BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-079B10
Chromosome1 (Build37)
Map Location 12,576,909 - 12,631,491
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneA830018L16Rik, LOC665262, LOC100039709
Downstream geneLOC621353, LOC100039733, Sulf1, Slco5a1, LOC383490, Prdm14, Ncoa2, LOC665341, LOC100039812, EG621685, Tram1, Lactb2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-079B10.bB6Ng01-079B10.g
ACCDH894599DH894600
length1,144699
definitionDH894599|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-079B10, 5' end.DH894600|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-079B10, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(12,630,334 - 12,631,491)(12,576,909 - 12,577,596)
sequence
gaattctaacgtaggatagctgatgagtttagagtaatagattctttgcc
caaccatggagttatctggtcagttttaaaataaagtctctagtgttttc
cttccttggggctaaaggaggcaggagaagtgagcaggcgtggctggggc
agttagccagtagcactccaacagcagctcccagccttttcaggaggggc
cgttgttggcagcttggcaaagccagacagtgttcttgggaaagtgtcag
agctgctggtttgggggagctgaatgagaccgagtggcttagcaaaatta
gctgtggggctgggtaagacagccattggtggcagttgatctcagccaca
gctcgggcagcagcactgggcagtgagcaagcatgcatttaaaattacat
gcaacaactaactgttttcttattggatttaagccctattttacaggtac
tagtactgtgaacatgtgtatgaacccatgattgagtagcccacaggacc
agagcaaagcaatgtctttggacattaacagactgctacacttgaactca
aagcagctgctattccctgagcaaaacacactggtccacattgcagcatg
gaaaggctcatgaggcccaccctaaaagaagcgctgctgagaggtgataa
cttgtagggaagagagagtgagataagtgtcttttaaggcagtgtttctc
atcctgtgggttgagacgcctttcacagggtttacatagcagatacatac
attatgatttataacaatagccaaattatagttacagttattaagtagcc
atgaaataattttatggttggggtcactacagaatgaagaactgtattaa
ggttctcagcactaagaaggttttgaagcactgctttaagagactggcct
aagtaagtcaggtcacgtagtaagtagagagctccatacccatgagtaag
tatttgggcagcacccattcaaagcacattgcatacatgtataaattctc
catgagtaataaaagtactatagtaaaaggagcctatgctgccatagaca
cttgaaatatatctttttattttaaaaagtattttccagtctctagccta
gggataaaggcaagttggtaacatgcaaatatacctgtaatgtt
gaattcaaagtctaattgccttgggcatggtatacacctgcaaacccaac
acccggaggctgaggcaagaagaccaagactgccagcctgtggtctatag
caaggtttgctttcaggaaagggaacatggattctaaccatggaagaaaa
ataaagacaaaaagagcataataaaaccttaaggctgctgtagcctccca
caaacctgaagcaggctgagccagaacttgaccttgctgccactaaggag
attatctagggtggagccttcctccctagatcactctattgttgagccac
tgttgctgattctcttcaagatactgctacctgctgagaggccccagagc
tattccagagactacaccagctggttctaggctccaagaatgaattggcg
ggaatgggccttctgccttctttataaagtgtgtccgccattaaaaattt
gaaccttgatcagaacactgtcttggttccatctttctctcgtcgcctag
tttctctctttcagcgctggcctgccattcaggtgtacccgtccttgtga
gctgctggacagctcacaacaatttggcacccggactggaacctgaagaa
gttcaggaggacactgaggtaacactgttttgtgtggagatccacggaag
aaaagaaaaggatcatattggacactgaagcaacaggtacacattctag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_12630334_12631491
seq2: B6Ng01-079B10.b_47_1190 (reverse)

seq1  AACATTACAAAGTAATAATTTGCATTGTTACCAACTTTGCCATTATCCCT  50
      |||||||| | |||   ||||||| |||||||||| ||||| ||||||||
seq2  AACATTAC-AGGTA--TATTTGCA-TGTTACCAAC-TTGCCTTTATCCCT  45

seq1  AGGCCTTAGAGACTAGGAAATACTTTTTTTAAAATAAAAAGGATATATTT  100
      ||||  |||||||| | ||||||  ||||||||||||||| |||||||||
seq2  AGGC--TAGAGACTGGAAAATAC--TTTTTAAAATAAAAA-GATATATTT  90

seq1  CAAGTGTCTTATGGCAGCATAGGCTCCTTTTACTATAGTACTTTTATTAA  150
      |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  CAAGTGTC-TATGGCAGCATAGGCTCCTTTTACTATAGTACTTTTATT-A  138

seq1  CTCATGGAGAATTTTATACATGTATGCAATGTGCTTTGAATTGGGTGCTG  200
      ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  CTCATGGAGAA-TTTATACATGTATGCAATGTGCTTTGAA-TGGGTGCTG  186

seq1  CCCAAATACTTACTCATGGGTATGGAGCTCTCTACTTACTACGTGACCTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAAATACTTACTCATGGGTATGGAGCTCTCTACTTACTACGTGACCTG  236

seq1  ACTTACTTAGGCCAGTCTCTTAAAGCAGTGCTTCAAAACCTTCTTAGTGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTACTTAGGCCAGTCTCTTAAAGCAGTGCTTCAAAACCTTCTTAGTGC  286

seq1  TGAGAACCTTAATACAGTTCTTCATTCTGTAGTGACCCCAACCATAAAAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAACCTTAATACAGTTCTTCATTCTGTAGTGACCCCAACCATAAAAT  336

seq1  TATTTCATGGCTACTTAATAACTGTAACTATAATTTGGCTATTGTTATAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTCATGGCTACTTAATAACTGTAACTATAATTTGGCTATTGTTATAA  386

seq1  ATCATAATGTATGTATCTGCTATGTAAACCCTGTGAAAGGCGTCTCAACC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATAATGTATGTATCTGCTATGTAAACCCTGTGAAAGGCGTCTCAACC  436

seq1  CACAGGATGAGAAACACTGCCTTAAAAGACACTTATCTCACTCTCTCTTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGGATGAGAAACACTGCCTTAAAAGACACTTATCTCACTCTCTCTTC  486

seq1  CCTACAAGTTATCACCTCTCAGCAGCGCTTCTTTTAGGGTGGGCCTCATG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTACAAGTTATCACCTCTCAGCAGCGCTTCTTTTAGGGTGGGCCTCATG  536

seq1  AGCCTTTCCATGCTGCAATGTGGACCAGTGTGTTTTGCTCAGGGAATAGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTTTCCATGCTGCAATGTGGACCAGTGTGTTTTGCTCAGGGAATAGC  586

seq1  AGCTGCTTTGAGTTCAAGTGTAGCAGTCTGTTAATGTCCAAAGACATTGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGCTTTGAGTTCAAGTGTAGCAGTCTGTTAATGTCCAAAGACATTGC  636

seq1  TTTGCTCTGGTCCTGTGGGCTACTCAATCATGGGTTCATACACATGTTCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCTCTGGTCCTGTGGGCTACTCAATCATGGGTTCATACACATGTTCA  686

seq1  CAGTACTAGTACCTGTAAAATAGGGCTTAAATCCAATAAGAAAACAGTTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTACTAGTACCTGTAAAATAGGGCTTAAATCCAATAAGAAAACAGTTA  736

seq1  GTTGTTGCATGTAATTTTAAATGCATGCTTGCTCACTGCCCAGTGCTGCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTTGCATGTAATTTTAAATGCATGCTTGCTCACTGCCCAGTGCTGCT  786

seq1  GCCCGAGCTGTGGCTGAGATCAACTGCCACCAATGGCTGTCTTACCCAGC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCGAGCTGTGGCTGAGATCAACTGCCACCAATGGCTGTCTTACCCAGC  836

seq1  CCCACAGCTAATTTTGCTAAGCCACTCGGTCTCATTCAGCTCCCCCAAAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACAGCTAATTTTGCTAAGCCACTCGGTCTCATTCAGCTCCCCCAAAC  886

seq1  CAGCAGCTCTGACACTTTCCCAAGAACACTGTCTGGCTTTGCCAAGCTGC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCAGCTCTGACACTTTCCCAAGAACACTGTCTGGCTTTGCCAAGCTGC  936

seq1  CAACAACGGCCCCTCCTGAAAAGGCTGGGAGCTGCTGTTGGAGTGCTACT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACAACGGCCCCTCCTGAAAAGGCTGGGAGCTGCTGTTGGAGTGCTACT  986

seq1  GGCTAACTGCCCCAGCCACGCCTGCTCACTTCTCCTGCCTCCTTTAGCCC  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTAACTGCCCCAGCCACGCCTGCTCACTTCTCCTGCCTCCTTTAGCCC  1036

seq1  CAAGGAAGGAAAACACTAGAGACTTTATTTTAAAACTGACCAGATAACTC  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGAAGGAAAACACTAGAGACTTTATTTTAAAACTGACCAGATAACTC  1086

seq1  CATGGTTGGGCAAAGAATCTATTACTCTAAACTCATCAGCTATCCTACGT  1150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGTTGGGCAAAGAATCTATTACTCTAAACTCATCAGCTATCCTACGT  1136

seq1  TAGAATTC  1158
      ||||||||
seq2  TAGAATTC  1144

seq1: chr1_12576909_12577596
seq2: B6Ng01-079B10.g_69_755

seq1  GAATTCAAAGTCTAATTGCCTTGGGCATGGTATACACCTGCAAACCCAAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAAGTCTAATTGCCTTGGGCATGGTATACACCTGCAAACCCAAC  50

seq1  ACCCGGAGGCTGAGGCAAGAAGACCAAGACTGCCAGCCTGTGGTCTATAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCGGAGGCTGAGGCAAGAAGACCAAGACTGCCAGCCTGTGGTCTATAG  100

seq1  CAAGGTTTGCTTTCAGGAAAGGGAACATGGATTCTAACCATGGAAGAAAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGTTTGCTTTCAGGAAAGGGAACATGGATTCTAACCATGGAAGAAAA  150

seq1  ATAAAGACAAAAAGAGCATAATAAAACCTTAAGGCTGCTGTAGCCTCCCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAGACAAAAAGAGCATAATAAAACCTTAAGGCTGCTGTAGCCTCCCA  200

seq1  CAAACCTGAAGCAGGCTGAGCCAGAACTTGACCTTGCTGCCACTAAGGAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACCTGAAGCAGGCTGAGCCAGAACTTGACCTTGCTGCCACTAAGGAG  250

seq1  ATTATCTAGGGTGGAGCCTTCCTCCCTAGATCACTCTATTGTTGAGCCAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATCTAGGGTGGAGCCTTCCTCCCTAGATCACTCTATTGTTGAGCCAC  300

seq1  TGTTGCTGATTCTCTTCAAGATACTGCTACCTGCTGAGAGGCCCCAGAGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGCTGATTCTCTTCAAGATACTGCTACCTGCTGAGAGGCCCCAGAGC  350

seq1  TATTCCAGAGACTACACCAGCTGGTTCTAGGCTCCAAGAATGAATTGGCG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCCAGAGACTACACCAGCTGGTTCTAGGCTCCAAGAATGAATTGGCG  400

seq1  GGAATGGGCCTTCTGCCTTCTTTATAAAGTGTGTCCGCCATTAAAAATTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATGGGCCTTCTGCCTTCTTTATAAAGTGTGTCCGCCATTAAAAATTT  450

seq1  GAACCTTGATCAGAACACTGTCTTGGTTCCATCTTTCTCTCGTCGCCTAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACCTTGATCAGAACACTGTCTTGGTTCCATCTTTCTCTCGTCGCCTAG  500

seq1  TTTCTCTCTTTCAGCGCTGGCCTGCCATTCAGGTGTACCCGTCCTTGTGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTCTCTTTCAGCGCTGGCCTGCCATTCAGGTGTACCCGTCCTTGTGA  550

seq1  GCTGCTGGACAGCTCACAACAATTTGGCACCCGGACTGGAACCTGAAGAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCTGGACAGCTCACAACAATTTGGCACCCGGACTGGAACCTGAAGAA  600

seq1  GTTCAGGAGGACACTGAGGTAACACTGTTTTGTGTGGAGATCCACGGAAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCAGGAGGACACTGAGGTAACACTGTTTTGTGTGGAGATCCACGGAAG  650

seq1  AAAAAGAAAAGGATCATATTGGACACTGAAGCAACAGG  688
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -AAAAGAAAAGGATCATATTGGACACTGAAGCAACAGG  687