BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-077G21
Chromosome1 (Build37)
Map Location 77,461,776 - 77,618,289
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEpha4, LOC100039330
Upstream geneLOC100039137, Tfdp1-ps
Downstream genePax3, LOC100039210, Sgpp2, LOC100039382, Farsb, Mogat1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-077G21.bB6Ng01-077G21.g
ACCDH893406DH893407
length1,113676
definitionDH893406|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-077G21, 5' end.DH893407|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-077G21, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(77,461,776 - 77,462,890)(77,617,614 - 77,618,289)
sequence
gaattcagaaacttcagcaccgcgtgcgagcctcccacgcgtcatagaga
tgccagcaccagtgtaagcagttcctggagctctccatgtctcctctttc
atcattacattcagtcctctaccctgcttcctaatatgtatatgatgcat
atgtatgtatgatgaatatgcacgtgtatagcatatttgcaaatattaaa
atcccattggttacattgatggagtgaaaggggccagtggaaacaaagtg
actcacacacacaaaaatcccaggtgatgagataccctgaggggttaata
cattaatgacaccccacccccggctccaaatttaggtcattttagctaaa
tcacctaaatagcatgagatttgcagagggcaatgcactatttatggtgt
ggcagaacagagttcagatacagatagccaaggcttctagttctttctac
gtgctacctcccacccacccctgccagtgcaagtcctagcacagtaactg
ccctaagcagcagggcacaatgcccattgcattctgactaagcaaactct
gacgaaagtgaaactttagaaagggacgtcacttagcaggcaatcgatca
taagacaggtggataattaaatgtccaacagcccagtgtgttggtagact
tcaatgcaaaggaagctcaggaagaagggtacaaggtgtgcccacacagc
aagaccttggtctcaaccaaaacacagcagcaacaacagcaaaaacccag
cagtttgtgtctcgtaactcctccagtgtcttaaagttgaaatgaaggag
tagaagcatgcaggtaaacgctgctctgcattatgtcttggggttacgtt
taagttgttagaacttaccaatataagctttatacatgtcctttgtccct
tagtcttttaaacttgattcccggtctcactatgtagccctggctgacat
gataaccacagaagctatggttagaagtgtgtgttaccttgcccatcgga
cactccacacacacttagaaaatgagggaggaacattggtactcagtgac
cagatgtcccaaattctaactaatctatgtagagttagagacctatgacc
tttgctaaggccg
gaattcagaatgctgtgctaagcacagtcttccccaaagcacatggctgt
ggtctctacactagcatgtgttggcctatgaagaacaagcaacttataca
gtttattttgtgatacacaaacaggagtctggagctgaggtctttagtac
accttaggctctctaatgaaagagtccaattaaattcacttttcaataca
tgaaaactcgaaggctaaatgtagcaaagtcccaggatccaatagcatca
gaactaaaaaattcgaattaatattcattcagaactccccagatttctat
ttaccaattatttttggaaaatgaaaaggtgatttgtaactgttggttaa
aatatgtttctttaaaactgccaagaatgctgcccggagccctttctttt
actgatctggataattatccatattaatgtctagttattcagaatttcca
atatggataagcaactacatattcatatatattcttcccttttattcaca
caaatgcacacacacacatacacacacacacacacacacacacacacaca
cacacacacacacacactcatgccttgaaacttactatctagaccagact
gtcctcaaattcacagagatcagcttacctctgcctcccaaatactggtg
actctgtgtgtgtgtgtggggggggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_77461776_77462890
seq2: B6Ng01-077G21.b_49_1161

seq1  GAATTCAGAAACTTCAGCACCGCGTGCGAGCCTCCCACGCGTCATAGAGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGAAACTTCAGCACCGCGTGCGAGCCTCCCACGCGTCATAGAGA  50

seq1  TGCCAGCACCAGTGTAAGCAGTTCCTGGAGCTCTCCATGTCTCCTCTTTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCAGCACCAGTGTAAGCAGTTCCTGGAGCTCTCCATGTCTCCTCTTTC  100

seq1  ATCATTACATTCAGTCCTCTACCCTGCTTCCTAATATGTATATGATGCAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATTACATTCAGTCCTCTACCCTGCTTCCTAATATGTATATGATGCAT  150

seq1  ATGTATGTATGATGAATATGCACGTGTATAGCATATTTGCAAATATTAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTATGTATGATGAATATGCACGTGTATAGCATATTTGCAAATATTAAA  200

seq1  ATCCCATTGGTTACATTGATGGAGTGAAAGGGGCCAGTGGAAACAAAGTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCATTGGTTACATTGATGGAGTGAAAGGGGCCAGTGGAAACAAAGTG  250

seq1  ACTCACACACACAAAAATCCCAGGTGATGAGATACCCTGAGGGGTTAATA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCACACACACAAAAATCCCAGGTGATGAGATACCCTGAGGGGTTAATA  300

seq1  CATTAATGACACCCCACCCCCGGCTCCAAATTTAGGTCATTTTAGCTAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTAATGACACCCCACCCCCGGCTCCAAATTTAGGTCATTTTAGCTAAA  350

seq1  TCACCTAAATAGCATGAGATTTGCAGAGGGCAATGCACTATTTATGGTGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACCTAAATAGCATGAGATTTGCAGAGGGCAATGCACTATTTATGGTGT  400

seq1  GGCAGAACAGAGTTCAGATACAGATAGCCAAGGCTTCTAGTTCTTTCTAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGAACAGAGTTCAGATACAGATAGCCAAGGCTTCTAGTTCTTTCTAC  450

seq1  GTGCTACCTCCCACCCACCCCTGCCAGTGCAAGTCCTAGCACAGTAACTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTACCTCCCACCCACCCCTGCCAGTGCAAGTCCTAGCACAGTAACTG  500

seq1  CCCTAAGCAGCAGGGCACAATGCCCATTGCATTCTGACTAAGCAAACTCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTAAGCAGCAGGGCACAATGCCCATTGCATTCTGACTAAGCAAACTCT  550

seq1  GACGAAAGTGAAACTTTAGAAAGGGACGTCACTTAGCAGGCAATCGATCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACGAAAGTGAAACTTTAGAAAGGGACGTCACTTAGCAGGCAATCGATCA  600

seq1  TAAGACAGGTGGATAATTAAATGTCCAACAGCCCAGTGTGTTGGTAGACT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGACAGGTGGATAATTAAATGTCCAACAGCCCAGTGTGTTGGTAGACT  650

seq1  TCAATGCAAAGGAAGCTCAGGAAGAAGGGTACAAGGTGTGCCCACACAGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATGCAAAGGAAGCTCAGGAAGAAGGGTACAAGGTGTGCCCACACAGC  700

seq1  AAGACCTTGGTCTCAACCAAAACACAGCAGCAACAACAGCAAAAACCCAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACCTTGGTCTCAACCAAAACACAGCAGCAACAACAGCAAAAACCCAG  750

seq1  CAGTTTGTGTCTCGTAACTCCTCCAGTGTCTTAAAGTTGAAATGAAGGAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTTGTGTCTCGTAACTCCTCCAGTGTCTTAAAGTTGAAATGAAGGAG  800

seq1  TAGAAGCATGCAGGTAAACGCTGCTCTGCATTATGTCTTGGGGTTACGTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAGCATGCAGGTAAACGCTGCTCTGCATTATGTCTTGGGGTTACGTT  850

seq1  TAAGTTGTTAGAACTTACCAATATAAGCTTTATAACATGTCCTTTGTCCC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  TAAGTTGTTAGAACTTACCAATATAAGCTTTAT-ACATGTCCTTTGTCCC  899

seq1  TTAGTCTTTTAAACTTGATTCCCGGTCTCACTATGTAGCCCTGGCTGACA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTCTTTTAAACTTGATTCCCGGTCTCACTATGTAGCCCTGGCTGACA  949

seq1  TGATAACCACAGAAGCTATGGTTAGAAGTGTGTGTTACCTTGCCCATCGG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATAACCACAGAAGCTATGGTTAGAAGTGTGTGTTACCTTGCCCATCGG  999

seq1  ACAC-CCACACACACTAGAAAAATGAGGGAGG-ACATTGGTACTCAGTGA  1048
      |||| |||||||||||   ||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  ACACTCCACACACACTTAGAAAATGAGGGAGGAACATTGGTACTCAGTGA  1049

seq1  CCAGAATGTCCCAAATTCTTAACT-ATCTATGTAGAGTTTAGAGACCTTA  1097
      |||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||  
seq2  CCAG-ATGTCCCAAATTC-TAACTAATCTATGTAGAG-TTAGAGACCT--  1094

seq1  ATGA-CTTTGCTTAGGCCG  1115
      |||| ||||||| ||||||
seq2  ATGACCTTTGCTAAGGCCG  1113

seq1: chr1_77617614_77618289
seq2: B6Ng01-077G21.g_72_747 (reverse)

seq1  CCCCCCCCCACACACACACACAGAGTCACCAGTATTTGGGAGGCAGAGGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCCCCCACACACACACACAGAGTCACCAGTATTTGGGAGGCAGAGGT  50

seq1  AAGCTGATCTCTGTGAATTTGAGGACAGTCTGGTCTAGATAGTAAGTTTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTGATCTCTGTGAATTTGAGGACAGTCTGGTCTAGATAGTAAGTTTC  100

seq1  AAGGCATGAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCATGAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  150

seq1  TGTGTGTATGTGTGTGTGTGCATTTGTGTGAATAAAAGGGAAGAATATAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTATGTGTGTGTGTGCATTTGTGTGAATAAAAGGGAAGAATATAT  200

seq1  ATGAATATGTAGTTGCTTATCCATATTGGAAATTCTGAATAACTAGACAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAATATGTAGTTGCTTATCCATATTGGAAATTCTGAATAACTAGACAT  250

seq1  TAATATGGATAATTATCCAGATCAGTAAAAGAAAGGGCTCCGGGCAGCAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATATGGATAATTATCCAGATCAGTAAAAGAAAGGGCTCCGGGCAGCAT  300

seq1  TCTTGGCAGTTTTAAAGAAACATATTTTAACCAACAGTTACAAATCACCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGGCAGTTTTAAAGAAACATATTTTAACCAACAGTTACAAATCACCT  350

seq1  TTTCATTTTCCAAAAATAATTGGTAAATAGAAATCTGGGGAGTTCTGAAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCATTTTCCAAAAATAATTGGTAAATAGAAATCTGGGGAGTTCTGAAT  400

seq1  GAATATTAATTCGAATTTTTTAGTTCTGATGCTATTGGATCCTGGGACTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATATTAATTCGAATTTTTTAGTTCTGATGCTATTGGATCCTGGGACTT  450

seq1  TGCTACATTTAGCCTTCGAGTTTTCATGTATTGAAAAGTGAATTTAATTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTACATTTAGCCTTCGAGTTTTCATGTATTGAAAAGTGAATTTAATTG  500

seq1  GACTCTTTCATTAGAGAGCCTAAGGTGTACTAAAGACCTCAGCTCCAGAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTCTTTCATTAGAGAGCCTAAGGTGTACTAAAGACCTCAGCTCCAGAC  550

seq1  TCCTGTTTGTGTATCACAAAATAAACTGTATAAGTTGCTTGTTCTTCATA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGTTTGTGTATCACAAAATAAACTGTATAAGTTGCTTGTTCTTCATA  600

seq1  GGCCAACACATGCTAGTGTAGAGACCACAGCCATGTGCTTTGGGGAAGAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCAACACATGCTAGTGTAGAGACCACAGCCATGTGCTTTGGGGAAGAC  650

seq1  TGTGCTTAGCACAGCATTCTGAATTC  676
      ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCTTAGCACAGCATTCTGAATTC  676