BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-073A08
Chromosome1 (Build37)
Map Location 82,763,132 - 82,903,508
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTm4sf20, LOC100039491, Hrb
Upstream geneEG665145, Irs1, Rhbdd1, Col4a4, Col4a3, 5230400G24Rik
Downstream geneA030005L19Rik, A030014E15Rik, EG621362, A030003K21Rik, LOC665225, LOC100039524, EG665236, LOC665246, Slc19a3, LOC665196, LOC621495, A030005K14Rik, 5530401N06Rik, EG665272, Ccl20, LOC100039575, 4930563E19Rik, EG621614, 4930544G21Rik, EG622958
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-073A08.bB6Ng01-073A08.g
ACCDH890272DH890273
length1,1311,152
definitionDH890272|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-073A08, 5' end.DH890273|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-073A08, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(82,902,371 - 82,903,508)(82,763,132 - 82,764,295)
sequence
gaattcctctttcacaaatgaatccttttcccctactaccatcagcttct
gaccccaccctctatgtctgctaagcacttagtggcaccacctccactgc
cctcgctcattcgcacccaacagctgaggtctgggccacatcacacccac
aatgactaccctttacattctgcatttactgtaagtcatttcatccacaa
gctcctggtcccacctgcctggcacagagtgccttgccacccactcttgc
cttcttcgcattcttcaaacgcataaatcttgtgccttctttaacattct
tgcccaagctccttcctctatgattttcttccttttacaaaactggctcc
tgcttcacttgatgctataaaatgacctatccttgtctcagtccgctttc
cagcccatctatctcatctgaaactgaccctaagatacataacctacata
ctctatctgtctcattctgatgtgcggttcttcctgcttcttgcctgtct
tcctggtgcctgaacagctctgtggatacagggcaagcaagtctgagagg
cttttcaccagctctcctcttcatgcttcacagccagtggtccctcccct
gggctggcatagtttcttaaacaatgtcagtgcaactcttgattccaaga
ccttgaagagctcaatcaaggaatcaccatgggcagtctcaaattcccag
cccctttcacactaaacggcatccatgaagatttaatgaacaaatgactt
catcccctttctatgcaatgacaccatctgcttgctgtcatcaagaatcc
acttaaagccatttaccatgtcagcgatgataagaatagagtgtcttatg
tgatgcatatggatcagacacataagatctcattaagtatgtggctcagt
tgtgtccctacgccttagaagacattctacataagaactcccacaagcag
caaaggagaaatcaacaattatatcttctacaatgcttagaattcaaacc
atttgtaaaagacacactgtctgagacaacagagtctcaggaaataaggg
taataaatttcatttagattaaaactatttccaaggaggaatggccagtc
aaatgcctcttgggccacagtctctgagggg
gaattcttctttacaaagtgtctgcagaagtgagttgacagatgtcacaa
gggacataactcccctcggaaaaaaaatgtgattcatccttttatgtgaa
gccaaggatcatgaaagtatgcttgccttccgagcactgctgttagcacc
tgtttactagtcgggctaacctccagcttgagggtctgcgtatggagagc
atcagacttctccatgagtttgatgctctaatgacctttggttaatattt
attgagggaagcaagataggcaagacaaggagtccagattctctcaagtg
tttcccaggtgtgtaggcctttgtgtgactcagcttcctggtccttttac
tttgtggattttatctttgacctctgtgagcctgaggcagagattgagga
cgacagtattttaactagctttggcattagataaatctagcactgggttt
cacacccattgtgtgacctggctaacattctcagccttctgttttctggt
atataaagtacaagtgataattgcagcccagatgattgtagagtggaaac
taggcaggatgtacgctaaactaggctttccagcaagatgtcaacaaatg
aatgttctatgcctcctgtcctttctggtctgtttagtctctggctcctt
ggtttctcaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaagcccaagagatgtag
atgggtaccatcactacctcgtgctctttactacttgtagcaaagcttta
aaatattctctcctgtgttttcagcaatgcaaattcatatctagagatag
ctgagtttttctaaatggcctgtctcagctggggcactgctagggagtgc
atcttccagatctgaaaattggattctacaaatgtgttctacccagactg
gctgcatcacaatttctaggagacatgagaacctgactttgatagttcac
ctgtaagaacgcatgaaatctgtgttgtcccaccttgcatcagatttcaa
caagaaccccattcaccatcatcagactatagaactcctgagcctttctg
ggatctatggaatactcaaaccaaagttgtgaagtcagaactgcttagtg
cttcctaatggctgggtataaaacatgaacttgcaagcatcttataaaga
ga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_82902371_82903508
seq2: B6Ng01-073A08.b_44_1174 (reverse)

seq1  CCCCTCAGAGACTTGGTGGCCCAGAGGGCATGTGACTGGCCATTCCTTCC  50
      |||||||||||||  ||||||||   ||||| |||||||||||||||  |
seq2  CCCCTCAGAGACT--GTGGCCCAAGAGGCATTTGACTGGCCATTCCT--C  46

seq1  TTTGGAAATAGTTTTAATCTGAATGAAATTTATTA-CCTTATTTCTTGAG  99
       ||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||
seq2  CTTGGAAATAGTTTTAATCTAAATGAAATTTATTACCCTTATTTCCTGAG  96

seq1  ACTCTGTTGTCTCAGACAGTGTGTCTTTTACAAATGGTTTGAATTCTAAG  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTGTTGTCTCAGACAGTGTGTCTTTTACAAATGGTTTGAATTCTAAG  146

seq1  CATTTGTAGAAGATATAATTGTTTGATTTCTCCTTTTGCTGCTTGTGGGA  199
      || |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  CA-TTGTAGAAGATATAATTG-TTGATTTCTCC-TTTGCTGCTTGTGGGA  193

seq1  GTTTCTTATGTAGAATGTCTTCTAAGGCGTAGGGACACAACTGAGCCACA  249
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  G-TTCTTATGTAGAATGTCTTCTAAGGCGTAGGGACACAACTGAGCCACA  242

seq1  TACTTAATGAGATCTTATGTGTCTGATCCATATGCATCACATAAGACACT  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTAATGAGATCTTATGTGTCTGATCCATATGCATCACATAAGACACT  292

seq1  CTATTCTTATCATCGCTGACATGGTAAATGGCTTTAAGTGGATTCTTGAT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTCTTATCATCGCTGACATGGTAAATGGCTTTAAGTGGATTCTTGAT  342

seq1  GACAGCAAGCAGATGGTGTCATTGCATAGAAAGGGGATGAAGTCATTTGT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGCAAGCAGATGGTGTCATTGCATAGAAAGGGGATGAAGTCATTTGT  392

seq1  TCATTAAATCTTCATGGATGCCGTTTAGTGTGAAAGGGGCTGGGAATTTG  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTAAATCTTCATGGATGCCGTTTAGTGTGAAAGGGGCTGGGAATTTG  442

seq1  AGACTGCCCATGGTGATTCCTTGATTGAGCTCTTCAAGGTCTTGGAATCA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTGCCCATGGTGATTCCTTGATTGAGCTCTTCAAGGTCTTGGAATCA  492

seq1  AGAGTTGCACTGACATTGTTTAAGAAACTATGCCAGCCCAGGGGAGGGAC  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTTGCACTGACATTGTTTAAGAAACTATGCCAGCCCAGGGGAGGGAC  542

seq1  CACTGGCTGTGAAGCATGAAGAGGAGAGCTGGTGAAAAGCCTCTCAGACT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGGCTGTGAAGCATGAAGAGGAGAGCTGGTGAAAAGCCTCTCAGACT  592

seq1  TGCTTGCCCTGTATCCACAGAGCTGTTCAGGCACCAGGAAGACAGGCAAG  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTGCCCTGTATCCACAGAGCTGTTCAGGCACCAGGAAGACAGGCAAG  642

seq1  AAGCAGGAAGAACCGCACATCAGAATGAGACAGATAGAGTATGTAGGTTA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAGGAAGAACCGCACATCAGAATGAGACAGATAGAGTATGTAGGTTA  692

seq1  TGTATCTTAGGGTCAGTTTCAGATGAGATAGATGGGCTGGAAAGCGGACT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATCTTAGGGTCAGTTTCAGATGAGATAGATGGGCTGGAAAGCGGACT  742

seq1  GAGACAAGGATAGGTCATTTTATAGCATCAAGTGAAGCAGGAGCCAGTTT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACAAGGATAGGTCATTTTATAGCATCAAGTGAAGCAGGAGCCAGTTT  792

seq1  TGTAAAAGGAAGAAAATCATAGAGGAAGGAGCTTGGGCAAGAATGTTAAA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAAAGGAAGAAAATCATAGAGGAAGGAGCTTGGGCAAGAATGTTAAA  842

seq1  GAAGGCACAAGATTTATGCGTTTGAAGAATGCGAAGAAGGCAAGAGTGGG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGCACAAGATTTATGCGTTTGAAGAATGCGAAGAAGGCAAGAGTGGG  892

seq1  TGGCAAGGCACTCTGTGCCAGGCAGGTGGGACCAGGAGCTTGTGGATGAA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCAAGGCACTCTGTGCCAGGCAGGTGGGACCAGGAGCTTGTGGATGAA  942

seq1  ATGACTTACAGTAAATGCAGAATGTAAAGGGTAGTCATTGTGGGTGTGAT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACTTACAGTAAATGCAGAATGTAAAGGGTAGTCATTGTGGGTGTGAT  992

seq1  GTGGCCCAGACCTCAGCTGTTGGGTGCGAATGAGCGAGGGCAGTGGAGGT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGCCCAGACCTCAGCTGTTGGGTGCGAATGAGCGAGGGCAGTGGAGGT  1042

seq1  GGTGCCACTAAGTGCTTAGCAGACATAGAGGGTGGGGTCAGAAGCTGATG  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGCCACTAAGTGCTTAGCAGACATAGAGGGTGGGGTCAGAAGCTGATG  1092

seq1  GTAGTAGGGGAAAAGGATTCATTTGTGAAAGAGGAATTC  1138
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGTAGGGGAAAAGGATTCATTTGTGAAAGAGGAATTC  1131

seq1: chr1_82763132_82764295
seq2: B6Ng01-073A08.g_69_1220

seq1  GAATTCTTCTTTACAAAGTGTCTGCAGAAGTGAGTTGACAGATGTCACAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTCTTTACAAAGTGTCTGCAGAAGTGAGTTGACAGATGTCACAA  50

seq1  GGGACATAACTCCCCTCGGAAAAAAAATGTGATTCATCCTTTTATGTGAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGACATAACTCCCCTCGGAAAAAAAATGTGATTCATCCTTTTATGTGAA  100

seq1  GCCAAGGATCATGAAAGTATGCTTGCCTTCCGAGCACTGCTGTTAGCACC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAAGGATCATGAAAGTATGCTTGCCTTCCGAGCACTGCTGTTAGCACC  150

seq1  TGTTTACTAGTCGGGCTAACCTCCAGCTTGAGGGTCTGCGTATGGAGAGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTACTAGTCGGGCTAACCTCCAGCTTGAGGGTCTGCGTATGGAGAGC  200

seq1  ATCAGACTTCTCCATGAGTTTGATGCTCTAATGACCTTTGGTTAATATTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGACTTCTCCATGAGTTTGATGCTCTAATGACCTTTGGTTAATATTT  250

seq1  ATTGAGGGAAGCAAGATAGGCAAGACAAGGAGTCCAGATTCTCTCAAGTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGAGGGAAGCAAGATAGGCAAGACAAGGAGTCCAGATTCTCTCAAGTG  300

seq1  TTTCCCAGGTGTGTAGGCCTTTGTGTGACTCAGCTTCCTGGTCCTTTTAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCCAGGTGTGTAGGCCTTTGTGTGACTCAGCTTCCTGGTCCTTTTAC  350

seq1  TTTGTGGATTTTATCTTTGACCTCTGTGAGCCTGAGGCAGAGATTGAGGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTGGATTTTATCTTTGACCTCTGTGAGCCTGAGGCAGAGATTGAGGA  400

seq1  CGACAGTATTTTAACTAGCTTTGGCATTAGATAAATCTAGCACTGGGTTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGACAGTATTTTAACTAGCTTTGGCATTAGATAAATCTAGCACTGGGTTT  450

seq1  CACACCCATTGTGTGACCTGGCTAACATTCTCAGCCTTCTGTTTTCTGGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACCCATTGTGTGACCTGGCTAACATTCTCAGCCTTCTGTTTTCTGGT  500

seq1  ATATAAAGTACAAGTGATAATTGCAGCCCAGATGATTGTAGAGTGGAAAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATAAAGTACAAGTGATAATTGCAGCCCAGATGATTGTAGAGTGGAAAC  550

seq1  TAGGCAGGATGTACGCTAAACTAGGCTTTCCAGCAAGATGTCAACAAATG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGCAGGATGTACGCTAAACTAGGCTTTCCAGCAAGATGTCAACAAATG  600

seq1  AATGTTCTATGCCTCCTGTCCTTTCTGGTCTGTTTAGTCTCTGGCTCCTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTTCTATGCCTCCTGTCCTTTCTGGTCTGTTTAGTCTCTGGCTCCTT  650

seq1  GGTTTCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGCCCAAGAGATGTAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGCCCAAGAGATGTAG  700

seq1  ATGGGTACCATCACTACCTCGTGCTCTTTACTACTTGTAGCAAAGCTTTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGTACCATCACTACCTCGTGCTCTTTACTACTTGTAGCAAAGCTTTA  750

seq1  AAATATTCTCTCCTGTGTTTTCAGCAATGCAAATTCATATCTAGAGATAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATTCTCTCCTGTGTTTTCAGCAATGCAAATTCATATCTAGAGATAG  800

seq1  CTGAGTTTTTCTAAATGGCCTGTCTCAGCTGGGGCACTGCTA-GGAGTGC  849
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  CTGAGTTTTTCTAAATGGCCTGTCTCAGCTGGGGCACTGCTAGGGAGTGC  850

seq1  ATCTTCCAGATCTGAAAATTGGATTCTACAAATGTGTTCTACCCAGACTG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTCCAGATCTGAAAATTGGATTCTACAAATGTGTTCTACCCAGACTG  900

seq1  GCTGCATCACAATTTCTAGGAGACAATGAGAACCTGACTCTGATAGTTCA  949
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||
seq2  GCTGCATCACAATTTCTAGGAGAC-ATGAGAACCTGACTTTGATAGTTCA  949

seq1  CTGTTAAGAACGCATGAAATCTGTGTTGTCCCACCTTGCATCAGATTTCA  999
      |   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTAAGAACGCATGAAATCTGTGTTGTCCCACCTTGCATCAGATTTCA  999

seq1  ACAAGGAACACCCATTCACCATCATCAGACTATAGAACT-CTGAAGCTTT  1048
      |||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||
seq2  ACAA-GAAC-CCCATTCACCATCATCAGACTATAGAACTCCTGAGCCTTT  1047

seq1  CTGGGATCTATGTAATACTCAAAACCAAAAGTTGTTGAGGTCAGAAACTG  1098
      |||||||||||| ||||||||||  | ||||||| ||| ||||| |||| 
seq2  CTGGGATCTATGGAATACTCAAA--CCAAAGTTG-TGAAGTCAG-AACT-  1092

seq1  GCTTAGTTGCTTCCCTATTGCTGTG-ATAAAACACCATGACCATGGCCAA  1147
      |||||| |||||||  || |||| | ||||||   ||||| | ||  |||
seq2  GCTTAG-TGCTTCCTAATGGCTGGGTATAAAA---CATGAACTTG--CAA  1136

seq1  GCATCTTATAAAAGAGA  1164
      ||||||||| |||||||
seq2  GCATCTTAT-AAAGAGA  1152