BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-075M21
Chromosome1 (Build37)
Map Location 106,960,124 - 107,135,335
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC383546, LOC100041134, Cdh20
Downstream geneRnf152, LOC100041985, Pign, LOC666249, 2310035C23Rik, LOC100042023, Tnfrsf11a, EG635504, Zcchc2, EG435634, Phlpp
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-075M21.bB6Ng01-075M21.g
ACCDH892259DH892260
length1,124971
definitionDH892259|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-075M21, 5' end.DH892260|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-075M21, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(106,960,124 - 106,961,250)(107,134,463 - 107,135,335)
sequence
gaattctcaaaactcaataatatgatgaaaatcatgcagtttcaaatgga
aaaaaaattgactgagcatttgcacaaagaaagaaccaatgcccagtaag
caactaaaagacaatcagtatcaatacagtcataagggaagtgaaaattc
aacaatgtaacgcctcttcctaaacattagaagggttgaaattaaaagga
ctggcaatgtcaagtgttcgtactgcgtactggttagtacttcttaaaag
taagctattgatactatgctaatttatctaacattaagtatgagttaaaa
tgcaattgcttaaagacataactatttactgtgtttcctgagcctggtgt
taaacgaggaacaaccacctcagctcaggctgaggctgttattctcagtt
tcgttcattcacatccctctaacctggattaggaagctctactctaagga
tttttctcatttttgttgggactaaagggtagcgcagacctgtcattttc
ttgatagtaacagatacacacaatgtaaaaaaaggaaattcccaagcact
ctggtgaacagacatgctaaagatgctcaagctagccacactctataaca
tactctgtcctgtgaaatcactacagaatccaaaggctactcatcttctc
ctgacccttctggcttgcaggtaaagcctcagctcctgctcagatcttct
catcttctctgaagcaggtcttttgagaaataccaacataaacagaataa
acttatctcagaaaagagagacacagaaacaagtctaaaagtcctatcac
ctctaccatattaccacaggtcagatgcttcagtacactcagtcaattgc
gccatgactatccattcttcatcaaacctaatcataagcatatacatgca
tacatgcccttatgaatttagaacatgttgttttgaagtataccatttca
cataaaagtgtttagtaaatccataagcttttcacttgtgtatctttcgt
tgtaatattgacatcagctatgcacaatagagagcataagacatttcctt
cttctctacagtactcagagctcttgccttcctttaatggtcaaaacaca
gtagtgcgactagctcagttacca
gaattctaggaatgtgcagcttgcatcatactggtagtagagaggagctt
tttgggatagggtgggcaaggtttagacatttccttatgcagatggtgga
aagcagctggaccgaaaggttggaaggtccaggggagagagatgactcag
gttccagacaagcctgtggaatgtgtaagagtaagtccagagccttagac
tgaggcaggtcactttttgttttctttataaagaggtatttcccacagct
gaggatttaggatagctcctcatacttggtttcccatctggcactgcaaa
gagatctttcctcctcccctgccctctcctccccttctttccactgttcg
gctttctttaaaacattcttcatatttatttatttcatgtgtataagtgt
tttgcttatatgtatgtatgctcacgacatgtgtacctgatcagaaaaga
tgttagatactctggaactggcgttacggatgactgtgttctgctacgtg
gtcactaggaactgaacctgtgtcctccacaagagcactaagtgctctta
agcactgagccagctctccacacctcacattccccttttatgtcattccc
caccacatcacaagaattcccactagtcacaggctgttggaaacaactta
ctactaacagtttgctaactggacatagtatcaaaccaccttctaagtac
ttatttttcggcctatagatgagtgcagctcccaggcctcgttagagatg
cttctttgtgcagttggatggtggttaatacagaagctagtcaaagtgtg
ttcatccataaatgggacatcaattttcacactcccttccctcaaggctc
aggaaacattttggaaagattataagagacagaagtcagagaaatgcaga
attttttctgctcatgataggctatggcatttatgaactcagagcatccc
tggttgcttatgtaagacttg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_106960124_106961250
seq2: B6Ng01-075M21.b_47_1170

seq1  GAATTCTCAAAACTCAATAATATGATGAAAATCATGCAGTTTCAAATGGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCAAAACTCAATAATATGATGAAAATCATGCAGTTTCAAATGGA  50

seq1  AAAAAAATTGACTGAGCATTTGCACAAAGAAAGAACCAATGCCCAGTAAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAATTGACTGAGCATTTGCACAAAGAAAGAACCAATGCCCAGTAAG  100

seq1  CAACTAAAAGACAATCAGTATCAATACAGTCATAAGGGAAGTGAAAATTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTAAAAGACAATCAGTATCAATACAGTCATAAGGGAAGTGAAAATTC  150

seq1  AACAATGTAACGCCTCTTCCTAAACATTAGAAGGGTTGAAATTAAAAGGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAATGTAACGCCTCTTCCTAAACATTAGAAGGGTTGAAATTAAAAGGA  200

seq1  CTGGCAATGTCAAGTGTTCGTACTGCGTACTGGTTAGTACTTCTTAAAAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCAATGTCAAGTGTTCGTACTGCGTACTGGTTAGTACTTCTTAAAAG  250

seq1  TAAGCTATTGATACTATGCTAATTTATCTAACATTAAGTATGAGTTAAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGCTATTGATACTATGCTAATTTATCTAACATTAAGTATGAGTTAAAA  300

seq1  TGCAATTGCTTAAAGACATAACTATTTACTGTGTTTCCTGAGCCTGGTGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAATTGCTTAAAGACATAACTATTTACTGTGTTTCCTGAGCCTGGTGT  350

seq1  TAAACGAGGAACAACCACCTCAGCTCAGGCTGAGGCTGTTATTCTCAGTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACGAGGAACAACCACCTCAGCTCAGGCTGAGGCTGTTATTCTCAGTT  400

seq1  TCGTTCATTCACATCCCTCTAACCTGGATTAGGAAGCTCTACTCTAAGGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGTTCATTCACATCCCTCTAACCTGGATTAGGAAGCTCTACTCTAAGGA  450

seq1  TTTTTCTCATTTTTGTTGGGACTAAAGGGTAGCGCAGACCTGTCATTTTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTCTCATTTTTGTTGGGACTAAAGGGTAGCGCAGACCTGTCATTTTC  500

seq1  TTGATAGTAACAGATACACACAATGTAAAAAAAGGAAATTCCCAAGCACT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATAGTAACAGATACACACAATGTAAAAAAAGGAAATTCCCAAGCACT  550

seq1  CTGGTGAACAGACATGCTAAAGATGCTCAAGCTAGCCACACTCTATAACA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTGAACAGACATGCTAAAGATGCTCAAGCTAGCCACACTCTATAACA  600

seq1  TACTCTGTCCTGTGAAATCACTACAGAATCCAAAGGCTACTCATCTTCTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTCTGTCCTGTGAAATCACTACAGAATCCAAAGGCTACTCATCTTCTC  650

seq1  CTGACCCTTCTGGCTTGCAGGTAAAGCCTCAGCTCCTGCTCAGATCTTCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACCCTTCTGGCTTGCAGGTAAAGCCTCAGCTCCTGCTCAGATCTTCT  700

seq1  CATCTTCTCTGAAGCAGGTCTTTTGAGAAATACCAACATAAACAGAATAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTTCTCTGAAGCAGGTCTTTTGAGAAATACCAACATAAACAGAATAA  750

seq1  ACTTATCTCAGAAAAGAGAGACACAGAAACAAGTCTAAAAGTCCTATCAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTATCTCAGAAAAGAGAGACACAGAAACAAGTCTAAAAGTCCTATCAC  800

seq1  CTCTACCATATTACCACAGGTCAGATGCTTCAGTACACTCAGTCAATTGC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTACCATATTACCACAGGTCAGATGCTTCAGTACACTCAGTCAATTGC  850

seq1  GCCATGACTATCCATTCTTCATCAAACCTAATCATAAGCATATACATGCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATGACTATCCATTCTTCATCAAACCTAATCATAAGCATATACATGCA  900

seq1  TACATGCCCTTATGAATTTAGAACATGTTGTTTTGAAGTATACCATTTCA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATGCCCTTATGAATTTAGAACATGTTGTTTTGAAGTATACCATTTCA  950

seq1  CATAAAAGTGTTTAGTAAATCCATAAGCTTTTCACTTGTGTATCTTTCGT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  CATAAAAGTGTTTAGTAAATCCATAAGCTTTTCACTTGTGTATCTTTCG-  999

seq1  TTGTTATATTGACATCAGCTATGCACAATAGAGAGCATAAGACATTTCCT  1050
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTAATATTGACATCAGCTATGCACAATAGAGAGCATAAGACATTTCCT  1049

seq1  TC-TCTCTACAGTACTCAGAGCTC-TGCCTTCCCTTAATGGTC-AAACAC  1097
      || ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||
seq2  TCTTCTCTACAGTACTCAGAGCTCTTGCCTTCCTTTAATGGTCAAAACAC  1099

seq1  AGTTAGTGCAGACTAAGCTCAAGTTTACCA  1127
      || |||||| |||| ||||||   ||||||
seq2  AG-TAGTGC-GACT-AGCTCA--GTTACCA  1124

seq1: chr1_107134463_107135335
seq2: B6Ng01-075M21.g_71_945 (reverse)

seq1  TTATAATCTTTCCAAAATGTTTCCTGAGCCTTGAGGGAAGGGAGTGTG-A  49
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  TTATAATCTTTCCAAAATGTTTCCTGAGCCTTGAGGGAAGGGAGTGTGAA  50

seq1  AATTGATGTCCCATTTATGGATGAACACACTTTGACTAGCTTCTGTATTA  99
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGATGTCCCATTTATGGATGAACACACTTTGACTAGCTTCTGTATTA  100

seq1  ACCACCATCC-ACTGCACAAAGAAGCATCTCTAACGAGGCCTGGGAGCTG  148
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACCATCCAACTGCACAAAGAAGCATCTCTAACGAGGCCTGGGAGCTG  150

seq1  CACTCATCTATAGGCCGAAAAATAAGTACTTAGAAGGTGGTTTGATACTA  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCATCTATAGGCCGAAAAATAAGTACTTAGAAGGTGGTTTGATACTA  200

seq1  TGTCCAGTTAGCAAACTGTTAGTAGTAAGTTGTTTCCAACAGCCTGTGAC  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCAGTTAGCAAACTGTTAGTAGTAAGTTGTTTCCAACAGCCTGTGAC  250

seq1  TAGTGGGAATTCTTGTGATGTGGTGGGGAATGACATAAAAGGGGAATGTG  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGGGAATTCTTGTGATGTGGTGGGGAATGACATAAAAGGGGAATGTG  300

seq1  AGGTGTGGAGAGCTGGCTCAGTGCTTAAGAGCACTTAGTGCTCTTGTGGA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGTGGAGAGCTGGCTCAGTGCTTAAGAGCACTTAGTGCTCTTGTGGA  350

seq1  GGACACAGGTTCAGTTCCTAGTGACCACGTAGCAGAACACAGTCATCCGT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACACAGGTTCAGTTCCTAGTGACCACGTAGCAGAACACAGTCATCCGT  400

seq1  AACGCCAGTTCCAGAGTATCTAACATCTTTTCTGATCAGGTACACATGTC  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACGCCAGTTCCAGAGTATCTAACATCTTTTCTGATCAGGTACACATGTC  450

seq1  GTGAGCATACATACATATAAGCAAAACACTTATACACATGAAATAAATAA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGCATACATACATATAAGCAAAACACTTATACACATGAAATAAATAA  500

seq1  ATATGAAGAATGTTTTAAAGAAAGCCGAACAGTGGAAAGAAGGGGAGGAG  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGAAGAATGTTTTAAAGAAAGCCGAACAGTGGAAAGAAGGGGAGGAG  550

seq1  AGGGCAGGGGAGGAGGAAAGATCTCTTTGCAGTGCCAGATGGGAAACCAA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGCAGGGGAGGAGGAAAGATCTCTTTGCAGTGCCAGATGGGAAACCAA  600

seq1  GTATGAGGAGCTATCCTAAATCCTCAGCTGTGGGAAATACCTCTTTATAA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGAGGAGCTATCCTAAATCCTCAGCTGTGGGAAATACCTCTTTATAA  650

seq1  AGAAAACAAAAAGTGACCTGCCTCAGTCTAAGGCTCTGGACTTACTCTTA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAACAAAAAGTGACCTGCCTCAGTCTAAGGCTCTGGACTTACTCTTA  700

seq1  CACATTCCACAGGCTTGTCTGGAACCTGAGTCATCTCTCTCCCCTGGACC  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATTCCACAGGCTTGTCTGGAACCTGAGTCATCTCTCTCCCCTGGACC  750

seq1  TTCCAACCTTTCGGTCCAGCTGCTTTCCACCATCTGCATAAGGAAATGTC  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAACCTTTCGGTCCAGCTGCTTTCCACCATCTGCATAAGGAAATGTC  800

seq1  TAAACCTTGCCCACCCTATCCCAAAAAGCTCCTCTCTACTACCAGTATGA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACCTTGCCCACCCTATCCCAAAAAGCTCCTCTCTACTACCAGTATGA  850

seq1  TGCAAGCTGCACATTCCTAGAATTC  873
      |||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAAGCTGCACATTCCTAGAATTC  875