BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-069I21
Chromosome1 (Build37)
Map Location 46,861,757 - 46,966,385
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSlc39a10
Upstream geneWdr75, EG433297, LOC383644, Slc40a1, LOC670603, EG227054, LOC100042453, EG212225, Dnahc7b, LOC666855
Downstream geneEG227061, LOC666869
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-069I21.bB6Ng01-069I21.g
ACCDH887827DH887828
length993768
definitionDH887827|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-069I21, 5' end.DH887828|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-069I21, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(46,861,757 - 46,862,756)(46,965,619 - 46,966,385)
sequence
gaattcactttccactgtgtattgcagttcaatgttacaatgtccttgta
gcttttttgactgtagttattaagttttggcagagcacatactttcaaga
gagacagatcatctgtctatggataacccatgagagggacactaacagtt
taggcattaatgaagtaggtaggagagtgctcctatatagctcctctggt
aatgggaatactggttttcatccagtggtggggcttctcaggtactgttg
atactggctgctttttgaatgggctctagtcttggctgctcaacaacagt
gaagggtctaagcactcttgatttgacactctacaagtacagttgcttca
cagggagcaacacgagtcagaattcctcccaccccctgtagtactcacct
ttccttgtgagcagtgtgtgaccaagtaagtgaggcaactgatgcagggg
cccaggacaggtgcagtggggtagtttatttttttgctactactttgggt
atgtctacccagtagctatctactactacaggtaggtccctgcctgtgca
ttcctggggactgatgaagtatttctgtggctcctggagcttttcttcca
gattgttctagcaacagtaatatgaaatactattatgtatatatgtaata
gatataatgtgtgatggcaatagcaccaataattgagtgtcagtaggtca
tggccaaggtcaggcaaaacccctctcccagggctctccccggaaggaca
gcagggatatgtgtttgacagttcttagctatactcttggctatgtacac
tgagggctgctgtaggtacattattctctccatttcatttgaactgccat
tgtagctctgacttgtttgttgagacttgccaggacaatgcttctggggc
aggcctacagccagggaaggggggtgttggcagacacatatagctggagc
gtggaatatttcttacccttgcttgaggatcatgtgacccagg
gctagacaggagactgaggccaagctccggctatctgatgcactaccgaa
gaaagaacgccaatggggagagcaggggtgtagatgatagtaacatgcaa
tgacatatatacatgcataagttattttgtatgctaacctaaaatacaaa
aagagaaatcaagattcaagcaacctatagattcctgactattcaaacaa
atccctgtgtactgacttccatttagtttagacctttctacggcgattac
atactatgacatggattaatgtgaacaccttcactttatattaggtcttt
ccttatttatttttctacagtttataaggtgagagtgggtggggtttttt
ttctttcttaactttttaatggttgaaaataatacaaaagagtatttttc
aacccatggaaatgatatgaaagatgaattttacccccacacctcacaca
cacagtttgattgcaaggcagccactcttgtttacatactgactgtctgc
aactgcttctaagcagttgcccacagaccacctgtcaagcaaaacccaat
acttgccatttcggacgtttgcagagaaagctagctggcctctgacaaaa
tcatgatctccactcatgccagagtacaagctgaattatctaacaatgtc
actaatcagattacatcaatactccactaaaatgaattgtttcaataaac
gctctctgtcctgatacaaaaaacaaaaaaacagaatccacactcctagg
attaacatgaaaaaggtc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_46861757_46862756
seq2: B6Ng01-069I21.b_46_1038

seq1  GAATTCACTTTCCACTGTGTATTGCAGTTCAATGTTACAATGTCCTTGTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTTTCCACTGTGTATTGCAGTTCAATGTTACAATGTCCTTGTA  50

seq1  GCTTTTTTGACTGTAGTTATTAAGTTTTGGCAGAGCACATACTTTCAAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTTTTGACTGTAGTTATTAAGTTTTGGCAGAGCACATACTTTCAAGA  100

seq1  GAGACAGATCATCTGTCTATGGATAACCCATGAGAGGGACACTAACAGTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACAGATCATCTGTCTATGGATAACCCATGAGAGGGACACTAACAGTT  150

seq1  TAGGCATTAATGAAGTAGGTAGGAGAGTGCTCCTATATAGCTCCTCTGGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGCATTAATGAAGTAGGTAGGAGAGTGCTCCTATATAGCTCCTCTGGT  200

seq1  AATGGGAATACTGGTTTTCATCCAGTGGTGGGGCTTCTCAGGTACTGTTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGGAATACTGGTTTTCATCCAGTGGTGGGGCTTCTCAGGTACTGTTG  250

seq1  ATACTGGCTGCTTTTTGAATGGGCTCTAGTCTTGGCTGCTCAACAACAGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTGGCTGCTTTTTGAATGGGCTCTAGTCTTGGCTGCTCAACAACAGT  300

seq1  GAAGGGTCTAAGCACTCTTGATTTGACACTCTACAAGTACAGTTGCTTCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGGTCTAAGCACTCTTGATTTGACACTCTACAAGTACAGTTGCTTCA  350

seq1  CAGGGAGCAACACGAGTCAGAATTCCTCCCACCCCCTGTAGTACTCACCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGAGCAACACGAGTCAGAATTCCTCCCACCCCCTGTAGTACTCACCT  400

seq1  TTCCTTGTGAGCAGTGTGTGACCAAGTAAGTGAGGCAACTGATGCAGGGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTTGTGAGCAGTGTGTGACCAAGTAAGTGAGGCAACTGATGCAGGGG  450

seq1  CCCAGGACAGGTGCAGTGGGGTAGTTTATTTTTTTGCTACTACTTTGGGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGGACAGGTGCAGTGGGGTAGTTTATTTTTTTGCTACTACTTTGGGT  500

seq1  ATGTCTACCCAGTAGCTATCTACTACTACAGGTAGGTCCCTGCCTGTGCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCTACCCAGTAGCTATCTACTACTACAGGTAGGTCCCTGCCTGTGCA  550

seq1  TTCCTGGGGACTGATGAAGTATTTCTGTGGCTCCTGGAGCTTTTCTTCCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTGGGGACTGATGAAGTATTTCTGTGGCTCCTGGAGCTTTTCTTCCA  600

seq1  GATTGTTCTAGCAACAGTAATATGAAATACTATTATGTATATATGTAATA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTGTTCTAGCAACAGTAATATGAAATACTATTATGTATATATGTAATA  650

seq1  GATATAATGTGTGATGGCAATAGCACCAATAATTGAGTGTCAGTAGGTCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATATAATGTGTGATGGCAATAGCACCAATAATTGAGTGTCAGTAGGTCA  700

seq1  TGGCCAAGGTCAGGCAAAACCCCTCTCCCAGGGCTCTCCCCGGAAGGACA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCCAAGGTCAGGCAAAACCCCTCTCCCAGGGCTCTCCCCGGAAGGACA  750

seq1  GCAGGGATATGTGTTTGACAGTTCTTAGCTATACTCTTGGCTATGTACAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGGATATGTGTTTGACAGTTCTTAGCTATACTCTTGGCTATGTACAC  800

seq1  TGAGGGCTGCTGTAGGTACATTATTCTCTCCATTTCATTTGAACTGCCAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGGCTGCTGTAGGTACATTATTCTCTCCATTTCATTTGAACTGCCAT  850

seq1  TGTAGCTCTGACTTGTTTGTTGAGACTTGCCAGGACAATGCTTCTGGGGC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGCTCTGACTTGTTTGTTGAGACTTGCCAGGACAATGCTTCTGGGGC  900

seq1  AGGCCTACAGCCAGGGAGGGGGGGTGTTGGCAGACACAATATAGGCTGGA  950
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||||
seq2  AGGCCTACAGCCAGGGAAGGGGGGTGTTGGCAGACAC-ATATA-GCTGGA  948

seq1  GGCGGTGGAATATTTCTTACCCTTGCTTTGAGGAATCATGTGACACCAGG  1000
      |   |||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| |||||
seq2  G--CGTGGAATATTTCTTACCCTTGC-TTGAGG-ATCATGTGAC-CCAGG  993

seq1: chr1_46965619_46966385
seq2: B6Ng01-069I21.g_81_847 (reverse)

seq1  ACCTTTTTCATGGTTAATCCTAGGAGTGTGGACTCTG-TTTTTTGTTTTC  49
      ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| 
seq2  ACCTTTTTCAT-GTTAATCCTAGGAGTGTGGATTCTGTTTTTTTGTTTTT  49

seq1  TGTATCAGGACAGAGAGCGTTTATTGAAACAATTCATTTTAGTGGAGTAT  99
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATCAGGACAGAGAGCGTTTATTGAAACAATTCATTTTAGTGGAGTAT  99

seq1  TGATGTAATCTGATTAGTGACATTGTTAGATAATTCAGCTTGTACTCTGG  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGTAATCTGATTAGTGACATTGTTAGATAATTCAGCTTGTACTCTGG  149

seq1  CAAGAGTGGAGATCATGATTTCTGTCAGAGGCCAGCTAGCTTTCTCTGCA  199
      || |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGAGTGGAGATCATGATTT-TGTCAGAGGCCAGCTAGCTTTCTCTGCA  198

seq1  AACGTCCG-AATGGCAAGTATTGGGTTTTGCTTGACAGGTGGTCTGTGGG  248
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACGTCCGAAATGGCAAGTATTGGGTTTTGCTTGACAGGTGGTCTGTGGG  248

seq1  CAACTGCTTAGAAGCAGTTGCAGACAGTCAGTATGTAAACAAGAGTGGCT  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTGCTTAGAAGCAGTTGCAGACAGTCAGTATGTAAACAAGAGTGGCT  298

seq1  GCCTTGCAATCAAACTGTGTGTGTGAGGTGTGGGGGTAAAATTCATCTTT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTGCAATCAAACTGTGTGTGTGAGGTGTGGGGGTAAAATTCATCTTT  348

seq1  CATATCATTTCCATGGGTTGAAAAATACTCTTTTGTATTATTTTCAACCA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATCATTTCCATGGGTTGAAAAATACTCTTTTGTATTATTTTCAACCA  398

seq1  TTAAAAAGTTAAGAAAGAAAAAAAACCCCACCCACTCTCACCTTATAAAC  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAAAGTTAAGAAAGAAAAAAAACCCCACCCACTCTCACCTTATAAAC  448

seq1  TGTAGAAAAATAAATAAGGAAAGACCTAATATAAAGTGAAGGTGTTCACA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGAAAAATAAATAAGGAAAGACCTAATATAAAGTGAAGGTGTTCACA  498

seq1  TTAATCCATGTCATAGTATGTAATCGCCGTAGAAAGGTCTAAACTAAATG  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATCCATGTCATAGTATGTAATCGCCGTAGAAAGGTCTAAACTAAATG  548

seq1  GAAGTCAGTACACAGGGATTTGTTTGAATAGTCAGGAATCTATAGGTTGC  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTCAGTACACAGGGATTTGTTTGAATAGTCAGGAATCTATAGGTTGC  598

seq1  TTGAATCTTGATTTCTCTTTTTGTATTTTAGGTTAGCATACAAAATAACT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAATCTTGATTTCTCTTTTTGTATTTTAGGTTAGCATACAAAATAACT  648

seq1  TATGCATGTATATATGTCATTGCATGTTACTATCATCTACACCCCTGCTC  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCATGTATATATGTCATTGCATGTTACTATCATCTACACCCCTGCTC  698

seq1  TCCCCATTGGCGTTCTTTCTTCGGTAGTGCATCAGATAGCCGGAGCTTGG  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCATTGGCGTTCTTTCTTCGGTAGTGCATCAGATAGCCGGAGCTTGG  748

seq1  CCTCAGTCTCCTGTCTAGC  767
      |||||||||||||||||||
seq2  CCTCAGTCTCCTGTCTAGC  767