BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-075K01
Chromosome1 (Build37)
Map Location 80,224,369 - 80,341,770
singlet/doubletdoublet
Overlap gene2310015K22Rik, Cul3
Upstream geneScg2, Ap1s3, Wdfy1, Mrpl44, Serpine2, EG433326, LOC665064, LOC100039325, A830043J08Rik
Downstream geneEG620899, 1700016L21Rik, Dock10, LOC665092, 9430031J16Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-075K01.bB6Ng01-075K01.g
ACCDH892135DH892136
length9831,180
definitionDH892135|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-075K01, 5' end.DH892136|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-075K01, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(80,340,788 - 80,341,770)(80,224,369 - 80,225,910)
sequence
gaattccaaccacggagaggtagcactcctaacacacttacacataaaaa
ttctggtttgggtttgctcttttttttgtttgtttgcttatttgtttgta
gctcagttaaatgtaaagttgtcagattcattttaacaagatgtccgtgt
tacaaccatctcagactgcccacttggtgggtggatccttaaagaatgac
tggctccagaatgtggtggcatagtcaacttttctaggaattatttcatt
ataccacctgggggccaggtgtggctctgttggttttgatactttttagt
taggtagtgttaattctttctaccagtgctgctttaattcacttgcatta
tgctttctaccagctttagatagaagaattaagcatacagtttcactttg
gacaatgaaaacaagagcttactgaagacatttaagaacaatgctatttt
attacccttgttgggggctagtttatacaattactaaatgtagaataaaa
tgtagactatttgcttttatggctctctggcaccatgctatatctcaagt
acaaaattgcattacaaagaatgagctgatgagttataaatctcaacata
tactttcgctgtcatgaatgcaagcagtgaacattcataattgtcccctg
gaggcttcttgcaattttactgttacaatgttatcggtaagaggaaatta
ttttccttggaaataaaataatgaggaagttagcatgatggcccaacagg
taaaagagcatgcactacaaacctgctaacctgagttcaaaccccagaat
ccacatgaaggtgaaggaaagaactgtgtcactcagtcctactttgatct
tcacacacacacacacacattatggctaataagtaattaaaaaaacatat
gggtgcaatgccaataactgagaatttatattctgccaagatatatatat
atatatatatatatatatgtgtgtgtgtgtgtg
gaattccaagtcagaaaagaggcacatggtgagactaggaaccagagtca
gcatctaccatgcttggtggggcccagcactcaagcctgtttgatgggca
ctgtggactgtgtctccacacctccaaaattcttatactatgaggccccc
atccccagggtggctgtatttgaaatggataatatgtatttgaaatggat
aatatggctgggtattaactaatcctgtgataactaatattaatttttca
acttgatgggatttagaatcactatggaaataagccccctgaagtctgta
agagatcatctacattaagttaattgagatgagaagttgtatcctacatt
tgggtggcaccactctaggggctggggtcctgaattggattaaaaggaga
aagcaggggctggagagatgggtcagtggttaagagcagtgactgctctt
cccaaggtcctgagttcaattcccagcaaccacaatggtgactcacaacc
atctgtaatgggatcagatcacctcttctggcgtgtctaaagacagctac
agtgtactcgtatgcataaaataaataaatacatctttaaaaaggagtgg
aggagcaagctgaatgccaatattcatctctatcgagttcctggttatgg
ttatcaccagctgcctgatgctcctgctttcaaaccatgagccaaagtcg
acccttcctctctcaagttgcttctgttacagcaaggacacaagcaactc
atacaggtgccttgcatcctctgggatctataacggacttgaaaggacat
gttggtgggttatcagataagagaaaacctgcctcttcatctgttgacct
ccaaagacgttctgacagacctgtcccctaaacctttctctactgggaga
caagcatacactctcagagttcacatttgttgatgtagctgggtttctag
tttgctgttgtcatgcttctcacatgtcattaatcactgaagtaccccaa
cagggtcatgcctcctgtcgatgtgatgagaagagggaatggaagctacc
tcatctagctctatgactctacctccaggtcttcttctgcatcttttccc
cataccacaggcaattaccataaagaggttagagtgctaaacctcaccca
aggcccttatacccaaccacctggaacatt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_80340788_80341770
seq2: B6Ng01-075K01.b_46_1028 (reverse)

seq1  CACACACACACACACATATATATATATATATATATATATATATCTTGGCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACACACACACATATATATATATATATATATATATATATCTTGGCA  50

seq1  GAATATAAATTCTCAGTTATTGGCATTGCACCCATATGTTTTTTTAATTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATATAAATTCTCAGTTATTGGCATTGCACCCATATGTTTTTTTAATTA  100

seq1  CTTATTAGCCATAATGTGTGTGTGTGTGTGTGAAGATCAAAGTAGGACTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATTAGCCATAATGTGTGTGTGTGTGTGTGAAGATCAAAGTAGGACTG  150

seq1  AGTGACACAGTTCTTTCCTTCACCTTCATGTGGATTCTGGGGTTTGAACT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGACACAGTTCTTTCCTTCACCTTCATGTGGATTCTGGGGTTTGAACT  200

seq1  CAGGTTAGCAGGTTTGTAGTGCATGCTCTTTTACCTGTTGGGCCATCATG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTTAGCAGGTTTGTAGTGCATGCTCTTTTACCTGTTGGGCCATCATG  250

seq1  CTAACTTCCTCATTATTTTATTTCCAAGGAAAATAATTTCCTCTTACCGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAACTTCCTCATTATTTTATTTCCAAGGAAAATAATTTCCTCTTACCGA  300

seq1  TAACATTGTAACAGTAAAATTGCAAGAAGCCTCCAGGGGACAATTATGAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACATTGTAACAGTAAAATTGCAAGAAGCCTCCAGGGGACAATTATGAA  350

seq1  TGTTCACTGCTTGCATTCATGACAGCGAAAGTATATGTTGAGATTTATAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCACTGCTTGCATTCATGACAGCGAAAGTATATGTTGAGATTTATAA  400

seq1  CTCATCAGCTCATTCTTTGTAATGCAATTTTGTACTTGAGATATAGCATG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATCAGCTCATTCTTTGTAATGCAATTTTGTACTTGAGATATAGCATG  450

seq1  GTGCCAGAGAGCCATAAAAGCAAATAGTCTACATTTTATTCTACATTTAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCCAGAGAGCCATAAAAGCAAATAGTCTACATTTTATTCTACATTTAG  500

seq1  TAATTGTATAAACTAGCCCCCAACAAGGGTAATAAAATAGCATTGTTCTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTGTATAAACTAGCCCCCAACAAGGGTAATAAAATAGCATTGTTCTT  550

seq1  AAATGTCTTCAGTAAGCTCTTGTTTTCATTGTCCAAAGTGAAACTGTATG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGTCTTCAGTAAGCTCTTGTTTTCATTGTCCAAAGTGAAACTGTATG  600

seq1  CTTAATTCTTCTATCTAAAGCTGGTAGAAAGCATAATGCAAGTGAATTAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAATTCTTCTATCTAAAGCTGGTAGAAAGCATAATGCAAGTGAATTAA  650

seq1  AGCAGCACTGGTAGAAAGAATTAACACTACCTAACTAAAAAGTATCAAAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGCACTGGTAGAAAGAATTAACACTACCTAACTAAAAAGTATCAAAA  700

seq1  CCAACAGAGCCACACCTGGCCCCCAGGTGGTATAATGAAATAATTCCTAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAACAGAGCCACACCTGGCCCCCAGGTGGTATAATGAAATAATTCCTAG  750

seq1  AAAAGTTGACTATGCCACCACATTCTGGAGCCAGTCATTCTTTAAGGATC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGTTGACTATGCCACCACATTCTGGAGCCAGTCATTCTTTAAGGATC  800

seq1  CACCCACCAAGTGGGCAGTCTGAGATGGTTGTAACACGGACATCTTGTTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCACCAAGTGGGCAGTCTGAGATGGTTGTAACACGGACATCTTGTTA  850

seq1  AAATGAATCTGACAACTTTACATTTAACTGAGCTACAAACAAATAAGCAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGAATCTGACAACTTTACATTTAACTGAGCTACAAACAAATAAGCAA  900

seq1  ACAAACAAAAAAAAGAGCAAACCCAAACCAGAATTTTTATGTGTAAGTGT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAACAAAAAAAAGAGCAAACCCAAACCAGAATTTTTATGTGTAAGTGT  950

seq1  GTTAGGAGTGCTACCTCTCCGTGGTTGGAATTC  983
      |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAGGAGTGCTACCTCTCCGTGGTTGGAATTC  983

seq1: chr1_80224369_80225910
seq2: B6Ng01-075K01.g_65_1244

seq1  GAATTCCAAGTCAGAAAAGAGGCACATGGTGAGACTAGGAACCAGAGTCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAAGTCAGAAAAGAGGCACATGGTGAGACTAGGAACCAGAGTCA  50

seq1  GCATCTACCATGCTTGGTGGGGCCCAGCACTCAAGCCTGTTTGATGGGCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATCTACCATGCTTGGTGGGGCCCAGCACTCAAGCCTGTTTGATGGGCA  100

seq1  CTGTGGACTGTGTCTCCACACCTCCAAAATTCTTATACTATGAGGCCCCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGGACTGTGTCTCCACACCTCCAAAATTCTTATACTATGAGGCCCCC  150

seq1  ATCCCCAGGGTGGCTGTATTTGAAATGGATAATATGTATTTGAAATGGAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCCAGGGTGGCTGTATTTGAAATGGATAATATGTATTTGAAATGGAT  200

seq1  AATATGGCTGGGTATTAACTAATCCTGTGATAACTAATATTAATTTTTCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATGGCTGGGTATTAACTAATCCTGTGATAACTAATATTAATTTTTCA  250

seq1  ACTTGATGGGATTTAGAATCACTATGGAAATAAGCCCCCTGAAGTCTGTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGATGGGATTTAGAATCACTATGGAAATAAGCCCCCTGAAGTCTGTA  300

seq1  AGAGATCATCTACATTAAGTTAATTGAGATGAGAAGTTGTATCCTACATT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGATCATCTACATTAAGTTAATTGAGATGAGAAGTTGTATCCTACATT  350

seq1  TGGGTGGCACCACTCTAGGGGCTGGGGTCCTGAATTGGATTAAAAGGAGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTGGCACCACTCTAGGGGCTGGGGTCCTGAATTGGATTAAAAGGAGA  400

seq1  AAGCAGGGGCTGGAGAGATGGGTCAGTGGTTAAGAGCAGTGACTGCTCTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAGGGGCTGGAGAGATGGGTCAGTGGTTAAGAGCAGTGACTGCTCTT  450

seq1  CCCAAGGTCCTGAGTTCAATTCCCAGCAACCACAATGGTGACTCACAACC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAAGGTCCTGAGTTCAATTCCCAGCAACCACAATGGTGACTCACAACC  500

seq1  ATCTGTAATGGGATCAGATCACCTCTTCTGGCGTGTCTAAAGACAGCTAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGTAATGGGATCAGATCACCTCTTCTGGCGTGTCTAAAGACAGCTAC  550

seq1  AGTGTACTCGTATGCATAAAATAAATAAATACATCTTTAAAAAGGAGTGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTACTCGTATGCATAAAATAAATAAATACATCTTTAAAAAGGAGTGG  600

seq1  AGGAGCAAGCTGAATGCCAATATTCATCTCTATCGAGTTCCTGGTTATGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGCAAGCTGAATGCCAATATTCATCTCTATCGAGTTCCTGGTTATGG  650

seq1  TTATCACCAGCTGCCTGATGCTCCTGCTTTCAAACCATGAGCCAAAGTCG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCACCAGCTGCCTGATGCTCCTGCTTTCAAACCATGAGCCAAAGTCG  700

seq1  ACCCTTCCTCTCTCAAGTTGCTTCTGTTACAGCAAGGACACAAGCAACTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTTCCTCTCTCAAGTTGCTTCTGTTACAGCAAGGACACAAGCAACTC  750

seq1  ATACAGGTGCCTTGCATCCTCTGGGATCTATAACGGACTTGAAAGGACAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACAGGTGCCTTGCATCCTCTGGGATCTATAACGGACTTGAAAGGACAT  800

seq1  GTTGGT-GGTTATCAGATAAGAGAAAACCTGCCTCTTCATCTGTTGACCT  849
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGGTGGGTTATCAGATAAGAGAAAACCTGCCTCTTCATCTGTTGACCT  850

seq1  CCAAAGACGTTCTGACAGACCTGTCCCCTAAACCTTTCTCTACTGGGAGA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAAGACGTTCTGACAGACCTGTCCCCTAAACCTTTCTCTACTGGGAGA  900

seq1  CAAGCATACACTCTCAGAGTTCACATTTGTTGATGTAGCT-GGTTTCTAG  948
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  CAAGCATACACTCTCAGAGTTCACATTTGTTGATGTAGCTGGGTTTCTAG  950

seq1  TTTGCTTGTTGTCAATGCTTCTCACATGTCATTAAATCACTGAAGTACCC  998
      ||||| ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  TTTGC-TGTTGTC-ATGCTTCTCACATGTCATT-AATCACTGAAGTACCC  997

seq1  CAAACAGGGTCATG-CTCCTGTCGATGTGATGAGAAGAGGGAATGGAAGC  1047
      | |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  C-AACAGGGTCATGCCTCCTGTCGATGTGATGAGAAGAGGGAATGGAAGC  1046

seq1  TACCTCATCTAGCTCTATGACTCTA-CTCCAGGTC-TCTTCTGCATCTTT  1095
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||
seq2  TACCTCATCTAGCTCTATGACTCTACCTCCAGGTCTTCTTCTGCATCTTT  1096

seq1  TCCCACATACCACA-GCCATCACCAT-AAGAGTTAAGA-TGCTTAAACCC  1142
      |||| ||||||||| || || ||||| ||||| | ||| ||| |||||| 
seq2  TCCC-CATACCACAGGCAATTACCATAAAGAGGTTAGAGTGC-TAAACC-  1143

seq1  TCCACCCAAGG-CCTTAT-CACACACACCTG--ACATATTTTGTAGCTGA  1188
        ||||||||| |||||| | ||  ||||||  ||||             
seq2  -TCACCCAAGGCCCTTATACCCAACCACCTGGAACATT------------  1180

seq1  TTTCCACTCAGGCTAGGAAGAGAGCTGGCCTCCAGCTTCCTGCATCTGTT  1238
                                                        
seq2  --------------------------------------------------  1180

seq1  TGCAGCTTCCCAAACAAGCTACATCCCTCCAGCCTTTCACTGGTTACCCC  1288
                                                        
seq2  --------------------------------------------------  1180

seq1  CTCTTCAATGCCCTTGTCTGATCCCCACCTCCTCTTTGTGTCTGAGGAGC  1338
                                                        
seq2  --------------------------------------------------  1180

seq1  TCAGTTCTTTCTCAGAAAGTCAGTATAAGTATTCCAGTCTCCAAGAATCC  1388
                                                        
seq2  --------------------------------------------------  1180

seq1  TTCCCAGATATCTACAGATCCTGCCCTGGCCACACTCACATGGCTGCACT  1438
                                                        
seq2  --------------------------------------------------  1180

seq1  GGGTATGTTGCTACAATTATCCCAAGATGCCTGCCTCTAGAGGGGGAAGG  1488
                                                        
seq2  --------------------------------------------------  1180

seq1  GCCATATAGGTCTATGCTTTTTGTTTTCTGAAGCTCTCTAACACCTGGAA  1538
                                                        
seq2  --------------------------------------------------  1180

seq1  CATT  1542
          
seq2  ----  1180