcttctc
tcagacaaaccattcccaccaatatacagaatgatgtgtaatggccatat
cttctctcagacaaaccattcccaccaatatacagaagaacgttgacgct
ttatttatttatttagattttgtttgtatgttttatttttttgagacagg
ttctcaagagtcttttccgactggcctggaactctatgtagaccagggct
atcttccaggtccacagagacccacctgcctctgcccctctgcccctctg
cccttctgcccctttgcccctctgcctctacgaactgctgggataccaca
cccagtcgagaaccagatgaaagactaaatgctcaagatatcttttcctc
taaaagacaaccttcatttacttcttcttttcatgggtgctcttttactt
ggttccattccgacaaaggtcatccacatagaatacacaattcccaaccc
actttgtggccggatggctgatttcaagcccgattcacagaatcaga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_39433372_39434645
seq2: B6Ng01-062E24.b_48_1303

seq1  GAATTCCATTAGTCTGGGTTTAAGCTTGGAGGCCAAACCCTTGTTGAGTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATTAGTCTGGGTTTAAGCTTGGAGGCCAAACCCTTGTTGAGTG  50

seq1  TGTCTAGTACCCTTGCATCCAAATGCTAGAAATAACTGAAGGGCAGGGGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTAGTACCCTTGCATCCAAATGCTAGAAATAACTGAAGGGCAGGGGA  100

seq1  TCTTGTATGTGTTGTGCTTTTCAAAGATTGTGATTTTATGTACACAGCAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGTATGTGTTGTGCTTTTCAAAGATTGTGATTTTATGTACACAGCAA  150

seq1  ATCAGGACCACACCTTAAATACCTCCCATCCCTGAAGGACATTAAGGGTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGGACCACACCTTAAATACCTCCCATCCCTGAAGGACATTAAGGGTG  200

seq1  ACTAACAGGAGCCTGCAGAGCACAGAATGATGTTAAACAAGCTAATTACA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAACAGGAGCCTGCAGAGCACAGAATGATGTTAAACAAGCTAATTACA  250

seq1  AACACATGGATTGTATGGATCTGCCCGCCCTATCTTCTGTTCCCAAATGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACATGGATTGTATGGATCTGCCCGCCCTATCTTCTGTTCCCAAATGA  300

seq1  ATGCCAAGTCCGCTCACTACAGGGAGACATAAGGAAAGAGTCCAGTCATA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCAAGTCCGCTCACTACAGGGAGACATAAGGAAAGAGTCCAGTCATA  350

seq1  CCTAGACAGCTTGTGAAGGCTTTGAACTCTATGAGCTGGTCCATGTTGTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGACAGCTTGTGAAGGCTTTGAACTCTATGAGCTGGTCCATGTTGTC  400

seq1  GTCCAGAAGCCTGAAGAGCCTCTCAGCAAGGATCTCTGTATGGACCCCAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCAGAAGCCTGAAGAGCCTCTCAGCAAGGATCTCTGTATGGACCCCAC  450

seq1  AGGTCCATGGCGATACCAACTGGAATAGGTGTGCAAACTGCCGGGCATCG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTCCATGGCGATACCAACTGGAATAGGTGTGCAAACTGCCGGGCATCG  500

seq1  ATGCGGTACTGTTCAGCATAGGGCCTGCTGGGATCATGGCGCAGGGCCAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCGGTACTGTTCAGCATAGGGCCTGCTGGGATCATGGCGCAGGGCCAT  550

seq1  GGGCCTGTGGTGCTCCCAGTAACAGCTCATCATGTGTGCTCTCTTAAAGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCCTGTGGTGCTCCCAGTAACAGCTCATCATGTGTGCTCTCTTAAAGC  600

seq1  ATGGGAGAGAAAAAAGCTTTGCTTCAGTCCACATTCTGTAATGCAGGAGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGAGAGAAAAAAGCTTTGCTTCAGTCCACATTCTGTAATGCAGGAGA  650

seq1  AGGGGTCATCCGAATGTGTGCACTTGTGTGTATCCATAGGCAGCCATAAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGTCATCCGAATGTGTGCACTTGTGTGTATCCATAGGCAGCCATAAG  700

seq1  AGGGAAACCCACTTCACCACATTGACACCAATTACTTTACAGGGAAGGGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAAACCCACTTCACCACATTGACACCAATTACTTTACAGGGAAGGGC  750

seq1  CACTTCCAATTTTTGGTTACTTTGAAGTTTTTTTTCTTAAATGGTGAGAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTCCAATTTTTGGTTACTTTGAAGTTTTTTTTCTTAAATGGTGAGAA  800

seq1  AGGTATTTTATGTCTTAATGCAGACCATAGAAGGAAGCAAAGTAAGAACT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTATTTTATGTCTTAATGCAGACCATAGAAGGAAGCAAAGTAAGAACT  850

seq1  CGTGCCCTGGGGCATAATCACCCAGCACAGTGTGCACATTTAGCTGATCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGCCCTGGGGCATAATCACCCAGCACAGTGTGCACATTTAGCTGATCA  900

seq1  TTCGGAAAATTACGTCCAAGGTCTCAACTGGAGAGAGAATGAGACATCAC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  TTCGGAAAATTACGTCCAAGGTCTCAACTGGAGAGAG-ATGAGACATCAC  949

seq1  AAGCCTGGGCTCAGAAATCCCACGGACTACTTAGCATCAGTAATAAAAAG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCTGGGCTCAGAAATCCCACGGACTACTTAGCATCAGTAATAAAAAG  999

seq1  AAGTGGCATCAAGTCGCAGCCATCATTCATCTCTCTCTGTGGTGCTAAGG  1050
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGGCATCAAGTCGCAGCCATCA-TCATCTCTCTCTGTGGTGCTAAGG  1048

seq1  ATCAAGCTCAGGGCCTGGCTGTGCACGGTGTGCTGGTTGGTCCTAAGTGT  1100
      |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||| |||||||
seq2  ATCAAGCTCA-GGCCTGGCTGTGCAC-GTGTGCTGG-TGGTCTTAAGTGT  1095

seq1  CAACAGAATCCAGGATCACCTTGGAAGAACCCAACGGGGACTCTCCTAGA  1150
      ||||||||| |||||||||||| |||| |||||   |||| |||||||||
seq2  CAACAGAAT-CAGGATCACCTT-GAAG-ACCCA--CGGGAATCTCCTAGA  1140

seq1  TCAAGC-TGTCTTATGGTGGGCAAGAGAAAGGAGATGCTGTCTTGATTGT  1199
      |||||| |||| ||| ||| || ||| |||||| |||||| ||||| |||
seq2  TCAAGCTTGTC-TATAGTGTGCCAGAAAAAGGAAATGCTG-CTTGAATGT  1188

seq1  -TAATTAATGTAGGAAGACCCAATCCATTGTGGGTAACATTTCCTAGATA  1248
       ||  |||   || |||   |||||    ||  || ||| ||||||||||
seq2  GTATATAAGTGAGAAAG---CAATC----GTTTGTTACAATTCCTAGATA  1231

seq1  GAAGACTCTGAACAACTTAAGAGAAA  1274
      |||||   |||||||| |||||||||
seq2  GAAGAACTTGAACAAC-TAAGAGAAA  1256

seq1: chr1_39585338_39586485
seq2: B6Ng01-062E24.g_67_1213 (reverse)

seq1  TCTGA-TCTGTGAATGGGGACTTGAAATCAGCCATTCAGGCACAAAGTGG  49
      ||||| ||||||||| ||| ||||||||||||||| | | ||||||||||
seq2  TCTGATTCTGTGAATCGGG-CTTGAAATCAGCCATCCGGCCACAAAGTGG  49

seq1  GTTGGGAATTGTTGTTATTCTAATGTTGATTGAACTTTGTCTGAATGTGA  99
      ||||||||||||   |||||| |||| || ||| ||||||| ||||| ||
seq2  GTTGGGAATTGT--GTATTCT-ATGTGGA-TGACCTTTGTCGGAATG-GA  94

seq1  ACCAAGTTAAAGAGCA-CCATGAAAAGAAGAAGTAATGTGAAGGTTGTC-  147
      ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||||| 
seq2  ACCAAGTAAAAGAGCACCCATGAAAAGAAGAAGTAA-ATGAAGGTTGTCT  143

seq1  TTTAGAGGAAAAGATATACTTGAGCATTTAGTCTTTCATCTGGCTCTCGA  197
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  TTTAGAGGAAAAGATAT-CTTGAGCATTTAGTCTTTCATCTGGTTCTCGA  192

seq1  CTGGGTGTGGTATCCCAGCAGTTCGTAGAGGCAGAGGGGCAAAGGGGCAG  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGTGTGGTATCCCAGCAGTTCGTAGAGGCAGAGGGGCAAAGGGGCAG  242

seq1  AGGGGCAGAGGGGCAGAGGGGCAGAGGCAGGTGGGTCTCTGTGGA-CTGG  296
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  AAGGGCAGAGGGGCAGAGGGGCAGAGGCAGGTGGGTCTCTGTGGACCTGG  292

seq1  AAGATAG-CCTGGTCTACATAGAGTTCCAGGCCAGTCGG-AAAGACTCTT  344
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  AAGATAGCCCTGGTCTACATAGAGTTCCAGGCCAGTCGGAAAAGACTCTT  342

seq1  GAGAACCTGTCTC-AAAAAATAAAACATACAAACAAAATCTAAATAAATA  393
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAACCTGTCTCAAAAAAATAAAACATACAAACAAAATCTAAATAAATA  392

seq1  AATAAAGCGTCAACGTTCTTCTGTATATTGGTGGGAATGGTTTGTCTGAG  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAAGCGTCAACGTTCTTCTGTATATTGGTGGGAATGGTTTGTCTGAG  442

seq1  AGAAGATATGGCCATTACACATCATTCTGTATATTGGTGGGAATGGTTTG  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGATATGGCCATTACACATCATTCTGTATATTGGTGGGAATGGTTTG  492

seq1  TCTGAGAGAAGATATGGCCATTACACATCATACTTTTCACCTACCCTGTA  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAGAGAAGATATGGCCATTACACATCATACTTTTCACCTACCCTGTA  542

seq1  ACCAAGTTACAGGCAATGTGCTCTGAGATCATTTATAACAACGCAGTCAT  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAAGTTACAGGCAATGTGCTCTGAGATCATTTATAACAACGCAGTCAT  592

seq1  TCAGATTCCATACTGGAATCAGCTTGTCCAGAATTAACTGACCTCTAAGA  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGATTCCATACTGGAATCAGCTTGTCCAGAATTAACTGACCTCTAAGA  642

seq1  ACAATGTAACCAGTCTCACTATGCCCTGGATGACACACTGTGTTATTTCC  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATGTAACCAGTCTCACTATGCCCTGGATGACACACTGTGTTATTTCC  692

seq1  TGCTTGCTTTCTGAGAATCTTTGATGTCTCTGACTCTGTGTGTGTGCTGT  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTGCTTTCTGAGAATCTTTGATGTCTCTGACTCTGTGTGTGTGCTGT  742

seq1  GATGTATCTTCTGTCTGTCTGTCTGTGTGGAGGCTATGTGTGTATGTCTG  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTATCTTCTGTCTGTCTGTCTGTGTGGAGGCTATGTGTGTATGTCTG  792

seq1  TGTGTGTGGGGTGCATGTGCCTGTGTTTATGTCTCTCTGTGTGTGTCTTT  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGGGGTGCATGTGCCTGTGTTTATGTCTCTCTGTGTGTGTCTTT  842

seq1  GTATCTGTGTGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTAATGCAG  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATCTGTGTGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTAATGCAG  892

seq1  TAATAAGGTCTAAGACCATTTGCTGGAGGCAGTAATGCACTGAGAGCAAC  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATAAGGTCTAAGACCATTTGCTGGAGGCAGTAATGCACTGAGAGCAAC  942

seq1  AAAACTCCCTCCCCCACTATGTTGGCTGTGGAGAGGATCTGACTGTGCTG  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACTCCCTCCCCCACTATGTTGGCTGTGGAGAGGATCTGACTGTGCTG  992

seq1  TGTGCTGTTCTGAGTTAGCAACACCGGAATCCCATTTCTCCCTTACACTG  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCTGTTCTGAGTTAGCAACACCGGAATCCCATTTCTCCCTTACACTG  1042

seq1  AGATCGATTGAGATGAAAGATCCTTATTCCCTCTGGTTGCCATATTTGCC  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATCGATTGAGATGAAAGATCCTTATTCCCTCTGGTTGCCATATTTGCC  1092

seq1  GTGTGGATCAATGCGTGGGAGGATGAGAGGATGGCCTTTGCTTGGGACTG  1143
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGGATCAATGCGTGGGAGGATGAGAGGATGGCCTTTGCTTGGGACTG  1142

seq1  AATTC  1148
      |||||
seq2  AATTC  1147