BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-084E13
Chromosome1 (Build37)
Map Location 94,615,703 - 94,720,390
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneTwist2, Hdac4, LOC100040419, LOC665883, Ndufa10, Olfr1416, Olfr1415, Olfr1414, Olfr1413, Olfr1412, Olfr1411, Olfr1410, Olfr12, Myeov2, Otos
Downstream geneGpc1, Ankmy1, Dusp28, LOC100040511, Rnpepl1, Capn10, Gpr35, Aqp12, Kif1a, Agxt, 2310007B03Rik, E030010N08Rik, Sned1, Mterfd2, LOC665966, Pask, Ppp1r7, Tmem16g, Hdlbp, Sept2, Farp2, Stk25, Bok, Thap4, Atg4b, Dtymk, Ing5
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-084E13.bB6Ng01-084E13.g
ACCDH898285DH898286
length1,136859
definitionDH898285|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-084E13, 5' end.DH898286|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-084E13, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(94,615,703 - 94,616,840)(94,719,532 - 94,720,390)
sequence
gaattctctctgtctgccatgcctcctcatccactaaggggttacctggc
atgtgggagtggccagaattcaaagaaggccgaggagctggcccaggtct
gagcacatagctctaggcagcttcagaacaaaaggagtgacagaacagtg
tcactgcggatagccagtccctccccttgtcccttctgttgggtcccaag
ggatctactggttggcaccctgagaccactccttggccaggaaagccagc
atctactttgccacctcattcaatggctgcctgaatggccgttgggcagt
gtggccaacatctttccgcttcattttgtcaccaagctcctagcaaggta
taactggggctgccctcctggcctcaaccagttcctgggcagtccctcac
cagtgccctaattccacagagtcctccagtgtcccgagtatgaatgggaa
catggctgaactatatgctcctgagccatttgtgcccctgatacttgcac
taggggccagcacccaaccttagctccctcccagctgcattgcctcctct
agaaagccctgtgggagctttgatggatgccttagtctgaactcctaagt
gaggccccatcatgccacagacagctcttgactgtcaccatggcttcaca
ccatacctctctccagggatgcagctagtctctcaggagccctgtctatg
actagacatactatccttgatctgcctcctgcacaccttctgacgtaact
tgtgtctggagaccatatgttaggcccttctgctccctcttatgcctagc
acatagtagggatgctgtatgtgtgaggcaatgcaagccatccctcttta
gatgagatattcaggaagagacagagttggaagtggccccatgtagaaag
tgggccgcacgcctctagtcgagtgcgagaacatgaagctcctggcagct
gtcgcctcactgcattaaccagtaatcccatgtggtatttggtgagccag
ttgattgaccattgcccactgcagcagcagtgcttcaagaagagccttaa
gattggagggcattcaccaagcagccctgggtccagctttgggtctaggc
tcctgtggtggaacgaaaggacatatcaggggagcc
gaattccagtaaaacccaagagaacagggttttacttcctgaggggtaag
atggtagactggagtctcagacagcctggtgtggaaccagctccatgaag
agctgacactgtcatccatccacagtggctccagcatggaataccagagt
tagattgtggtggggactggcagaacagagccatgccatggcaacttctc
tgattgtaaaaacttaggggagctgtttctcaggatgaaggtgcagagcc
ctgaggccccacctaaaatgccaccctactcctacccctacccctcgccc
catccccaccccgagccctgcagtgccacagggcttcaccctgagcagaa
gctgaggggcagaacaggcctctggaaccacaattagaagcaatagatgc
agtcagtagctaccagtgccctaggaagagaccaagcccttcaccaagac
ctgttaaaaccaaccagactctacaggacaggagagggcaacagagagag
ccagcctatctgttccttgctatgggagggaggatggagacagagtgagc
tgtctctgtctcccgccaatcaatctgcaacaaagcccccttctttgtgc
tgaagattgaacccagggctttgtacagcttagggcttatcaagtgctct
atcaatgagctatgaattcacagcccctcccctcctttttgtattgggga
aggatctccttaagttgcccaggcagctttgaacttgcagcccttctgcc
cattctcctgagtgctgggattacaagcctgtactgtcagagagtattca
ttttttcttcttgtaaaagctgtgacggaagtatcattctttcagctctg
tgcaagggc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_94615703_94616840
seq2: B6Ng01-084E13.b_48_1183

seq1  GAATTCTCTCTGTCTGCCATGCCTCCTCACCCACTAAGGGGTTACCTGGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTCTGTCTGCCATGCCTCCTCATCCACTAAGGGGTTACCTGGC  50

seq1  ATGTGGGAGTGGCCAGAATTCAAAGAAGGCCGAGGAGCTGGCCCAGGTCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGGGAGTGGCCAGAATTCAAAGAAGGCCGAGGAGCTGGCCCAGGTCT  100

seq1  GAGCACATAGCTCTAGGCAGCTTCAGAACAAAAGGAGTGACAGAACAGTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCACATAGCTCTAGGCAGCTTCAGAACAAAAGGAGTGACAGAACAGTG  150

seq1  TCACTGCGGATAGCCAGTCCCTCCCCTTGTCCCTTCTGTTGGGTCCCAAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTGCGGATAGCCAGTCCCTCCCCTTGTCCCTTCTGTTGGGTCCCAAG  200

seq1  GGATCTACTGGTTGGCACCCTGAGACCACTCCTTGGCCAGGAAAGCCAGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATCTACTGGTTGGCACCCTGAGACCACTCCTTGGCCAGGAAAGCCAGC  250

seq1  ATCTACTTTGCCACCTCATTCAATGGCTGCCTGAATGGCCGTTGGGCAGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTACTTTGCCACCTCATTCAATGGCTGCCTGAATGGCCGTTGGGCAGT  300

seq1  GTGGCCAACATCTTTCCGCTTCATTTTGTCACCAAGCTCCTAGCAAGGTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGCCAACATCTTTCCGCTTCATTTTGTCACCAAGCTCCTAGCAAGGTA  350

seq1  TAACTGGGGCTGCCCTCCTGGCCTCAACCAGTTCCTGGGCAGTCCCTCAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTGGGGCTGCCCTCCTGGCCTCAACCAGTTCCTGGGCAGTCCCTCAC  400

seq1  CAGTGCCCTAATTCCACAGAGTCCTCCAGTGTCCCGAGTATGAATGGGAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGCCCTAATTCCACAGAGTCCTCCAGTGTCCCGAGTATGAATGGGAA  450

seq1  CATGGCTGAACTATATGCTCCTGAGCCATTTGTGCCCCTGATACTTGCAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGCTGAACTATATGCTCCTGAGCCATTTGTGCCCCTGATACTTGCAC  500

seq1  TAGGGGCCAGCACCCAACCTTAGCTCCCTCCCAGCTGCATTGCCTCCTCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGGGCCAGCACCCAACCTTAGCTCCCTCCCAGCTGCATTGCCTCCTCT  550

seq1  AGAAAGCCCTGTGGGAGCTTTGATGGATGCCTTAGTCTGAACTCCTAAGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAGCCCTGTGGGAGCTTTGATGGATGCCTTAGTCTGAACTCCTAAGT  600

seq1  GAGGCCCCATCATGCCACAGACAGCTCTTGACTGTCACCATGGCTTCACA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCCCCATCATGCCACAGACAGCTCTTGACTGTCACCATGGCTTCACA  650

seq1  CCATACCTCTCTCCAGGGATGCAGCTAGTCTCTCAGGAGCCCTGTCTATG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATACCTCTCTCCAGGGATGCAGCTAGTCTCTCAGGAGCCCTGTCTATG  700

seq1  ACTAGACATACTATCCTTGATCTGCCTCCTGCACACCTTCTGACGTAACT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAGACATACTATCCTTGATCTGCCTCCTGCACACCTTCTGACGTAACT  750

seq1  TGTGTCTGGAGACCATATGTTAGGCCCTTCTGCTCCCTCTTATGCCTAGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTCTGGAGACCATATGTTAGGCCCTTCTGCTCCCTCTTATGCCTAGC  800

seq1  ACATAGTAGGGATGCTGTATGTGTGAGGCAATGCAAGCCATCCCTCTTTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATAGTAGGGATGCTGTATGTGTGAGGCAATGCAAGCCATCCCTCTTTA  850

seq1  GATGAGATATTCAGGAAGAGACAGAGTTGGAAGTGGCCCCATGTAGAAAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGAGATATTCAGGAAGAGACAGAGTTGGAAGTGGCCCCATGTAGAAAG  900

seq1  TGGGCCGCACGCCTCTAGTCGAGTGCGAGAACATGAAGCTCCTGGCAGCT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCCGCACGCCTCTAGTCGAGTGCGAGAACATGAAGCTCCTGGCAGCT  950

seq1  GTCGCCTCACCTGCATTAACCAGTAATCCCATGTGGTATTTGGTGAGCCA  1000
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCGCCTCA-CTGCATTAACCAGTAATCCCATGTGGTATTTGGTGAGCCA  999

seq1  GTTGATTGACCATTGCCCACTGCAGCAGCAAGTGCTTCAAG-AGAGCCTT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||
seq2  GTTGATTGACCATTGCCCACTGCAGCAGC-AGTGCTTCAAGAAGAGCCTT  1048

seq1  AAGATTTGGAGGGCCATTCACC-AGCAGGCCCTGGGTCCAGCTCTGGGTC  1098
      |||| |||||||| |||||||| |||| ||||||||||||||| ||||||
seq2  AAGA-TTGGAGGG-CATTCACCAAGCA-GCCCTGGGTCCAGCTTTGGGTC  1095

seq1  TAGGCTCCTGT-GTGAACAGAAGGGACATATCAGGGGAGCC  1138
      ||||||||||| ||| |  ||| ||||||||||||||||||
seq2  TAGGCTCCTGTGGTGGAACGAAAGGACATATCAGGGGAGCC  1136

seq1: chr1_94719532_94720390
seq2: B6Ng01-084E13.g_69_927 (reverse)

seq1  GCCCTTTGCACAGAGCTGTAAAGACTGATACTTCCGTACCAGCTTTTACA  50
      |||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||  |||||||||||
seq2  GCCC-TTGCACAGAGCTG-AAAGAATGATACTTCCGTCACAGCTTTTACA  48

seq1  AGAAGGAAAAAATGAATACTCTCTGACAGTACAGGCTTGTAATCCCAGCA  100
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAA-GAAAAAATGAATACTCTCTGACAGTACAGGCTTGTAATCCCAGCA  97

seq1  CTCAGGAGAATGGGCAGAAGGGCTGCAAGTTCAAAGCTGCCTGGGCAACT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGGAGAATGGGCAGAAGGGCTGCAAGTTCAAAGCTGCCTGGGCAACT  147

seq1  TAAGGAGATCCTTCCCCAATAC-AAAAGGA-GGGAGGGGCTGTGAATTCA  198
      |||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||
seq2  TAAGGAGATCCTTCCCCAATACAAAAAGGAGGGGAGGGGCTGTGAATTCA  197

seq1  TAGCTCATTGATAGAGCACTTGATAAGCCCTAAGCTGTACAAAGCCCTGG  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTCATTGATAGAGCACTTGATAAGCCCTAAGCTGTACAAAGCCCTGG  247

seq1  GTTCAATCTTCAGCACAAAGAA-GGGGCTTTGTTGCAGATTGATTGGCGG  297
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCAATCTTCAGCACAAAGAAGGGGGCTTTGTTGCAGATTGATTGGCGG  297

seq1  GAGACAGAGACAGCTCACTCTGTCTCCATCCTCCCTCCCATAGCAAGGAA  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACAGAGACAGCTCACTCTGTCTCCATCCTCCCTCCCATAGCAAGGAA  347

seq1  CAGATAGGCTGGCTCTCTCTGTTGCCCTCTCCTGTCCTGTAGAGTCTGGT  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATAGGCTGGCTCTCTCTGTTGCCCTCTCCTGTCCTGTAGAGTCTGGT  397

seq1  TGGTTTTAACAGGTCTTGGTGAAGGGCTTGGTCTCTTCCTAGGGCACTGG  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTTTAACAGGTCTTGGTGAAGGGCTTGGTCTCTTCCTAGGGCACTGG  447

seq1  TAGCTACTGACTGCATCTATTGCTTCTAATTGTGGTTCCAGAGGCCTGTT  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTACTGACTGCATCTATTGCTTCTAATTGTGGTTCCAGAGGCCTGTT  497

seq1  CTGCCCCTCAGCTTCTGCTCAGGGTGAAGCCCTGTGGCACTGCAGGGCTC  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCCCTCAGCTTCTGCTCAGGGTGAAGCCCTGTGGCACTGCAGGGCTC  547

seq1  GGGGTGGGGATGGGGCGAGGGGTAGGGGTAGGAGTAGGGTGGCATTTTAG  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGTGGGGATGGGGCGAGGGGTAGGGGTAGGAGTAGGGTGGCATTTTAG  597

seq1  GTGGGGCCTCAGGGCTCTGCACCTTCATCCTGAGAAACAGCTCCCCTAAG  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGGCCTCAGGGCTCTGCACCTTCATCCTGAGAAACAGCTCCCCTAAG  647

seq1  TTTTTACAATCAGAGAAGTTGCCATGGCATGGCTCTGTTCTGCCAGTCCC  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTACAATCAGAGAAGTTGCCATGGCATGGCTCTGTTCTGCCAGTCCC  697

seq1  CACCACAATCTAACTCTGGTATTCCATGCTGGAGCCACTGTGGATGGATG  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCACAATCTAACTCTGGTATTCCATGCTGGAGCCACTGTGGATGGATG  747

seq1  ACAGTGTCAGCTCTTCATGGAGCTGGTTCCACACCAGGCTGTCTGAGACT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTGTCAGCTCTTCATGGAGCTGGTTCCACACCAGGCTGTCTGAGACT  797

seq1  CCAGTCTACCATCTTACCCCTCAGGAAGTAAAACCCTGTTCTCTTGGGTT  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTCTACCATCTTACCCCTCAGGAAGTAAAACCCTGTTCTCTTGGGTT  847

seq1  TTACTGGAATTC  859
      ||||||||||||
seq2  TTACTGGAATTC  859