BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-084C21
Chromosome1 (Build37)
Map Location 177,724,341 - 177,865,639
singlet/doubletdoublet
Overlap geneWdr64, Exo1, Gm104
Upstream geneFmn2, Grem2, Rgs7, Fh1, Kmo, Opn3, Chml
Downstream genePld5, B020018G12Rik, Cep170, Sdccag8, LOC666235
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-084C21.bB6Ng01-084C21.g
ACCDH898219DH898220
length7681,034
definitionDH898219|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-084C21, 5' end.DH898220|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-084C21, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(177,865,008 - 177,865,639)(177,724,341 - 177,725,375)
sequence
gaattctcgagtgtgggtatatgcatatgcacatgcaagtgcccttgtgt
gtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtttgaaaaccaaaggtcaact
acctgtatcacctttttcactctccaccttattgatttactggttgactc
gacaaagtctcactcactacaagcctgaaagtcgctctataggccaggct
gacactggattcagagagatccagctgcctcttccttctgagttctgaga
ttaaaggtgtgtaccacatgcttagcttctacgtgtttgctttgggacag
ggtttctctatctgtcctggaacttgctctgtagaccagattggcctcaa
actcagacatccgcctgcctctgtctccctaaaggcatgggccacctggc
aaaatttgtttgtttgtttttcagtgtacattggtgttttgcctgtatgt
agatctgtgtgagggtactgggtcccctagaactgcagaccatgtgggtt
ctgggaattgaacccagaccctcaggaaagaagccggggcttttagttgc
taagccatcgctccagccgctccacatgtatttttaaacagagtctttca
ctgaacctagagcttgtttttcaaatgttctattactcacaaatgcatta
tcctaatatttttacatgacaaaaaaaatacataaagcaggggctggaga
gatggctcaatagttaagagcactgactgctcttgcataggccccgggat
cagttccctggaccctcg
gaattcaaagcaggggaacggacaatgatggagttgtaagtagatgcccc
attatgactctgaaactctaggagacacaagaagatgccaaaactgtggt
gaaccttctacaggggactcaggagatgacaatggtgtcatgtgacctac
acagagacccaagaacacaaagcagcagggctgtccaccagctcagtaca
gtctgcccacaggttctatctttgtaagaaacctgaggtttgaaaacaca
aactgtctcccagatgatcttggaatagaatgccttatagatggtgaaga
aaggagggaagcagaagagatgatatccaaggagacttagagaacagctg
ctgattcaaactctgttctcagtaagtctccaatgagataatgctatgga
agcccttccaaaggcgagctcatagcactcaaaatagtttatgtgagtgc
aaaccttttgcaatccattattgctccaatagtcaggtatgtttgcctag
catgtagtgtgtctgtggaaatatgccttgtcaccatgcagttgcatttg
actttgaaaggaatgtcagtgtaaggagaaaccctctagttgaaatccca
cacaaggaattgtgtgaaaacacccatgggaaacacagggaaaagaggaa
atcgataacaatcagctggaagtcgtccatactttgagttatccatcatt
tcaaataagtcctcatggataaggtcaagttatttttagtgcagatgagg
aaatcctgttagtagtagagataaaaattgagatgtcttaggtagagtga
aattcaactttaatcttgtgattttatagaacttattaccacagaagccc
tgcttgccttgtgctttgttaaggggaagcttataaaagacatgctgccc
ttcacgaagcactctgccattttccctgacgtcactatacaccgactcat
gctgcagggtactactggctgggatgtgggtaagtccttgttctgtttta
gacctgcagcttgggcagtggtggtgcacgcctt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_177865008_177865639
seq2: B6Ng01-084C21.b_44_677 (reverse)

seq1  AATAG-ACATTTG-AAAACAAGCTCTAGGTTCAGTGAAAGACTCTGTTTA  48
      ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGAACATTTGAAAAACAAGCTCTAGGTTCAGTGAAAGACTCTGTTTA  50

seq1  AAAATACATGTGGAGCGGCTGGAGCGATGGCTTAGCAACTAAAAGCCCCG  98
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATACATGTGGAGCGGCTGGAGCGATGGCTTAGCAACTAAAAGCCCCG  100

seq1  GCTTCTTTCCTGAGGGTCTGGGTTCAATTCCCAGAACCCACATGGTCTGC  148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCTTTCCTGAGGGTCTGGGTTCAATTCCCAGAACCCACATGGTCTGC  150

seq1  AGTTCTAGGGGACCCAGTACCCTCACACAGATCTACATACAGGCAAAACA  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCTAGGGGACCCAGTACCCTCACACAGATCTACATACAGGCAAAACA  200

seq1  CCAATGTACACTGAAAAACAAACAAACAAATTTTGCCAGGTGGCCCATGC  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAATGTACACTGAAAAACAAACAAACAAATTTTGCCAGGTGGCCCATGC  250

seq1  CTTTAGGGAGACAGAGGCAGGCGGATGTCTGAGTTTGAGGCCAATCTGGT  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTAGGGAGACAGAGGCAGGCGGATGTCTGAGTTTGAGGCCAATCTGGT  300

seq1  CTACAGAGCAAGTTCCAGGACAGATAGAGAAACCCTGTCCCAAAGCAAAC  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACAGAGCAAGTTCCAGGACAGATAGAGAAACCCTGTCCCAAAGCAAAC  350

seq1  ACGTAGAAGCTAAGCATGTGGTACACACCTTTAATCTCAGAACTCAGAAG  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGTAGAAGCTAAGCATGTGGTACACACCTTTAATCTCAGAACTCAGAAG  400

seq1  GAAGAGGCAGCTGGATCTCTCTGAATCCAGTGTCAGCCTGGCCTATAGAG  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAGGCAGCTGGATCTCTCTGAATCCAGTGTCAGCCTGGCCTATAGAG  450

seq1  CGACTTTCAGGCTTGTAGTGAGTGAGACTTTGTCGAGTCAACCAGTAAAT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGACTTTCAGGCTTGTAGTGAGTGAGACTTTGTCGAGTCAACCAGTAAAT  500

seq1  CAATAAGGTGGAGAGTGAAAAAGGTGATACAGGTAGTTGACCTTTGGTTT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATAAGGTGGAGAGTGAAAAAGGTGATACAGGTAGTTGACCTTTGGTTT  550

seq1  TCAAACACACACACACACACACACACACACACACACACAAGGGCACTTGC  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAACACACACACACACACACACACACACACACACACAAGGGCACTTGC  600

seq1  ATGTGCATATGCATATACCCACACTCGAGAATTC  632
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGCATATGCATATACCCACACTCGAGAATTC  634

seq1: chr1_177724341_177725375
seq2: B6Ng01-084C21.g_67_1100

seq1  GAATTCAAAGCAGGGGAACGGACAATGATGGAGTTGTAAGTAGATGCCCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAAGCAGGGGAACGGACAATGATGGAGTTGTAAGTAGATGCCCC  50

seq1  ATTATGACTCTGAAACTCTAGGAGACACAAGAAGATGCCAAAACTGTGGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATGACTCTGAAACTCTAGGAGACACAAGAAGATGCCAAAACTGTGGT  100

seq1  GAACCTTCTACAGGGGACTCAGGAGATGACAATGGTGTCATGTGACCTAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACCTTCTACAGGGGACTCAGGAGATGACAATGGTGTCATGTGACCTAC  150

seq1  ACAGAGACCCAAGAACACAAAGCAGCAGGGCTGTCCACCAGCTCAGTACA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAGACCCAAGAACACAAAGCAGCAGGGCTGTCCACCAGCTCAGTACA  200

seq1  GTCTGCCCACAGGTTCTATCTTTGTAAGAAACCTGAGGTTTGAAAACACA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGCCCACAGGTTCTATCTTTGTAAGAAACCTGAGGTTTGAAAACACA  250

seq1  AACTGTCTCCCAGATGATCTTGGAATAGAATGCCTTATAGATGGTGAAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGTCTCCCAGATGATCTTGGAATAGAATGCCTTATAGATGGTGAAGA  300

seq1  AAGGAGGGAAGCAGAAGAGATGATATCCAAGGAGACTTAGAGAACAGCTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAGGGAAGCAGAAGAGATGATATCCAAGGAGACTTAGAGAACAGCTG  350

seq1  CTGATTCAAACTCTGTTCTCAGTAAGTCTCCAATGAGATAATGCTATGGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATTCAAACTCTGTTCTCAGTAAGTCTCCAATGAGATAATGCTATGGA  400

seq1  AGCCCTTCCAAAGGCGAGCTCATAGCACTCAAAATAGTTTATGTGAGTGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCTTCCAAAGGCGAGCTCATAGCACTCAAAATAGTTTATGTGAGTGC  450

seq1  AAACCTTTTGCAATCCATTATTGCTCCAATAGTCAGGTATGTTTGCCTAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCTTTTGCAATCCATTATTGCTCCAATAGTCAGGTATGTTTGCCTAG  500

seq1  CATGTAGTGTGTCTGTGGAAATATGCCTTGTCACCATGCAGTTGCATTTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTAGTGTGTCTGTGGAAATATGCCTTGTCACCATGCAGTTGCATTTG  550

seq1  ACTTTGAAAGGAATGTCAGTGTAAGGAGAAACCCTCTAGTTGAAATCCCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTGAAAGGAATGTCAGTGTAAGGAGAAACCCTCTAGTTGAAATCCCA  600

seq1  CACAAGGAATTGTGTGAAAACACCCATGGGAAACACAGGGAAAAGAGGAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAAGGAATTGTGTGAAAACACCCATGGGAAACACAGGGAAAAGAGGAA  650

seq1  ATCGATAACAATCAGCTGGAAGTCGTCCATACTTTGAGTTATCCATCATT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCGATAACAATCAGCTGGAAGTCGTCCATACTTTGAGTTATCCATCATT  700

seq1  TCAAATAAGTCCTCATGGATAAGGTCAAGTTATTTTTAGTGCAGATGAGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAATAAGTCCTCATGGATAAGGTCAAGTTATTTTTAGTGCAGATGAGG  750

seq1  AAATCCTGTTAGTAGTAGAGATAAAAATTGAGATGTCTTAGGTAGAGTGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCCTGTTAGTAGTAGAGATAAAAATTGAGATGTCTTAGGTAGAGTGA  800

seq1  AATTCAACTTTAATCTTGTGATTTTATAGAACTTATTACCACAGAAGCCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  AATTCAACTTTAATCTTGTGATTTTATAGAACTTATTACCACAGAAGCCC  850

seq1  TGCTTGCCTTGTGCTTTGTTTAGGGGAAGCTCATAAAAGACATGCTGCCC  900
      |||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  TGCTTGCCTTGTGCTTTGTTAAGGGGAAGCTTATAAAAGACATGCTGCCC  900

seq1  TTCACGAAGCACTCTGCCA-TTTCCCTGACGTCACTATACACCGACTCAT  949
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACGAAGCACTCTGCCATTTTCCCTGACGTCACTATACACCGACTCAT  950

seq1  GCTGCAGGGTACTACTGGCTGGGAATGTGGGTAAGTCCTTGTTCTGTTTT  999
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCAGGGTACTACTGGCTGGG-ATGTGGGTAAGTCCTTGTTCTGTTTT  999

seq1  AAGAACCTGCAGC-TGGGCAGTGGTGGTGCACGCCTT  1035
      |   ||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  A--GACCTGCAGCTTGGGCAGTGGTGGTGCACGCCTT  1034