BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-088L01
Chromosome1 (Build37)
Map Location 163,495,963 - 163,622,032
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG435650
Upstream geneRabgap1l, Gpr52, EG620750, Rc3h1, Serpinc1, Zbtb37, Gas5, Dars2, Cenpl, Klhl20, Ankrd45, 4930469G21Rik, EG665117, EG640200, EG620839, Prdx6, Tnfsf4, Tnfsf18
Downstream geneLOC100039623, LOC269134, Fasl, AI848100, EG665109, Pigc, Dnm3, LOC100039703, Dnm3os, 5630401D24Rik, Vamp4, LOC435651, Myoc, Bat2d
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-088L01.bB6Ng01-088L01.g
ACCDH901476DH901477
length1,130864
definitionDH901476|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-088L01, 5' end.DH901477|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-088L01, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(163,495,963 - 163,497,088)(163,621,171 - 163,622,032)
sequence
gaattcacaacagaggagtctcgaatggctaagaagcacttaaagaaatg
ttcaaagtccttagtcatcagggaaatgcaagtcaaaatgaccctgagag
tccaccttatatcaatcagaatagctaagatcaaaaacccaggtgacagc
acatgtcggcaaagatgtggagaaagaggaacactcctccattgctggtg
ggattgcaaactggtacaactttctggaaatcgatctggaggttcttggc
aagcaacatcacgtaggaattattaaaagataaatagggggctagaaaga
tggctcagcagttagaacttttgctgctggagtttgatccccaacacaca
tgacacacgtggcacacaaatgtctgtgactctagcaccaagaggtcacg
cacccttattgacgcttgtgaacatgcaattcttggaaatgttgcgtggt
tgttgccaatgggcattctttcccacaataaaaccttcaatactacagcc
aaatgaacattttcacatccaacagtgaccacaccatctctacaatctgt
ttttttttttaaatctttatgattttcccatgcccacaggctaaaaatta
aaatccacagcatggattaggagacttcagatattctggcctgacccact
tctcagcctgtgcatcacatgaatcatgtgctcctgcttacagtagcttt
ctgtctgtctgtctgcctgcctgtctgtctgtacactctcattatatttt
ccaggcagaatttttcacgcttttcccttctttgtttaatttctgtccat
gcttcactcccaggtcagtcatcagctcagcaggaccgtcttttcccttg
ttccgtttccaccccgaccagttcacaccctcttcttatgactcaagagc
acagtcctattcttaggaatgggtagactctgtattgctctgtgaagttc
cctgactttgtcttttcccacaatgtattcagttccatatgtgaaagttc
tgctctatctcctaaataagtcagtggcagaagtttttcatatagcaagg
actccagggatttcctccaatgaaccataattgggttaatgaacagcagg
tagatatggcatgaggaatccctcctctct
gaattccctgagaggattcagtgggcaagagagactgtaggtgagaaaca
ggagtccccatagttggggtacctggcagggctcccctgtgtgccaggct
ctgagtagctggccaatgagattgaatgagtacctgctttgttcactgtg
tcctcttagcatcttctctatgtagcttttaggagtcaggcaaggagaga
ttctttggtctaaaggaactttctcagctagtctaagctgaagggatgga
ggagaccctacaaacatcactcagcacaaaatttgaataagccaatgatg
gtaagggctgtatctggttcaacaatgtaatccacactcaagttaaaagg
ctggctcatagctgggcacagtgcctcatgtttgtaatcctagctgaagc
aggaggaggctcctaagaagtttgaggatagtttgaactgcataacaaat
tccaggtgaacctagactcaaagtgatagcctgtctcaaaaaacaaaaac
aaaaacaaaacaaacaaacaaacaaacaaacaaaaaaccccaatgtaaca
aaagagcacggctctgttgagccaacagtcttagataaaccagtctctaa
acctagctctgacatcccagtggttctggtcagcttgcttagattcttgc
ttcccacctgggagtaacaatctatctgcacacattgtcatgggcacata
gtggggaagatagcaacattctgacatcctcagcatccattaagtaccat
ccttcctcattgctgggtcagcttgcagagcccgaagttgtgccttgaga
tccagagagctttgtgctatcctcagagaacacattacatgtcagtgggg
gggtgggggtgggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_163495963_163497088
seq2: B6Ng01-088L01.b_46_1175

seq1  GAATTCACAACAGAGGAGTCTCGAATGGCTAAGAAGCACTTAAAGAAATG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACAACAGAGGAGTCTCGAATGGCTAAGAAGCACTTAAAGAAATG  50

seq1  TTCAAAGTCCTTAGTCATCAGGGAAATGCAAGTCAAAATGACCCTGAGAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAAGTCCTTAGTCATCAGGGAAATGCAAGTCAAAATGACCCTGAGAG  100

seq1  TCCACCTTATATCAATCAGAATAGCTAAGATCAAAAACCCAGGTGACAGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACCTTATATCAATCAGAATAGCTAAGATCAAAAACCCAGGTGACAGC  150

seq1  ACATGTCGGCAAAGATGTGGAGAAAGAGGAACACTCCTCCATTGCTGGTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGTCGGCAAAGATGTGGAGAAAGAGGAACACTCCTCCATTGCTGGTG  200

seq1  GGATTGCAAACTGGTACAACTTTCTGGAAATCGATCTGGAGGTTCTTGGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATTGCAAACTGGTACAACTTTCTGGAAATCGATCTGGAGGTTCTTGGC  250

seq1  AAGCAACATCACGTAGGAATTATTAAAAGATAAATAGGGGGCTAGAAAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAACATCACGTAGGAATTATTAAAAGATAAATAGGGGGCTAGAAAGA  300

seq1  TGGCTCAGCAGTTAGAACTTTTGCTGCTGGAGTTTGATCCCCAACACACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTCAGCAGTTAGAACTTTTGCTGCTGGAGTTTGATCCCCAACACACA  350

seq1  TGACACACGTGGCACACAAATGTCTGTGACTCTAGCACCAAGAGGTCACG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACACACGTGGCACACAAATGTCTGTGACTCTAGCACCAAGAGGTCACG  400

seq1  CACCCTTATTGACGCTTGTGAACATGCAATTCTTGGAAATGTTGCGTGGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCTTATTGACGCTTGTGAACATGCAATTCTTGGAAATGTTGCGTGGT  450

seq1  TGTTGCCAATGGGCATTCTTTCCCACAATAAAACCTTCAATACTACAGCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGCCAATGGGCATTCTTTCCCACAATAAAACCTTCAATACTACAGCC  500

seq1  AAATGAACATTTTCACATCCAACAGTGACCACACCATCTCTACAATCTGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGAACATTTTCACATCCAACAGTGACCACACCATCTCTACAATCTGT  550

seq1  TTTTTTTTTTAAATCTTTATGATTTTCCCATGCCCACAGGCTAAAAATTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTTTTTAAATCTTTATGATTTTCCCATGCCCACAGGCTAAAAATTA  600

seq1  AAATCCACAGCATGGATTAGGAGACTTCAGATATTCTGGCCTGACCCACT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCCACAGCATGGATTAGGAGACTTCAGATATTCTGGCCTGACCCACT  650

seq1  TCTCAGCCTGTGCATCACATGAATCATGTGCTCCTGCTTACAGTAGCTTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAGCCTGTGCATCACATGAATCATGTGCTCCTGCTTACAGTAGCTTT  700

seq1  CTGTCTGTCTGTCTGCCTGCCTGTCTGTCTGTACACTCTCATTATATTTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCTGTCTGTCTGCCTGCCTGTCTGTCTGTACACTCTCATTATATTTT  750

seq1  CCAGGCAGAATTTTTCACGCTTTTCCCTTCTTTGTTTAATTTCTGTCCAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGCAGAATTTTTCACGCTTTTCCCTTCTTTGTTTAATTTCTGTCCAT  800

seq1  GCTTCAACTCCCAGTTCAGTCATCAGCTCAGCAGGACCGTC-TTTCCCTT  849
      ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  GCTTC-ACTCCCAGGTCAGTCATCAGCTCAGCAGGACCGTCTTTTCCCTT  849

seq1  GTTCCGTTTCCACCCCGACCAGTTCACACCCTCTTC-TATGACTCAAGAG  898
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  GTTCCGTTTCCACCCCGACCAGTTCACACCCTCTTCTTATGACTCAAGAG  899

seq1  CACAGTCCTATTCCTAGGAATGGGTAGACTCTTGTATTGCTCTGTGAAGT  948
      ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  CACAGTCCTATTCTTAGGAATGGGTAGACTC-TGTATTGCTCTGTGAAGT  948

seq1  TCCCTGACTTTGTCTTTTCCCACAATGTATTCAGTTCCATATGTGAAAGT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTGACTTTGTCTTTTCCCACAATGTATTCAGTTCCATATGTGAAAGT  998

seq1  TCTGCTCTATCTCCTTAATTAGTCAGT-GCAG-AGTTTTTCATATAGCAA  1046
      ||||||||||||||| ||| ||||||| |||| |||||||||||||||||
seq2  TCTGCTCTATCTCCTAAATAAGTCAGTGGCAGAAGTTTTTCATATAGCAA  1048

seq1  GGACT-CAGGGATGTCTTCATAATGAACCAATAATGGGTTAATGAACAGC  1095
      ||||| ||||||| || ||  |||||||||  | ||||||||||||||||
seq2  GGACTCCAGGGATTTCCTC-CAATGAACCATAATTGGGTTAATGAACAGC  1097

seq1  AAGTTAGATAT-GCATAGAGGA---TCTCCTCTCT  1126
       || ||||||| |||| |||||    |||||||||
seq2  -AGGTAGATATGGCAT-GAGGAATCCCTCCTCTCT  1130

seq1: chr1_163621171_163622032
seq2: B6Ng01-088L01.g_67_930 (reverse)

seq1  CCCCACCCC--ACCCCCCACTGACATGTAATGTGTTCTCTGAGGATAGCA  48
      |||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCACCCCCACCCCCCCACTGACATGTAATGTGTTCTCTGAGGATAGCA  50

seq1  CAAAGCTCTCTGGATCTCAAGGCACAACTTCGGGCTCTGCAAGCTGACCC  98
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGCTCTCTGGATCTCAAGGCACAACTTCGGGCTCTGCAAGCTGACCC  100

seq1  AGCAATGAGGAAGGATGGTACTTAATGGATGCTGAGGATGTCAGAATGTT  148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAATGAGGAAGGATGGTACTTAATGGATGCTGAGGATGTCAGAATGTT  150

seq1  GCTATCTTCCCCACTATGTGCCCATGACAATGTGTGCAGATAGATTGTTA  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTATCTTCCCCACTATGTGCCCATGACAATGTGTGCAGATAGATTGTTA  200

seq1  CTCCCAGGTGGGAAGCAAGAATCTAAGCAAGCTGACCAGAACCACTGGGA  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCAGGTGGGAAGCAAGAATCTAAGCAAGCTGACCAGAACCACTGGGA  250

seq1  TGTCAGAGCTAGGTTTAGAGACTGGTTTATCTAAGACTGTTGGCTCAACA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCAGAGCTAGGTTTAGAGACTGGTTTATCTAAGACTGTTGGCTCAACA  300

seq1  GAGCCGTGCTCTTTTGTTACATTGGGGTTTTTTGTTTGTTTGTTTGTTTG  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCGTGCTCTTTTGTTACATTGGGGTTTTTTGTTTGTTTGTTTGTTTG  350

seq1  TTTGTTTTGTTTTTGTTTTTGTTTTTTGAGACAGGCTATCACTTTGAGTC  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTTTGTTTTTGTTTTTGTTTTTTGAGACAGGCTATCACTTTGAGTC  400

seq1  TAGGTTCACCTGGAATTTGTTATGCAGTTCAAACTATCCTCAAACTTCTT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTTCACCTGGAATTTGTTATGCAGTTCAAACTATCCTCAAACTTCTT  450

seq1  AGGAGCCTCCTCCTGCTTCAGCTAGGATTACAAACATGAGGCACTGTGCC  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGCCTCCTCCTGCTTCAGCTAGGATTACAAACATGAGGCACTGTGCC  500

seq1  CAGCTATGAGCCAGCCTTTTAACTTGAGTGTGGATTACATTGTTGAACCA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTATGAGCCAGCCTTTTAACTTGAGTGTGGATTACATTGTTGAACCA  550

seq1  GATACAGCCCTTACCATCATTGGCTTATTCAAATTTTGTGCTGAGTGATG  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATACAGCCCTTACCATCATTGGCTTATTCAAATTTTGTGCTGAGTGATG  600

seq1  TTTGTAGGGTCTCCTCCATCCCTTCAGCTTAGACTAGCTGAGAAAGTTCC  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTAGGGTCTCCTCCATCCCTTCAGCTTAGACTAGCTGAGAAAGTTCC  650

seq1  TTTAGACCAAAGAATCTCTCCTTGCCTGACTCCTAAAAGCTACATAGAGA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGACCAAAGAATCTCTCCTTGCCTGACTCCTAAAAGCTACATAGAGA  700

seq1  AGATGCTAAGAGGACACAGTGAACAAAGCAGGTACTCATTCAATCTCATT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGCTAAGAGGACACAGTGAACAAAGCAGGTACTCATTCAATCTCATT  750

seq1  GGCCAGCTACTCAGAGCCTGGCACACAGGGGAGCCCTGCCAGGTACCCCA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCAGCTACTCAGAGCCTGGCACACAGGGGAGCCCTGCCAGGTACCCCA  800

seq1  ACTATGGGGACTCCTGTTTCTCACCTACAGTCTCTCTTGCCCACTGAATC  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATGGGGACTCCTGTTTCTCACCTACAGTCTCTCTTGCCCACTGAATC  850

seq1  CTCTCAGGGAATTC  862
      ||||||||||||||
seq2  CTCTCAGGGAATTC  864