BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-111L10
Chromosome1 (Build37)
Map Location 82,210,750 - 82,342,998
singlet/doubletdoublet
Overlap geneIrs1, Rhbdd1
Upstream gene9430031J16Rik, EG621020, LOC433328, EG665145
Downstream geneCol4a4, Col4a3, 5230400G24Rik, Tm4sf20, LOC100039491, Hrb, A030005L19Rik, A030014E15Rik, EG621362, A030003K21Rik, LOC665225, LOC100039524, EG665236, LOC665246, Slc19a3, LOC665196, LOC621495, A030005K14Rik, 5530401N06Rik, EG665272, Ccl20, LOC100039575, 4930563E19Rik, EG621614, 4930544G21Rik, EG622958
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-111L10.bB6Ng01-111L10.g
ACCDH917986DH917987
length1,1471,096
definitionDH917986|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-111L10, 5' end.DH917987|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-111L10, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(82,210,750 - 82,211,909)(82,341,902 - 82,342,998)
sequence
gaattcagtccacaggagtcacaggtgagaaagaacttaaccattaagta
tttgctgcaatcctcaacttgagaagaaaatacctttgcagcctgtcaag
ctattgatttggtgagattcctgttgcaaggtcttccttcctcttcctct
ttcacctctgaggggggaaaaaagtgtttgacttgctgcaaggcagagta
gagaaagactccctctgtacaaagaattcctggcctgaagcttggagatc
caggtgggtctgagtgtttgcccaaggcttccttcccgattgcttaacat
cttgcccgcctttctgttgaccatcattgtcctggctttctcttgatggt
tctaagttaaatgccagaagtcacaggacacaaggacctgttgaagaagt
cttccccaaatgacccacagtatccaatgggagaccacaagcaagctact
tattttcctaaatacaagctgaaacttcatgaaatggggactcagatgcc
tctactaaggcccttctattgcttttctggactcagcaaaaccaacacag
agggaaggggagtaactagatgtaaaggccccacctgcttgtcgctgctg
tagagcagtggtggtctctggaactaagagagtttcccagctgactcttt
ttctcgtccatgcttctgtgatggggaatctttaagacctacttggtggc
acaagatgaggtttctggaatggagcctcctgtatcagtagcttctgttc
tagaaggaccttatccaggtttacttagacctgcacatggcacttggcca
ctctgctgacttctggggggaaacacagtcccctgaggatattagacata
gcatacagggggaaatggcccacatgcccaacctgtggagaagtaaggtc
ttcccgtaaggcttcccacaatatcctcctgatagggcaccctgtaactt
ctagcttgtggttaatggtcagtttcatacattcagcaaacacccataat
attaacaaatctaagtgcatgagtatttattataccgtgataccaatgga
atgtttagctcagcatttagacttagctattgtggtggaaagggagggaa
attttcttcaatgggtgggaactgggtagtgtcatgctccaacaaac
gaattctattgaataatgtgtcaaaaaaatctattagtaaaaaagataag
agaattcacctctacctcttggagattgagtggcctaattattaaagaac
agatgggacaggagatactacatatagtcacgcccccaaccttattcttc
atcccagaggagaagatagaacaatgtactatatagctagaaccctgtgt
gttgactggcacttcagataaaatctgtcctaactgaactcaccttcctc
tctcccccccccccccccagagaacaaagggcaggcataagggacaatga
caagagataagtggatgagggaaaagggaaaaggtatttgtctctggata
gagagaaaacagcatggcccacagacaaatggtggttaataaaagggaaa
ccccgtgttaggatgaggtgtttaattttaactgggcatgttaattagag
gagccaaaaggggcttttgattgttggactttaatactttcacagctgga
cctaggtagttagtctcaggaggaagaactggccaaataaaggaatagtc
cttgggaactagctttaggaatggaatctaatggtttttagcaaggcaga
gggaatgggggagaagggcaaggcctgccacagccatgttttgcaagccg
gctagagccccttcagcaatttcagtgttattctaattttacattctcct
gtctctgtggcctctcttggaaaatgtttctatggcctgggttctgcatc
cctggattttatttcatagatgctaagaaacctcacagaggaactagtgt
ttgaaaagaacatacttcggggaacaatgacggctttatctcaaggatgt
gcacagagccttgctatgttcatgatttaggatttctatttcctttccaa
aggaaacacaccctcagtggtcagtattcctaatactgaatacataccac
ttcttctgcatacacatactctctcccctctattaacatacagctcccct
ctataatcatatgcccttcccactggcataacatacacttctcctctggc
agggtagttatgcttaattggttggagtgaaacatcatgaatataa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_82210750_82211909
seq2: B6Ng01-111L10.b_44_1190

seq1  GAATTCAGTCCACAGGAGTCACAGGTGAGAAAGAACTTAACCATTAAGTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTCCACAGGAGTCACAGGTGAGAAAGAACTTAACCATTAAGTA  50

seq1  TTTGCTGCAATCCTCAACTTGAGAAGAAAATACCTTTGCAGCCTGTCAAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCTGCAATCCTCAACTTGAGAAGAAAATACCTTTGCAGCCTGTCAAG  100

seq1  CTATTGATTTGGTGAGATTCCTGTTGCAAGGTCTTCCTTCCTCTTCCTCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTGATTTGGTGAGATTCCTGTTGCAAGGTCTTCCTTCCTCTTCCTCT  150

seq1  TTCACCTCTGAGGGGGGAAAAAAGTGTTTGACTTGCTGCAAGGCAGAGTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACCTCTGAGGGGGGAAAAAAGTGTTTGACTTGCTGCAAGGCAGAGTA  200

seq1  GAGAAAGACTCCCTCTGTACAAAGAATTCCTGGCCTGAAGCTTGGAGATC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAAGACTCCCTCTGTACAAAGAATTCCTGGCCTGAAGCTTGGAGATC  250

seq1  CAGGTGGGTCTGAGTGTTTGCCCAAGGCTTCCTTCCCGATTGCTTAACAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTGGGTCTGAGTGTTTGCCCAAGGCTTCCTTCCCGATTGCTTAACAT  300

seq1  CTTGCCCGCCTTTCTGTTGACCATCATTGTCCTGGCTTTCTCTTGATGGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCCCGCCTTTCTGTTGACCATCATTGTCCTGGCTTTCTCTTGATGGT  350

seq1  TCTAAGTTAAATGCCAGAAGTCACAGGACACAAGGACCTGTTGAAGAAGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAAGTTAAATGCCAGAAGTCACAGGACACAAGGACCTGTTGAAGAAGT  400

seq1  CTTCCCCAAATGACCCACAGTATCCAATGGGAGACCACAAGCAAGCTACT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCCCAAATGACCCACAGTATCCAATGGGAGACCACAAGCAAGCTACT  450

seq1  TATTTTCCTAAATACAAGCTGAAACTTCATGAAATGGGGACTCAGATGCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTCCTAAATACAAGCTGAAACTTCATGAAATGGGGACTCAGATGCC  500

seq1  TCTACTAAGGCCCTTCTATTGCTTTTCTGGACTCAGCAAAACCAACACAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTACTAAGGCCCTTCTATTGCTTTTCTGGACTCAGCAAAACCAACACAG  550

seq1  AGGGAAGGGGAGTAACTAGATGTAAAGGCCCCACCTGCTTGTCGCTGCTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAAGGGGAGTAACTAGATGTAAAGGCCCCACCTGCTTGTCGCTGCTG  600

seq1  TAGAGCAGTGGTGGTCTCTGGAACTAAGAGAGTTTCCCAGCTGACTCTTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGCAGTGGTGGTCTCTGGAACTAAGAGAGTTTCCCAGCTGACTCTTT  650

seq1  TTCTCGTCCATGCTTCTGTGATGGGGAATCTTTAAGACCTACTTGGTGGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCGTCCATGCTTCTGTGATGGGGAATCTTTAAGACCTACTTGGTGGC  700

seq1  ACAAGATGAGGTTTCTGGAATGGAGCCTCCTGTATCAGGTAGCTTCTGTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  ACAAGATGAGGTTTCTGGAATGGAGCCTCCTGTATCA-GTAGCTTCTGTT  749

seq1  CTAGAAGGACCTTATCCAGGTTTACTTAGACCTGCACATGGCACTTGGCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGAAGGACCTTATCCAGGTTTACTTAGACCTGCACATGGCACTTGGCC  799

seq1  ACTCTGCTGACTTCTGGGGGGAAACACAGTCCCCTGAGGATATTAGACAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTGCTGACTTCTGGGGGGAAACACAGTCCCCTGAGGATATTAGACAT  849

seq1  AGCATACAGGGGGAAATGGCCCACATGCCCAACCTGTGGAGAAGTAAGGT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATACAGGGGGAAATGGCCCACATGCCCAACCTGTGGAGAAGTAAGGT  899

seq1  CTTCCGGTAAGGCTTCCCACAATATCCTCCTGATAGGTCACCCTGTAACT  950
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  CTTCCCGTAAGGCTTCCCACAATATCCTCCTGATAGGGCACCCTGTAACT  949

seq1  TCTAGCTTGTGTTTAATGGTCAGTTTCATACATTCAAGCAAAACACCCAT  1000
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||
seq2  TCTAGCTTGTGGTTAATGGTCAGTTTCATACATTC-AGC-AAACACCCAT  997

seq1  ACATATAAACAAATCTAAAGTGGCATGAGTATTTATTATACCGTGATACC  1050
      | |||| ||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  A-ATATTAACAAATCT-AAGT-GCATGAGTATTTATTATACCGTGATACC  1044

seq1  ACATGAAAATGTTTAGCTCAGCAATTTAGACTTAGCTAATTGTTGGTGGA  1100
      | |||  ||||||||||||||| |||||||||||||| |||| |||||||
seq2  A-ATG-GAATGTTTAGCTCAGC-ATTTAGACTTAGCT-ATTG-TGGTGGA  1089

seq1  AAGGGAGGGACATTTTCTTCAATGTGTGGACACTGGTAAGTTGTCCTTGC  1150
      |||||||||| ||||||||||||| ||||  |||||  || ||| | |||
seq2  AAGGGAGGGAAATTTTCTTCAATGGGTGGGAACTGGGTAG-TGT-CATGC  1137

seq1  TCCAACAAAC  1160
      ||||||||||
seq2  TCCAACAAAC  1147

seq1: chr1_82341902_82342998
seq2: B6Ng01-111L10.g_69_1164 (reverse)

seq1  TTATAGTCATGATGTTTCA-TCAAAACAATATAAACCATAACTACACTGA  49
      ||||| ||||||||||||| || || ||  || || ||||||||| ||| 
seq2  TTATATTCATGATGTTTCACTCCAACCA--ATTAAGCATAACTACCCTGC  48

seq1  CAGAGGAGAAGGTGTATGTATATG-CAG-GGGAA-GGCATATGTATATGA  96
      |||||||||| |||||||| |||| ||| ||||| ||||||||  |||  
seq2  CAGAGGAGAA-GTGTATGT-TATGCCAGTGGGAAGGGCATATGATTATAG  96

seq1  AGGGGAGCTGTATGTATATAGAGGGG-GAGAGTATGTGTATGAAGGAGAA  145
      |||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||| || ||||
seq2  AGGGGAGCTGTATGTTAATAGAGGGGAGAGAGTATGTGTATGCAGAAGAA  146

seq1  GGTGTATGTATTCAGTATTAGGAAATACTGCACACTGAGGTGTG-GTTTC  194
      |  ||||||||||||||||||| |||||||  |||||||| ||| |||||
seq2  GTGGTATGTATTCAGTATTAGG-AATACTGACCACTGAGG-GTGTGTTTC  194

seq1  CTTTGGAAAGGAAATAGAAATACCTAAATCATGAAACATAGCAAGACTCT  244
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||
seq2  CTTTGGAAAGGAAATAGAAAT-CCTAAATCATG-AACATAGCAAGGCTCT  242

seq1  GTGGCACATCCTTGGAGATAAAGCCGTCATTGTTCCCCGAAGTATGTTC-  293
      || |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  GT-GCACATCCTT-GAGATAAAGCCGTCATTGTTCCCCGAAGTATGTTCT  290

seq1  TTTCAAACACTAGTTCCTCTGTGAGGTTTCTTAGCATCTATGAAATAAAA  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAAACACTAGTTCCTCTGTGAGGTTTCTTAGCATCTATGAAATAAAA  340

seq1  TCCAGGGATGCAGAACCCAGGCCATAG-AACATTTTCCAAGAGAGGCCAC  392
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGGGATGCAGAACCCAGGCCATAGAAACATTTTCCAAGAGAGGCCAC  390

seq1  AGAGACAGGAGAATGTAAAATTAGAATAACACTGAAATTGCTGAAGGGGC  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGACAGGAGAATGTAAAATTAGAATAACACTGAAATTGCTGAAGGGGC  440

seq1  TCTAGCCGGCTTGC-AAACATGGCTGTGGCAGGCCTTGCCCTTCTCCCCC  491
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGCCGGCTTGCAAAACATGGCTGTGGCAGGCCTTGCCCTTCTCCCCC  490

seq1  ATTCCCTCTGCCTTGCTAAAAACCATTAGATTCCATTCCTAAAGCTAGTT  541
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCCTCTGCCTTGCTAAAAACCATTAGATTCCATTCCTAAAGCTAGTT  540

seq1  CCCAAGGACTATTCCTTTATTTGGCCAGTTCTTCCTCCTGAGACTAACTA  591
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAAGGACTATTCCTTTATTTGGCCAGTTCTTCCTCCTGAGACTAACTA  590

seq1  CCTAGGTCCAGCTGTGAAAGTATTAAAGTCCAACAATCAAAAGCCCCTTT  641
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGGTCCAGCTGTGAAAGTATTAAAGTCCAACAATCAAAAGCCCCTTT  640

seq1  TGGCTCCTCTAATTAACATGCCCAGTTAAAATTAAACACCTCATCCTAAC  691
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTCCTCTAATTAACATGCCCAGTTAAAATTAAACACCTCATCCTAAC  690

seq1  ACGGGGTTTCCCTTTTATTAACCACCATTTGTCTGTGGGCCATGCTGTTT  741
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGGGGTTTCCCTTTTATTAACCACCATTTGTCTGTGGGCCATGCTGTTT  740

seq1  TCTCTCTATCCAGAGACAAATACCTTTTCCCTTTTCCCTCATCCACTTAT  791
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTCTATCCAGAGACAAATACCTTTTCCCTTTTCCCTCATCCACTTAT  790

seq1  CTCTTGTCATTGTCCCTTATGCCTGCCCTTTGTTCTCTGGGGGGGGGGGG  841
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTGTCATTGTCCCTTATGCCTGCCCTTTGTTCTCTGGGGGGGGGGGG  840

seq1  GGGAGAGAGGAAGGTGAGTTCAGTTAGGACAGATTTTATCTGAAGTGCCA  891
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGAGAGGAAGGTGAGTTCAGTTAGGACAGATTTTATCTGAAGTGCCA  890

seq1  GTCAACACACAGGGTTCTAGCTATATAGTACATTGTTCTATCTTCTCCTC  941
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAACACACAGGGTTCTAGCTATATAGTACATTGTTCTATCTTCTCCTC  940

seq1  TGGGATGAAGAATAAGGTTGGGGGCGTGACTATATGTAGTATCTCCTGTC  991
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGATGAAGAATAAGGTTGGGGGCGTGACTATATGTAGTATCTCCTGTC  990

seq1  CCATCTGTTCTTTAATAATTAGGCCACTCAATCTCCAAGAGGTAGAGGTG  1041
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCTGTTCTTTAATAATTAGGCCACTCAATCTCCAAGAGGTAGAGGTG  1040

seq1  AATTCTCTTATCTTTTTTACTAATAGATTTTTTTGACACATTATTCAATA  1091
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCTCTTATCTTTTTTACTAATAGATTTTTTTGACACATTATTCAATA  1090

seq1  GAATTC  1097
      ||||||
seq2  GAATTC  1096