BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-106I20
Chromosome1 (Build37)
Map Location 53,496,864 - 53,602,621
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100042162
Upstream geneNab1, LOC546736, Gm553, LOC100042094, EG433305, 5330401P04Rik, 2210010L05Rik, Inpp1, Hibch, 1700019D03Rik, Gdf8, 1700019A02Rik, Pms1, LOC671024, Ormdl1, Osgepl1, Asnsd1, EG627858, EG627866
Downstream geneDnahc7, Stk17b, Hecw2, 4930511H11Rik, Gtf3c3, EG627915, D230012E17Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-106I20.bB6Ng01-106I20.g
ACCDH914258DH914259
length1,1741,186
definitionDH914258|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-106I20, 5' end.DH914259|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-106I20, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(53,496,864 - 53,498,041)(53,601,416 - 53,602,621)
sequence
gaattcatacacacacacacacacacacacacacacaggaacacatatac
atacattcatatgtatacacatgcacacatgtacacacactcagttgatt
tctagataattacttcatgcttcagctcctttgaataattacaaatagca
cactcactgcagaaatattaaaaatatcctaatttcctaccctaggcctc
atcactgtctttctcattaccattctttgcacaaagggattttcttcact
catcagattaaaacaacagcaaaacacaacacttattcaacagcaccttt
cctccccaagttagctttaacctcatgacaaaattatagtcctgcaaata
aaatgacagatttagagacttgaagtttcctaaaagctagtttgtgatag
gaatggcccagtttttggaagagggacctgctggtttacctgcacaggta
aacatggctgtctgttagcactggacggtaggtccagttaggaatatgag
catctctcccgaagagaagagaagctagattccacaatttcacttttcag
actataacagagcaaaacttacttgcttcgcaacaggagactagaactcc
caaggtaaagtcagactgtgccagcaatcaggctcaccagatgatagacc
tatcagtgctagcaatctgatcattccagcattaggcttgtaaaatgaga
tctgtcagtagcaaagatttcagactcgttatggcagccatcttctcaaa
ggcaggagaaaagcccgtgttttttttctatgcatgcttttctaatcagt
gcaaattcccacaacatttatttgagctcagagacgctcattaactggca
tctgacaagtttcttattgagagctgatggatttgccctttgttacagtt
cagaatgatagaactgtggccagaagctctttatttacaaaatgactctg
aaccactgcataccttagtactttctaccctacatgtttcttccatcaat
aagatactatacttattacatttaagggaaactatgagcccatctcattt
tcctactgggtgacttagccagaatcttttcatttctcttaactatagca
ttggaaagcctgggcaacttcgatttctgactcagggttctcaacttcct
agtgctgcagcttttaattcagtt
gaattctgatatgtggtggctatattctatttcatatttgcctaacataa
cttcaagccccacccctcatttttacaataaacgcaagtgcctggaagca
acaatttatataccctgtcatgtcaggattagtctgtggccagataatgg
gagagataatacattgtcctagtacaaatcagagctggaatcttgactgg
aattgagctataaaagttaggctgcaaatgaatcctgaaaatgaattcta
tcactctttgttacaagctaatttagattgttgaatgctttggcttgaat
attttcaagtttgtttttgttctaccaagagacaatttaagcatttgctt
acaaataatagactctcaaataataaacatgaagtttgatacttcaaaat
tcattttatgttacattgatcaaaaacaaagactatatgagcagggctaa
ttttgacctctgggagctctggagagttagagatgtgctgacagccaaac
acttgtggctgcttaataaagaacaggaatctctctctctctccttattg
gtagatatgtttttgtaagacaagagagaattctaggaaacagccaaata
aacaaaccaaatggtcagggaacttttgaatgacatattgagtaagttga
gtttgggagaaatagttctaaggttagatttgggaggcactaatgatgtg
aatgttgatataggcataagcaacaagttccaagttccatcagattttta
gtaaatactggacatgcaacagacatgtttaagatttcttatgtactgtt
tccttgactgaattaaccctctccaccttctctctggagcttgttgattg
cttggcatgtgaacaggcagtcagcagtagccagcaggtaccatggtgct
ctgtgcatccactccaattcacatattcctcactcagagttttacagaac
taacctatcaggggtcttgagtagcagcactacccaataagcagcagtga
cactctcagtgtactgaattcctgtcacatcttgtatcaaatatccatgg
gaatgtagttagttctgcttgtgttcatgttataagattctcttggaaaa
tagaaatcagtttcttatatgaatacagtgaaacttgagccatagttgtt
agattgtagtgctgtgccattgtagatagaccgaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_53496864_53498041
seq2: B6Ng01-106I20.b_47_1220

seq1  GAATTCATACACACACACACACACACACACACACACAGGAACACATATAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATACACACACACACACACACACACACACACAGGAACACATATAC  50

seq1  ATACATTCATATGTATACACATGCACACATGTACACACACTCAGTTGATT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACATTCATATGTATACACATGCACACATGTACACACACTCAGTTGATT  100

seq1  TCTAGATAATTACTTCATGCTTCAGCTCCTTTGAATAATTACAAATAGCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGATAATTACTTCATGCTTCAGCTCCTTTGAATAATTACAAATAGCA  150

seq1  CACTCACTGCAGAAATATTAAAAATATCCTAATTTCCTACCCTAGGCCTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCACTGCAGAAATATTAAAAATATCCTAATTTCCTACCCTAGGCCTC  200

seq1  ATCACTGTCTTTCTCATTACCATTCTTTGCACAAAGGGATTTTCTTCACT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACTGTCTTTCTCATTACCATTCTTTGCACAAAGGGATTTTCTTCACT  250

seq1  CATCAGATTAAAACAACAGCAAAACACAACACTTATTCAACAGCACCTTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCAGATTAAAACAACAGCAAAACACAACACTTATTCAACAGCACCTTT  300

seq1  CCTCCCCAAGTTAGCTTTAACCTCATGACAAAATTATAGTCCTGCAAATA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCCCAAGTTAGCTTTAACCTCATGACAAAATTATAGTCCTGCAAATA  350

seq1  AAATGACAGATTTAGAGACTTGAAGTTTCCTAAAAGCTAGTTTGTGATAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGACAGATTTAGAGACTTGAAGTTTCCTAAAAGCTAGTTTGTGATAG  400

seq1  GAATGGCCCAGTTTTTGGAAGAGGGACCTGCTGGTTTACCTGCACAGGTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGGCCCAGTTTTTGGAAGAGGGACCTGCTGGTTTACCTGCACAGGTA  450

seq1  AACATGGCTGTCTGTTAGCACTGGACGGTAGGTCCAGTTAGGAATATGAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATGGCTGTCTGTTAGCACTGGACGGTAGGTCCAGTTAGGAATATGAG  500

seq1  CATCTCTCCCGAAGAGAAGAGAAGCTAGATTCCACAATTTCACTTTTCAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTCTCCCGAAGAGAAGAGAAGCTAGATTCCACAATTTCACTTTTCAG  550

seq1  ACTATAACAGAGCAAAACTTACTTGCTTCGCAACAGGAGACTAGAACTCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATAACAGAGCAAAACTTACTTGCTTCGCAACAGGAGACTAGAACTCC  600

seq1  CAAGGTAAAGTCAGACTGTGCCAGCAATCAGGCTCACCAGATGATAGACC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGTAAAGTCAGACTGTGCCAGCAATCAGGCTCACCAGATGATAGACC  650

seq1  TATCAGTGCTAGCAATCTGATCATTCCAGCATTAGGCTTGTAAAATGAGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCAGTGCTAGCAATCTGATCATTCCAGCATTAGGCTTGTAAAATGAGA  700

seq1  TCTGTCAGTAGCAAAGATTTCAGACTCGTTATGGCAGCCATCTTCTCAAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTCAGTAGCAAAGATTTCAGACTCGTTATGGCAGCCATCTTCTCAAA  750

seq1  GGCAGGAGAAAAGCCCGTGTTTTTTTTCTATGCATGCTTTTCTAATCAGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGGAGAAAAGCCCGTGTTTTTTTTCTATGCATGCTTTTCTAATCAGT  800

seq1  GCAAATTCCCACAACATTTATTTGAGCTCAGAGACGCTCATTAACTGGCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAATTCCCACAACATTTATTTGAGCTCAGAGACGCTCATTAACTGGCA  850

seq1  TCTGACAAGTTTCTTATTGAGAGCTGATGGATTTGCCCTTTGTTTACAGT  900
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  TCTGACAAGTTTCTTATTGAGAGCTGATGGATTTGCCCTTTG-TTACAGT  899

seq1  TCAGAATGATAGAACTGTGGCCAGAAGCTCTTTATTTTACAAATGACTCT  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||
seq2  TCAGAATGATAGAACTGTGGCCAGAAGCTCTTTATTTACAAAATGACTCT  949

seq1  GAA-CACTGCATACCTTAGTACTTTCTACCCTACATGTTTCTTCCATCAA  999
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACCACTGCATACCTTAGTACTTTCTACCCTACATGTTTCTTCCATCAA  999

seq1  TAAGATACTATAACTATTACATTTTAAGGGAAACTATGAGCCCATCTCAT  1049
      ||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGATACTATACTTATTACA-TTTAAGGGAAACTATGAGCCCATCTCAT  1048

seq1  TTTCCTACT-GGTGACTTAGCAAGAATCTTTCCAATTTCTCTAAACTATA  1098
      ||||||||| ||||||||||| ||||||||| | |||||||| |||||||
seq2  TTTCCTACTGGGTGACTTAGCCAGAATCTTTTC-ATTTCTCTTAACTATA  1097

seq1  GCATTGGAAAGCTTGGCAAACTCCAATTTCTGACTCAGTGGTTCTCAACC  1148
      |||||||||||| |||  |||| | ||||||||||||| ||||||||| |
seq2  GCATTGGAAAGCCTGGGCAACTTCGATTTCTGACTCAG-GGTTCTCAA-C  1145

seq1  TTCCTAGTGCTGCAGCCCTTTAATTCAGTT  1178
      ||||||||||||||| | ||||||||||||
seq2  TTCCTAGTGCTGCAG-CTTTTAATTCAGTT  1174

seq1: chr1_53601416_53602621
seq2: B6Ng01-106I20.g_66_1251 (reverse)

seq1  TTTCGGTCTATACTTACACAAATGCACAGCACCTAACAATCTAAACAAAC  50
      ||||||||||| ||   ||||  |||||||||   |||||||||   |||
seq2  TTTCGGTCTAT-CT---ACAATGGCACAGCAC--TACAATCTAA--CAAC  42

seq1  TATTGCTCATGTTTTCACTGTATTTCATTATAGAAACTGATGTCTATCTT  100
      ||| ||||| | |||||||||| |||||   |||||||||| ||||| ||
seq2  TATGGCTCAAG-TTTCACTGTA-TTCATATAAGAAACTGATTTCTATTTT  90

seq1  C--AGAGAATCCCTTATAACATGAACACAGGCAGAACTGACTACATTCCC  148
      |  |||||||  ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||
seq2  CCAAGAGAAT--CTTATAACATGAACACAAGCAGAACTAACTACATTCCC  138

seq1  ATGGATATTTTGATACAGGATTGGTGACCAGGAATTCAGTACACTGAGAG  198
      ||||||| ||||||||| |||  |||| ||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGATA-TTTGATACAAGAT--GTGA-CAGGAATTCAGTACACTGAGAG  184

seq1  TTGTCACTGCCTGCTTATTGGGTAGTGCTTGCTTACTCAAGACCCCTGAT  248
       |||||||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||
seq2  -TGTCACTG-CTGCTTATTGGGTAGTGC-TGC-TACTCAAGACCCCTGAT  230

seq1  AGGTTAGTTCTGTAAAACTCTGAGTGAGGAATATTGTGAATTGGAGTGGA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  AGGTTAGTTCTGTAAAACTCTGAGTGAGGAATA-TGTGAATTGGAGTGGA  279

seq1  TGCACAGAGCACCATGGTACCTGCTGGCTACCTGCTGACTGCCTGTTCAC  348
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  TGCACAGAGCACCATGGTACCTGCTGGCTA-CTGCTGACTGCCTGTTCAC  328

seq1  ATGCCAAGCAATCAACAAGCTCCAGAGAGAAGGTGGAGAGGGTTAATTCA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCAAGCAATCAACAAGCTCCAGAGAGAAGGTGGAGAGGGTTAATTCA  378

seq1  GTCAAGGAAACAGTACATAAGAAATCTTAAACATGTCTGTTGCATGTCCA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAAGGAAACAGTACATAAGAAATCTTAAACATGTCTGTTGCATGTCCA  428

seq1  GTATTTACTAAAAATCTGATGGAACTTGGAACTTGTTGCTTATGCCTATA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTTACTAAAAATCTGATGGAACTTGGAACTTGTTGCTTATGCCTATA  478

seq1  TCAACATTCACATCATTAGTGCCTCCCAAATCTAACCTTAGAACTATTTC  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAACATTCACATCATTAGTGCCTCCCAAATCTAACCTTAGAACTATTTC  528

seq1  TCCCAAACTCAACTTACTCAATATGTCATTCAAAAGTTCCCTGACCATTT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCAAACTCAACTTACTCAATATGTCATTCAAAAGTTCCCTGACCATTT  578

seq1  GGTTTGTTTATTTGGCTGTTTCCTAGAATTCTCTCTTGTCTTACAAAAAC  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTGTTTATTTGGCTGTTTCCTAGAATTCTCTCTTGTCTTACAAAAAC  628

seq1  ATATCTACCAATAAGGAGAGAGAGAGAGATTCCTGTTCTTTATTAAGCAG  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCTACCAATAAGGAGAGAGAGAGAGATTCCTGTTCTTTATTAAGCAG  678

seq1  CCACAAGTGTTTGGCTGTCAGCACATCTCTAACTCTCCAGAGCTCCCAGA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACAAGTGTTTGGCTGTCAGCACATCTCTAACTCTCCAGAGCTCCCAGA  728

seq1  GGTCAAAATTAGCCCTGCTCATATAGTCTTTGTTTTTGATCAATGTAACA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCAAAATTAGCCCTGCTCATATAGTCTTTGTTTTTGATCAATGTAACA  778

seq1  TAAAATGAATTTTGAAGTATCAAACTTCATGTTTATTATTTGAGAGTCTA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATGAATTTTGAAGTATCAAACTTCATGTTTATTATTTGAGAGTCTA  828

seq1  TTATTTGTAAGCAAATGCTTAAATTGTCTCTTGGTAGAACAAAAACAAAC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTGTAAGCAAATGCTTAAATTGTCTCTTGGTAGAACAAAAACAAAC  878

seq1  TTGAAAATATTCAAGCCAAAGCATTCAACAATCTAAATTAGCTTGTAACA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAAATATTCAAGCCAAAGCATTCAACAATCTAAATTAGCTTGTAACA  928

seq1  AAGAGTGATAGAATTCATTTTCAGGATTCATTTGCAGCCTAACTTTTATA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGTGATAGAATTCATTTTCAGGATTCATTTGCAGCCTAACTTTTATA  978

seq1  GCTCAATTCCAGTCAAGATTCCAGCTCTGATTTGTACTAGGACAATGTAT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCAATTCCAGTCAAGATTCCAGCTCTGATTTGTACTAGGACAATGTAT  1028

seq1  TATCTCTCCCATTATCTGGCCACAGACTAATCCTGACATGACAGGGTATA  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTCTCCCATTATCTGGCCACAGACTAATCCTGACATGACAGGGTATA  1078

seq1  TAAATTGTTGCTTCCAGGCACTTGCGTTTATTGTAAAAATGAGGGGTGGG  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATTGTTGCTTCCAGGCACTTGCGTTTATTGTAAAAATGAGGGGTGGG  1128

seq1  GCTTGAAGTTATGTTAGGCAAATATGAAATAGAATATAGCCACCACATAT  1198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGAAGTTATGTTAGGCAAATATGAAATAGAATATAGCCACCACATAT  1178

seq1  CAGAATTC  1206
      ||||||||
seq2  CAGAATTC  1186