BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-115M06
Chromosome1 (Build37)
Map Location 93,087,971 - 93,282,634
singlet/doubletdoublet
Overlap geneRamp1, Ube2f, LOC665783, Scly, Espnl, Klhl30, BC056923, Ilkap
Upstream geneCxcr7, Cops8, Col6a3, Mlph, Prlh, Rab17, Lrrfip1, Gm817, LOC665766
Downstream gene1700020N18Rik, Hes6, Per2, Traf3ip1, Asb1, Twist2, Hdac4, LOC100040419
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-115M06.bB6Ng01-115M06.g
ACCDH920944DH920945
length1,0841,046
definitionDH920944|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-115M06, 5' end.DH920945|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-115M06, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(93,281,454 - 93,282,634)(93,087,971 - 93,089,017)
sequence
gaattctaatttcactgagaaattatatagcttagtttataaattttatt
tattatatgtgtataagtttttaccttcatgtatgtatatgcaccacatg
catgcttggtacccagagagatcagaagaaggctttgaattccctggaac
tggagtaatggatgctgggaactgatcctgggtcccctgcaggagcaata
agtgctcttaaccactgagccatctctccagccacagcttagtttttgaa
acaaatgttgttttgtttgttttgtgtcttaagataggtctcactctgta
ggccaggcagatcttggagctcacaatgttagcatttctcacgctccagc
ctcctgtgttctgggataacaggtgtgagctactatactggactcaacaa
ttaaaatggatgaaacttacttaaatctcttaaataccttttcccacatg
tcagtgtgactggtatctcaacaatgtgaatttcatgttcattgcttgag
atgaaacttcaaagctttaatgaagctgagtgtggtgaaattacctacgt
gtaatctcagcacacctgggcaggggcacaaggctctgtaattggaggcc
agactgggctaaatatggagcccccacctcaaaactcagtaaagcaagct
tcagtgaagaggtgtgttcattgttttagggatataattaacctttaatt
cgttcttctagtactcgggtttcatactttgctgtgtttgatggacatgg
aggaatacgagcctcgaaatttgctgcacagaatttgcaccagaacttaa
tcaggaaatttcctaaaggtgagactgagaactgaacctgtggacgtttg
acttgctgtgctgtttgcatggccgagtctgtcggactgggtgttttgct
ttggcagaacgtcgttgatgggtttggggatgttgcacagttgatagttt
acctgactagcatgcctgaggcctagattcagtctcaggactacgtttac
ttgggtatgatggttcatgaggcagatgagcagttcaaaaatcattttca
gctgcacagatagtttgaagcctggccttcttag
gaattctatatataggtatttgattgaccattttcatgtctatgctcacc
agcgaaagtggactaatagtctttttttttttttttaattttgagcaggc
ctcactatgtagcctttgttggcctggagctcacagaaatccacctgcct
ctgcctccccaggtagtcagactagaggttgaacatgtcagctggtctac
agggcaggtatgtaaaagtgtgttcttcagttcgaatgactgtgtagttt
ctgcgattggttttgttacttatttctagtttcatttcactgtggtccca
taagacactagaaaattcctgactcttttacctttgtctcttttacattt
gttaaagcatgctttgtggcctagaaggtggtctaatcttgagacagacc
cttgggctgccaagatgtacattttacctcctctactaggtaaaaggttc
cagacagagcttttcaaaaaaaaaaacaaaactggggtgccaccattagt
gtcaaacaatgaaaaccctttgttctcctaggactgtgtaggatgagctg
tagggatgtcagagccacccacacagacagaagatgccctgaagacctgg
tgtggggggaaagatggtgcagaggattgttctcagcttgccctcatgtt
ctcgggatgtccttgctctcttcacctccagttcctttgtgggagccatc
tgtcactgatgtagtgtcgtgcaaatgctgctcccaggtgcctggttact
tctgggcatcgttgtgatgtggcagggaccgtcatctgctaaggactgcc
ctagagtctcagagcctctgaggacagaggttcccctaggaaccccctgt
gggttactgctacctgagaagtcctgagcccacatctccagagcgtctgt
ggtaagcacgctcaggatggcagccggcactagcactcttgatgtcatcc
actcgtgatggcttctcctctgtgtgtgatgctatgtgtgctcagctgag
gcacatatagtagtagagagatagagaggagcgatgctgattctga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_93281454_93282634
seq2: B6Ng01-115M06.b_49_1132 (reverse)

seq1  CTAAGAAATGGTGCTTTATTTACACAGCCTCTTCTGAACCCTAAGCTCAG  50
                                                        
seq2  --------------------------------------------------  0

seq1  ACTTTCTGAACCTAAGCCTAAGACTTTCTTTTTTGGTGACAGAGACTTAT  100
                                                     || 
seq2  ----------------------------------------------CTAA  4

seq1  GTAGGCCAGGCTTCAAACTTACTGTGCAGCTGAAAATGATTTTTGAACTG  150
      | |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGCCAGGCTTCAAACTATCTGTGCAGCTGAAAATGATTTTTGAACTG  54

seq1  CTCATCTGCCTCATGAACCATCATACCC-AGTATACGTAGTCCTGAGGAC  199
      |||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| |||
seq2  CTCATCTGCCTCATGAACCATCATACCCAAGTAAACGTAGTCCTGA-GAC  103

seq1  TGAATCTAGGGCCTCAGGCATGCTAGTCAGGTAAACTATCAACTGTGCAA  249
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATCTA-GGCCTCAGGCATGCTAGTCAGGTAAACTATCAACTGTGCAA  152

seq1  CATCCCCAAACCCATCAACGACGTTCTGCCAAAGCAAAACACCCAGTCCG  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCCCAAACCCATCAACGACGTTCTGCCAAAGCAAAACACCCAGTCCG  202

seq1  ACAGACTCGGCCATGCAAACAGCACAGCAAGTCAAACGTCCACAGGTTCA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGACTCGGCCATGCAAACAGCACAGCAAGTCAAACGTCCACAGGTTCA  252

seq1  GTTCTCAGTCTCACCTTTAGGAAATTTCCTGATTAAGTTCTGGTGCAAAT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTCAGTCTCACCTTTAGGAAATTTCCTGATTAAGTTCTGGTGCAAAT  302

seq1  TCTGTGCAGCAAATTTCGAGGCTCGTATTCCTCCATGTCCATCAAACACA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTGCAGCAAATTTCGAGGCTCGTATTCCTCCATGTCCATCAAACACA  352

seq1  GCAAAGTATGAAACCCGAGTACTAGAAGAACGAATTAAAGGTTAATTATA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAAGTATGAAACCCGAGTACTAGAAGAACGAATTAAAGGTTAATTATA  402

seq1  TCCCTAAAACAATGAACACACCTCTTCACTGAAGCTTGCTTTACTGAGTT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTAAAACAATGAACACACCTCTTCACTGAAGCTTGCTTTACTGAGTT  452

seq1  TTGAGGTGGGGGCTCCATATTTAGCCCAGTCTGGCCTCCAATTACAGAGC  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGGTGGGGGCTCCATATTTAGCCCAGTCTGGCCTCCAATTACAGAGC  502

seq1  CTTGTGCCCCTGCCCAGGTGTGCTGAGATTACACGTAGGTAATTTCACCA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTGCCCCTGCCCAGGTGTGCTGAGATTACACGTAGGTAATTTCACCA  552

seq1  CACTCAGCTTCATTAAAGCTTTGAAGTTTCATCTCAAGCAATGAACATGA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCAGCTTCATTAAAGCTTTGAAGTTTCATCTCAAGCAATGAACATGA  602

seq1  AATTCACATTGTTGAGATACCAGTCACACTGACATGTGGGAAAAGGTATT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCACATTGTTGAGATACCAGTCACACTGACATGTGGGAAAAGGTATT  652

seq1  TAAGAGATTTAAGTAAGTTTCATCCATTTTAATTGTTGAGTCCAGTATAG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGAGATTTAAGTAAGTTTCATCCATTTTAATTGTTGAGTCCAGTATAG  702

seq1  TAGCTCACACCTGTTATCCCAGAACACAGGAGGCTGGAGCGTGAGAAATG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTCACACCTGTTATCCCAGAACACAGGAGGCTGGAGCGTGAGAAATG  752

seq1  CTAACATTGTGAGCTCCAAGATCTGCCTGGCCTACAGAGTGAGACCTATC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAACATTGTGAGCTCCAAGATCTGCCTGGCCTACAGAGTGAGACCTATC  802

seq1  TTAAGACACAAAACAAACAAAACAACATTTGTTTCAAAAACTAAGCTGTG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGACACAAAACAAACAAAACAACATTTGTTTCAAAAACTAAGCTGTG  852

seq1  GCTGGAGAGATGGCTCAGTGGTTAAGAGCACTTATTGCTCCTGCAGGGGA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGAGAGATGGCTCAGTGGTTAAGAGCACTTATTGCTCCTGCAGGGGA  902

seq1  CCCAGGATCAGTTCCCAGCATCCATTACTCCAGTTCCAGGGAATTCAAAG  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGGATCAGTTCCCAGCATCCATTACTCCAGTTCCAGGGAATTCAAAG  952

seq1  CCTTCTTCTGATCTCTCTGGGTACCAAGCATGCATGTGGTGCATATACAT  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCTTCTGATCTCTCTGGGTACCAAGCATGCATGTGGTGCATATACAT  1002

seq1  ACATGAAGGTAAAAACTTATACACATATAATAAATAAAATTTATAAACTA  1149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGAAGGTAAAAACTTATACACATATAATAAATAAAATTTATAAACTA  1052

seq1  AGCTATATAATTTCTCAGTGAAATTAGAATTC  1181
      ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTATATAATTTCTCAGTGAAATTAGAATTC  1084

seq1: chr1_93087971_93089017
seq2: B6Ng01-115M06.g_69_1114

seq1  GAATTCTATATATAGGTATTTGATTGACCATTTTCATGTCTATGCTCACC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTATATATAGGTATTTGATTGACCATTTTCATGTCTATGCTCACC  50

seq1  AGCGAAAGTGGACTAATAGTCTTTTTTTTTTTTTTTAATTTTGAGCAGGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCGAAAGTGGACTAATAGTCTTTTTTTTTTTTTTTAATTTTGAGCAGGC  100

seq1  CTCACTATGTAGCCTTTGTTGGCCTGGAGCTCACAGAAATCCACCTGCCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACTATGTAGCCTTTGTTGGCCTGGAGCTCACAGAAATCCACCTGCCT  150

seq1  CTGCCTCCCCAGGTAGTCAGACTAGAGGTTGAACATGTCAGCTGGTCTAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCTCCCCAGGTAGTCAGACTAGAGGTTGAACATGTCAGCTGGTCTAC  200

seq1  AGGGCAGGTATGTAAAAGTGTGTTCTTCAGTTCGAATGACTGTGTAGTTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGCAGGTATGTAAAAGTGTGTTCTTCAGTTCGAATGACTGTGTAGTTT  250

seq1  CTGCGATTGGTTTTGTTACTTATTTCTAGTTTCATTTCACTGTGGTCCCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCGATTGGTTTTGTTACTTATTTCTAGTTTCATTTCACTGTGGTCCCA  300

seq1  TAAGACACTAGAAAATTCCTGACTCTTTTACCTTTGTCTCTTTTACATTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGACACTAGAAAATTCCTGACTCTTTTACCTTTGTCTCTTTTACATTT  350

seq1  GTTAAAGCATGCTTTGTGGCCTAGAAGGTGGTCTAATCTTGAGACAGACC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAAAGCATGCTTTGTGGCCTAGAAGGTGGTCTAATCTTGAGACAGACC  400

seq1  CTTGGGCTGCCAAGATGTACATTTTACCTCCTCTACTAGGTAAAAGGTTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGGCTGCCAAGATGTACATTTTACCTCCTCTACTAGGTAAAAGGTTC  450

seq1  CAGACAGAGCTTTTCAAAAAAAAAAACAAAACTGGGGTGCCACCATTAGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACAGAGCTTTTCAAAAAAAAAAACAAAACTGGGGTGCCACCATTAGT  500

seq1  GTCAAACAATGAAAACCCTTTGTTCTCCTAGGACTGTGTAGGATGAGCTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAAACAATGAAAACCCTTTGTTCTCCTAGGACTGTGTAGGATGAGCTG  550

seq1  TAGGGATGTCAGAGCCACCCACACAGACAGAAGATGCCCTGAAGACCTGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGGATGTCAGAGCCACCCACACAGACAGAAGATGCCCTGAAGACCTGG  600

seq1  TGTGGGGGGAAAGATGGTGCAGAGGATTGTTCTCAGCTTGCCCTCATGTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGGGGGAAAGATGGTGCAGAGGATTGTTCTCAGCTTGCCCTCATGTT  650

seq1  CTCGGGATGTCCTTGCTCTCTTCACCTCCAGTTCCTTTGTGGGAGCCATC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCGGGATGTCCTTGCTCTCTTCACCTCCAGTTCCTTTGTGGGAGCCATC  700

seq1  TGTCACTGATGTAGTGTCGTGCAAATGCTGCTCCCAGGTGCCTGGTTACT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCACTGATGTAGTGTCGTGCAAATGCTGCTCCCAGGTGCCTGGTTACT  750

seq1  TCTGGGCATCGTTGTGATGTGGCAGGGACCGTCATCTGCT-AGGACTGCC  799
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  TCTGGGCATCGTTGTGATGTGGCAGGGACCGTCATCTGCTAAGGACTGCC  800

seq1  CTAGAGTCTCAGAGCCTCTGAGGACAGAGGTTCCCCTAGGAACCCCCTGT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGAGTCTCAGAGCCTCTGAGGACAGAGGTTCCCCTAGGAACCCCCTGT  850

seq1  GGGTTACTGCTACCTGAGAAGTCCTGAGCCCACATCTCCAGAGCGTCTGT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTACTGCTACCTGAGAAGTCCTGAGCCCACATCTCCAGAGCGTCTGT  900

seq1  GGTAAGCACGCTCAGGATGGCAGCCGGCACTAGCACTC-TGATGTCATCC  948
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  GGTAAGCACGCTCAGGATGGCAGCCGGCACTAGCACTCTTGATGTCATCC  950

seq1  ACTCGTGATGGCTTCT-CTCTGTGTGTGATGCTATGTGTGCTCAGCTGAG  997
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCGTGATGGCTTCTCCTCTGTGTGTGATGCTATGTGTGCTCAGCTGAG  1000

seq1  GCACATATAGTAGTAGAGAGAAGGAGCAGAGGAGCGATGCTGAATTCTGA  1047
      |||||||||||||||||||||  |   ||||||||||||||| |||||||
seq2  GCACATATAGTAGTAGAGAGATAG---AGAGGAGCGATGCTG-ATTCTGA  1046