BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-074L20
Chromosome1 (Build37)
Map Location 180,291,469 - 180,470,404
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEfcab2, D230039L06Rik
Upstream geneZfp238, EG631449, LOC100040770, 1700016C15Rik, Adss, EG631584, EG545391, LOC666262, 5830417C01Rik, LOC666284, 4930527J03Rik, LOC666295, B230369F24Rik, LOC669454, 2310005N03Rik, Hnrpu
Downstream geneKif26b, Smyd3, LOC666354, LOC433941, Tfb2m
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-074L20.bB6Ng01-074L20.g
ACCDH891500DH891501
length2831,046
definitionDH891500|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-074L20, 5' end.DH891501|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-074L20, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(180,470,122 - 180,470,404)(180,291,469 - 180,292,511)
sequence
ctggtgctggatagattggcatgcatcattcacagtcattgaaggaaatc
tgttctccttcattcaccacagcccagaatgccaaaggccactgctgcac
tcctccctgcgggcctcggagcggggcaggagctctcaggagggatttcc
atctatgacaaagactcccaatccatattcatggcaactgggctataagg
agtagccaccttcgccagctgaacacctgaactgttcccagggagagaga
tgcctacaggtggataaatgtgggggggggggg
gaattctgattctcccctaggttgagggactccgtctgagtctgcctgtg
gcagtggtggagggctggagagatggttgagtggttaaaagcaggtgaag
agcattgactgctcttccagaggtcctaagttcaattcccagcaaccaca
tggtggctcacaaccatctgtaatgggatctgatgccctcttctggtata
tctgaagtatactcatataaataaaataaagcttaaaaaaacaaaacaaa
aaagaaaccaggccagtgagatggctcagtggttaagagcactggcttct
cttccagaggtcctgagttcaattcctagcaaccacatggtggctcacaa
ccatctatagtgcgatattatgccctcttcaggcaggcggatgtatatga
ggcagagcactcatacattacataaataaagttaaaaaaaaaaagcaaac
taaacaaacaaaaaatcaggggaagagttcatttggctcacagttccaag
gcacaccccatcatttaggggcagtcaagaccaaagaggatccttgcttg
ttttatttattgatttatgtttttttgagacagggtttctctatgtgtag
ccctggctgtcctggaacttgctatgtagactaggctggcctccaactca
caggtatttacctacctctgcctcccaagtgctggtatcaactgtgtgcc
accatgcccagcttgatccttgttttatttttacactctgccttctctac
tcctatacagtccagggccccaaaccagggaatgcccacagtgggcaaga
taccacttatattaattaataatcatgacaacctttccacaagccaacca
gatgtaaatagttcttcaatgtagacttttcatcttaagataattttagg
ctgtggcaagctgatatttaaagctaaccatcacagtaggtcacatgtcc
caagggtctacctcccaaactccatcactatggaggatcaaggtgttcaa
actcacgagacagcagaaacactagaacaaatgtctttcctttttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_180470122_180470404
seq2: B6Ng01-074L20.b_55_337 (reverse)

seq1  CCCCCCCCCCCCACATTTATCCACCTGTAGGCATCTCTCTCCCTGGGAAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCCCCCCCCACATTTATCCACCTGTAGGCATCTCTCTCCCTGGGAAC  50

seq1  AGTTCAGGTGTTCAGCTGGCGAAGGTGGCTACTCCTTATAGCCCAGTTGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCAGGTGTTCAGCTGGCGAAGGTGGCTACTCCTTATAGCCCAGTTGC  100

seq1  CATGAATATGGATTGGGAGTCTTTGTCATAGATGGAAATCCCTCCTGAGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGAATATGGATTGGGAGTCTTTGTCATAGATGGAAATCCCTCCTGAGA  150

seq1  GCTCCTGCCCCGCTCCGAGGCCCGCAGGGAGGAGTGCAGCAGTGGCCTTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCCTGCCCCGCTCCGAGGCCCGCAGGGAGGAGTGCAGCAGTGGCCTTT  200

seq1  GGCATTCTGGGCTGTGGTGAATGAAGGAGAACAGATTTCCTTCAATGACT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCATTCTGGGCTGTGGTGAATGAAGGAGAACAGATTTCCTTCAATGACT  250

seq1  GTGAATGATGCATGCCAATCTATCCAGCACCAG  283
      |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAATGATGCATGCCAATCTATCCAGCACCAG  283

seq1: chr1_180291469_180292511
seq2: B6Ng01-074L20.g_70_1115

seq1  GAATTCTGATTCTCCCCTAGGTTGAGGGACTCCGTCTGAGTCTGCCTGTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGATTCTCCCCTAGGTTGAGGGACTCCGTCTGAGTCTGCCTGTG  50

seq1  GCAGTGGTGGAGGGCTGGAGAGATGGTTGAGTGGTTAAAAGCAGGTGAAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTGGTGGAGGGCTGGAGAGATGGTTGAGTGGTTAAAAGCAGGTGAAG  100

seq1  AGCATTGACTGCTCTTCCAGAGGTCCTAAGTTCAATTCCCAGCAACCACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATTGACTGCTCTTCCAGAGGTCCTAAGTTCAATTCCCAGCAACCACA  150

seq1  TGGTGGCTCACAACCATCTGTAATGGGATCTGATGCCCTCTTCTGGTATA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGGCTCACAACCATCTGTAATGGGATCTGATGCCCTCTTCTGGTATA  200

seq1  TCTGAAGTATACTCATATAAATAAAATAAAGCTTAAAAAAACAAAACAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAAGTATACTCATATAAATAAAATAAAGCTTAAAAAAACAAAACAAA  250

seq1  AAAGAAACCAGGCCAGTGAGATGGCTCAGTGGTTAAGAGCACTGGCTTCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAAACCAGGCCAGTGAGATGGCTCAGTGGTTAAGAGCACTGGCTTCT  300

seq1  CTTCCAGAGGTCCTGAGTTCAATTCCTAGCAACCACATGGTGGCTCACAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCAGAGGTCCTGAGTTCAATTCCTAGCAACCACATGGTGGCTCACAA  350

seq1  CCATCTATAGTGCGATATTATGCCCTCTTCAGGCAGGCGGATGTATATGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCTATAGTGCGATATTATGCCCTCTTCAGGCAGGCGGATGTATATGA  400

seq1  GGCAGAGCACTCATACATTACATAAATAAAGTTAAAAAAAAAAAGCAAAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGAGCACTCATACATTACATAAATAAAGTTAAAAAAAAAAAGCAAAC  450

seq1  TAAACAAACAAAAAATCAGGGGAAGAGTTCATTTGGCTCACAGTTCCAAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACAAACAAAAAATCAGGGGAAGAGTTCATTTGGCTCACAGTTCCAAG  500

seq1  GCACACCCCATCATTTAGGGGCAGTCAAGACCAAAGAGGATCCTTGCTTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACACCCCATCATTTAGGGGCAGTCAAGACCAAAGAGGATCCTTGCTTG  550

seq1  TTTTATTTATTGATTTATGTTTTTTTGAGACAGGGTTTCTCTATGTGTAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATTTATTGATTTATGTTTTTTTGAGACAGGGTTTCTCTATGTGTAG  600

seq1  CCCTGGCTGTCCTGGAACTTGCTATGTAGACTAGGCTGGCCTCCAACTCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGGCTGTCCTGGAACTTGCTATGTAGACTAGGCTGGCCTCCAACTCA  650

seq1  CAGGTATTTACCTACCTCTGCCTCCCAAGTGCTGGTATCAACTGTGTGCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTATTTACCTACCTCTGCCTCCCAAGTGCTGGTATCAACTGTGTGCC  700

seq1  ACCATGCCCAGCTTGATCCTTGTTTTATTTTTACACTCTGCCTTCTCTAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATGCCCAGCTTGATCCTTGTTTTATTTTTACACTCTGCCTTCTCTAC  750

seq1  TCCTATACAGTCCAGGGCCCCAAACCAGGGAATGCCCACAGTGGGCAAGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTATACAGTCCAGGGCCCCAAACCAGGGAATGCCCACAGTGGGCAAGA  800

seq1  TACCACTTATATTAATTAATAATCATGACAACC-TTCCACAAGCCAACCA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  TACCACTTATATTAATTAATAATCATGACAACCTTTCCACAAGCCAACCA  850

seq1  GATGTAAATAGTTCTTCAATGTAGAC-TTTCATCTTAAGATAATTTTAGG  898
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTAAATAGTTCTTCAATGTAGACTTTTCATCTTAAGATAATTTTAGG  900

seq1  CTGTGGCAAGCTGATATTTAAAGCTAACCATCACAGTAGGTCACATGTCC  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGGCAAGCTGATATTTAAAGCTAACCATCACAGTAGGTCACATGTCC  950

seq1  CAAAGGGTCTACCTCCCAAACTCCATCACTATGGAGGATCAA-GTGTTCA  997
      | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  C-AAGGGTCTACCTCCCAAACTCCATCACTATGGAGGATCAAGGTGTTCA  999

seq1  AACTCACGAGACAGCAGAAAACACTAGAACAAATGTCTT--CTTTTTT  1043
      ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  |||||||
seq2  AACTCACGAGACAGCAG-AAACACTAGAACAAATGTCTTTCCTTTTTT  1046