BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-071J24
Chromosome1 (Build37)
Map Location 138,432,408 - 138,575,741
singlet/doubletdoublet
Overlap geneZfp281
Upstream geneNav1, EG215714, LOC623327, Csrp1, Phlda3, Tnni1, Lad1, Tnnt2, LOC100042477, Pkp1, 9830123M21Rik, Tmem9, Ascl5, Cacna1s, Kif21b, 2310006M14Rik, 5730559C18Rik, LOC100042513, Gpr25, Camsap1l1, 9230116N13Rik, Ddx59, Kif14
Downstream geneLOC667686, EG623818, Nr5a2, Rnu7-ps3, LOC100042567
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-071J24.bB6Ng01-071J24.g
ACCDH889272DH889273
length1,1171,109
definitionDH889272|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-071J24, 5' end.DH889273|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-071J24, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(138,574,610 - 138,575,741)(138,432,408 - 138,433,518)
sequence
gaattcctcgcctcaagagcactcgctgatcctgcctcttccagagcttt
gagcactggtgtaagtgcctcagggttctgctctttgacctctctcttat
cgagcagcaagcactcccttcagggtcacagtctcaagctttaaatattt
attcactggtggtttctaacatgtgtcattacattagcactcctgtctcc
ttgtactggtctccatggatactgaggggatacaggtgggcaagagctct
ggctgttcgtgtcaaaccaaatgcttaaagccagaactagagtccattct
ccacttgttctttcctctcaattctgcaggtccagaatctgccctagttg
tcctgagcccaagtcatcacccttttttctgggttttttcaatatctcat
tttcttgtttgcttttggtggccgtgtgaggagggaatggtggttcagtc
tagattgttctaagtagggactcagggtcaagaggtgacccagcggttaa
gaacactggctgcttttccagaggacctggattctatttctagcatccat
atggtggctcacaaccatacaactgtctgtgactcttgttccagaggatc
agataccctcttctaacctccataggaactaagtatacacagacatacat
gcagaaaaattatctacaaagttaaacaagactgggtgtgttagtggtaa
cgcacacctttgatcccagcactctggacagaggcagatggatctctgag
tttgagaccagcctggtctacagagtgagtttcaaggcagccagggctag
ctacacagagaaaccctgtcaatgggaaaaaataaaataataaaggggtt
tcactgggtagcccaggagtaggccttgatttcacaacaatgcccctgac
tctcagtttagatattaaaacaggcatcagccaccatgcccaggttctca
cagtaatcagagcagtcagacaaagagaaaatgcatgttctgtaggtgag
gtacccaggcatgtgcctcagagcctaaagaaggcgtcagtctcttgccc
agcatgtcacacttatctttcgaggtgctagtccagtggtcccacctgtg
gtccgacccctctgcaa
gaattctgggatagagccgggcacaggaagatccacccagggaagatgtg
aggagatggacggatggtacctgagcacaggtaaccagccacatggcagg
atgtaggttggaataattgggttatctaagttacgatccagtcagaaaag
agcctagctatacggccaaggtatttgtaaaaatattttgagtctgagtc
ttatgtctggaaacatgggacagggaggaagaactagaccaaaactaaat
cccaccgggcagtggtggcacacgcctttaatcccagcacttggggggca
gaggcaggtggatttctgagttcgaggctagcctggtctacaaagtgagt
ttcaggacagccagggctacacaaagaaaccctgtcttgaaaaaacaaaa
aaacaaaaaaaacaaaaaaacaaaaacaaaaataagaccaaaaccaaaaa
agccccctaaatcccctttgaatagagactcattctcagagtctttttcc
tcaagaaacccctgactaatacaactactaccttaaaggctccagaactg
ggtgtggcaactggcccaaggagggttcagtgacatctggatgctgagag
ctttcccaggagctccacggctttttccctgcagatgttgccactggaac
aatgagtggccgaccctctgctgggttggcaccactttctcccaggggat
tctcaattccttgttcctgtttttaacttaaaaataacttctgctcattt
tagatgaagttgcattaaatattaagtgttacttatctttttaagtgtta
ttttatatacaattattatatgccaattcaaagcacaatgaatgtcagag
agtaaaaataagaggtatgatgtggccgcggaacatgttagccttgactg
gatccttgaacaaaagcaacgatagagatgagggcattataagatatccg
tcattgtcgtaagtagggcttctattgctgggatgaaacaccataccaaa
gagcagttgggagaaagaacttattggaaaatatttcaatattttcttgt
tcaccaccccaccatgactgtgccttctttcatcagtcactattaagaaa
aatacccta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_138574610_138575741
seq2: B6Ng01-071J24.b_41_1157 (reverse)

seq1  TTGCAAGAGGGGTCGTGACCCACAGGTTGAGAACCACTGGACTAGCACCT  50
      |||| |||||||||| || ||||||||   | ||||||||||||||||||
seq2  TTGC-AGAGGGGTCG-GA-CCACAGGT--GGGACCACTGGACTAGCACCT  45

seq1  CTGAAAAGAATAAAGTGTGACATGCCTGGGCAAGAGACCTGACGCCCTCC  100
      |   |||||   |||||||||||| |||||||||||| |||||| ||| |
seq2  C--GAAAGA--TAAGTGTGACATG-CTGGGCAAGAGA-CTGACG-CCTTC  88

seq1  TCTAGGCTCTGGAGGCACATGCCTGGGTACCTCACCCTACAG-ACATGCA  149
      | |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||
seq2  TTTAGGCTCT-GAGGCACATGCCTGGGTACCTCA-CCTACAGAACATGCA  136

seq1  TTTTCTCTCTGTCTGACTGCTCTGATTACTGTGAGAACCTGGGCATGGTG  199
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTCTTTGTCTGACTGCTCTGATTACTGTGAGAACCTGGGCATGGTG  186

seq1  GCTGATGCCTGTTTTAATATCTAAACCTGAGAGTCAGGGGCATTGTTGTG  249
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGATGCCTGTTTTAATATCTAAA-CTGAGAGTCAGGGGCATTGTTGTG  235

seq1  AAATCAAGGCCTACTCCTGGGCTACCCAGTGAAACCCCTTTATTATTTTA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCAAGGCCTACTCCTGGGCTACCCAGTGAAACCCCTTTATTATTTTA  285

seq1  TTTTTTTCCCATTGACAGGGTTTCTCTGTGTAGCTAGCCCTGGCTGCCTT  349
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -TTTTTTCCCATTGACAGGGTTTCTCTGTGTAGCTAGCCCTGGCTGCCTT  334

seq1  GAAACTCACTCTGTAGACCAGGCTGGTCTCAAACTCAGAGATCCATCTGC  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACTCACTCTGTAGACCAGGCTGGTCTCAAACTCAGAGATCCATCTGC  384

seq1  CTCTGTCCAGAGTGCTGGGATCAAAGGTGTGCGTTACCACTAACACACCC  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGTCCAGAGTGCTGGGATCAAAGGTGTGCGTTACCACTAACACACCC  434

seq1  AGTCTTGTTTAACTTTGTAGATAATTTTTCTGCATGTATGTCTGTGTATA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTTGTTTAACTTTGTAGATAATTTTTCTGCATGTATGTCTGTGTATA  484

seq1  CTTAGTTCCTATGGAGGTTAGAAGAGGGTATCTGATCCTCTGGAACAAGA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGTTCCTATGGAGGTTAGAAGAGGGTATCTGATCCTCTGGAACAAGA  534

seq1  GTCACAGACAGTTGTATGGTTGTGAGCCACCATATGGATGCTAGAAATAG  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACAGACAGTTGTATGGTTGTGAGCCACCATATGGATGCTAGAAATAG  584

seq1  AATCCAGGTCCTCTGGAAAAGCAGCCAGTGTTCTTAACCGCTGGGTCACC  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCCAGGTCCTCTGGAAAAGCAGCCAGTGTTCTTAACCGCTGGGTCACC  634

seq1  TCTTGACCCTGAGTCCCTACTTAGAACAATCTAGACTGAACCACCATTCC  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGACCCTGAGTCCCTACTTAGAACAATCTAGACTGAACCACCATTCC  684

seq1  CTCCTCACACGGCCACCAAAAGCAAACAAGAAAATGAGATATTGAAAAAA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTCACACGGCCACCAAAAGCAAACAAGAAAATGAGATATTGAAAAAA  734

seq1  CCCAGAAAAAAGGGTGATGACTTGGGCTCAGGACAACTAGGGCAGATTCT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGAAAAAAGGGTGATGACTTGGGCTCAGGACAACTAGGGCAGATTCT  784

seq1  GGACCTGCAGAATTGAGAGGAAAGAACAAGTGGAGAATGGACTCTAGTTC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACCTGCAGAATTGAGAGGAAAGAACAAGTGGAGAATGGACTCTAGTTC  834

seq1  TGGCTTTAAGCATTTGGTTTGACACGAACAGCCAGAGCTCTTGCCCACCT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTTTAAGCATTTGGTTTGACACGAACAGCCAGAGCTCTTGCCCACCT  884

seq1  GTATCCCCTCAGTATCCATGGAGACCAGTACAAGGAGACAGGAGTGCTAA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATCCCCTCAGTATCCATGGAGACCAGTACAAGGAGACAGGAGTGCTAA  934

seq1  TGTAATGACACATGTTAGAAACCACCAGTGAATAAATATTTAAAGCTTGA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAATGACACATGTTAGAAACCACCAGTGAATAAATATTTAAAGCTTGA  984

seq1  GACTGTGACCCTGAAGGGAGTGCTTGCTGCTCGATAAGAGAGAGGTCAAA  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGTGACCCTGAAGGGAGTGCTTGCTGCTCGATAAGAGAGAGGTCAAA  1034

seq1  GAGCAGAACCCTGAGGCACTTACACCAGTGCTCAAAGCTCTGGAAGAGGC  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCAGAACCCTGAGGCACTTACACCAGTGCTCAAAGCTCTGGAAGAGGC  1084

seq1  AGGATCAGCGAGTGCTCTTGAGGCGAGGAATTC  1132
      |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATCAGCGAGTGCTCTTGAGGCGAGGAATTC  1117

seq1: chr1_138432408_138433518
seq2: B6Ng01-071J24.g_69_1177

seq1  GAATTCTGGGATAGAGCCGGGCACAGGAAGATCCACCCAGGGAAGATGTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGGGATAGAGCCGGGCACAGGAAGATCCACCCAGGGAAGATGTG  50

seq1  AGGAGATGGACGGATGGTACCTGAGCACAGGTAACCAGCCACATGGCAGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGATGGACGGATGGTACCTGAGCACAGGTAACCAGCCACATGGCAGG  100

seq1  ATGTAGGTTGGAATAATTGGGTTATCTAAGTTACGATCCAGTCAGAAAAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTAGGTTGGAATAATTGGGTTATCTAAGTTACGATCCAGTCAGAAAAG  150

seq1  AGCCTAGCTATACGGCCAAGGTATTTGTAAAAATATTTTGAGTCTGAGTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTAGCTATACGGCCAAGGTATTTGTAAAAATATTTTGAGTCTGAGTC  200

seq1  TTATGTCTGGAAACATGGGACAGGGAGGAAGAACTAGACCAAAACTAAAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGTCTGGAAACATGGGACAGGGAGGAAGAACTAGACCAAAACTAAAT  250

seq1  CCCACCGGGCAGTGGTGGCACACGCCTTTAATCCCAGCACTTGGGGGGCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACCGGGCAGTGGTGGCACACGCCTTTAATCCCAGCACTTGGGGGGCA  300

seq1  GAGGCAGGTGGATTTCTGAGTTCGAGGCTAGCCTGGTCTACAAAGTGAGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCAGGTGGATTTCTGAGTTCGAGGCTAGCCTGGTCTACAAAGTGAGT  350

seq1  TTCAGGACAGCCAGGGCTACACAAAGAAACCCTGTCTTGAAAAAACAAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGGACAGCCAGGGCTACACAAAGAAACCCTGTCTTGAAAAAACAAAA  400

seq1  AAACAAAAAAAACAAAAAAACAAAAACAAAAATAAGACCAAAACCAAAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAAAAAAAACAAAAAAACAAAAACAAAAATAAGACCAAAACCAAAAA  450

seq1  AGCCCCCTAAATCCCCTTTGAATAGAGACTCATTCTCAGAGTCTTTTTCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCCCTAAATCCCCTTTGAATAGAGACTCATTCTCAGAGTCTTTTTCC  500

seq1  TCAAGAAACCCCTGACTAATACAACTACTACCTTAAAGGCTCCAGAACTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGAAACCCCTGACTAATACAACTACTACCTTAAAGGCTCCAGAACTG  550

seq1  GGTGTGGCAACTGGCCCAAGGAGGGTTCAGTGACATCTGGATGCTGAGAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGTGGCAACTGGCCCAAGGAGGGTTCAGTGACATCTGGATGCTGAGAG  600

seq1  CTTTCCCAGGAGCTCCACGGCTTTTTCCCTGCAGATGTTGCCACTGGAAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCCCAGGAGCTCCACGGCTTTTTCCCTGCAGATGTTGCCACTGGAAC  650

seq1  AATGAGTGGCCGACCCTCTGCTGGGTTGGCACCACTTTCTCCCAGGGGAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAGTGGCCGACCCTCTGCTGGGTTGGCACCACTTTCTCCCAGGGGAT  700

seq1  TCTCAATTCCTTGTTCCTGTTTTTAACTTAAAAATAACTTCTGCTCATTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAATTCCTTGTTCCTGTTTTTAACTTAAAAATAACTTCTGCTCATTT  750

seq1  TAGATGAAGTTGCATTAAATATTAAGTGTTACTTATCTTTTTAAGTGTTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATGAAGTTGCATTAAATATTAAGTGTTACTTATCTTTTTAAGTGTTA  800

seq1  TTTTATATACAATTATTATATGCCAATTCAAAGCACAATGAATGTCAGAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATATACAATTATTATATGCCAATTCAAAGCACAATGAATGTCAGAG  850

seq1  AGTAAAAATAAGAGGTATGATGTGGCCGCGGAACATGTTAGCCTTGACTG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAAAAATAAGAGGTATGATGTGGCCGCGGAACATGTTAGCCTTGACTG  900

seq1  GATCCTTGAACAAAAGCAACGATAGAGATGAGGGGCATTATTAAGATATC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||
seq2  GATCCTTGAACAAAAGCAACGATAGAGATGA-GGGCATTA-TAAGATATC  948

seq1  CGTCATTGTCGTAGGTAGGGCTTCTATTGCTGGGATGAAACACCATAACC  1000
      ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  CGTCATTGTCGTAAGTAGGGCTTCTATTGCTGGGATGAAACACCAT-ACC  997

seq1  AAAGAGCAAGTTGGGGAGGAAAGAACTTATTTG-AAATA-TTCCATATTT  1048
      ||||||| |||||||   ||||||||||||| | ||||| ||| ||||||
seq2  AAAGAGC-AGTTGGG--AGAAAGAACTTATTGGAAAATATTTCAATATTT  1044

seq1  --CTGTTCACCA-CCCACCATGGCCTGTGCCCTCTTTCATCAGTCACTAA  1095
         ||||||||| |||||||| | ||||||| |||||||||||||||| |
seq2  TCTTGTTCACCACCCCACCAT-GACTGTGCCTTCTTTCATCAGTCACT-A  1092

seq1  TTAAG-AAAATACCCTA  1111
      ||||| |||||||||||
seq2  TTAAGAAAAATACCCTA  1109