BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-069C06
Chromosome1 (Build37)
Map Location 93,675,122 - 93,822,884
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTwist2
Upstream geneCol6a3, Mlph, Prlh, Rab17, Lrrfip1, Gm817, LOC665766, Ramp1, Ube2f, LOC665783, Scly, Espnl, Klhl30, BC056923, Ilkap, 1700020N18Rik, Hes6, Per2, Traf3ip1, Asb1
Downstream geneHdac4, LOC100040419, LOC665883, Ndufa10, Olfr1416, Olfr1415, Olfr1414, Olfr1413, Olfr1412, Olfr1411, Olfr1410, Olfr12, Myeov2, Otos, Gpc1, Ankmy1, Dusp28, LOC100040511, Rnpepl1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-069C06.bB6Ng01-069C06.g
ACCDH887534DH887535
length3831,110
definitionDH887534|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-069C06, 5' end.DH887535|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-069C06, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(93,675,122 - 93,675,510)(93,821,753 - 93,822,884)
sequence
agggcggagggaaagcatgagccacccagagcaggaggtacagacacgga
agggatcgcgggcgagccggctggccgcagtcgaggcaaagggaacaaca
gatgtgcttctatttctgctctcgattaaatgtcagctccccaacctttt
gttcaattctctttcatgacaaaacgaagtctgggttatcctggtctatg
tctctctttcaatatccctcctttctcccataggtcctcaactctaattc
tcaattggaaaatactgaccacaccatgtgcccaaaggccaaggagcaca
gagagcagaggagatagggggctgatgaggtagactagagtagactttaa
ttgtacgtgtgtgtgtgtgtgtgtggggggggg
gaattcagcatggcactcagatgcggtatgagagaggagtgagtgtccca
tgaggcttgacagttctggcttggacacactgggctacactgcccaccca
gtctctagccacagatggtagcatgtacttggacacaggagtctagaaac
gggcagaacttgactaggaatgcacatcgatgtgacacagactagccatc
catcataggcataaagctgcgtggcagggtagagcagggactagcaagtt
gagtggaggtactgtatccacagaggacccagctgaggagatgcacgagg
ggactgctcaggaagtaaggaaatcacaacttgtgggacactagggcagg
aacaccagaaaggcaacagtgcacagctgggacacaggttaggagtggag
aagtctctcataaggccaggacagtgagcctgcagcacataccctgaacg
tggcctccatccttacccaacctgacaccaggatgccaacaccatcataa
gcacagctctgggaaccagtcccagcccagagctaagcaggttctcactt
gccagaaacacagccctgaaatttcaagtgatgaccagataatgcaccaa
gctccagctatgtcactgacctgatgggacttccagaagaagcagatgtt
attcttcatataggaaggaaaggatgctcccagaagcaaggacaagcccc
agaggtgacaccagatgtctgtactctcgctctgctactgtcaggacctg
cagggtgcctgctctgaagccagtgctgggtccactttagcatctccttg
cctaacactaacaggccccagctccacagaagccacagtgagccccgctg
ggagggaagtgcccttcacaaacccctccatgcccgtctgtgtgccagtt
tgctcacaggatacttttatctttttccatttaacaatctccattataac
aaatagcattttctttcctaactttttttcctaatacatttgagtgggag
agagtcagtggtagagcaaggacccaagtcagttccagtatacacatcgt
ggtctcatttcccgtactcagctctgagaacgacacaaacctctgcttac
ttcagactaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_93675122_93675510
seq2: B6Ng01-069C06.b_51_439

seq1  GAATTCAGGGCGGAGGGAAAGCATGAGCCACCCAGAGCAGGAGGTACAGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGGGCGGAGGGAAAGCATGAGCCACCCAGAGCAGGAGGTACAGA  50

seq1  CACGGAAGGGATCGCGGGCGAGCCGGCTGGCCGCAGTCGAGGCAAAGGGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACGGAAGGGATCGCGGGCGAGCCGGCTGGCCGCAGTCGAGGCAAAGGGA  100

seq1  ACAACAGATGTGCTTCTATTTCTGCTCTCGATTAAATGTCAGCTCCCCAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACAGATGTGCTTCTATTTCTGCTCTCGATTAAATGTCAGCTCCCCAA  150

seq1  CCTTTTGTTCAATTCTCTTTCATGACAAAACGAAGTCTGGGTTATCCTGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTTGTTCAATTCTCTTTCATGACAAAACGAAGTCTGGGTTATCCTGG  200

seq1  TCTATGTCTCTCTTTCAATATCCCTCCTTTCTCCCATAGGTCCTCAACTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATGTCTCTCTTTCAATATCCCTCCTTTCTCCCATAGGTCCTCAACTC  250

seq1  TAATTCTCAATTGGAAAATACTGACCACACCATGTGCCCAAAGGCCAAGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTCTCAATTGGAAAATACTGACCACACCATGTGCCCAAAGGCCAAGG  300

seq1  AGCACAGAGAGCAGAGGAGATAGGGGGCTGATGAGGTAGACTAGAGTAGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACAGAGAGCAGAGGAGATAGGGGGCTGATGAGGTAGACTAGAGTAGA  350

seq1  CTTTAATTGTACGTGTGTGTGTGTGTGTGTGGGGGGGGG  389
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTAATTGTACGTGTGTGTGTGTGTGTGTGGGGGGGGG  389

seq1: chr1_93821753_93822884
seq2: B6Ng01-069C06.g_69_1178 (reverse)

seq1  TTAGTGCCTGAAGTAAGCAGAGGGTATTGGGTGTTGGTTCTCAGAGCTGA  50
      |||||  |||||||||||||||| |  ||     | ||||||||||||||
seq2  TTAGT--CTGAAGTAAGCAGAGGTTTGTG-----TCGTTCTCAGAGCTGA  43

seq1  AGTTACGGGGAATTGAGAGCCAACGGATGTGTATACTGGGAACTGGACTT  100
         |||||| |||   ||| | || |||||||||||| |||||| |||||
seq2  --GTACGGGAAAT---GAGACCAC-GATGTGTATACT-GGAACT-GACTT  85

seq1  GGGTCCTTTGCTCTTAACCACTGAGCTCTCTCCCAACTCAAAATGTTATT  150
      |||||| |||||||  |||||||| ||||||||| |||| ||||| ||||
seq2  GGGTCC-TTGCTCT--ACCACTGA-CTCTCTCCC-ACTC-AAATG-TATT  128

seq1  AGGAAAAAAAAGTTAGGAAAGAAAATGCTATTTGTTAT-ATGGAGATTGT  199
      ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  AGG-AAAAAAAGTTAGGAAAGAAAATGCTATTTGTTATAATGGAGATTGT  177

seq1  TAAATGGAAAAAGATAAAAGTATCCTGTGAGCAAACTGGCACACAGACGG  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATGGAAAAAGATAAAAGTATCCTGTGAGCAAACTGGCACACAGACGG  227

seq1  GCATGGAGGGGTTTGTGAAGGGCACTTCCCTCCCAGCGGGGCTCACTGTG  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGGAGGGGTTTGTGAAGGGCACTTCCCTCCCAGCGGGGCTCACTGTG  277

seq1  GCTTCTGTGGAGCTGGGGCCTGTTAGTGTTAGGCAAGGAGATGCTAAAGT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCTGTGGAGCTGGGGCCTGTTAGTGTTAGGCAAGGAGATGCTAAAGT  327

seq1  GGACCCAGCACTGGCTTCAGAGCAGGCACCCTGCAGGTCCTGACAGTAGC  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACCCAGCACTGGCTTCAGAGCAGGCACCCTGCAGGTCCTGACAGTAGC  377

seq1  AGAGCGAGAGTACAGACATCTGGTGTCACCTCTGGGGCTTGTCCTTGCTT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCGAGAGTACAGACATCTGGTGTCACCTCTGGGGCTTGTCCTTGCTT  427

seq1  CTGGGAGCATCCTTTCCTTCCTATATGAAGAATAACATCTGCTTCTTCTG  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGAGCATCCTTTCCTTCCTATATGAAGAATAACATCTGCTTCTTCTG  477

seq1  GAAGTCCCATCAGGTCAGTGACATAGCTGGAGCTTGGTGCATTATCTGGT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTCCCATCAGGTCAGTGACATAGCTGGAGCTTGGTGCATTATCTGGT  527

seq1  CATCACTTGAAATTTCAGGGCTGTGTTTCTGGCAAGTGAGAACCTGCTTA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCACTTGAAATTTCAGGGCTGTGTTTCTGGCAAGTGAGAACCTGCTTA  577

seq1  GCTCTGGGCTGGGACTGGTTCCCAGAGCTGTGCTTATGATGGTGTTGGCA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTGGGCTGGGACTGGTTCCCAGAGCTGTGCTTATGATGGTGTTGGCA  627

seq1  TCCTGGTGTCAGGTTGGGTAAGGATGGAGGCCACGTTCAGGGTATGTGCT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGGTGTCAGGTTGGGTAAGGATGGAGGCCACGTTCAGGGTATGTGCT  677

seq1  GCAGGCTCACTGTCCTGGCCTTATGAGAGACTTCTCCACTCCTAACCTGT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGCTCACTGTCCTGGCCTTATGAGAGACTTCTCCACTCCTAACCTGT  727

seq1  GTCCCAGCTGTGCACTGTTGCCTTTCTGGTGTTCCTGCCCTAGTGTCCCA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCCAGCTGTGCACTGTTGCCTTTCTGGTGTTCCTGCCCTAGTGTCCCA  777

seq1  CAAGTTGTGATTTCCTTACTTCCTGAGCAGTCCCCTCGTGCATCTCCTCA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTTGTGATTTCCTTACTTCCTGAGCAGTCCCCTCGTGCATCTCCTCA  827

seq1  GCTGGGTCCTCTGTGGATACAGTACCTCCACTCAACTTGCTAGTCCCTGC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGGTCCTCTGTGGATACAGTACCTCCACTCAACTTGCTAGTCCCTGC  877

seq1  TCTACCCTGCCACGCAGCTTTATGCCTATGATGGATGGCTAGTCTGTGTC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTACCCTGCCACGCAGCTTTATGCCTATGATGGATGGCTAGTCTGTGTC  927

seq1  ACATCGATGTGCATTCCTAGTCAAGTTCTGCCCGTTTCTAGACTCCTGTG  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCGATGTGCATTCCTAGTCAAGTTCTGCCCGTTTCTAGACTCCTGTG  977

seq1  TCCAAGTACATGCTACCATCTGTGGCTAGAGACTGGGTGGGCAGTGTAGC  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAAGTACATGCTACCATCTGTGGCTAGAGACTGGGTGGGCAGTGTAGC  1027

seq1  CCAGTGTGTCCAAGCCAGAACTGTCAAGCCTCATGGGACACTCACTCCTC  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTGTGTCCAAGCCAGAACTGTCAAGCCTCATGGGACACTCACTCCTC  1077

seq1  TCTCATACCGCATCTGAGTGCCATGCTGAATTC  1132
      |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCATACCGCATCTGAGTGCCATGCTGAATTC  1110