BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-118P01
Chromosome1 (Build37)
Map Location 6,144,331 - 6,271,242
singlet/doubletdoublet
Overlap gene4732440D04Rik, Rb1cc1
Upstream geneAtp6v1h, EG636659, Oprk1, Npbwr1
Downstream geneEG620393, LOC100039302, LOC664946, St18, LOC665015, LOC665027, LOC100039347, LOC435608, Pcmtd1, LOC545302
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-118P01.bB6Ng01-118P01.g
ACCDH923283DH923284
length8251,077
definitionDH923283|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-118P01, 5' end.DH923284|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-118P01, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(6,144,331 - 6,145,153)(6,270,151 - 6,271,242)
sequence
gaattcaggaggctgagccaaaaggttaacatgaggtcagttatggccac
aaatggattctagaccaacctcaaaatgcttaagtattaaggttacaagg
cacatgtcactatgtgcaacagcttaaacacatcttattatctgttgttt
gggactttttatctgggttacctacccatgactaactacaactgctgtca
ttatccataagatggtccttggagccttacaaaatccatgtatgctcaag
gcccttatataaaatggcattctacttacagagtacataaccacattttc
ccatatactctgaagcattactatgtcgttcataatacctgacacaatgt
atattccaagtaaataattattatactgtatagtttgggaaataatgtag
taaaaagtctgtttacagatggttttgatctctgaatattttctgcctat
aattgaatcccaagactcagaaccatttgctacaaagagaacagttttct
ttcctaagatgtatgacatgatatgaatcactgtgtttgatatcctataa
acataaacctataaattttcctttttaaattatttattctatgacagttt
catatattatataatacattctggtctcaccactccatcctctctgatac
catagcaccaccaaagcccttctcttcccaaaaagaccccttccctccac
tatcaaaatcttgccttcttgagatttggggagggggggtgaggaatgca
gtgaaattttattgacggcatcaagagaattagtttaatctccccctccc
ccagcctgaaaactgagaatcaaaa

gaattctgtcaggcattctgttactgcattgcaaaaggtcaataaatcct
acctagctcttgatgttctggcctaaacactgtagctagtttatgacgta
agattgtaatggtctcagtagacagtggctatgctgacttttgtagcagt
gaggggtatgtatgtttctagtcactactggttaatgtggaggtctgttg
gcaaaccaggacctagaactggaagaggatctgctactcccagcctatgt
gggcttattagggctggattgatgattaaatgcatgatcaaatgcaaagt
gcatttcttaatgttcttatttagaagggcactgttctagaacatgtcac
tgtatttacatatatgtgcattgcttttatgactgtaaggcaagcccttt
agtggacgtgttcagaagatgaaacaaccaatatcaagcttcacaggaag
ctgctctcacccccttggccgaggttaaactggaacactcatgagaatgt
ggtacttctgggagctgttaagtggacgaaggcagaagggaaaagtatag
cttcgtgttagaaaactcaacctggtttaaaggcagtatgagacacccag
aagctatagcgaaacaggtcgcacagggagctaaactgtaatttgtgatg
agagaaaatgctgggaatgcggagtttatgcttgtgagacaggctatgcg
ttttcagaagagttgtggttaagaacataagcattcgtgttcatctccta
ggctagttaaggtcatagtcacttgcagagcagaattccagagagattac
aagtgacaccagcaacacgagctctccagctctactggaattggatgatg
acggttctaaggcagttaaggagaattacaacatcatttcggaatcagat
tcccagaagccttttttaaaagtgccacaaaaccagagttcagaaataac
ccccacattcataaaacaaaacaaaaagactgtcaggctttggatccacc
agaaactcctaaatgtaaaatgaagttgacgcactcaagattacagcaca
ctgacataagtgggtgatgtgtgtaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_6144331_6145153
seq2: B6Ng01-118P01.b_44_868

seq1  GAATTCAGGAGGCTGAGCCAAAAGGTTAACATGAGGTCAGTTATGGCCAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGGAGGCTGAGCCAAAAGGTTAACATGAGGTCAGTTATGGCCAC  50

seq1  AAATGGATTCTAGACCAACCTCAAAATGCTTAAGTATTAAGGTTACAAGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGGATTCTAGACCAACCTCAAAATGCTTAAGTATTAAGGTTACAAGG  100

seq1  CACATGTCACTATGTGCAACAGCTTAAACACATCTTATTATCTGTTGTTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATGTCACTATGTGCAACAGCTTAAACACATCTTATTATCTGTTGTTT  150

seq1  GGGACTTTTTATCTGGGTTACCTACCCATGACTAACTACAACTGCTGTCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGACTTTTTATCTGGGTTACCTACCCATGACTAACTACAACTGCTGTCA  200

seq1  TTATCCATAAGATGGTCCTTGGAGCCTTACAAAATCCATGTATGCTCAAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCCATAAGATGGTCCTTGGAGCCTTACAAAATCCATGTATGCTCAAG  250

seq1  GCCCTTATATAAAATGGCATTCTACTTACAGAGTACATAACCACATTTTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTTATATAAAATGGCATTCTACTTACAGAGTACATAACCACATTTTC  300

seq1  CCATATACTCTGAAGCATTACTATGTCGTTCATAATACCTGACACAATGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATATACTCTGAAGCATTACTATGTCGTTCATAATACCTGACACAATGT  350

seq1  ATATTCCAAGTAAATAATTATTATACTGTATAGTTTGGGAAATAATGTAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTCCAAGTAAATAATTATTATACTGTATAGTTTGGGAAATAATGTAG  400

seq1  TAAAAAGTCTGTTTACAGATGGTTTTGATCTCTGAATATTTTCTGCCTAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAAGTCTGTTTACAGATGGTTTTGATCTCTGAATATTTTCTGCCTAT  450

seq1  AATTGAATCCCAAGACTCAGAACCATTTGCTACAAAGAGAACAGTTTTCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGAATCCCAAGACTCAGAACCATTTGCTACAAAGAGAACAGTTTTCT  500

seq1  TTCCTAAGATGTATGACATGATATGAATCACTGTGTTTGATATCCTATAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTAAGATGTATGACATGATATGAATCACTGTGTTTGATATCCTATAA  550

seq1  ACATAAACCTATAAATTTTCCTTTTTAAATTATTTATTCTATGACAGTTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATAAACCTATAAATTTTCCTTTTTAAATTATTTATTCTATGACAGTTT  600

seq1  CATATATTATATAATACATTCTGGTCTCACCACTCCATCCTCTCTGATAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATATTATATAATACATTCTGGTCTCACCACTCCATCCTCTCTGATAC  650

seq1  CATAGCACCACCAAAGCCCTTCTCTTCCCAAAAAGACCCCTTCCCTCCAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGCACCACCAAAGCCCTTCTCTTCCCAAAAAGACCCCTTCCCTCCAC  700

seq1  TATCAAAATCTTGCCTTCTTGAGATTTGGGGA-GGGGGGTGAGGAATGCA  749
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  TATCAAAATCTTGCCTTCTTGAGATTTGGGGAGGGGGGGTGAGGAATGCA  750

seq1  GTGAAATTTTATTGACGGTACTCAAGAGAGTAGGTGTAATCT-CCCCTCC  798
      |||||||||||||||||| | |||||||| |  || |||||| |||||||
seq2  GTGAAATTTTATTGACGGCA-TCAAGAGAATTAGTTTAATCTCCCCCTCC  799

seq1  CCCAGCCTGAAAACTGAG-ATCAAGA  823
      |||||||||||||||||| ||||| |
seq2  CCCAGCCTGAAAACTGAGAATCAAAA  825


seq1: chr1_6270151_6271242
seq2: B6Ng01-118P01.g_68_1144 (reverse)

seq1  TTTACACACATCACCACTTTATGTCAGTGTGCTGTTAATCTTTGAAGTTG  50
      |||||||||||||||   |||||||||||||||| ||||| ||||   ||
seq2  TTTACACACATCACCCACTTATGTCAGTGTGCTG-TAATC-TTGA--GTG  46

seq1  CGTTCAACTTTCATTTTTACCATTTTAGGAGTTTCTGGTGGATTCCATAG  100
      || ||||| |||| ||||||   ||||||||||||||||||| |||| ||
seq2  CG-TCAAC-TTCA-TTTTAC--ATTTAGGAGTTTCTGGTGGA-TCCAAAG  90

seq1  CCCTTGACAGTCTTTTTGTTTTGTTTTATGAATGTTGGGGGTTATTTCTG  150
      ||  |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  CC--TGACAGTCTTTTTGTTTTGTTTTATGAATG-TGGGGGTTATTTCTG  137

seq1  AACTCTGGTTTTGTGGCACCTTTTAAAAAAAGGCTTCTGGGAATCTGATT  200
      |||||||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCTGGTTTTGTGGCAC--TTTTAAAAAAGGCTTCTGGGAATCTGATT  185

seq1  CCGAAATGATGTTGTAATTCTCCTTAACTGCCTTAGAACCGTCATCATCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGAAATGATGTTGTAATTCTCCTTAACTGCCTTAGAACCGTCATCATCC  235

seq1  AATTCCAGTAGAGCTGGAGAGCTCGTGTTGCTGGTGTCACTTGTAATCTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCCAGTAGAGCTGGAGAGCTCGTGTTGCTGGTGTCACTTGTAATCTC  285

seq1  TCTGGAATTCTGCTCTGCAAGTGACTATGACCTTAACTAGCCTAGGAGAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGAATTCTGCTCTGCAAGTGACTATGACCTTAACTAGCCTAGGAGAT  335

seq1  GAACACGAATGCTTATGTTCTTAACCACAACTCTTCTGAAAACGCATAGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACACGAATGCTTATGTTCTTAACCACAACTCTTCTGAAAACGCATAGC  385

seq1  CTGTCTCACAAGCATAAACTCCGCATTCCCAGCATTTTCTCTCATCACAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCTCACAAGCATAAACTCCGCATTCCCAGCATTTTCTCTCATCACAA  435

seq1  ATTACAGTTTAGCTCCCTGTGCGACCTGTTTCGCTATAGCTTCTGGGTGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACAGTTTAGCTCCCTGTGCGACCTGTTTCGCTATAGCTTCTGGGTGT  485

seq1  CTCATACTGCCTTTAAACCAGGTTGAGTTTTCTAACACGAAGCTATACTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATACTGCCTTTAAACCAGGTTGAGTTTTCTAACACGAAGCTATACTT  535

seq1  TTCCCTTCTGCCTTCGTCCACTTAACAGCTCCCAGAAGTACCACATTCTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCTTCTGCCTTCGTCCACTTAACAGCTCCCAGAAGTACCACATTCTC  585

seq1  ATGAGTGTTCCAGTTTAACCTCGGCCAAGGGGGTGAGAGCAGCTTCCTGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGTGTTCCAGTTTAACCTCGGCCAAGGGGGTGAGAGCAGCTTCCTGT  635

seq1  GAAGCTTGATATTGGTTGTTTCATCTTCTGAACACGTCCACTAAAGGGCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCTTGATATTGGTTGTTTCATCTTCTGAACACGTCCACTAAAGGGCT  685

seq1  TGCCTTACAGTCATAAAAGCAATGCACATATATGTAAATACAGTGACATG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTTACAGTCATAAAAGCAATGCACATATATGTAAATACAGTGACATG  735

seq1  TTCTAGAACAGTGCCCTTCTAAATAAGAACATTAAGAAATGCACTTTGCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTAGAACAGTGCCCTTCTAAATAAGAACATTAAGAAATGCACTTTGCA  785

seq1  TTTGATCATGCATTTAATCATCAATCCAGCCCTAATAAGCCCACATAGGC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGATCATGCATTTAATCATCAATCCAGCCCTAATAAGCCCACATAGGC  835

seq1  TGGGAGTAGCAGATCCTCTTCCAGTTCTAGGTCCTGGTTTGCCAACAGAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGAGTAGCAGATCCTCTTCCAGTTCTAGGTCCTGGTTTGCCAACAGAC  885

seq1  CTCCACATTAACCAGTAGTGACTAGAAACATACATACCCCTCACTGCTAC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCACATTAACCAGTAGTGACTAGAAACATACATACCCCTCACTGCTAC  935

seq1  AAAAGTCAGCATAGCCACTGTCTACTGAGACCATTACAATCTTACGTCAT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGTCAGCATAGCCACTGTCTACTGAGACCATTACAATCTTACGTCAT  985

seq1  AAACTAGCTACAGTGTTTAGGCCAGAACATCAAGAGCTAGGTAGGATTTA  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTAGCTACAGTGTTTAGGCCAGAACATCAAGAGCTAGGTAGGATTTA  1035

seq1  TTGACCTTTTGCAATGCAGTAACAGAATGCCTGACAGAATTC  1092
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGACCTTTTGCAATGCAGTAACAGAATGCCTGACAGAATTC  1077


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |