BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-068C13
Chromosome1 (Build37)
Map Location 195,258,117 - 195,396,810
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneKcnh1, Hhat, A730013G03Rik, Sertad4, LOC100039677, Syt14, AA408296, Irf6, A130010J15Rik, Traf3ip3, Hsd11b1, G0s2, Lamb3, Camk1g
Downstream geneLOC667208
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-068C13.bB6Ng01-068C13.g
ACCDH886828DH886829
length1,1841,080
definitionDH886828|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-068C13, 5' end.DH886829|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-068C13, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(195,258,117 - 195,259,332)(195,395,721 - 195,396,810)
sequence
gaattcacatctgaccaccactgttgtctctggtgaccttcacatgatgt
ttaagcatcagtttccatgtctggaaaacacactttgctccttggattgt
ggatatttgaagccgtggaaacagcatctaacagagaagtggcttcgtcc
ttcttgtaactccttgttgccttttgcctttctgggcatggaacctaggg
tagtaaggacacagaaaggagctctctcccactgaattatgttctttacc
ctgacacttcctcaagtctgacatcttgggaagggctattctgatgtgtc
tggtcataggattgctgcctcacttttatttataagatgcttatttcaaa
ataaatgtctgaaggcagcatatgattacattagttgatttgtctgtata
ttcagaaccttgatctgggctggaaactggataaagctgctgtatacatt
tattaattcctggatccgctgtcaatttctgtttaaccagatctcaccaa
gttatgttgtgggaaggaataatccaaagtgcctagtccttgtaatcaaa
tgcttaattttgttgatagtgtttgccagtttctggctagtggtgtctga
ccctgttctaagctatattctggctcctgggggtgcaggaacaccccata
tctgagagatgttctgctcatggtaggtggggaaaggagctgatgaagtc
ctgtaatatgttcaaggccttctttctggggctggtagcctgttccttct
caaatgtcactgacgaaaacaaaccctatggtgatgccctttcccagtga
gcatggtagcagacactgcaagtctcaactacaaggagagtgagtaaccc
tcttacctgggtgtttgagaacacagggctaagagataggcattcagggc
tggggagatgggctgcttctcaagtacgccaagaaagacgggcaccacct
ctgccaacattgtgagtgtgatagatggccaccctagtctcttgagcatt
gttctagtagctgacatatataggcagttagtcttccatagatctttgta
gcaggaaagttcaatcctcattcattcattagagagaagcgactggaacc
gccaggtgatcccgctgagaccaccagtctaagtagcgaattccattgaa
ctgttacttgctcaaatctgactccttctactgt
gaattctgtgtcctctcccgaggtgtagttttgtttatttatcattccca
ttttatagatgagcgttcctggagaagatataaataaacatctacttact
caagataaggaccctaggacacaccaaataactgacaccaccagcattga
acttgctgaaccaatgtgcttataggggttgtaggactctgatgagggat
taccttcagagcagggacatgcctgaaaagtctgccctagcatgggtaat
aactcacaaggttcgaaaccttggggctctctaaatgactggtaggcagc
ttgacagattgaagaatcctcttttataattttggggaaggagccttttg
catctgatcagcttcagggacttcctgagacttgaagagttgtttacgtc
cccaggctcaatggcctccttctctcccctcttttcttatctttccccct
ctcttccttctcccttttttccccacccctctctctacttctctctggaa
ggaatcatttgtcattcacatccaattgctatcaaaacataactgctttt
ggacaccatgttcctgagaacaagtttgttggcaagggtactttctacac
aatgattctctggtatttccagtgtgacccactgataattctagaacctt
ctttacaaaggtgaaagagaatccacagtgcttttgctgtttcattgctc
actgaataaaatctaaaagtgtttaattattagatttatgcctcaagata
agttcaatgataattataggatgtctttctttgctttaattccaaataat
taaatcccaaacacattggatcattatgattataattagaataaaggtgt
cttatatttgaaaccaaagtttggcttctcattgaactttctttgcacct
tatccaagggtatgctttggaaagaaacatattttaattttctaatgctg
cttaagtggatttttaaggacattgtctgcagaaagctttccattccagt
tccagcaggagaagttgagtccccagctgcagcttactgatttcttgttg
tcattgtcatcctgggtgtgcgcaaagaga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_195258117_195259332
seq2: B6Ng01-068C13.b_45_1228

seq1  GAATTCACATCTGACCACCACTGTTGTCTCTGGTGACCTTCACATGATGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACATCTGACCACCACTGTTGTCTCTGGTGACCTTCACATGATGT  50

seq1  TTAAGCATCAGTTTCCATGTCTGGAAAACACACTTTGCTCCTTGGATTGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGCATCAGTTTCCATGTCTGGAAAACACACTTTGCTCCTTGGATTGT  100

seq1  GGATATTTGAAGCCGTGGAAACAGCATCTAACAGAGAAGTGGCTTCGTCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATATTTGAAGCCGTGGAAACAGCATCTAACAGAGAAGTGGCTTCGTCC  150

seq1  TTCTTGTAACTCCTTGTTGCCTTTTGCCTTTCTGGGCATGGAACCTAGGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTGTAACTCCTTGTTGCCTTTTGCCTTTCTGGGCATGGAACCTAGGG  200

seq1  TAGTAAGGACACAGAAAGGAGCTCTCTCCCACTGAATTATGTTCTTTACC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTAAGGACACAGAAAGGAGCTCTCTCCCACTGAATTATGTTCTTTACC  250

seq1  CTGACACTTCCTCAAGTCTGACATCTTGGGAAGGGCTATTCTGATGTGTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACACTTCCTCAAGTCTGACATCTTGGGAAGGGCTATTCTGATGTGTC  300

seq1  TGGTCATAGGATTGCTGCCTCACTTTTATTTATAAGATGCTTATTTCAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTCATAGGATTGCTGCCTCACTTTTATTTATAAGATGCTTATTTCAAA  350

seq1  ATAAATGTCTGAAGGCAGCATATGATTACATTAGTTGATTTGTCTGTATA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAATGTCTGAAGGCAGCATATGATTACATTAGTTGATTTGTCTGTATA  400

seq1  TTCAGAACCTTGATCTGGGCTGGAAACTGGATAAAGCTGCTGTATACATT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGAACCTTGATCTGGGCTGGAAACTGGATAAAGCTGCTGTATACATT  450

seq1  TATTAATTCCTGGATCCGCTGTCAATTTCTGTTTAACCAGATCTCACCAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTAATTCCTGGATCCGCTGTCAATTTCTGTTTAACCAGATCTCACCAA  500

seq1  GTTATGTTGTGGGAAGGAATAATCCAAAGTGCCTAGTCCTTGTAATCAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTATGTTGTGGGAAGGAATAATCCAAAGTGCCTAGTCCTTGTAATCAAA  550

seq1  TGCTTAATTTTGTTGATAGTGTTTGCCAGTTTCTGGCTAGTGGTGTCTGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTAATTTTGTTGATAGTGTTTGCCAGTTTCTGGCTAGTGGTGTCTGA  600

seq1  CCCTGTTCTAAGCTATATTCTGGCTCCTGGGGGTGCAGGAACACCCCATA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGTTCTAAGCTATATTCTGGCTCCTGGGGGTGCAGGAACACCCCATA  650

seq1  TCTGAGAGATGTTCTGCTCATGGTAGGTGGGGAAAGGAGCTGATGAAGTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAGAGATGTTCTGCTCATGGTAGGTGGGGAAAGGAGCTGATGAAGTC  700

seq1  CTGTAATATGTTCAAGGCCTTCTTTCTGGGGCTGGTAGCCTGTTCCTTCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTAATATGTTCAAGGCCTTCTTTCTGGGGCTGGTAGCCTGTTCCTTCT  750

seq1  CAAATGTCACTGACGAAAACAAACCCTATGGTGATGCCCTTTCCCAGTGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATGTCACTGACGAAAACAAACCCTATGGTGATGCCCTTTCCCAGTGA  800

seq1  GCATGGTAGCAGACACTGCAAGTCTCAACTACAAGGAGAGTGAGTAACCC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGGTAGCAGACACTGCAAGTCTCAACTACAAGGAGAGTGAGTAACCC  850

seq1  TCTTACCTGGGTGTTTGAGAACACAGGGCTAAGAGATAGGCATTCAGGGC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTACCTGGGTGTTTGAGAACACAGGGCTAAGAGATAGGCATTCAGGGC  900

seq1  TGGGGAGATGGGCTGCTTCTCCAAGTACGCCAAGAAAGACGGGCACCACC  950
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGAGATGGGCTGCTTCT-CAAGTACGCCAAGAAAGACGGGCACCACC  949

seq1  TCTGCCAACATTGTGAGGTGTGATAGATGGCCCACCCTAGTTCTCCTTGA  1000
      |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||| |||||
seq2  TCTGCCAACATTGTGA-GTGTGATAGATGG-CCACCCTAG-TCT-CTTGA  995

seq1  GCATTGTTCTCAGTAGCTGACATATATTAGGCAGTTAGTCCTCACATAGA  1050
      |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| || ||||||
seq2  GCATTGTTCT-AGTAGCTGACATATA-TAGGCAGTTAGTCTTC-CATAGA  1042

seq1  TCTATGTAGCAGGAAAGTTCAATCCTCATTCATTCCATTAGAAGAGAAGG  1100
      ||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| |
seq2  TCTTTGTAGCAGGAAAGTTCAATCCTCATTCATT-CATTAG-AGAGAA-G  1089

seq1  CGACTTGTAAACAGCCCAGGTGGATCACAGCTGAGACCACACCAGTCTTA  1150
      ||||| |  ||| | |||||| |||| | ||||||||  |||||||| ||
seq2  CGACTGG--AACCG-CCAGGT-GATC-CCGCTGAGAC--CACCAGTC-TA  1131

seq1  AGTAGCAGAGTTCTACATTGAACCTGTTACCTGGCTCAGAAATCTGACTC  1200
      |||||| || |||  ||||||| |||||| || ||||  |||||||||||
seq2  AGTAGC-GAATTC--CATTGAA-CTGTTA-CTTGCTC--AAATCTGACTC  1174

seq1  CCCTTTCCTCTACTGT  1216
            | ||||||||
seq2  ------CTTCTACTGT  1184

seq1: chr1_195395721_195396810
seq2: B6Ng01-068C13.g_69_1148 (reverse)

seq1  TCTCTTTGCGCACA-CCAGGATGACAAATGACAACAGGAAATCCAAGTAA  49
      |||||||||||||| |||||||||| |||||||||| ||||||  |||||
seq2  TCTCTTTGCGCACACCCAGGATGAC-AATGACAACAAGAAATC--AGTAA  47

seq1  GCCTGCAGCTGGGGACTC-ACTTCTCCCTGCTGGGACTGGAATGGAAAGC  98
      | |||||||||||||||| |||||| |||||||| |||||||||||||||
seq2  G-CTGCAGCTGGGGACTCAACTTCT-CCTGCTGGAACTGGAATGGAAAGC  95

seq1  TTTTCTGCAGACAATGTTCTTTAAAAAATCCACTTTAAAGCAGCATTAGA  148
       |||||||||||||||| |||  ||||||||||||  |||||||||||| 
seq2  -TTTCTGCAGACAATGTCCTT--AAAAATCCACTT--AAGCAGCATTAG-  139

seq1  AAAATTAAAATATGTTTCTTTCCAAAGCATACCCCTTGGATAAGGTGCAA  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  AAAATTAAAATATGTTTCTTTCCAAAGCATA-CCCTTGGATAAGGTGCAA  188

seq1  AGAAAGTTCAATGAGAAGCCAAACTTTGGTTTCAAATATAAGACACCTTT  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAGTTCAATGAGAAGCCAAACTTTGGTTTCAAATATAAGACACCTTT  238

seq1  ATTCTAATTATAATCATAATGATCCAATGTGTTTGGGATTTAATTATTTG  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTAATTATAATCATAATGATCCAATGTGTTTGGGATTTAATTATTTG  288

seq1  GAATTAAAGCAAAGAAAGACATCCTATAATTATCATTGAACTTATCTTGA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTAAAGCAAAGAAAGACATCCTATAATTATCATTGAACTTATCTTGA  338

seq1  GGCATAAATCTAATAATTAAACACTTTTAGATTTTATTCAGTGAGCAATG  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCATAAATCTAATAATTAAACACTTTTAGATTTTATTCAGTGAGCAATG  388

seq1  AAACAGCAAAAGCACTGTGGATTCTCTTTCACCTTTGTAAAGAAGGTTCT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAGCAAAAGCACTGTGGATTCTCTTTCACCTTTGTAAAGAAGGTTCT  438

seq1  AGAATTATCAGTGGGTCACACTGGAAATACCAGAGAATCATTGTGTAGAA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATTATCAGTGGGTCACACTGGAAATACCAGAGAATCATTGTGTAGAA  488

seq1  AGTACCCTTGCCAACAAACTTGTTCTCAGGAACATGGTGTCCAAAAGCAG  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTACCCTTGCCAACAAACTTGTTCTCAGGAACATGGTGTCCAAAAGCAG  538

seq1  TTATGTTTTGATAGCAATTGGATGTGAATGACAAATGATTCCTTCCAGAG  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGTTTTGATAGCAATTGGATGTGAATGACAAATGATTCCTTCCAGAG  588

seq1  AGAAGTAGAGAGAGGGGTGGGGAAAAAAGGGAGAAGGAAGAGAGGGGGAA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGTAGAGAGAGGGGTGGGGAAAAAAGGGAGAAGGAAGAGAGGGGGAA  638

seq1  AGATAAGAAAAGAGGGGAGAGAAGGAGGCCATTGAGCCTGGGGACGTAAA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATAAGAAAAGAGGGGAGAGAAGGAGGCCATTGAGCCTGGGGACGTAAA  688

seq1  CAACTCTTCAAGTCTCAGGAAGTCCCTGAAGCTGATCAGATGCAAAAGGC  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTCTTCAAGTCTCAGGAAGTCCCTGAAGCTGATCAGATGCAAAAGGC  738

seq1  TCCTTCCCCAAAATTATAAAAGAGGATTCTTCAATCTGTCAAGCTGCCTA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTCCCCAAAATTATAAAAGAGGATTCTTCAATCTGTCAAGCTGCCTA  788

seq1  CCAGTCATTTAGAGAGCCCCAAGGTTTCGAACCTTGTGAGTTATTACCCA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTCATTTAGAGAGCCCCAAGGTTTCGAACCTTGTGAGTTATTACCCA  838

seq1  TGCTAGGGCAGACTTTTCAGGCATGTCCCTGCTCTGAAGGTAATCCCTCA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTAGGGCAGACTTTTCAGGCATGTCCCTGCTCTGAAGGTAATCCCTCA  888

seq1  TCAGAGTCCTACAACCCCTATAAGCACATTGGTTCAGCAAGTTCAATGCT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAGTCCTACAACCCCTATAAGCACATTGGTTCAGCAAGTTCAATGCT  938

seq1  GGTGGTGTCAGTTATTTGGTGTGTCCTAGGGTCCTTATCTTGAGTAAGTA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGTGTCAGTTATTTGGTGTGTCCTAGGGTCCTTATCTTGAGTAAGTA  988

seq1  GATGTTTATTTATATCTTCTCCAGGAACGCTCATCTATAAAATGGGAATG  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTTTATTTATATCTTCTCCAGGAACGCTCATCTATAAAATGGGAATG  1038

seq1  ATAAATAAACAAAACTACACCTCGGGAGAGGACACAGAATTC  1090
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAATAAACAAAACTACACCTCGGGAGAGGACACAGAATTC  1080