BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-069F07
Chromosome1 (Build37)
Map Location 11,268,274 - 11,400,282
singlet/doubletdoublet
Overlap geneC030045D06Rik
Upstream geneCpa6, LOC433271
Downstream geneA830018L16Rik, LOC665262
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-069F07.bB6Ng01-069F07.g
ACCDH887673DH887674
length1,1951,111
definitionDH887673|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-069F07, 5' end.DH887674|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-069F07, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(11,399,075 - 11,400,282)(11,268,274 - 11,269,392)
sequence
gaattcagaactacaatgaccctatggttttacacagccatgccttccat
tattagccagtggaattccatctctaattttcacatttaaatattagatt
ttaatatttaatttttaatatgtgtgttcataagcaaactccatctcaaa
gtctttaatttatagcaataactgtagaacaggcttacttattaagtcat
gaaccatttgaagaatatctttttacatgtgatcatatggcctactggaa
gctgctactaatatcaggagagaagactatagcacatgctgtttgccaaa
gaaaagatccaaattcagcatctcaattatggtttctacacacatgccca
ccactatataagtcaaacactggcaaatagaaccattatggattggatcc
catatacaacatcaactttccatgagcgtgagtttttcctgagtcaccat
tgtgaaagcagtggactgacaatcacacagaacacagagaaaacttctgt
actgttgaatcctagttccagaacataccaactctcagatctgggcaagt
aggtccagaagcctcaccttctaatgtaacaataaatacatcattgttcc
tattgtagggttgtgatgaaccaattttggggggtagttttttgttattt
ttagaaacacagtatttttaactgttaagctcttaaaaatatggttgcca
aagaatatttggtgaacattactgctgacagcaggaagttatttcttaca
acatctgtttttcttccttccttcctgcatttttaaaggtaagtgaagtc
tatctaatcagaaaataaatgccctgcccttcttatttgtcttaatgtca
tagtctaaaatgatttctattttaccattgagccacgaagacaatctgaa
gatttataattgagtagactatatatacatattgatgttaaaatgaaaag
agaggaaaaacaaagtaaccagactaaattgaagtcattgcatcaagcta
atacatttagatgttcattttggagaaagaaaagtgtagttccctggact
tatttaaaacatttattctttattttggagctcagctacccctgaatact
gggtaaattttatttggtgttcctaaggtatccaaaaaactaacaaagcc
ttgatattttaatgagaatttctccagccaaagctttattatcta
gaattcctcacaaccttctagtggatgaccctcagcgaactattctagca
aggtctttcagcagtcctcttacattttctatggtcacacattcccacag
agccaccaaaatagtccaagaaaaaggagaaaactgagaataagcactta
cacacatttctatacaggtagaactgtctctttaactcaaatattgttaa
atgaatgggtcagaacagacgatgctcaggagtatgtggaaccaggtgat
cagtggtgtctcacaccgattaagagaacatgtgatgagtcaccagaatg
gctcatgttcttatacattgcctcccatcattattcagggggctaaaata
ggtattgggtactttcctacaattcgaataaccagataactacaacctat
gaaagcagcaccaagaagcacagcaccaagaagcaaagacaattagctcc
ctaagaatgctttcccagtagtcacttgaacaaagagaatcggcttttaa
tttaaggagaaataaccaaggttcccactgaatgtgggaaataaccattt
tctaagatctagatctgtaaagttctaaatatacatcaaaagctacataa
gatatatttcatattttcccaggtgtcctcaaattctgcaggatgctgtg
cccttggagaattttcttttctttgtccccaagcctgaggacagcatcag
agctcaaatatttaaaaaacaaacaaacaaaaacattgctcaggttatat
ttgagtcatcaatatacacccataactcagggatggtagtggatatttta
ggcatacttttgagttcttcatatgtattgtgacacagaaaaaggtttta
aactagtgatcaatgtcacttatgatatttcaaatgtgtgaaaataaata
ctgagaaccccttgtaagagttaattttctatatccgattaaagtatttt
tagatgaatatacacatgatactacttcatgactttctgtggctcaaatg
tgtttatcataagtctggcctttcatgtgctaaattgttgttttgagtta
tagccaggacttgatcacagacacacacaccacacacatgcacggtgtgt
gtgtgtggtgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_11399075_11400282
seq2: B6Ng01-069F07.b_45_1239 (reverse)

seq1  TAGATATATAAAGCTTTGGCTGGAGAAATATCTTCATTTAAAAATATCAA  50
      |||||| |||||||||||||||||||||| || |||||  ||||||||||
seq2  TAGATA-ATAAAGCTTTGGCTGGAGAAAT-TC-TCATT--AAAATATCAA  45

seq1  AGCTTTGTTAGTGTTTTTAGAATAACTTATGAACACCAAAATAAAAAATT  100
       |||||||||  |||||| | ||| |||| |||||||||   | ||||||
seq2  GGCTTTGTTA--GTTTTTTGGATACCTTAGGAACACCAA---ATAAAATT  90

seq1  TA-CCAGTA-TCAGGTGTTAGCTGAGCTCCAACATAAAAGAATATATTGT  148
      || |||||| ||||| | |||||||||||||| || |||||||| | |||
seq2  TACCCAGTATTCAGG-GGTAGCTGAGCTCCAAAAT-AAAGAATA-AATGT  137

seq1  TTTAAATAAGTCCAGGGAACTTACACTTTTCTATCTCCAAAATGAACATC  198
      |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  TTTAAATAAGTCCAGGGAAC-TACACTTTTCTTTCTCCAAAATGAACATC  186

seq1  TAAATGTATTAGCTTGATGCAATGACTTCAATTTAGTCTGGTTACTTTGT  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATGTATTAGCTTGATGCAATGACTTCAATTTAGTCTGGTTACTTTGT  236

seq1  TTTTCCTCTCTTTTCATTTTTAACATCAATATGTATATATAGTCTACTCA  298
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCCTCTCTTTTCA-TTTTAACATCAATATGTATATATAGTCTACTCA  285

seq1  ATTATAAATCTTCAGATTGTCTTCGTGGCTCAATGGTAAAATAGAAATCA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATAAATCTTCAGATTGTCTTCGTGGCTCAATGGTAAAATAGAAATCA  335

seq1  TTTTAGACTATGACATTAAGACAAATAAGAAGGGCAGGGCATTTATTTTC  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAGACTATGACATTAAGACAAATAAGAAGGGCAGGGCATTTATTTTC  385

seq1  TGATTAGATAGACTTCACTTACCTTTAAAAATGCAGGAAGGAAGGAAGAA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTAGATAGACTTCACTTACCTTTAAAAATGCAGGAAGGAAGGAAGAA  435

seq1  AAACAGATGTTGTAAGAAATAACTTCCTGCTGTCAGCAGTAATGTTCACC  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAGATGTTGTAAGAAATAACTTCCTGCTGTCAGCAGTAATGTTCACC  485

seq1  AAATATTCTTTGGCAACCATATTTTTAAGAGCTTAACAGTTAAAAATACT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATTCTTTGGCAACCATATTTTTAAGAGCTTAACAGTTAAAAATACT  535

seq1  GTGTTTCTAAAAATAACAAAAAACTACCCCCCAAAATTGGTTCATCACAA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTTCTAAAAATAACAAAAAACTACCCCCCAAAATTGGTTCATCACAA  585

seq1  CCCTACAATAGGAACAATGATGTATTTATTGTTACATTAGAAGGTGAGGC  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTACAATAGGAACAATGATGTATTTATTGTTACATTAGAAGGTGAGGC  635

seq1  TTCTGGACCTACTTGCCCAGATCTGAGAGTTGGTATGTTCTGGAACTAGG  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGGACCTACTTGCCCAGATCTGAGAGTTGGTATGTTCTGGAACTAGG  685

seq1  ATTCAACAGTACAGAAGTTTTCTCTGTGTTCTGTGTGATTGTCAGTCCAC  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCAACAGTACAGAAGTTTTCTCTGTGTTCTGTGTGATTGTCAGTCCAC  735

seq1  TGCTTTCACAATGGTGACTCAGGAAAAACTCACGCTCATGGAAAGTTGAT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTTCACAATGGTGACTCAGGAAAAACTCACGCTCATGGAAAGTTGAT  785

seq1  GTTGTATATGGGATCCAATCCATAATGGTTCTATTTGCCAGTGTTTGACT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTATATGGGATCCAATCCATAATGGTTCTATTTGCCAGTGTTTGACT  835

seq1  TATATAGTGGTGGGCATGTGTGTAGAAACCATAATTGAGATGCTGAATTT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATAGTGGTGGGCATGTGTGTAGAAACCATAATTGAGATGCTGAATTT  885

seq1  GGATCTTTTCTTTGGCAAACAGCATGTGCTATAGTCTTCTCTCCTGATAT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATCTTTTCTTTGGCAAACAGCATGTGCTATAGTCTTCTCTCCTGATAT  935

seq1  TAGTAGCAGCTTCCAGTAGGCCATATGATCACATGTAAAAAGATATTCTT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTAGCAGCTTCCAGTAGGCCATATGATCACATGTAAAAAGATATTCTT  985

seq1  CAAATGGTTCATGACTTAATAAGTAAGCCTGTTCTACAGTTATTGCTATA  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATGGTTCATGACTTAATAAGTAAGCCTGTTCTACAGTTATTGCTATA  1035

seq1  AATTAAAGACTTTGAGATGGAGTTTGCTTATGAACACACATATTAAAAAT  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTAAAGACTTTGAGATGGAGTTTGCTTATGAACACACATATTAAAAAT  1085

seq1  TAAATATTAAAATCTAATATTTAAATGTGAAAATTAGAGATGGAATTCCA  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATATTAAAATCTAATATTTAAATGTGAAAATTAGAGATGGAATTCCA  1135

seq1  CTGGCTAATAATGGAAGGCATGGCTGTGTAAAACCATAGGGTCATTGTAG  1198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCTAATAATGGAAGGCATGGCTGTGTAAAACCATAGGGTCATTGTAG  1185

seq1  TTCTGAATTC  1208
      ||||||||||
seq2  TTCTGAATTC  1195

seq1: chr1_11268274_11269392
seq2: B6Ng01-069F07.g_69_1179

seq1  GAATTCCTCACAACCTTCTAGTGGATGACCCTCAGCGAACTATTCTAGCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTCACAACCTTCTAGTGGATGACCCTCAGCGAACTATTCTAGCA  50

seq1  AGGTCTTTCAGCAGTCCTCTTACATTTTCTATGGTCACACATTCCCACAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTCTTTCAGCAGTCCTCTTACATTTTCTATGGTCACACATTCCCACAG  100

seq1  AGCCACCAAAATAGTCCAAGAAAAAGGAGAAAACTGAGAATAAGCACTTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCACCAAAATAGTCCAAGAAAAAGGAGAAAACTGAGAATAAGCACTTA  150

seq1  CACACATTTCTATACAGGTAGAACTGTCTCTTTAACTCAAATATTGTTAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACATTTCTATACAGGTAGAACTGTCTCTTTAACTCAAATATTGTTAA  200

seq1  ATGAATGGGTCAGAACAGACGATGCTCAGGAGTATGTGGAACCAGGTGAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAATGGGTCAGAACAGACGATGCTCAGGAGTATGTGGAACCAGGTGAT  250

seq1  CAGTGGTGTCTCACACCGATTAAGAGAACATGTGATGAGTCACCAGAATG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGGTGTCTCACACCGATTAAGAGAACATGTGATGAGTCACCAGAATG  300

seq1  GCTCATGTTCTTATACATTGCCTCCCATCATTATTCAGGGGGCTAAAATA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCATGTTCTTATACATTGCCTCCCATCATTATTCAGGGGGCTAAAATA  350

seq1  GGTATTGGGTACTTTCCTACAATTCGAATAACCAGATAACTACAACCTAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTATTGGGTACTTTCCTACAATTCGAATAACCAGATAACTACAACCTAT  400

seq1  GAAAGCAGCACCAAGAAGCACAGCACCAAGAAGCAAAGACAATTAGCTCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGCAGCACCAAGAAGCACAGCACCAAGAAGCAAAGACAATTAGCTCC  450

seq1  CTAAGAATGCTTTCCCAGTAGTCACTTGAACAAAGAGAATCGGCTTTTAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGAATGCTTTCCCAGTAGTCACTTGAACAAAGAGAATCGGCTTTTAA  500

seq1  TTTAAGGAGAAATAACCAAGGTTCCCACTGAATGTGGGAAATAACCATTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAGGAGAAATAACCAAGGTTCCCACTGAATGTGGGAAATAACCATTT  550

seq1  TCTAAGATCTAGATCTGTAAAGTTCTAAATATACATCAAAAGCTACATAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAAGATCTAGATCTGTAAAGTTCTAAATATACATCAAAAGCTACATAA  600

seq1  GATATATTTCATATTTTCCCAGGTGTCCTCAAATTCTGCAGGATGCTGTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATATATTTCATATTTTCCCAGGTGTCCTCAAATTCTGCAGGATGCTGTG  650

seq1  CCCTTGGAGAATTTTCTTTTCTTTGTCCCCAAGCCTGAGGACAGCATCAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTGGAGAATTTTCTTTTCTTTGTCCCCAAGCCTGAGGACAGCATCAG  700

seq1  AGCTCAAATATTTAAAAAACAAACAAACAAAAACATTGCTCAGGTTATAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCAAATATTTAAAAAACAAACAAACAAAAACATTGCTCAGGTTATAT  750

seq1  TTGAGTCATCAATATACACCCATAACTCAGGGATGGTAGTGGATATTTTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGTCATCAATATACACCCATAACTCAGGGATGGTAGTGGATATTTTA  800

seq1  GGCATACTTTTGAGTTCTTCATATGTATTGTGACACAGAAAAAGGTTTTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCATACTTTTGAGTTCTTCATATGTATTGTGACACAGAAAAAGGTTTTA  850

seq1  AACTAGTGATCAATGTCACTTATGATATTTCAAATGTGTGAAAATAAATA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTAGTGATCAATGTCACTTATGATATTTCAAATGTGTGAAAATAAATA  900

seq1  CTGAGAACCCCTTGTAAGAGTTATATTTTCTATATCCGATTAAAGTATTT  950
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGAACCCCTTGTAAGAGTTA-ATTTTCTATATCCGATTAAAGTATTT  949

seq1  TTAGATGAATATACACATGATACTACTTCATGACTTTCTGTGGCTCCAAA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  TTAGATGAATATACACATGATACTACTTCATGACTTTCTGTGGCT-CAAA  998

seq1  TGTTGTTTATCATAAGTCTGGCCTTCCATGTGCTAAATTTGTTGTATTGA  1050
      || |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||
seq2  TG-TGTTTATCATAAGTCTGGCCTTTCATGTGCTAAA-TTGTTGTTTTGA  1046

seq1  GTTATAGCCAGGACTTGAATCACAGACACACACACACACACACATGCACG  1100
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| 
seq2  GTTATAGCCAGGACTTG-ATCACAGACACACACAC-CACACACATGCAC-  1093

seq1  GGTGTGTGTGTGTGTGTGT  1119
      |||||||||||||| ||||
seq2  GGTGTGTGTGTGTG-GTGT  1111