BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-074E20
Chromosome1 (Build37)
Map Location 65,482,957 - 65,693,039
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100042716, EG628894, LOC100043165, LOC383520, EG667775
Upstream geneLOC100043124, Creb1, 2310038H17Rik, Ccnyl1, Fzd5, 9430067K14Rik, LOC667245, LOC100043141, 4921521F21Rik, LOC667276, Cryge, Crygd, Crygc, Crygb, LOC654356, Cryga, D630023F18Rik, Idh1, Pip5k3, Pthr2
Downstream geneCrygf, LOC667781, EG667786, Mtap2, C030018G13Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-074E20.bB6Ng01-074E20.g
ACCDH891187DH891188
length1,1991,020
definitionDH891187|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-074E20, 5' end.DH891188|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-074E20, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(65,691,812 - 65,693,039)(65,482,957 - 65,483,988)
sequence
gaattcagagctatttaggggaagtgtcacctgaaaagggatacatttca
ctaggaacataaaggcagtgggagcttatataggatctgtatgctctggt
cccatgagactcaatttttttaaaaattaaacatattattccaatgttaa
ccgatccacaaggaatttatttgaaataagagataagataaatgtaccct
gtaaattatattatgactttaaatgtaaggaattataatccactgttaaa
atagcttgcaaattagccactccattctgtatctctgaattgcttcctgg
gagcaactcttcaagttgtcttcatataagctgtgaaaataaataggagc
tcacaagaagaaatcacacttactgggaacctctaagatgcaatctcccg
tttgcatatctttttaatcttcagaaacttctttgaaattaccaactaaa
tctggagctcagaagtcatgcaacatgtccaaatttgcataactcatata
agcagcattggaaagaccaaagagacttagaaattggttggagcttgtcc
cactaccctttgaattctcagcatgccaaaggcagatcactagaaacatc
atataaagaatatttaatgaatattttctacttgaattgtttaattaata
tacatatattaacattgatttgtaaatatcagaatgcataaaacaacaaa
ctcggtcttttctatttgctcacacaaaaacttgcctttattattttgac
gtttgataattttacgtgtaagaggcatcttccctgtggtactttagctg
tgattctttacattgattacctggagaaaagcataggatgaaagttaaat
tagtaaataattattcacctcactcacggacccacaagcaatagcactca
tcccagggtgctgtccttgatttcacatggacagcattattgttaaaggt
tccaaaagagcagccatttcaatagataaagtcaaataactttcacatat
ttaattttatgatgggaaaagtgagatggtcactagcagggactttccag
gaaaaaaaatatgttttatatagaatgttcatacgttcacctagttttat
ttttctgggcttccctaattacttggattgactacattcgctatctttta
tatttatgtccacagaacccacaggaccgtactgatgtgccaattttaa
gaattcccgattcccctgcatctatatcccaagtgatgggactacaggca
agcatgagcacactggccaataaatgctgttatttccaacagcatctgtt
aactctcagtgagaaaggggtattcatcctattaggtcacaggaatgtaa
caaacaaacaaacaattcatatgatcaataatggtagtgctcccaagact
taggaaagcaaagggaagccttgaagggtctggtggagggaatccgctca
cgttttcttgagtaagggttggagacatctgtaatgtcaagacaagcttt
aacttcactctgctgagtgatggaagaccgaaaaggtcatttggaattgg
gtcccatgggacatgtttagcagagccttgatatgtaagtagcagaagtc
ttaactattagccatttcactgccttgggagacctggacacagggctatg
agatgacctaactgtaaagttctcgaccgaggacttggttgaccataaat
actattcagtgctttctcgacgttctttaatgacttcagaagacaacagc
aatgcatacccagtatgatagtcacagaaatgttcacatttacggggaaa
cacaacctttgatgaaaccagaattaagctgtcttttaagaaactggtta
gaacctcctaaaggaccattacaattcctattttatatctgccccaggac
agaaatcctatggtgcatcagtttcgactgaaggttgtaaaccactcaat
ggtttgccgtctcagagtttgctgtctagttgcctttttaaaaacatatt
aaccaaatcataaaaacaaacaaacaaacaaacaaacactgccacttctc
aactcaaggaataaaatggctacacgcttctttctggtagaagcaagttc
tctgctatgtggttaagaagaagtgggggatacttctgcctattcacaca
cagaatgatttggcttgagattagacgatgcatctttacatctcctttag
atgcttacagagaacacagt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_65691812_65693039
seq2: B6Ng01-074E20.b_45_1243 (reverse)

seq1  TTAAAATGGGCACATCAGTCCACGTCTTGTGGTGTTTCTTTGGGTTAGAC  50
      ||||||| ||||||||||| |  ||| ||||  | |||| ||     |||
seq2  TTAAAATTGGCACATCAGTAC-GGTCCTGTG--GGTTCTGTG-----GAC  42

seq1  ATAAATATATAAAAAGAATAAGCAGAATGTAGGTCAATACAAAGTAATTA  100
      ||||||||   ||||||   ||| ||||||| |||||| | |||||||||
seq2  ATAAATAT---AAAAGA--TAGC-GAATGTA-GTCAAT-CCAAGTAATTA  84

seq1  GAGAAGACACAAGAAAAATAAAAATTAGTGAAACGTATTGAAACATTTCT  150
      | ||||   | |||||||||||| |  ||| |||||||   |||| ||||
seq2  GGGAAG--CCCAGAAAAATAAAACTAGGTG-AACGTAT--GAACA-TTCT  128

seq1  ATATAAAACATATTTTTTTTTCCTGGAAAGTCCCTGCTAGTGACCATCTC  200
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATAAAACATA-TTTTTTTTCCTGGAAAGTCCCTGCTAGTGACCATCTC  177

seq1  AACTTTTCCCATCATTAAAATTAAAATATGTGAAAGTTATTTTGACTTTA  250
       ||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||
seq2  -ACTTTTCCCATCA-TAAAATT-AAATATGTGAAAGTTA-TTTGACTTTA  223

seq1  TCTATTGAAATGGCTGCTTCTTTTTGGAACCTTTAACAATAATGCTGTCC  300
      ||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATTGAAATGGCTGCT--CTTTTGGAACCTTTAACAATAATGCTGTCC  271

seq1  ATGTGAAATCAAGGACAGCACCCTGGGATGAGTGCTATTGCTTGTGGGTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGAAATCAAGGACAGCACCCTGGGATGAGTGCTATTGCTTGTGGGTC  321

seq1  CCTGAGTGAGGTGAATAATTATTTACTAATTTAACTTTCATCCTATGCTT  400
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGAGTGAGGTGAATAATTATTTACTAATTTAACTTTCATCCTATGCTT  371

seq1  TTCTCCAGGTAATCAATGTAAAGAATCACAGCTAAAGTACCACAGGGAAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCCAGGTAATCAATGTAAAGAATCACAGCTAAAGTACCACAGGGAAG  421

seq1  ATGCCTCTTACACGTAAAATTATCAAACGTCAAAATAATAAAGGCAAGTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCTCTTACACGTAAAATTATCAAACGTCAAAATAATAAAGGCAAGTT  471

seq1  TTTGTGTGAGCAAATAGAAAAGACCGAGTTTGTTGTTTTATGCATTCTGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTGTGAGCAAATAGAAAAGACCGAGTTTGTTGTTTTATGCATTCTGA  521

seq1  TATTTACAAATCAATGTTAATATATGTATATTAATTAAACAATTCAAGTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTACAAATCAATGTTAATATATGTATATTAATTAAACAATTCAAGTA  571

seq1  GAAAATATTCATTAAATATTCTTTATATGATGTTTCTAGTGATCTGCCTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAATATTCATTAAATATTCTTTATATGATGTTTCTAGTGATCTGCCTT  621

seq1  TGGCATGCTGAGAATTCAAAGGGTAGTGGGACAAGCTCCAACCAATTTCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCATGCTGAGAATTCAAAGGGTAGTGGGACAAGCTCCAACCAATTTCT  671

seq1  AAGTCTCTTTGGTCTTTCCAATGCTGCTTATATGAGTTATGCAAATTTGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCTCTTTGGTCTTTCCAATGCTGCTTATATGAGTTATGCAAATTTGG  721

seq1  ACATGTTGCATGACTTCTGAGCTCCAGATTTAGTTGGTAATTTCAAAGAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGTTGCATGACTTCTGAGCTCCAGATTTAGTTGGTAATTTCAAAGAA  771

seq1  GTTTCTGAAGATTAAAAAGATATGCAAACGGGAGATTGCATCTTAGAGGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCTGAAGATTAAAAAGATATGCAAACGGGAGATTGCATCTTAGAGGT  821

seq1  TCCCAGTAAGTGTGATTTCTTCTTGTGAGCTCCTATTTATTTTCACAGCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCAGTAAGTGTGATTTCTTCTTGTGAGCTCCTATTTATTTTCACAGCT  871

seq1  TATATGAAGACAACTTGAAGAGTTGCTCCCAGGAAGCAATTCAGAGATAC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATGAAGACAACTTGAAGAGTTGCTCCCAGGAAGCAATTCAGAGATAC  921

seq1  AGAATGGAGTGGCTAATTTGCAAGCTATTTTAACAGTGGATTATAATTCC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATGGAGTGGCTAATTTGCAAGCTATTTTAACAGTGGATTATAATTCC  971

seq1  TTACATTTAAAGTCATAATATAATTTACAGGGTACATTTATCTTATCTCT  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACATTTAAAGTCATAATATAATTTACAGGGTACATTTATCTTATCTCT  1021

seq1  TATTTCAAATAAATTCCTTGTGGATCGGTTAACATTGGAATAATATGTTT  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTCAAATAAATTCCTTGTGGATCGGTTAACATTGGAATAATATGTTT  1071

seq1  AATTTTTAAAAAAATTGAGTCTCATGGGACCAGAGCATACAGATCCTATA  1150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTTTAAAAAAATTGAGTCTCATGGGACCAGAGCATACAGATCCTATA  1121

seq1  TAAGCTCCCACTGCCTTTATGTTCCTAGTGAAATGTATCCCTTTTCAGGT  1200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGCTCCCACTGCCTTTATGTTCCTAGTGAAATGTATCCCTTTTCAGGT  1171

seq1  GACACTTCCCCTAAATAGCTCTGAATTC  1228
      ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACTTCCCCTAAATAGCTCTGAATTC  1199

seq1: chr1_65482957_65483988
seq2: B6Ng01-074E20.g_68_1087

seq1  GAATTCCCGATTCCCCTGCATCTATATCCCAAGTGATGGGACTACAGGCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCGATTCCCCTGCATCTATATCCCAAGTGATGGGACTACAGGCA  50

seq1  AGCATGAGCACACTGGCCAATAAATGCTGTTATTTCCAACAGCATCTGTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATGAGCACACTGGCCAATAAATGCTGTTATTTCCAACAGCATCTGTT  100

seq1  AACTCTCAGTGAGAAAGGGGTATTCATCCTATTAGGTCACAGGAATGTAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCTCAGTGAGAAAGGGGTATTCATCCTATTAGGTCACAGGAATGTAA  150

seq1  CAAACAAACAAACAATTCATATGATCAATAATGGTAGTGCTCCCAAGACT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACAAACAAACAATTCATATGATCAATAATGGTAGTGCTCCCAAGACT  200

seq1  TAGGAAAGCAAAGGGAAGCCTTGAAGGGTCTGGTGGAGGGAATCCGCTCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGAAAGCAAAGGGAAGCCTTGAAGGGTCTGGTGGAGGGAATCCGCTCA  250

seq1  CGTTTTCTTGAGTAAGGGTTGGAGACATCTGTAATGTCAAGACAAGCTTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTTTTCTTGAGTAAGGGTTGGAGACATCTGTAATGTCAAGACAAGCTTT  300

seq1  AACTTCACTCTGCTGAGTGATGGAAGACCGAAAAGGTCATTTGGAATTGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTCACTCTGCTGAGTGATGGAAGACCGAAAAGGTCATTTGGAATTGG  350

seq1  GTCCCATGGGACATGTTTAGCAGAGCCTTGATATGTAAGTAGCAGAAGTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCCATGGGACATGTTTAGCAGAGCCTTGATATGTAAGTAGCAGAAGTC  400

seq1  TTAACTATTAGCCATTTCACTGCCTTGGGAGACCTGGACACAGGGCTATG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACTATTAGCCATTTCACTGCCTTGGGAGACCTGGACACAGGGCTATG  450

seq1  AGATGACCTAACTGTAAAGTTCTCGACCGAGGACTTGGTTGACCATAAAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGACCTAACTGTAAAGTTCTCGACCGAGGACTTGGTTGACCATAAAT  500

seq1  ACTATTCAGTGCTTTCTCGACGTTCTTTAATGACTTCAGAAGACAACAGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATTCAGTGCTTTCTCGACGTTCTTTAATGACTTCAGAAGACAACAGC  550

seq1  AATGCATACCCAGTATGATAGTCACAGAAATGTTCACATTTACGGGGAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGCATACCCAGTATGATAGTCACAGAAATGTTCACATTTACGGGGAAA  600

seq1  CACAACCTTTGATGAAACCAGAATTAAGCTGTCTTTTAAGAAACTGGTTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAACCTTTGATGAAACCAGAATTAAGCTGTCTTTTAAGAAACTGGTTA  650

seq1  GAACCTCCTAAAGGACCATTACAATTCCTATTTTATATCTGCCCCAGGAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACCTCCTAAAGGACCATTACAATTCCTATTTTATATCTGCCCCAGGAC  700

seq1  AGAAATCCTATGGTGCATCAGTTTCGACTGAAGGTTGTAAACCACTCAAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAATCCTATGGTGCATCAGTTTCGACTGAAGGTTGTAAACCACTCAAT  750

seq1  GG-TTGCCGTCTCAGAGTTTGCTGTCTAGTTGCCTTTTTAAAAACATATT  799
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTGCCGTCTCAGAGTTTGCTGTCTAGTTGCCTTTTTAAAAACATATT  800

seq1  AACCAAATCATAAAAACAAACAAACAAACAAACAAACACTGCCACTTCTC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCAAATCATAAAAACAAACAAACAAACAAACAAACACTGCCACTTCTC  850

seq1  AACTCAAGGAATAAAATGGCTACACGCTTCTTTCTGGTAGAAGGCAAGTT  899
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  AACTCAAGGAATAAAATGGCTACACGCTTCTTTCTGGTAGAA-GCAAGTT  899

seq1  CTCTGCTATGTGGTTAAGGAAGGAAGTGGGGGATACTTCTGCCCTATTCA  949
      ||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||| ||||||| 
seq2  CTCTGCTATGTGGTTAAG--AAGAAGTGGGGGATACTTCTG-CCTATTC-  945

seq1  ACACACAGAATGATTTGGCTTGAGATTTAAGACAGAAGGCATCTTTAACA  999
      |||||||||||||||||||||||||||  ||||   | |||||||| |||
seq2  ACACACAGAATGATTTGGCTTGAGATT--AGAC--GATGCATCTTT-ACA  990

seq1  TCTCCTGTAAGATGCTAACCAGAGAAACACAGT  1032
      |||||| | ||||||| | ||||| ||||||||
seq2  TCTCCT-TTAGATGCTTA-CAGAG-AACACAGT  1020