BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-118M09
Chromosome1 (Build37)
Map Location 63,920,624 - 64,039,020
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC671842, OTTMUSG00000013918
Upstream geneA430093A21Rik, Ndufs1, Eef1b2, Gpr1, 1700039I01Rik, 4930431J08Rik, LOC667644, LOC100042638, Adam23, Gm215, Mdh1b, Fastkd2, 4933402D24Rik
Downstream geneKlf7, Ppia-ps1_583.1, LOC100043124, Creb1, 2310038H17Rik, Ccnyl1, Fzd5, 9430067K14Rik, LOC667245
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-118M09.bB6Ng01-118M09.g
ACCDH923165DH923166
length856975
definitionDH923165|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-118M09, 5' end.DH923166|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-118M09, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(63,920,624 - 63,921,478)(64,038,042 - 64,039,020)
sequence
gaattctccatcatcaacactgcctttaatgatggggaaactcattagaa
aatgctgccagaggtctccagggaaacacatcagaagtgaagaacgagtc
aggcatgatgtgcggcctcaacatggaaggaacattttgtttccaactaa
tagtatgatgttagcatggagtttatttgataccagtcattgcttgccta
actaagttgtacctctgagaggaaacatgtgggactgagcaaagcttacc
aaccatgttagaagtctttaagatttagcttagagaatccctccttgtaa
agttaaaaacaaagtttgttttcatttctttcatcaattatgtggatccc
tgaccatgaagaggggtgatatttatacaggttcttctggcattgggcac
cccaggatcgtgatacagagatggagttccatatagcagtagccttcaaa
acaactgcagcttgaagaaggaccactgtgaagctagtctttactcagtc
ttaaagcttgattgatcccacagagagagagcagggatgattagttaatg
agtgtaatatttctggtgatatctaataaatgccatgatggaatctatga
gattggctttctgcagacaggcaatactatgagagtcagtgtagcttgga
gaatcccctgtctttctgtcattcaggtctgtgtgattgtgatcttatcc
aagctgagtttccatagcttcaataccaatttctttctgcagcctcacta
gcagactcagtgggtttatattgtagttctctgggaatagtgggtagaag
tttccatttaaaaagctaatgacttagatactttgggaagattggggaag
atgtgt
gaattcaaaaagaggcagatttgcttcccaatgttgctgtcctgctctgt
ttaagataaaataagaccatattatggaatctagtaggaacgccacatga
gtgataggtttgacattattaaaggacctgtgcagccccacatgttttca
gtgttgtgacaattttgtgttcaaaatgaggacacccactttggtgacgt
tgagacaggacgctgttagaagctccttgcagaaatctagaacaaaaaaa
aaaaaaaaaaaaagagagagagagcgagatgccagagccttgcttgcatt
atgtcctagcatatttttcagtgacaactcatctgctaatataaagcaca
tctgatgtagcggcaggtgacagcccctactgcttgtcatcactggagaa
gttaagacagagggtcaaaggtgatgctaggaagggctgtgtagacagct
tagttggtaaagtgttggccacacagacgtgaagacccaagtttagagac
tcactaagcaggtaaaaacccccaacctataggtacacacttgtaatcct
agcactgaggagttgaatagagagaaaccttagagtttgtagtttgtgga
tagctcgtcttgctgaatcagtgaacttcagtcttagtggaagagtctgt
ggattaaaaaaaaaaaaagcgaagtgtgatgggggaagaggattgacact
ggcctctagcttgtgtaccacacgtgcatgagcacacacatggacgtgca
tataccatggaaaggagagaagggggaagaggaagagagggggaaagaaa
ggacaccttgaaaaggtggacccgagagtggagagttcaaacttttgtac
ataccgacagctaaatagcatcaagtatatctttgggaagaaagtgaagc
cacagacacagattcttcctgacaaataggggaaggaggcacaaagctca
tctgggtcttgttctagagagctat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_63920624_63921478
seq2: B6Ng01-118M09.b_46_901

seq1  GAATTCTCCATCATCAACACTGCCTTTAATGATGGGGAAACTCATTAGAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCCATCATCAACACTGCCTTTAATGATGGGGAAACTCATTAGAA  50

seq1  AATGCTGCCAGAGGTCTCCAGGGAAACACATCAGAAGTGAAGAACGAGTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGCTGCCAGAGGTCTCCAGGGAAACACATCAGAAGTGAAGAACGAGTC  100

seq1  AGGCATGATGTGCGGCCTCAACATGGAAGGAACATTTTGTTTCCAACTAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCATGATGTGCGGCCTCAACATGGAAGGAACATTTTGTTTCCAACTAA  150

seq1  TAGTATGATGTTAGCATGGAGTTTATTTGATACCAGTCATTGCTTGCCTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTATGATGTTAGCATGGAGTTTATTTGATACCAGTCATTGCTTGCCTA  200

seq1  ACTAAGTTGTACCTCTGAGAGGAAACATGTGGGACTGAGCAAAGCTTACC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAAGTTGTACCTCTGAGAGGAAACATGTGGGACTGAGCAAAGCTTACC  250

seq1  AACCATGTTAGAAGTCTTTAAGATTTAGCTTAGAGAATCCCTCCTTGTAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCATGTTAGAAGTCTTTAAGATTTAGCTTAGAGAATCCCTCCTTGTAA  300

seq1  AGTTAAAAACAAAGTTTGTTTTCATTTCTTTCATCAATTATGTGGATCCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTAAAAACAAAGTTTGTTTTCATTTCTTTCATCAATTATGTGGATCCC  350

seq1  TGACCATGAAGAGGGGTGATATTTATACAGGTTCTTCTGGCATTGGGCAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCATGAAGAGGGGTGATATTTATACAGGTTCTTCTGGCATTGGGCAC  400

seq1  CCCAGGATCGTGATACAGAGATGGAGTTCCATATAGCAGTAGCCTTCAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGGATCGTGATACAGAGATGGAGTTCCATATAGCAGTAGCCTTCAAA  450

seq1  ACAACTGCAGCTTGAAGAAGGACCACTGTGAAGCTAGTCTTTACTCAGTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACTGCAGCTTGAAGAAGGACCACTGTGAAGCTAGTCTTTACTCAGTC  500

seq1  TTAAAGCTTGATTGATCCCACAGAGAGAGAGCAGGGATGATTAGTTAATG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAGCTTGATTGATCCCACAGAGAGAGAGCAGGGATGATTAGTTAATG  550

seq1  AGTGTAATATTTCTGGTGATATCTAATAAATGCCATGATGGAATCTATGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTAATATTTCTGGTGATATCTAATAAATGCCATGATGGAATCTATGA  600

seq1  GATTGGCTTTCTGCAGACAGGCAATACTATGAGAGTCAGTGTAGCTTGGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTGGCTTTCTGCAGACAGGCAATACTATGAGAGTCAGTGTAGCTTGGA  650

seq1  GAATCCCCTGTCTTTCTGTCATTCAGGTCTGTGTGATTGTGATCTTATCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATCCCCTGTCTTTCTGTCATTCAGGTCTGTGTGATTGTGATCTTATCC  700

seq1  AAGCTGAGTTTCCATAGCTTCAATACCAATTTCTTTCTGCAGCCTCACTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTGAGTTTCCATAGCTTCAATACCAATTTCTTTCTGCAGCCTCACTA  750

seq1  GCAGACTCAGTGGGTTTATATTGTAGTTCTCTGGGAATAGTGGGTAGAAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGACTCAGTGGGTTTATATTGTAGTTCTCTGGGAATAGTGGGTAGAAG  800

seq1  TTTCCATTTAAAAAGCTAATGACTTAGATACTTTGGGAAGATT-GGGAAG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  TTTCCATTTAAAAAGCTAATGACTTAGATACTTTGGGAAGATTGGGGAAG  850

seq1  ATGTGT  855
      ||||||
seq2  ATGTGT  856

seq1: chr1_64038042_64039020
seq2: B6Ng01-118M09.g_67_1041 (reverse)

seq1  ATAGCTTCTCTAGAACAAGGACCCAGATGAGGCTTTTGGTGCCTCC-TCC  49
      ||||| |||||||||||| ||||||||||| |||||  |||||||| |||
seq2  ATAGC-TCTCTAGAACAA-GACCCAGATGA-GCTTT--GTGCCTCCTTCC  45

seq1  CCTA-TTGTCAGGGAGGAATCTGTGTCTGTGGCCTCACTTTCTTCCCAAA  98
      |||| |||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  CCTATTTGTCA-GGAAGAATCTGTGTCTGTGGCTTCACTTTCTTCCCAAA  94

seq1  GATATACTTGATGCTATTTAGCTGTCGGTATGTACAAAAGTTTGAACTCT  148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATATACTTGATGCTATTTAGCTGTCGGTATGTACAAAAGTTTGAACTCT  144

seq1  CCACTCTCGGGTCCACCTTTTCAAGGTGTCCTTTCTTTCCCCCTCTCTTC  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTCTCGGGTCCACCTTTTCAAGGTGTCCTTTCTTTCCCCCTCTCTTC  194

seq1  CTCTTCCCCCTTCTCTCCTTTCCATGGTATATGCACGTCCATGTGTGTGC  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTCCCCCTTCTCTCCTTTCCATGGTATATGCACGTCCATGTGTGTGC  244

seq1  TCATGCACGTGTGGTACACAAGCTAGAGGCCAGTGTCAATCCTCTTCCCC  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGCACGTGTGGTACACAAGCTAGAGGCCAGTGTCAATCCTCTTCCCC  294

seq1  CATCACACTTCGCTTTTTTTTTTTTTAATCCACAGACTCTTCCACTAAGA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCACACTTCGCTTTTTTTTTTTTTAATCCACAGACTCTTCCACTAAGA  344

seq1  CTGAAGTTCACTGATTCAGCAAGACGAGCTATCCACAAACTACAAACTCT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAGTTCACTGATTCAGCAAGACGAGCTATCCACAAACTACAAACTCT  394

seq1  AAGGTTTCTCTCTATTCAACTCCTCAGTGCTAGGATTACAAGTGTGTACC  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTTTCTCTCTATTCAACTCCTCAGTGCTAGGATTACAAGTGTGTACC  444

seq1  TATAGGTTGGGGGTTTTTACCTGCTTAGTGAGTCTCTAAACTTGGGTCTT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGGTTGGGGGTTTTTACCTGCTTAGTGAGTCTCTAAACTTGGGTCTT  494

seq1  CACGTCTGTGTGGCCAACACTTTACCAACTAAGCTGTCTACACAGCCCTT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACGTCTGTGTGGCCAACACTTTACCAACTAAGCTGTCTACACAGCCCTT  544

seq1  CCTAGCATCACCTTTGACCCTCTGTCTTAACTTCTCCAGTGATGACAAGC  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGCATCACCTTTGACCCTCTGTCTTAACTTCTCCAGTGATGACAAGC  594

seq1  AGTAGGGGCTGTCACCTGCCGCTACATCAGATGTGCTTTATATTAGCAGA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGGGGCTGTCACCTGCCGCTACATCAGATGTGCTTTATATTAGCAGA  644

seq1  TGAGTTGTCACTGAAAAATATGCTAGGACATAATGCAAGCAAGGCTCTGG  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTTGTCACTGAAAAATATGCTAGGACATAATGCAAGCAAGGCTCTGG  694

seq1  CATCTCGCTCTCTCTCTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGTTCTAGATTTC  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTCGCTCTCTCTCTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGTTCTAGATTTC  744

seq1  TGCAAGGAGCTTCTAACAGCGTCCTGTCTCAACGTCACCAAAGTGGGTGT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAAGGAGCTTCTAACAGCGTCCTGTCTCAACGTCACCAAAGTGGGTGT  794

seq1  CCTCATTTTGAACACAAAATTGTCACAACACTGAAAACATGTGGGGCTGC  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCATTTTGAACACAAAATTGTCACAACACTGAAAACATGTGGGGCTGC  844

seq1  ACAGGTCCTTTAATAATGTCAAACCTATCACTCATGTGGCGTTCCTACTA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGTCCTTTAATAATGTCAAACCTATCACTCATGTGGCGTTCCTACTA  894

seq1  GATTCCATAATATGGTCTTATTTTATCTTAAACAGAGCAGGACAGCAACA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTCCATAATATGGTCTTATTTTATCTTAAACAGAGCAGGACAGCAACA  944

seq1  TTGGGAAGCAAATCTGCCTCTTTTTGAATTC  979
      |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGAAGCAAATCTGCCTCTTTTTGAATTC  975