BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-110A24
Chromosome1 (Build37)
Map Location 93,406,005 - 93,528,036
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTraf3ip1, Asb1
Upstream geneCops8, Col6a3, Mlph, Prlh, Rab17, Lrrfip1, Gm817, LOC665766, Ramp1, Ube2f, LOC665783, Scly, Espnl, Klhl30, BC056923, Ilkap, 1700020N18Rik, Hes6, Per2
Downstream geneTwist2, Hdac4, LOC100040419, LOC665883, Ndufa10, Olfr1416, Olfr1415, Olfr1414, Olfr1413, Olfr1412, Olfr1411, Olfr1410, Olfr12
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-110A24.bB6Ng01-110A24.g
ACCDH916794DH916795
length1,105706
definitionDH916794|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-110A24, 5' end.DH916795|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-110A24, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(93,406,005 - 93,407,110)(93,527,335 - 93,528,036)
sequence
gaattcatcctcaggggcttggaagaactatgactataagattcagtgag
ctggtggcagctcagtggactttatcttcccagtctcatcgccagccact
ggctcaccagaggcccttcagccaggctggcaccataccagacattttgc
ctttcttgagtgggtcagcatttgagcaaatgtcctgattccaaggtacc
caagacacagggtgtgggtgtttggttcacaccatgagtcttgcgaccac
tctaaagaacaagggattctggcacaagtgtttggcatgaatagacccct
aggcccttctggaatccctatgacacttagaagattacaagacaatatta
tacttatgaacttggtagcagttcactgtgtcagaacttactgagttcat
cttagttcacttgtttggtaagtgcagcatttgtaagtttaacacttatt
tccattgtgcaatttcatgtcaggaagaagggactctagagccagtgaca
ataaccctttccctgaaaaggaacataaggcttcctaccgtaaagctaag
aaggaccatagcatgaagcagcttggtaagatctcatgagcagtagtgag
gctggggagtgtgtctgagaatggaactaactagtcattgtctggccctt
tgctctgggtgatctctagtatggagggtggccactcagggcttgcccct
tcatgacctcaggcctcagccccagagtgtctccccaagctacagtagat
ggggcaagactgtgggcttttgtcagggctaccccagtgagctgcaagtc
ctgctctaagttagctatggactgagattgtccatttcaaccttcctctc
attcctgggcagaactcaaagtataaagagactgctggagtgtaagcctt
ggtgttcatggtaattcttttgaaaggaaaataaatccaagagaagcggg
atgagagactcaggcaccacagcctcactgagccaggcatctaatcagct
gcctaaggagaaagagccccgaggagagagtatgagtggctgcaggcctg
ccttgtatttgtgcaagaagtcccactggagactaaatggaaaaagggac
gttgt
gaattcttcgagcagccagctgtagaccgagcatccctggagaggtccca
gggacctgtgaagtacagtggcccagaaaccagctgcagtggtgagtggt
ttcctggcccttggcacttaagaaagcagaaccatcctgcagtcagttcc
tagagctcataacaggccactgcctgccagcaagtggatctcacccagca
accgctggaaaacaggtgcggcagagcaggtggcgaagagggactccata
ctctcagaaaccagtgccccctttagggtagggagctttggagtcccaca
tcaaagtagtgagaagctcaaggctagaaaggggatcctactgaaggaga
ggagtgccctggcaggcatgtgggaggatctgcctcactaggatcaaaca
catattgcctgggcctcatggtcaggaacacccaggttggcctcacaggc
cacgtgcaggtaagaggtaccaggaaatggctggggacacaccaccacta
ccaccgcaaaaggtccccactctcagcagcttggacattacaaaagaaac
gtcaggaaagagaacctgggcctcagaatgagctagaaaaggctcctgtc
tcacagcctgtcccaggctgtgcacagcagagccttgctacaactccatg
agaactgtggcagacagcttcagggagctgctcagctgggagggggaggg
gagggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_93406005_93407110
seq2: B6Ng01-110A24.b_41_1145

seq1  GAATTCATCCTCAGGGGCTTGGAAGAACTATGACTATAAGATTCAGTGAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATCCTCAGGGGCTTGGAAGAACTATGACTATAAGATTCAGTGAG  50

seq1  CTGGTGGCAGCTCAGTGGACTTTATCTTCCCAGTCTCATCGCCAGCCACT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTGGCAGCTCAGTGGACTTTATCTTCCCAGTCTCATCGCCAGCCACT  100

seq1  GGCTCACCAGAGGCCCTTCAGCCAGGCTGGCACCATACCAGACATTTTGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCACCAGAGGCCCTTCAGCCAGGCTGGCACCATACCAGACATTTTGC  150

seq1  CTTTCTTGAGTGGGTCAGCATTTGAGCAAATGTCCTGATTCCAAGGTACC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCTTGAGTGGGTCAGCATTTGAGCAAATGTCCTGATTCCAAGGTACC  200

seq1  CAAGACACAGGGTGTGGGTGTTTGGTTCACACCATGAGTCTTGCGACCAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGACACAGGGTGTGGGTGTTTGGTTCACACCATGAGTCTTGCGACCAC  250

seq1  TCTAAAGAACAAGGGATTCTGGCACAAGTGTTTGGCATGAATAGACCCCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAAAGAACAAGGGATTCTGGCACAAGTGTTTGGCATGAATAGACCCCT  300

seq1  AGGCCCTTCTGGAATCCCTATGACACTTAGAAGATTACAAGACAATATTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCCTTCTGGAATCCCTATGACACTTAGAAGATTACAAGACAATATTA  350

seq1  TACTTATGAACTTGGTAGCAGTTCACTGTGTCAGAACTTACTGAGTTCAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTATGAACTTGGTAGCAGTTCACTGTGTCAGAACTTACTGAGTTCAT  400

seq1  CTTAGTTCACTTGTTTGGTAAGTGCAGCATTTGTAAGTTTAACACTTATT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGTTCACTTGTTTGGTAAGTGCAGCATTTGTAAGTTTAACACTTATT  450

seq1  TCCATTGTGCAATTTCATGTCAGGAAGAAGGGACTCTAGAGCCAGTGACA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATTGTGCAATTTCATGTCAGGAAGAAGGGACTCTAGAGCCAGTGACA  500

seq1  ATAACCCTTTCCCTGAAAAGGAACATAAGGCTTCCTACCGTAAAGCTAAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAACCCTTTCCCTGAAAAGGAACATAAGGCTTCCTACCGTAAAGCTAAG  550

seq1  AAGGACCATAGCATGAAGCAGCTTGGTAAGATCTCATGAGCAGTAGTGAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGACCATAGCATGAAGCAGCTTGGTAAGATCTCATGAGCAGTAGTGAG  600

seq1  GCTGGGGAGTGTGTCTGAGAATGGAACTAACTAGTCATTGTCTGGCCCTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGGGAGTGTGTCTGAGAATGGAACTAACTAGTCATTGTCTGGCCCTT  650

seq1  TGCTCTGGGTGATCTCTAGTATGGAGGGTGGCCACTCAGGGCTTGCCCCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCTGGGTGATCTCTAGTATGGAGGGTGGCCACTCAGGGCTTGCCCCT  700

seq1  TCATGACCTCAGG-CTCAGCCCCAGAGTGTCTCCCCAAGCTACAGTAGAT  749
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGACCTCAGGCCTCAGCCCCAGAGTGTCTCCCCAAGCTACAGTAGAT  750

seq1  GGGGCAAGACTGTGGGCTTTTGTCAGGGCTACCCCAGTGAGCTGCCAGGT  799
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||
seq2  GGGGCAAGACTGTGGGCTTTTGTCAGGGCTACCCCAGTGAGCTG-CAAGT  799

seq1  CCTGCTCTAAGTTAGCTATGGACTGAGATTGTCCATTTCAACCTTCCTCT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCTCTAAGTTAGCTATGGACTGAGATTGTCCATTTCAACCTTCCTCT  849

seq1  CATTCCTGGGCAGAACTCAAAGTATAAAGAGACTGCTGGAGTGTAAGCCT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCCTGGGCAGAACTCAAAGTATAAAGAGACTGCTGGAGTGTAAGCCT  899

seq1  --GTGTTCATGGTAATTCTTTTG-AAGGAAAATAAATCCAAGAGAAGCGG  946
        ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGTTCATGGTAATTCTTTTGAAAGGAAAATAAATCCAAGAGAAGCGG  949

seq1  GAATGAGAGACTCAGGCAACCACAGCCTCACTGAGCCAGGCATCTAATCA  996
      | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  G-ATGAGAGACTCAGGC-ACCACAGCCTCACTGAGCCAGGCATCTAATCA  997

seq1  GCTGCCTAGGGAGAAAGAGGCCCCGAGGAGAGAGTATGAGTGGCTGCAGG  1046
      |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCCTAAGGAGAAAGA-GCCCCGAGGAGAGAGTATGAGTGGCTGCAGG  1046

seq1  CTTGCC-TGTATTTGTGGCAGAAGTCCCACTGTAGACTAGAGTGGAGAAA  1095
      | |||| ||||||||||  ||||||||||||| |||||| | |||| |||
seq2  CCTGCCTTGTATTTGTGCAAGAAGTCCCACTGGAGACTA-AATGGAAAAA  1095

seq1  GGGACAGTTGT  1106
      ||||| |||||
seq2  GGGAC-GTTGT  1105

seq1: chr1_93527335_93528036
seq2: B6Ng01-110A24.g_66_771 (reverse)

seq1  CCCCT-CCCTCCCCCT-CCAGCTGAGCAGCTCCCTG-AGCTGTCTGCCAC  47
      ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  CCCCTCCCCTCCCCCTCCCAGCTGAGCAGCTCCCTGAAGCTGTCTGCCAC  50

seq1  AGTTCTCATGGAGTTGTAGCAAGGCTCTGCTGTGCACAGCCTGGGACAGG  97
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCTCATGGAGTTGTAGCAAGGCTCTGCTGTGCACAGCCTGGGACAGG  100

seq1  CTGTGAGACAGGAGCC-TTTCTAGCTCATTCTGAGGCCCAGGTTCTCTTT  146
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGAGACAGGAGCCTTTTCTAGCTCATTCTGAGGCCCAGGTTCTCTTT  150

seq1  CCTGACGTTTCTTTTGTAATGTCCAAGCTGCTGAGAGTGGGGACCTTTTG  196
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGACGTTTCTTTTGTAATGTCCAAGCTGCTGAGAGTGGGGACCTTTTG  200

seq1  CGGTGGTAGTGGTGGTGTGTCCCCAGCCATTTCCTGGTACCTCTTACCTG  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGTGGTAGTGGTGGTGTGTCCCCAGCCATTTCCTGGTACCTCTTACCTG  250

seq1  CACGTGGCCTGTGAGGCCAACCTGGGTGTTCCTGACCATGAGGCCCAGGC  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACGTGGCCTGTGAGGCCAACCTGGGTGTTCCTGACCATGAGGCCCAGGC  300

seq1  AATATGTGTTTGATCCTAGTGAGGCAGATCCTCCCACATGCCTGCCAGGG  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATGTGTTTGATCCTAGTGAGGCAGATCCTCCCACATGCCTGCCAGGG  350

seq1  CACTCCTCTCCTTCAGTAGGATCCCCTTTCTAGCCTTGAGCTTCTCACTA  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCCTCTCCTTCAGTAGGATCCCCTTTCTAGCCTTGAGCTTCTCACTA  400

seq1  CTTTGATGTGGGACTCCAAAGCTCCCTACCCTAAAGGGGGCACTGGTTTC  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGATGTGGGACTCCAAAGCTCCCTACCCTAAAGGGGGCACTGGTTTC  450

seq1  TGAGAGTATGGAGTCCCTCTTCGCCACCTGCTCTGCCGCACCTGTTTTCC  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAGTATGGAGTCCCTCTTCGCCACCTGCTCTGCCGCACCTGTTTTCC  500

seq1  AGCGGTTGCTGGGTGAGATCCACTTGCTGGCAGGCAGTGGCCTGTTATGA  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCGGTTGCTGGGTGAGATCCACTTGCTGGCAGGCAGTGGCCTGTTATGA  550

seq1  GCTCTAGGAACTGACTGCAGGATGGTTCTGCTTTCTTAAGTGCCAAGGGC  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTAGGAACTGACTGCAGGATGGTTCTGCTTTCTTAAGTGCCAAGGGC  600

seq1  CAGGAAACCACTCACCACTGCAGCTGGTTTCTGGGCCACTGTACTTCACA  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAAACCACTCACCACTGCAGCTGGTTTCTGGGCCACTGTACTTCACA  650

seq1  GGTCCCTGGGACCTCTCCAGGGATGCTCGGTCTACAGCTGGCTGCTCGAA  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCCCTGGGACCTCTCCAGGGATGCTCGGTCTACAGCTGGCTGCTCGAA  700

seq1  GAATTC  702
      ||||||
seq2  GAATTC  706