BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-099L07
Chromosome1 (Build37)
Map Location 65,201,428 - 65,388,229
singlet/doubletdoublet
Overlap geneIdh1, Pip5k3, Pthr2
Upstream geneLOC100043124, Creb1, 2310038H17Rik, Ccnyl1, Fzd5, 9430067K14Rik, LOC667245, LOC100043141, 4921521F21Rik, LOC667276, Cryge, Crygd, Crygc, Crygb, LOC654356, Cryga, D630023F18Rik
Downstream geneLOC100042716, EG628894, LOC100043165, LOC383520, EG667775, Crygf, LOC667781, EG667786, Mtap2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-099L07.bB6Ng01-099L07.g
ACCDH909426DH909427
length1,1301,041
definitionDH909426|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-099L07, 5' end.DH909427|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-099L07, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(65,387,087 - 65,388,229)(65,201,428 - 65,202,468)
sequence
gaattcattcatttgttctagtaattttctttttggattatgggattttt
ctataagattatatcatctgcaattacaagcaaacttactttttttccaa
tgtatatgtcttttattatctaagtacagagttaaaataagtggaagaca
tcaccctcatattctttctgcatctcaggggcttttctccacctgctgct
gtgagacactcttcggccagccatctggcttcatataaaacctttctctg
ctcctttgtcaggctgcagtcttgtgctcaaggagtcctgtatgtatggc
cagacagtgtttcttcctgtggcctgcctgcttgctacaccttcatcata
tacctaatgagagtttcatgtgccccaaggtaccttctcacttgctgtgc
tctgtccccgtgacttcagataacttacaccttttatctgcgtcagccct
gtgtgtgtctggagagacttcacatctgtcactgccccagcctttggcaa
gattcgatgctccacatggtaaaggcccaagggcttagtccttggaactc
tgagcctttattgctggttcttgcctgttaaaagttggtttgaatgcttt
tatccttccccactttctttactgtgatatgctttcttccttctgccaca
gacccacagataaatggccccaggggcctcttacttttcttaacaaaaaa
gattacccattgcttgtactgatagatttctacaaactattgatttggag
tacaatttaagttattcataatatacattacaacaactaactgatgaaga
tttattgtcaaaccaacttccctactcaaatctttatcatcagtcttggg
aagtgagattatgacatttaagagattgggccctttgagattttgtttct
ctctctactttttaaattttaattaaaatgcagtacatcatttactcact
tcctctcctgtctcataattcttccatttacccctgaaatcctcagctca
ctcttctttaacattgttgttacatatacagaaatgatagcccatatatt
aagtcatatttatattcaatatatcccccctcactatgcccacacccaca
ttattatcccacaccaacctgctaatcgat
gaattctcctatgcccctgaatcctgctgctgccaacattttgctgagga
gtcattttccaggtcagtagtcctgaccctcctgtggttacaaaatcaac
cattagcctgtggacacattagtcagcagctaatctgatagttgttttag
acattaactggctcttggccagatgctgggcttgggcaatgtagtggcac
tcatttgagtgactcccagaatctttgagagcaggaggggtgaagagatc
acccagtccaaagccattgttctgttccacactgtttcttcctcctaagc
ttccaaacctgaaacaaacaggtggagagagacaaggctttgctgagtca
ggactcctgaagtccctttgccaatggccattgacatattctgtagtctc
aagcaaagctccttccactgccttcatgtccttccttacaacatattagt
agtgatagctaccacctaccatgaagagtctatgaaacaaaagatagtag
aaatgggattcatccttttgtttgtttgtttgtaacagattctcacatag
tacctagccttgaccttgctctgtattggaggataaccttaaacttctga
tgctctgccttcagctccaggcctataccactatgtctgactttatgcag
agctcatcattaaacggaggagggtcagtggcagtaggtaaatactctac
tccccaagtccttccctaaacacaaagcttcataaattatgactttgcca
ataaagggtgaaatggctgttgtaataattatcaaagtattaacagtcaa
aagtccaaacagaagttagtaagcatagataaggcaggtgaatataaact
tgttgacactcttatgttaagagtcagtcttgttatgttgctgaggctga
ttttaaactttggctctcaagtcatcctctaatcttcagatttccaagta
gctggagacatggaacacataccgtcaccaagatgacacttattttttgg
aatgtaaaattaagtctagaactttttagttttgatttttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_65387087_65388229
seq2: B6Ng01-099L07.b_46_1175 (reverse)

seq1  ATCGATTTAGCAGGTTGTGTGTGTGTATATATATGTGTGTGTGTGCATAT  50
      ||||| ||||||||||| ||||| | |||   ||||| ||||| ||||| 
seq2  ATCGA-TTAGCAGGTTG-GTGTG-GGATAATAATGTGGGTGTGGGCATA-  46

seq1  GTGAGTGTGTGTATATATTGTATATATATATGTACTTATATATAATGTGC  100
      ||||  | | | |||||||| ||||| ||||| ||||| |||| ||| ||
seq2  GTGA--GGGGGGATATATTGAATATAAATATG-ACTTA-ATAT-ATGGGC  91

seq1  TTATTCATTTCTTTGTATATGTAACAACAATGTTTAAAGAAGAGTGAGCT  150
      |   |||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  T--ATCATTTC--TGTATATGTAACAACAATG-TTAAAGAAGAGTGAGCT  136

seq1  GAGAATTTCAGGGGTAAATGGGAAGAA-TATGAGACAGGAGAGGAAGTGA  199
      ||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGATTTCAGGGGTAAAT-GGAAGAATTATGAGACAGGAGAGGAAGTGA  185

seq1  GTAAATGATGTAACTGCATTTTAATTAAAATTTAAAAAGTAGAGAGAGAA  249
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAATGATGT-ACTGCATTTTAATTAAAATTTAAAAAGTAGAGAGAGAA  234

seq1  ACAAAATCTCAAAGGG-CCAATCTCTTAAATGTCATAATCTCACTT-CCA  297
      |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  ACAAAATCTCAAAGGGCCCAATCTCTTAAATGTCATAATCTCACTTCCCA  284

seq1  AGACTGATGATAAAGATTTGAGTAGGGAAGTTGGTTTGACAATAAATCTT  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTGATGATAAAGATTTGAGTAGGGAAGTTGGTTTGACAATAAATCTT  334

seq1  CATCAGTTAGTTGTTGTAATGTATATTATGAATAACTTAAATTGTACTCC  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCAGTTAGTTGTTGTAATGTATATTATGAATAACTTAAATTGTACTCC  384

seq1  AAATCAATAGTTTGTAGAAATCTATCAGTACAAGCAATGGGTAATCTTTT  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCAATAGTTTGTAGAAATCTATCAGTACAAGCAATGGGTAATCTTTT  434

seq1  TTGTTAAGAAAAGTAAGAGGCCCCTGGGGCCATTTATCTGTGGGTCTGTG  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTAAGAAAAGTAAGAGGCCCCTGGGGCCATTTATCTGTGGGTCTGTG  484

seq1  GCAGAAGGAAGAAAGCATATCACAGTAAAGAAAGTGGGGAAGGATAAAAG  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAAGGAAGAAAGCATATCACAGTAAAGAAAGTGGGGAAGGATAAAAG  534

seq1  CATTCAAACCAACTTTTAACAGGCAAGAACCAGCAATAAAGGCTCAGAGT  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCAAACCAACTTTTAACAGGCAAGAACCAGCAATAAAGGCTCAGAGT  584

seq1  TCCAAGGACTAAGCCCTTGGGCCTTTACCATGTGGAGCATCGAATCTTGC  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAAGGACTAAGCCCTTGGGCCTTTACCATGTGGAGCATCGAATCTTGC  634

seq1  CAAAGGCTGGGGCAGTGACAGATGTGAAGTCTCTCCAGACACACACAGGG  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGGCTGGGGCAGTGACAGATGTGAAGTCTCTCCAGACACACACAGGG  684

seq1  CTGACGCAGATAAAAGGTGTAAGTTATCTGAAGTCACGGGGACAGAGCAC  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACGCAGATAAAAGGTGTAAGTTATCTGAAGTCACGGGGACAGAGCAC  734

seq1  AGCAAGTGAGAAGGTACCTTGGGGCACATGAAACTCTCATTAGGTATATG  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAGTGAGAAGGTACCTTGGGGCACATGAAACTCTCATTAGGTATATG  784

seq1  ATGAAGGTGTAGCAAGCAGGCAGGCCACAGGAAGAAACACTGTCTGGCCA  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAGGTGTAGCAAGCAGGCAGGCCACAGGAAGAAACACTGTCTGGCCA  834

seq1  TACATACAGGACTCCTTGAGCACAAGACTGCAGCCTGACAAAGGAGCAGA  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATACAGGACTCCTTGAGCACAAGACTGCAGCCTGACAAAGGAGCAGA  884

seq1  GAAAGGTTTTATATGAAGCCAGATGGCTGGCCGAAGAGTGTCTCACAGCA  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGGTTTTATATGAAGCCAGATGGCTGGCCGAAGAGTGTCTCACAGCA  934

seq1  GCAGGTGGAGAAAAGCCCCTGAGATGCAGAAAGAATATGAGGGTGATGTC  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGTGGAGAAAAGCCCCTGAGATGCAGAAAGAATATGAGGGTGATGTC  984

seq1  TTCCACTTATTTTAACTCTGTACTTAGATAATAAAAGACATATACATTGG  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCACTTATTTTAACTCTGTACTTAGATAATAAAAGACATATACATTGG  1034

seq1  AAAAAAAGTAAGTTTGCTTGTAATTGCAGATGATATAATCTTATAGAAAA  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAAGTAAGTTTGCTTGTAATTGCAGATGATATAATCTTATAGAAAA  1084

seq1  ATCCCATAATCCAAAAAGAAAATTACTAGAACAAATGAATGAATTC  1143
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCATAATCCAAAAAGAAAATTACTAGAACAAATGAATGAATTC  1130

seq1: chr1_65201428_65202468
seq2: B6Ng01-099L07.g_68_1108

seq1  GAATTCTCCTATGCCCCTGAATCCTGCTGCTGCCAACATTTTGCTGAGGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCCTATGCCCCTGAATCCTGCTGCTGCCAACATTTTGCTGAGGA  50

seq1  GTCATTTTCCAGGTCAGTAGTCCTGACCCTCCTGTGGTTACAAAATCAAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATTTTCCAGGTCAGTAGTCCTGACCCTCCTGTGGTTACAAAATCAAC  100

seq1  CATTAGCCTGTGGACACATTAGTCAGCAGCTAATCTGATAGTTGTTTTAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTAGCCTGTGGACACATTAGTCAGCAGCTAATCTGATAGTTGTTTTAG  150

seq1  ACATTAACTGGCTCTTGGCCAGATGCTGGGCTTGGGCAATGTAGTGGCAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTAACTGGCTCTTGGCCAGATGCTGGGCTTGGGCAATGTAGTGGCAC  200

seq1  TCATTTGAGTGACTCCCAGAATCTTTGAGAGCAGGAGGGGTGAAGAGATC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTTGAGTGACTCCCAGAATCTTTGAGAGCAGGAGGGGTGAAGAGATC  250

seq1  ACCCAGTCCAAAGCCATTGTTCTGTTCCACACTGTTTCTTCCTCCTAAGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCAGTCCAAAGCCATTGTTCTGTTCCACACTGTTTCTTCCTCCTAAGC  300

seq1  TTCCAAACCTGAAACAAACAGGTGGAGAGAGACAAGGCTTTGCTGAGTCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAAACCTGAAACAAACAGGTGGAGAGAGACAAGGCTTTGCTGAGTCA  350

seq1  GGACTCCTGAAGTCCCTTTGCCAATGGCCATTGACATATTCTGTAGTCTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACTCCTGAAGTCCCTTTGCCAATGGCCATTGACATATTCTGTAGTCTC  400

seq1  AAGCAAAGCTCCTTCCACTGCCTTCATGTCCTTCCTTACAACATATTAGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAAAGCTCCTTCCACTGCCTTCATGTCCTTCCTTACAACATATTAGT  450

seq1  AGTGATAGCTACCACCTACCATGAAGAGTCTATGAAACAAAAGATAGTAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGATAGCTACCACCTACCATGAAGAGTCTATGAAACAAAAGATAGTAG  500

seq1  AAATGGGATTCATCCTTTTGTTTGTTTGTTTGTAACAGATTCTCACATAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGGGATTCATCCTTTTGTTTGTTTGTTTGTAACAGATTCTCACATAG  550

seq1  TACCTAGCCTTGACCTTGCTCTGTATTGGAGGATAACCTTAAACTTCTGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTAGCCTTGACCTTGCTCTGTATTGGAGGATAACCTTAAACTTCTGA  600

seq1  TGCTCTGCCTTCAGCTCCAGGCCTATACCACTATGTCTGACTTTATGCAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCTGCCTTCAGCTCCAGGCCTATACCACTATGTCTGACTTTATGCAG  650

seq1  AGCTCATCATTAAACGGAGGAGGGTCAGTGGCAGTAGGTAAATACTCTAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCATCATTAAACGGAGGAGGGTCAGTGGCAGTAGGTAAATACTCTAC  700

seq1  TCCCCAAGTCCTTCCCTAAACACAAAGCTTCATAAATTATGACCTTGCCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  TCCCCAAGTCCTTCCCTAAACACAAAGCTTCATAAATTATGACTTTGCCA  750

seq1  ATAAAGGGTGAAATGGCTGTTGTAATAATTATCAAAGTATTAACAGTCAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAGGGTGAAATGGCTGTTGTAATAATTATCAAAGTATTAACAGTCAA  800

seq1  AAGTCCAAACAGAAGTTAGTAAGCATAGATAAGGCAAGGTGAATATAAAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  AAGTCCAAACAGAAGTTAGTAAGCATAGATAAGGC-AGGTGAATATAAAC  849

seq1  TTGTTGACAACTCTTATGTTAAGAGTCAGTCTTGTTATGTTGCTGAGGCT  900
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTGAC-ACTCTTATGTTAAGAGTCAGTCTTGTTATGTTGCTGAGGCT  898

seq1  GATCTTAAACTTTGGCTCTCAAGTCATCCTCTAATCTTCAGATTTCCAAG  950
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTTAAACTTTGGCTCTCAAGTCATCCTCTAATCTTCAGATTTCCAAG  948

seq1  TAGCT-GAGACCATGG-ACACATACCGTCACCCAAGATGACACTTATTTT  998
      ||||| |||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  TAGCTGGAGA-CATGGAACACATACCGTCA-CCAAGATGACACTTATTTT  996

seq1  TT-GAATGTAAAATTTAAGTCTAGAACTTTTTAGTTT--GTTTTTT  1041
      || |||||||||| |||||||||||||||||||||||   ||||||
seq2  TTGGAATGTAAAA-TTAAGTCTAGAACTTTTTAGTTTTGATTTTTT  1041