BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-093N07
Chromosome1 (Build37)
Map Location 84,233,775 - 84,404,248
singlet/doubletdoublet
Overlap gene5033414K04Rik, LOC100039638, Dner
Upstream gene4930544G21Rik, EG622958
Downstream geneTrip12, Fbxo36, Slc16a14, LOC100039695, EG665317, LOC100039723, A530032D15Rik, LOC100039742, LOC100040158, LOC621835, EG665378, C130026I21Rik, LOC100040135, LOC639868
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-093N07.bB6Ng01-093N07.g
ACCDH905208DH905209
length801814
definitionDH905208|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-093N07, 5' end.DH905209|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-093N07, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(84,233,775 - 84,234,571)(84,403,435 - 84,404,248)
sequence
gaattcatatgcacagaggccagagcagtcagagcttcagggactcatta
gtaacttcgaaagatggagagggagaagagatactggagcagtacgagaa
tcaaggtagagcttacagcaagacctaagaccttgaagatgttgaaataa
gccacaggaaactgattgaactttgggagggaggtacaggggaattgagt
gtgaagttgggtcttgggcttgaaacaggtggaaatggaagccaaggtct
tctgtgcatgcgagatggacagactgaatacaaacaaattctgaaagagt
cagaaacagggcacagcagggcacaggctgactcagaaattgtcctttgt
cccctccccctccattacccctctgactctcatcagagaatgttctctgc
tttgaagtggtcatgtgattgtgatagtttgggtgatccaggataatctt
atttcaaacatcatcatcctaattgcacatctttttgccatgtgatgtaa
tagaataggcagaatcatacactgcccctcaaagacaccctcatcccaat
acctgatgcatgctaatgaattacatggttatacaagtgtgggattgtgt
ttgtgtatggaattgagattgctgatcatctgattttaagatggagtgat
catcccacctcacctggaagggcctgtatttagctggtttttgctagttg
tgaccaaatatctaataaaatatccatttttaaggatgaaagctctagct
tggctcgtggtgcatggtcatctgggttctgtggcacgtgagcagaagat
t
gaattctctctctctctctctctttctctctctctctccctctctctgag
acaaggtcttgagcttgttatggagccaagggtgactctaaacttctgat
tctcttgactcaaactttggtgtgttgggattgtatgtgtgtaccacata
catgtatgtgtggctggtttctgtggtttgagggatcaaacactgggtga
gctacatcctaagactctaggaatggaagcttcaggaagagaccatgcac
atccaagtgcagaagtaagtttcccttcaaggccctggacacagagagga
gagattgcttcctgcaggtatgaagccatgagatcagggaaacacttggg
aaaaatcccagacaagatgctgatcaatgtttgactatgacaaatattca
acacagatccagaaattaagggctgctgttctaaaatggtctgctcaagt
agggcgatctcgtgtgtaggcaggaagtccattttatattcttctgttcc
ctttcttgagcctcatttcttaaggcagtgacaaagaaaggagaaaaaag
gccagcaatgtgtcagagcccacaggatgagtcactgggtgtggcagtca
cttgagcaatagaagctgaggaaggaagtggagggcaagcgaggtcagcg
tcacattgctcttatttgcttcatgctcattttgcttgagactgtcagga
tgggcacttcattgttcctgttctcacctgggacaggatgtaagtttttt
tttttttcttttctactcaaaggatctgggatgactcctagtctcacctt
cgttgtcattcagc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_84233775_84234571
seq2: B6Ng01-093N07.b_47_847

seq1  GAATTCATATGCACAGAGGCCAGAGCAGTCAGAGCTTCAGGGACTCATTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATATGCACAGAGGCCAGAGCAGTCAGAGCTTCAGGGACTCATTA  50

seq1  GTAACTTCGAAAGATGGAGAGGGAGAAGAGATACTGGAGCAGTACGAGAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAACTTCGAAAGATGGAGAGGGAGAAGAGATACTGGAGCAGTACGAGAA  100

seq1  TCAAGGTAGAGCTTACAGCAAGACCTAAGACCTTGAAGATGTTGAAATAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGGTAGAGCTTACAGCAAGACCTAAGACCTTGAAGATGTTGAAATAA  150

seq1  GCCACAGGAAACTGATTGAACTTTGGGAGGGAGGTACAGGGGAATTGAGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCACAGGAAACTGATTGAACTTTGGGAGGGAGGTACAGGGGAATTGAGT  200

seq1  GTGAAGTTGGGTCTTGGGCTTGAAACAGGTGGAAATGGAAGCCAAGGTCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAAGTTGGGTCTTGGGCTTGAAACAGGTGGAAATGGAAGCCAAGGTCT  250

seq1  TCTGTGCATGCGAGATGGACAGACTGAATACAAACAAATTCTGAAAGAGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTGCATGCGAGATGGACAGACTGAATACAAACAAATTCTGAAAGAGT  300

seq1  CAGAAACAGGGCACAGCAGGGCACAGGCTGACTCAGAAATTGTCCTTTGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAACAGGGCACAGCAGGGCACAGGCTGACTCAGAAATTGTCCTTTGT  350

seq1  CCCCTCCCCCTCCATTACCCCTCTGACTCTCATCAGAGAATGTTCTCTGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTCCCCCTCCATTACCCCTCTGACTCTCATCAGAGAATGTTCTCTGC  400

seq1  TTTGAAGTGGTCATGTGATTGTGATAGTTTGGGTGATCCAGGATAATCTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAAGTGGTCATGTGATTGTGATAGTTTGGGTGATCCAGGATAATCTT  450

seq1  ATTTCAAACATCATCATCCTAATTGCACATCTTTTTGCCATGTGATGTAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCAAACATCATCATCCTAATTGCACATCTTTTTGCCATGTGATGTAA  500

seq1  TAGAATAGGCAGAATCATACACTGCCCCTCAAAGACACCCTCATCCCAAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAATAGGCAGAATCATACACTGCCCCTCAAAGACACCCTCATCCCAAT  550

seq1  ACCTGATGCATGCTAATGAATTACATGGTTATACAAGTGTGGGATTGTGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGATGCATGCTAATGAATTACATGGTTATACAAGTGTGGGATTGTGT  600

seq1  TTGTGTATGGAATTGAGATTGCTGATCATCTGATTTTAAGATGGAGTGAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGTATGGAATTGAGATTGCTGATCATCTGATTTTAAGATGGAGTGAT  650

seq1  CATCCCACCTCACCTGGAAGGGCCTGTA-TTAGCTGGTTTTGCATAGTTG  699
      |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||   ||||||
seq2  CATCCCACCTCACCTGGAAGGGCCTGTATTTAGCTGGTTTTTGCTAGTTG  700

seq1  TGACCAAATATCTAATAAAATATCCA-TTTTAAGGATGAAAGCTCTAGCT  748
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCAAATATCTAATAAAATATCCATTTTTAAGGATGAAAGCTCTAGCT  750

seq1  TGGCTCGTGGTGCATGGTCATCT-GGTTCTGT-GCACGTGAGCAGAAGAT  796
      ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||
seq2  TGGCTCGTGGTGCATGGTCATCTGGGTTCTGTGGCACGTGAGCAGAAGAT  800

seq1  T  797
      |
seq2  T  801

seq1: chr1_84403435_84404248
seq2: B6Ng01-093N07.g_71_884 (reverse)

seq1  GCTGAATGACAACGAAGGTGAGACTAGGAGTCATCCCAGATCCTTTGAAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  GCTGAATGACAACGAAGGTGAGACTAGGAGTCATCCCAGATCCTTTG-AG  49

seq1  TAGAAAAG-AAAAAAAAAAAACTTACATCCTGTCCCAGGTGAGAACAGGA  99
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAAAGAAAAAAAAAAAAACTTACATCCTGTCCCAGGTGAGAACAGGA  99

seq1  ACAATGAAGTGCCCATCCTGACAGTCTCAAGCAAAATGAGCATGAAGCAA  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATGAAGTGCCCATCCTGACAGTCTCAAGCAAAATGAGCATGAAGCAA  149

seq1  ATAAGAGCAATGTGACGCTGACCTCGCTTGCCCTCCACTTCCTTCCTCAG  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGAGCAATGTGACGCTGACCTCGCTTGCCCTCCACTTCCTTCCTCAG  199

seq1  CTTCTATTGCTCAAGTGACTGCCACACCCAGTGACTCATCCTGTGGGCTC  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTATTGCTCAAGTGACTGCCACACCCAGTGACTCATCCTGTGGGCTC  249

seq1  TGACACATTGCTGGCCTTTTTTCTCCTTTCTTTGTCACTGCCTTAAGAAA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACACATTGCTGGCCTTTTTTCTCCTTTCTTTGTCACTGCCTTAAGAAA  299

seq1  TGAGGCTCAAGAAAGGGAACAGAAGAATATAAAATGGACTTCCTGCCTAC  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGCTCAAGAAAGGGAACAGAAGAATATAAAATGGACTTCCTGCCTAC  349

seq1  ACACGAGATCGCCCTACTTGAGCAGACCATTTTAGAACAGCAGCCCTTAA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACGAGATCGCCCTACTTGAGCAGACCATTTTAGAACAGCAGCCCTTAA  399

seq1  TTTCTGGATCTGTGTTGAATATTTGTCATAGTCAAACATTGATCAGCATC  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTGGATCTGTGTTGAATATTTGTCATAGTCAAACATTGATCAGCATC  449

seq1  TTGTCTGGGATTTTTCCCAAGTGTTTCCCTGATCTCATGGCTTCATACCT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCTGGGATTTTTCCCAAGTGTTTCCCTGATCTCATGGCTTCATACCT  499

seq1  GCAGGAAGCAATCTCTCCTCTCTGTGTCCAGGGCCTTGAAGGGAAACTTA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGAAGCAATCTCTCCTCTCTGTGTCCAGGGCCTTGAAGGGAAACTTA  549

seq1  CTTCTGCACTTGGATGTGCATGGTCTCTTCCTGAAGCTTCCATTCCTAGA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTGCACTTGGATGTGCATGGTCTCTTCCTGAAGCTTCCATTCCTAGA  599

seq1  GTCTTAGGATGTAGCTCACCCAGTGTTTGATCCCTCAAACCACAGAAACC  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTAGGATGTAGCTCACCCAGTGTTTGATCCCTCAAACCACAGAAACC  649

seq1  AGCCACACATACATGTATGTGGTACACACATACAATCCCAACACACCAAA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCACACATACATGTATGTGGTACACACATACAATCCCAACACACCAAA  699

seq1  GTTTGAGTCAAGAGAATCAGAAGTTTAGAGTCACCCTTGGCTCCATAACA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGAGTCAAGAGAATCAGAAGTTTAGAGTCACCCTTGGCTCCATAACA  749

seq1  AGCTCAAGACCTTGTCTCAGAGAGAGGGAGAGAGAGAGAGAAAGAGAGAG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCAAGACCTTGTCTCAGAGAGAGGGAGAGAGAGAGAGAAAGAGAGAG  799

seq1  AGAGAGAGAGAATTC  814
      |||||||||||||||
seq2  AGAGAGAGAGAATTC  814