BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-097F02
Chromosome1 (Build37)
Map Location 3,910,733 - 4,046,476
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneXkr4, LOC100038975, LOC664792
Downstream geneLOC619785, Rp1h, Sox17, LOC664830, LOC664838, LOC664853, LOC619596, EG619980, LOC100039121, LOC620009, Mrpl15, Lypla1, Tcea1, LOC619829, Rgs20
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-097F02.bB6Ng01-097F02.g
ACCDH907726DH907727
length949946
definitionDH907726|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-097F02, 5' end.DH907727|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-097F02, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(4,045,523 - 4,046,476)(3,910,733 - 3,911,659)
sequence
gaattcctgagcttgagtgccaagatctgtgtctgcaggaaaaggaaacc
ttctccattgctgcctgcgtgaaaccactttgtgacataattcactattt
actttgtctttttcaagccaggatcacagaacagcaaccatagagcaata
aataagaagaaattagctgtggtgggaggcactctaagagttaaggcatt
ccagggtgaagcactcaagctgggcagatcagaagtgagaatacagtaat
gctgtactgggcccaacaggaaatggctgggcaatggggatcatcagaga
gggtgactaacaagtagtaccgagcagagaacatgctcaagggaaagacc
actggtgtcctcagaagtacaaaagacctggactctaggaatccacaggc
tgttatgtaagggaaggttatgttacaatgaagaatcaccttgaattaca
aagccacacataggaaggtaggatttggggatcactgctgaggacttaat
cagaaatggtctcccacttctgtatttgtcaggcactggcaaagcctctc
tcctgtcagcaatatcaggctcctgacagcaagcacttgttggcatccac
aatagtgtctgggtttggtaactatataggtatccattggactgaacaca
gggtccccagtggaggagctagagaaaggaccaaaggagctgaaggggtt
tgcagccccataggaggaacaacaatatgaaacaaccagtacccccagag
ctcccagggactaaaccaccaaccaaagagtacacatggaggaactcaag
gatccagccacatatgtagcagaggatgacctttgtgggacatcaatgag
aggagagacccttggtcttgtgaagattcatgccctagtttagggaatgc
caggaccaggaagcagagtggatgggttattagcagtggggtagaggat

gaattcattgtttttaatagctgagtacatatttctaccggaagatccag
caataccactcctgggcatatacccggaagaggctccaaattgtaataag
gacacacatgctccactctattcatagcagccttatttataatagccaga
agctggaaaaatccagatgcccctcaagagaagaatggatacagaaaatg
tggtacatttacacaatggagtattactcagctattaaaagcaatgcatg
gatcttttcttattcataacagaaaaagtgactccaacatgcttttatgt
gaagctgtcaagtatcttagttgacacaaaggaagaaacacctctgtgca
gaaaacctgctggtatatagtgtataactcatagctaagcagaatatata
agacaaggcaggatttggtaggtagatacaaaggccaagttgcacaccac
atgtctcagaaatcaaaggcagtccaggaacagtatggaaggtgacatct
gaccagaaagaaaatctagcaataaaactcctatagtaactgaccagcaa
gcatgaattgtaagtccacaccaaacacagcagagttcagtgttataaag
ggcaaagagagaactataaggttgaagagcaaagtcatgtggagtgggca
gtgacacagatatgtagaggtagatgtggtccaagagcattcccagtaaa
gagttaagacatccgaaaattggaaaatggcttaaagtgtgatataaaat
aggtaaaaggggagattatggaagcaccggggagggagcatacaaacaca
atccctaattggttttagaaatatttgtcccttatatttacagataagtg
tagctcttaaactctttatttttaaattagggatttgtcctcgtttacat
tttcaaatgtttacatttttcaatggctatttccaaaaggtccccc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_4045523_4046476
seq2: B6Ng01-097F02.b_47_995 (reverse)

seq1  ATCCTCCTACCCCCACTGCTCACTAACCCATCCACTCCTGCTTCCTGGTC  50
      ||||| ||| |||||||||| | ||||||||||||| |||||||||||||
seq2  ATCCT-CTA-CCCCACTGCT-AATAACCCATCCACT-CTGCTTCCTGGTC  46

seq1  CTGGCATTCCCCTAAACTAGGGCATTGAATCTTCACAAGACCAAGGGTCT  100
      |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCATT-CCCTAAACTAGGGCA-TGAATCTTCACAAGACCAAGGGTCT  94

seq1  CTCCTCTCATTGATGTCCCAC-AAGGTCATCCTCTGCTACATATGTGGCT  149
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTCTCATTGATGTCCCACAAAGGTCATCCTCTGCTACATATGTGGCT  144

seq1  GGATCCTTGAGTTCCTCCATGTGTACTCTTTGGTTGGTGGTTTAGTCCCT  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATCCTTGAGTTCCTCCATGTGTACTCTTTGGTTGGTGGTTTAGTCCCT  194

seq1  GGGAGCTCTGGGGGTACTGGTTGTTTCATATTGTTGTTCCTCCTATGGGG  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGCTCTGGGGGTACTGGTTGTTTCATATTGTTGTTCCTCCTATGGGG  244

seq1  CTGCAAACCCCTTCAGCTCCTTTGGTCCTTTCTCTAGCTCCTCCACTGGG  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCAAACCCCTTCAGCTCCTTTGGTCCTTTCTCTAGCTCCTCCACTGGG  294

seq1  GACCCTGTGTTCAGTCCAATGGATACCTATATAGTTACCAAACCCAGACA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCCTGTGTTCAGTCCAATGGATACCTATATAGTTACCAAACCCAGACA  344

seq1  CTATTGTGGATGCCAACAAGTGCTTGCTGTCAGGAGCCTGATATTGCTGA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTGTGGATGCCAACAAGTGCTTGCTGTCAGGAGCCTGATATTGCTGA  394

seq1  CAGGAGAGAGGCTTTGCCAGTGCCTGACAAATACAGAAGTGGGAGACCAT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAGAGAGGCTTTGCCAGTGCCTGACAAATACAGAAGTGGGAGACCAT  444

seq1  TTCTGATTAAGTCCTCAGCAGTGATCCCCAAATCCTACCTTCCTATGTGT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGATTAAGTCCTCAGCAGTGATCCCCAAATCCTACCTTCCTATGTGT  494

seq1  GGCTTTGTAATTCAAGGTGATTCTTCATTGTAACATAACCTTCCCTTACA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTTGTAATTCAAGGTGATTCTTCATTGTAACATAACCTTCCCTTACA  544

seq1  TAACAGCCTGTGGATTCCTAGAGTCCAGGTCTTTTGTACTTCTGAGGACA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACAGCCTGTGGATTCCTAGAGTCCAGGTCTTTTGTACTTCTGAGGACA  594

seq1  CCAGTGGTCTTTCCCTTGAGCATGTTCTCTGCTCGGTACTACTTGTTAGT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTGGTCTTTCCCTTGAGCATGTTCTCTGCTCGGTACTACTTGTTAGT  644

seq1  CACCCTCTCTGATGATCCCCATTGCCCAGCCATTTCCTGTTGGGCCCAGT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCTCTCTGATGATCCCCATTGCCCAGCCATTTCCTGTTGGGCCCAGT  694

seq1  ACAGCATTACTGTATTCTCACTTCTGATCTGCCCAGCTTGAGTGCTTCAC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCATTACTGTATTCTCACTTCTGATCTGCCCAGCTTGAGTGCTTCAC  744

seq1  CCTGGAATGCCTTAACTCTTAGAGTGCCTCCCACCACAGCTAATTTCTTC  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGAATGCCTTAACTCTTAGAGTGCCTCCCACCACAGCTAATTTCTTC  794

seq1  TTATTTATTGCTCTATGGTTGCTGTTCTGTGATCCTGGCTTGAAAAAGAC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTATTGCTCTATGGTTGCTGTTCTGTGATCCTGGCTTGAAAAAGAC  844

seq1  AAAGTAAATAGTGAATTATGTCACAAAGTGGTTTCACGCAGGCAGCAATG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTAAATAGTGAATTATGTCACAAAGTGGTTTCACGCAGGCAGCAATG  894

seq1  GAGAAGGTTTCCTTTTCCTGCAGACACAGATCTTGGCACTCAAGCTCAGG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAGGTTTCCTTTTCCTGCAGACACAGATCTTGGCACTCAAGCTCAGG  944

seq1  AATTC  954
      |||||
seq2  AATTC  949


seq1: chr1_3910733_3911659
seq2: B6Ng01-097F02.g_68_1013

seq1  GAATTCATTGTTTTTAATAGCTGAGTACATATTTCTACCGGAAGATCCAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTGTTTTTAATAGCTGAGTACATATTTCTACCGGAAGATCCAG  50

seq1  CAATACCACTCCTGGGCATATACCCGGAAGAGGCTCCAAATTGTAATAAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATACCACTCCTGGGCATATACCCGGAAGAGGCTCCAAATTGTAATAAG  100

seq1  GACACACATGCTCCACTCTATTCATAGCAGCCTTATTTATAATAGCCAGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACACATGCTCCACTCTATTCATAGCAGCCTTATTTATAATAGCCAGA  150

seq1  AGCTGGAAAAATCCAGATGCCCCTCAAGAGAAGAATGGATACAGAAAATG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGGAAAAATCCAGATGCCCCTCAAGAGAAGAATGGATACAGAAAATG  200

seq1  TGGTACATTTACACAATGGAGTATTACTCAGCTATTAAAAGCAATGCATG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTACATTTACACAATGGAGTATTACTCAGCTATTAAAAGCAATGCATG  250

seq1  GATCTTTTCTTATTCATAACAGAAAAAGTGACTCCAACATGCTTTTATGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCTTTTCTTATTCATAACAGAAAAAGTGACTCCAACATGCTTTTATGT  300

seq1  GAAGCTGTCAAGTATCTTAGTTGACACAAAGGAAGAAACACCTCTGTGCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCTGTCAAGTATCTTAGTTGACACAAAGGAAGAAACACCTCTGTGCA  350

seq1  GAAAACCTGCTGGTATATAGTGTATAACTCATAGCTAAGCAGAATATATA  400
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||               
seq2  GAAAACCTGCTGGTATATAGTGTATAACTCATAGCNNNNNNNNNNNNNNN  400

seq1  AGACAAGGCAGGATTTGGTAGGTAGATACAAAGGCCAAGTTGCACACCAC  450
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  NNACAAGGCAGGATTTGGTAGGTAGATACAAAGGCCAAGTTGCACACCAC  450

seq1  ATGTCTCAGAAATCAAAGGCAGTCCAGGAACAGTATGGAAGGTGACATCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCTCAGAAATCAAAGGCAGTCCAGGAACAGTATGGAAGGTGACATCT  500

seq1  GACCAGAAAGAAAATCTAGCAATAAAACTCCTATAGTAACTGACCAGCAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCAGAAAGAAAATCTAGCAATAAAACTCCTATAGTAACTGACCAGCAA  550

seq1  GCATGAATTGTAAGTCCACACCAAACACAGCAGAGTTCAGTGTTATAAAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGAATTGTAAGTCCACACCAAACACAGCAGAGTTCAGTGTTATAAAG  600

seq1  GGCAAAGAGAGAACTATAAGGTTGAAGAGCAAAGTCATGTGGAGTGGGCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAAAGAGAGAACTATAAGGTTGAAGAGCAAAGTCATGTGGAGTGGGCA  650

seq1  GTGACACAGATATGTAGAGGTAGATGTGGTCCAAGAGCA-TCCCAGGAAA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||
seq2  GTGACACAGATATGTAGAGGTAGATGTGGTCCAAGAGCATTCCCAGTAAA  700

seq1  GAGTGAAGACATCCG-AAATTGG-AAATGGC-TAAAGTGTGAAAT-AAAT  745
      |||| |||||||||| ||||||| ||||||| |||||||||| || ||||
seq2  GAGTTAAGACATCCGAAAATTGGAAAATGGCTTAAAGTGTGATATAAAAT  750

seq1  A-GTAAAA-GGGAGATTA-GGAAGCACC-GGGAGGGAGCATACAAACACA  791
      | |||||| ||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  AGGTAAAAGGGGAGATTATGGAAGCACCGGGGAGGGAGCATACAAACACA  800

seq1  ATCCCTAATT-GTTTTAGAAATATTTGT-CCTTATAATTACAGATAAGTG  839
      |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||
seq2  ATCCCTAATTGGTTTTAGAAATATTTGTCCCTTATATTTACAGATAAGTG  850

seq1  TAGCTC-TAAACTCTTT-TTTTTTAATTAGGTA-TTGTCCTCGTTTACAT  886
      |||||| |||||||||| ||||| ||||||| | ||||||||||||||||
seq2  TAGCTCTTAAACTCTTTATTTTTAAATTAGGGATTTGTCCTCGTTTACAT  900

seq1  TTTC-AATGTTTACA-TTTTCAAT-GCTATT--CCAAAGGTCCCCC  927
      |||| |||||||||| |||||||| ||||||  | |||||||||||
seq2  TTTCAAATGTTTACATTTTTCAATGGCTATTTCCAAAAGGTCCCCC  946


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |