BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-086K04
Chromosome1 (Build37)
Map Location 113,183,321 - 113,303,063
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100041429, EG626652, Cdh19
Downstream geneEG666578, Dsel, LOC547247, EG626897, LOC666615
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-086K04.bB6Ng01-086K04.g
ACCDH899979DH899980
length1,0931,128
definitionDH899979|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-086K04, 5' end.DH899980|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-086K04, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(113,183,321 - 113,184,425)(113,301,920 - 113,303,063)
sequence
gaattcatagcaaagaaaggaaaagagaaggttagaaccttggagtggga
tggcctggcaagaggcagctactccccagtgtttgaggagtattcaagaa
cctcgaccatgtccaaagccccagatagggagcaaccttttggtctccct
gctatcatggctccttggccaattcagttcataaaggcagagagaacaga
gtcaggaagcagtcatggtggacttaaaccttaattagcagagttttgcc
tcaaaaacaaagattcaaaataataacaacaacaaaaacagagatcttgc
ttacattccagaggatgagttcatgaccctcattatggtgagcaaatatg
cactgtgagtttgcatcctatctgaaagttggagacagaaagaggcagcc
caggcctcacatgggcttttggaaaagcaaattccccttgagtgaaacat
ctcctacaataagaccatagatagatagatgatagacagatagatagata
gatagatagatagatagatagatagatagatagatctccaaacaaacaaa
ctaaaaataaataaataaataaagacaaacacacacacacacacacacac
acacacacacacacacacatacacacacacacagaccatggagtttgctt
taggttggcagacttacactgggcatttgtcgctggtgtatggatgatac
atccactgacattttatttgaaaaaactgatttttctttcccatgaggtg
tccattgtaattaacttcttggctagggatggaacttggtgacaactttt
cattctgtgctcagagtttctcttgttggaacatgtgcagttttgatgat
tgttaccatagtcccatcttccagacacaacatggcagattaaatcttct
ggtaaacaatctaagacttataaatttctccttaacattataaatccaaa
ataaattcagaccacttagccccttccccctatgaaaggactttccaaac
tagtggtcaaaatgaacagactagcttgcagttgccaaacagatagcagt
tctagaaaaatacttaccctgcccacactgattctggaagaga
gaattcacagagagtgtaactagtcttcatttagtacatcctgccctcta
gtatcccactaagctatgacacccttaaaaaataagacagatgagatttt
aatgaaaggctcaagtaaccaaatctaaaacatagaaaatcactactaaa
atgcaattatatgaaagtattctaataagaagtcttcaatatttaaaatc
ataaattctgtatttgtaatatagaaaatattttaggaaattactttata
aattttaataattttcatatatgcatatatgatctatatctatagacaga
tatatatctttataatgagtataattctctatttcttaatatcacagatt
aaataataactaaactgttctaattattccaatagttaagatgtagatga
tcccaagaggtattaagaaacaattcactttacttttgaaggcttcaaaa
actaactaaactgtaatgaattcactgagacaggtgataggctattacag
tattttcactcctacttgaagaacttgaggtttactgtctgagcacacat
atgatagtgcatgattggaagacattcttggaaaggcagattgagttttc
cataggactagttaatcatagaatattcttttgggtggggggctgaaatg
aaatgactgatatatgatgattctattctctgttttctagtgaagactat
gctgagatatatgggaacatatgcgaatatttgaatatttttttaaaaaa
tcacacatttatgagaagtcttaaggatagtactattttcatcacacata
ttgttaggtacaactagaaggacctatgagctggctcattgactaagggc
ccttgttccaagtcttccaaactgagttaggttgtcagagcacacaagtt
tgaagatagatgccattcttggaagtaacacactgacaccaaacctgaaa
tcttccatacaatatgtatacatagtcacagacatgtacaaatatatgtg
taataacaaacataacactgtaagaaataaaacagtttcaattatttgtt
tttagtcatgtggaagactaatagactggtgaaagattttttttatggct
ttacactgtacttatacataagttctat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_113183321_113184425
seq2: B6Ng01-086K04.b_42_1134

seq1  GAATTCATAGCAAAGAAAGGAAAAGAGAAGGTTAGAACCTTGGAGTGGGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATAGCAAAGAAAGGAAAAGAGAAGGTTAGAACCTTGGAGTGGGA  50

seq1  TGGCCTGGCAAGAGGCAGCTACTCCCCAGTGTTTGAGGAGTATTCAAGAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCCTGGCAAGAGGCAGCTACTCCCCAGTGTTTGAGGAGTATTCAAGAA  100

seq1  CCTCGACCATGTCCAAAGCCCCAGATAGGGAGCAACCTTTTGGTCTCCCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCGACCATGTCCAAAGCCCCAGATAGGGAGCAACCTTTTGGTCTCCCT  150

seq1  GCTATCATGGCTCCTTGGCCAATTCAGTTCATAAAGGCAGAGAGAACAGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTATCATGGCTCCTTGGCCAATTCAGTTCATAAAGGCAGAGAGAACAGA  200

seq1  GTCAGGAAGCAGTCATGGTGGACTTAAACCTTAATTAGCAGAGTTTTGCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGGAAGCAGTCATGGTGGACTTAAACCTTAATTAGCAGAGTTTTGCC  250

seq1  TCAAAAACAAAGATTCAAAATAATAACAACAACAAAAACAGAGATCTTGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAAACAAAGATTCAAAATAATAACAACAACAAAAACAGAGATCTTGC  300

seq1  TTACATTCCAGAGGATGAGTTCATGACCCTCATTATGGTGAGCAAATATG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACATTCCAGAGGATGAGTTCATGACCCTCATTATGGTGAGCAAATATG  350

seq1  CACTGTGAGTTTGCATCCTATCTGAAAGTTGGAGACAGAAAGAGGCAGCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGTGAGTTTGCATCCTATCTGAAAGTTGGAGACAGAAAGAGGCAGCC  400

seq1  CAGGCCTCACATGGGCTTTTGGAAAAGCAAATTCCCCTTGAGTGAAACAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCCTCACATGGGCTTTTGGAAAAGCAAATTCCCCTTGAGTGAAACAT  450

seq1  CTCCTACAATAAGACCATAGATAGATAGATGATAGACAGATAGATAGATA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTACAATAAGACCATAGATAGATAGATGATAGACAGATAGATAGATA  500

seq1  GATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATCTCCAAACAAACAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATCTCCAAACAAACAAA  550

seq1  CTAAAAATAAATAAATAAATAAAGACAAACACACACACACACACACACAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAAAATAAATAAATAAATAAAGACAAACACACACACACACACACACAC  600

seq1  ACACACACACACACACACATACACACACACACAGACCATGGAGTTTGCTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACACACACACACATACACACACACACAGACCATGGAGTTTGCTT  650

seq1  TAGGTTGGCAGACTTACACTGGGCATTTGTCGCTGGTGTATGGATGATAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTTGGCAGACTTACACTGGGCATTTGTCGCTGGTGTATGGATGATAC  700

seq1  ATCCACTGACATTTTATTTGAAAAAACTGATTTTTCTTTCCCATGAGGTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCACTGACATTTTATTTGAAAAAACTGATTTTTCTTTCCCATGAGGTG  750

seq1  TCCATTGTAATTAACTTCTTGGCTAGGGATGGAACTTGGTGACAACTTTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATTGTAATTAACTTCTTGGCTAGGGATGGAACTTGGTGACAACTTTT  800

seq1  CATTCTGTGCTCAGAGTTTCTCTTGTTGGAACATGTGCAGTTTTGATGAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCTGTGCTCAGAGTTTCTCTTGTTGGAACATGTGCAGTTTTGATGAT  850

seq1  TGTTACCATAGTCCCATCTTCCAGACACAACATGGCAGATTAAATCTTCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTACCATAGTCCCATCTTCCAGACACAACATGGCAGATTAAATCTTCT  900

seq1  GGTAAACAATCTAAGACTTATAAATTTCTCCTTAACATTATAAAATCCAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  GGTAAACAATCTAAGACTTATAAATTTCTCCTTAACATTAT-AAATCCAA  949

seq1  AATAAATTCAAGACCACTTAGCCCCTTCCCCCCTATGAAAGGACTTTCCA  1000
      ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAATTC-AGACCACTTAGCCCCTT-CCCCCTATGAAAGGACTTTCCA  997

seq1  AACTAGTGGTCAAAATGAACAGACTAAGCCTGCAGTTGCCAAAACAAGAT  1050
      ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||   ||| 
seq2  AACTAGTGGTCAAAATGAACAGACT-AGCTTGCAGTTGCCAAA--CAGA-  1043

seq1  TAGCAGTTCCTAGAAAAATACTTTACCCTGCCCCACACTGAATTCTGAGA  1100
      |||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||||| |||||| ||
seq2  TAGCAGTT-CTAGAAAAATAC-TTACCCTG-CCCACACTG-ATTCTG-GA  1088

seq1  AGAGA  1105
      |||||
seq2  AGAGA  1093

seq1: chr1_113301920_113303063
seq2: B6Ng01-086K04.g_67_1194 (reverse)

seq1  ATAGAACTTATAGTATAAGTTACAGTGTAAAGGCAATAAAAAAATATCTT  50
      ||||||||||| ||||||| ||||||||||| || ||||||||| |||||
seq2  ATAGAACTTAT-GTATAAG-TACAGTGTAAA-GCCATAAAAAAA-ATCTT  46

seq1  TTCACAGTCTAATAGTCTTCCACATGACTAAAAAACAAATAATTTGAAAA  100
      |   ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| 
seq2  TCACCAGTCTATTAGTCTTCCACATGACT-AAAAACAAATAA-TTGAAA-  93

seq1  CTTGTTTTATTTCTTACAGTGTTATTGTTTTGTTTATTTACACATATATT  150
        |||||||||||||||||||||||   ||||||   |||||||||||||
seq2  -CTGTTTTATTTCTTACAGTGTTAT--GTTTGTT--ATTACACATATATT  138

seq1  TGTTACATGTCTGTGACTATGTATACATATTTGTATGGAAGATTTCAGGT  200
      || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  TG-TACATGTCTGTGACTATGTATACATA-TTGTATGGAAGATTTCAGGT  186

seq1  TTGGTTGTCAGTGTGTTACTTCCAAGAATGGCATCTATTCTTCAAACTTG  250
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  TTGG-TGTCAGTGTGTTACTTCCAAGAATGGCATCTA-TCTTCAAACTTG  234

seq1  TGTGCTCTGACAACCTAACTCAGTTTGGAAGACTTGGAACAAGGGCCCTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCTCTGACAACCTAACTCAGTTTGGAAGACTTGGAACAAGGGCCCTT  284

seq1  AGTCAATGAGCCAGCTCATAGGTCCTTCTAGTTGTACCTAACAATATGTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCAATGAGCCAGCTCATAGGTCCTTCTAGTTGTACCTAACAATATGTG  334

seq1  TGATGAAAATAGTACTATCCTTAAGACTTCTCATAAATGTGTGATTTTTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGAAAATAGTACTATCCTTAAGACTTCTCATAAATGTGTGATTTTTT  384

seq1  AAAAAAATATTCAAATATTCGCATATGTTCCCATATATCTCAGCATAGTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAATATTCAAATATTCGCATATGTTCCCATATATCTCAGCATAGTC  434

seq1  TTCACTAGAAAACAGAGAATAGAATCATCATATATCAGTCATTTCATTTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACTAGAAAACAGAGAATAGAATCATCATATATCAGTCATTTCATTTC  484

seq1  AGCCCCCCACCCAAAAGAATATTCTATGATTAACTAGTCCTATGGAAAAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCCCCACCCAAAAGAATATTCTATGATTAACTAGTCCTATGGAAAAC  534

seq1  TCAATCTGCCTTTCCAAGAATGTCTTCCAATCATGCACTATCATATGTGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATCTGCCTTTCCAAGAATGTCTTCCAATCATGCACTATCATATGTGT  584

seq1  GCTCAGACAGTAAACCTCAAGTTCTTCAAGTAGGAGTGAAAATACTGTAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCAGACAGTAAACCTCAAGTTCTTCAAGTAGGAGTGAAAATACTGTAA  634

seq1  TAGCCTATCACCTGTCTCAGTGAATTCATTACAGTTTAGTTAGTTTTTGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCCTATCACCTGTCTCAGTGAATTCATTACAGTTTAGTTAGTTTTTGA  684

seq1  AGCCTTCAAAAGTAAAGTGAATTGTTTCTTAATACCTCTTGGGATCATCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTTCAAAAGTAAAGTGAATTGTTTCTTAATACCTCTTGGGATCATCT  734

seq1  ACATCTTAACTATTGGAATAATTAGAACAGTTTAGTTATTATTTAATCTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCTTAACTATTGGAATAATTAGAACAGTTTAGTTATTATTTAATCTG  784

seq1  TGATATTAAGAAATAGAGAATTATACTCATTATAAAGATATATATCTGTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATATTAAGAAATAGAGAATTATACTCATTATAAAGATATATATCTGTC  834

seq1  TATAGATATAGATCATATATGCATATATGAAAATTATTAAAATTTATAAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGATATAGATCATATATGCATATATGAAAATTATTAAAATTTATAAA  884

seq1  GTAATTTCCTAAAATATTTTCTATATTACAAATACAGAATTTATGATTTT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATTTCCTAAAATATTTTCTATATTACAAATACAGAATTTATGATTTT  934

seq1  AAATATTGAAGACTTCTTATTAGAATACTTTCATATAATTGCATTTTAGT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATTGAAGACTTCTTATTAGAATACTTTCATATAATTGCATTTTAGT  984

seq1  AGTGATTTTCTATGTTTTAGATTTGGTTACTTGAGCCTTTCATTAAAATC  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGATTTTCTATGTTTTAGATTTGGTTACTTGAGCCTTTCATTAAAATC  1034

seq1  TCATCTGTCTTATTTTTTAAGGGTGTCATAGCTTAGTGGGATACTAGAGG  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCTGTCTTATTTTTTAAGGGTGTCATAGCTTAGTGGGATACTAGAGG  1084

seq1  GCAGGATGTACTAAATGAAGACTAGTTACACTCTCTGTGAATTC  1144
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGATGTACTAAATGAAGACTAGTTACACTCTCTGTGAATTC  1128