BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-089E09
Chromosome1 (Build37)
Map Location 179,235,471 - 179,377,476
singlet/doubletdoublet
Overlap geneZfp238
Upstream geneCep170, Sdccag8, LOC666235, Akt3
Downstream geneEG631449, LOC100040770, 1700016C15Rik, Adss, EG631584, EG545391, LOC666262, 5830417C01Rik, LOC666284, 4930527J03Rik, LOC666295, B230369F24Rik, LOC669454, 2310005N03Rik, Hnrpu, Efcab2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-089E09.bB6Ng01-089E09.g
ACCDH901893DH901894
length1,041781
definitionDH901893|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-089E09, 5' end.DH901894|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-089E09, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(179,235,471 - 179,236,520)(179,376,697 - 179,377,476)
sequence
gaattctttgtcttttcaccaaaatttacatgacagtttaaggacaaaag
taccaaccaccatgcaaacagttgttcatatattccaactggagagtatt
cttttgagctaaaaggctaataaactatttttgcctaaatagactgaagt
gatcatggttaactttagagtaaaagatgtctagacaactctgagtctgt
caagtcagtgcagcaaccagttccagagggctgggggaagggtttccatt
ttgcaagaaaatgacaactctcaggacaataatttcagttttccaataag
tgaaatgattgtgttttcaggctgcatggtatgagggattatgggtatcg
cactatttacctgtttacttatcgtgaagctggggattgaatctaaaacc
tcacactcattaagtgagcactctaccagtgagcagcagaaccccctcca
gccagccacatcttgtgggtgctaaaatcactctttgtttgaaaaggtgt
atcaaattgtagtgacagttcatgctgtgttcttgtggttttggtttttg
tttgtttgtttgtttaactttgggggaaaggttagcaattcttaactgga
gataactgaccttgctcttgaaatatttcctccagtctactgtggactca
ttccgccttcatttgaagcagggaacactcccttcctatggagagtatgc
tccaagtgttccctcatgtctccgaacttcgatggctaactctttattga
gggtatatctctcaacaagcccttcccaatggtgctgttacaaatctggt
gcctggaaggtggcctttaattaaaaatataaagtactgctttatttttc
tccagctcctagattatttaatgatcctctttacagtatatgcagcacaa
gaaaatattgttaaatgaaaagacctgggttgaaccaagttactccctgc
cctacaatgatgtttttcattctaaatattcgttgatggatgaatccccc
taggaggtgactggaggccacttttgaatttattataatcg
gaattcaagcaggagagcgaaagcgggggctgtcacaatgtcgctgttca
gatgaacaatgtctcttttgtccagctggtccttgtaaaagaggtggaaa
tacatgctgcatgaagccagaacagctcggtgtgcccggaactgggcatc
tcccaccagaacagtgcagtcacaaagaaagccctggtgcctctgctcgc
tcagacactgcagcaaatgtctgctgtggtctggaaactccatactgtct
tcataacctggggaaagaggagtttctcgttagagcctagtcaggaattt
agactctagtcgccactttaaaaaatatccgccttagtggtggagagtta
catgtctgaattttaaatcaggctcacaccccaaggactcccaagccaca
cattcaacctaaatgcaatcaccaaggctttgctcaccccactcataact
cctggtcaagtttaaagcttcctttagcttatgacttagaacaagaactc
agacctcttccagaaatttaaccaacaactcatcaaatgacatcctacaa
aacctaaaagagagctttaacttcaaagggaaagaactcataatatcagg
caaagtcccacacaaattctggaagagtcaagaagacatgtccagccatt
ctttgtaacacgtctgatacccaactacttagaaagcacagactgaacac
acacatttggctgaaatgaaggggaaaaaaaatgaaaattgcataattag
tgcagaaatcagcaaacaacttacttttaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_179235471_179236520
seq2: B6Ng01-089E09.b_48_1088

seq1  GAATTCTTTGTCTTTTCACCAAAATTTACATGACAGTTTAAGGACAAAAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTGTCTTTTCACCAAAATTTACATGACAGTTTAAGGACAAAAG  50

seq1  TACCAACCACCATGCAAACAGTTGTTCATATATTCCAACTGGAGAGTATT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCAACCACCATGCAAACAGTTGTTCATATATTCCAACTGGAGAGTATT  100

seq1  CTTTTGAGCTAAAAGGCTAATAAACTATTTTTGCCTAAATAGACTGAAGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTGAGCTAAAAGGCTAATAAACTATTTTTGCCTAAATAGACTGAAGT  150

seq1  GATCATGGTTAACTTTAGAGTAAAAGATGTCTAGACAACTCTGAGTCTGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCATGGTTAACTTTAGAGTAAAAGATGTCTAGACAACTCTGAGTCTGT  200

seq1  CAAGTCAGTGCAGCAACCAGTTCCAGAGGGCTGGGGGAAGGGTTTCCATT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTCAGTGCAGCAACCAGTTCCAGAGGGCTGGGGGAAGGGTTTCCATT  250

seq1  TTGCAAGAAAATGACAACTCTCAGGACAATAATTTCAGTTTTCCAATAAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCAAGAAAATGACAACTCTCAGGACAATAATTTCAGTTTTCCAATAAG  300

seq1  TGAAATGATTGTGTTTTCAGGCTGCATGGTATGAGGGATTATGGGTATCG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAATGATTGTGTTTTCAGGCTGCATGGTATGAGGGATTATGGGTATCG  350

seq1  CACTATTTACCTGTTTACTTATCGTGAAGCTGGGGATTGAATCTAAAACC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTATTTACCTGTTTACTTATCGTGAAGCTGGGGATTGAATCTAAAACC  400

seq1  TCACACTCATTAAGTGAGCACTCTACCAGTGAGCAGCAGAACCCCCTCCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACACTCATTAAGTGAGCACTCTACCAGTGAGCAGCAGAACCCCCTCCA  450

seq1  GCCAGCCACATCTTGTGGGTGCTAAAATCACTCTTTGTTTGAAAAGGTGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGCCACATCTTGTGGGTGCTAAAATCACTCTTTGTTTGAAAAGGTGT  500

seq1  ATCAAATTGTAGTGACAGTTCATGCTGTGTTCTTGTGGTTTTGGTTTTTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAAATTGTAGTGACAGTTCATGCTGTGTTCTTGTGGTTTTGGTTTTTG  550

seq1  TTTGTTTGTTTGTTTAACTTTGGGGGAAAGGTTAGCAATTCTTAACTGGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTTGTTTGTTTAACTTTGGGGGAAAGGTTAGCAATTCTTAACTGGA  600

seq1  GATAACTGACCTTGCTCTTGAAATATTTCCTCCAGTCTACTGTGGACTCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAACTGACCTTGCTCTTGAAATATTTCCTCCAGTCTACTGTGGACTCA  650

seq1  TTCCGCCTTCATTTGAAGCAGGGAACACTCCCTTCCTATGGAGAGTATGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCGCCTTCATTTGAAGCAGGGAACACTCCCTTCCTATGGAGAGTATGC  700

seq1  TCCAAGTGTTCCCTCATGTCTCCGAACTTCGATGGCTAACTCTTTATTGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAAGTGTTCCCTCATGTCTCCGAACTTCGATGGCTAACTCTTTATTGA  750

seq1  GGGTATATCTCTCAACAAGCCCTTCCCAATGGTGCTGTTACAAATCTGGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTATATCTCTCAACAAGCCCTTCCCAATGGTGCTGTTACAAATCTGGT  800

seq1  GCCTGGAAGGTGGCCTTTAATTAAAAAATATAAAGTACTGCTTTATTTTC  850
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| 
seq2  GCCTGGAAGGTGGCCTTTAATT-AAAAATATAAAGTACTGCTTTATTTTT  849

seq1  TTCCAGCTCCTAGATTATTTAAATGATCCTCTTTACAGTATATGCAGCAC  900
       ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCAGCTCCTAGATTATTT-AATGATCCTCTTTACAGTATATGCAGCAC  898

seq1  AAGAAAATATTGTTAAAATGAAAAGACCTGGGTTGAACCAAGTTACTCCC  950
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAAATATTGTT-AAATGAAAAGACCTGGGTTGAACCAAGTTACTCCC  947

seq1  TGCCCCTACAAATGATGTTTTTCATTCCTAAATAATTCGTCTGATGGAAT  1000
      || |||||| |||||||||||||||| |||||| |||||| |||||| ||
seq2  TG-CCCTAC-AATGATGTTTTTCATT-CTAAAT-ATTCGT-TGATGG-AT  991

seq1  GAAATCCCCCTAGGAGGTGACTGAAGCACA-TTTTGAATTTATTATAATC  1049
      | ||||||||||||||||||||| ||  || |||||||||||||||||||
seq2  G-AATCCCCCTAGGAGGTGACTGGAGGCCACTTTTGAATTTATTATAATC  1040

seq1  G  1050
      |
seq2  G  1041

seq1: chr1_179376697_179377476
seq2: B6Ng01-089E09.g_69_849 (reverse)

seq1  TTTAAAAGTAAGTTGTTTGCTGATTTCTGCACTAATTATGCAA-TTTCAT  49
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  TTTAAAAGTAAGTTGTTTGCTGATTTCTGCACTAATTATGCAATTTTCAT  50

seq1  TTTTTTTCCCCTTCATTTCAGCCAAATGTGTGTGTTCAGTCTGTGCTTTC  99
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTTCCCCTTCATTTCAGCCAAATGTGTGTGTTCAGTCTGTGCTTTC  100

seq1  TAAGTAGTTGGGTATCAGACGTGTTACAAAGAATGGCTGGACATGTCTTC  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTAGTTGGGTATCAGACGTGTTACAAAGAATGGCTGGACATGTCTTC  150

seq1  TTGACTCTTCCAGAATTTGTGTGGGACTTTGCCTGATATTATGAGTTCTT  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGACTCTTCCAGAATTTGTGTGGGACTTTGCCTGATATTATGAGTTCTT  200

seq1  TCCCTTTGAAGTTAAAGCTCTCTTTTAGGTTTTGTAGGATGTCATTTGAT  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTTTGAAGTTAAAGCTCTCTTTTAGGTTTTGTAGGATGTCATTTGAT  250

seq1  GAGTTGTTGGTTAAATTTCTGGAAGAGGTCTGAGTTCTTGTTCTAAGTCA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTGTTGGTTAAATTTCTGGAAGAGGTCTGAGTTCTTGTTCTAAGTCA  300

seq1  TAAGCTAAAGGAAGCTTTAAACTTGACCAGGAGTTATGAGTGGGGTGAGC  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGCTAAAGGAAGCTTTAAACTTGACCAGGAGTTATGAGTGGGGTGAGC  350

seq1  AAAGCCTTGGTGATTGCATTTAGGTTGAATGTGTGGCTTGGGAGTCCTTG  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCCTTGGTGATTGCATTTAGGTTGAATGTGTGGCTTGGGAGTCCTTG  400

seq1  GGGTGTGAGCCTGATTTAAAATTCAGACATGTAACTCTCCACCACTAAGG  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTGTGAGCCTGATTTAAAATTCAGACATGTAACTCTCCACCACTAAGG  450

seq1  CGGATATTTTTTAAAGTGGCGACTAGAGTCTAAATTCCTGACTAGGCTCT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGATATTTTTTAAAGTGGCGACTAGAGTCTAAATTCCTGACTAGGCTCT  500

seq1  AACGAGAAACTCCTCTTTCCCCAGGTTATGAAGACAGTATGGAGTTTCCA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACGAGAAACTCCTCTTTCCCCAGGTTATGAAGACAGTATGGAGTTTCCA  550

seq1  GACCACAGCAGACATTTGCTGCAGTGTCTGAGCGAGCAGAGGCACCAGGG  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCACAGCAGACATTTGCTGCAGTGTCTGAGCGAGCAGAGGCACCAGGG  600

seq1  CTTTCTTTGTGACTGCACTGTTCTGGTGGGAGATGCCCAGTTCCGGGCAC  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCTTTGTGACTGCACTGTTCTGGTGGGAGATGCCCAGTTCCGGGCAC  650

seq1  ACCGAGCTGTTCTGGCTTCATGCAGCATGTATTTCCACCTCTTTTACAAG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCGAGCTGTTCTGGCTTCATGCAGCATGTATTTCCACCTCTTTTACAAG  700

seq1  GACCAGCTGGACAAAAGAGACATTGTTCATCTGAACAGCGACATTGTGAC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCAGCTGGACAAAAGAGACATTGTTCATCTGAACAGCGACATTGTGAC  750

seq1  AGCCCCCGCTTTCGCTCTCCTGCTTGAATTC  780
      |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCCCGCTTTCGCTCTCCTGCTTGAATTC  781