BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-122K01
Chromosome1 (Build37)
Map Location 181,464,214 - 181,613,390
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTfb2m, LOC100040874, 9630058J23Rik, Sccpdh
Upstream geneD230039L06Rik, Kif26b, Smyd3, LOC666354, LOC433941
Downstream geneGm1305, Ahctf1, LOC100040914, LOC100042190, Cdc42bpa, Cabc1, Psen2, EG277333, Itpkb, 6330403A02Rik, Gm821, Parp1, Lin9
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-122K01.bB6Ng01-122K01.g
ACCDH926004DH926005
length1,0091,128
definitionDH926004|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-122K01, 5' end.DH926005|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-122K01, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(181,612,383 - 181,613,390)(181,464,214 - 181,465,365)
sequence
catgggctccaatgcccttgcccagcctctgcagacccctgcactcatgt
gcatacacccccacacataattaaaagaaaaacattggcttaaaagtgat
cctacactgtgacttagagaacggcaggaccacttatacaggcaagaaat
gctggtgctgacctgtttggaaggagtacagaacacacttacgtggttta
ggaatctacctgacaggacaaaaggaacaaacagtgactacaacggccct
gatgaaaagatgtaaacagtcagctcaagtgtcacactcaacgcctgcgc
tatgctaacacagctcaacggaccaaaagaggaacaaagagataaagaat
ttaaccatgggctggtgagatggctcagtgggtaagagcacccgactgct
cttccgaaggtccggagttcaaatcccagcaaccacatggtggctcacaa
ccatccgtaaagagatctgactccctcttctggagtgtctgaagacagct
acagtgtacttacatataatcaataaataaatctaaaaaaaaaaaaaaaa
aaaaaaaaaaaaaaaaagaatttaaccatgattaacaagttttttaccaa
gcataactaaggtcaagagaatattttaggccctgagatgtgcacatgat
aggctctgcctttcttataatacactgacaagacaaaattataaacagat
tcaacagcaaaagaagacatggactaggagagacagggagagttcagaag
gcaacatatcaaatctctgaggcaaagggcaggattcttaagtgtataca
ttttttaaaaaagacttgtttagctgggtgatggtggcacatgcactcaa
tcccagcactcaagcagagccaggtaaatcccttgagtttgaggccagga
tggtctatagagtgagttctagacagccagggttcacacaagagaaaccc
tgttgaaaaaaaagaaagaaattttttattttatgagcatttgcctacat
gtatatgtc
gaattcatttcccaacacagcaaagggccattcacaccttgtaagagtaa
gcaattaaatcgtgcatctagaattgttaagcctgtaactctagctccag
ggaatccaatgccttctagctctgccaagtaactcacacacgcatggcat
aaacacatacatctaagtaaacagcaatgaaaagaaaacaaaaaagcaaa
acaaacaaaccaaccccccacaggccagaaagatggttctgtagctaaaa
gcaatggatgctcttccagaggacccagactcaagaggacccacacgaca
ggccacaactgtcttatcattccagactcagaggatctgatgctcctatc
tggcctcatcaagcactgcatgaatgtatggacacaaacatacattcagg
caaacaatcctacacatgaaataaataagaaaagctaaaataaaaaatgt
ataaagaccaagaatggtagcaagcaactataacctcagcactagggaga
ctaaagcagaaggattccattgaattccaggctggactgggctacatagt
gaatctgacagcaccccaggttacagagcaagaccctgtttgaaaaaaaa
caaacaaacacaaaccagaaaaactgatcattgagctacagacacaatta
agacagaaacaattcctgcattatggatccaacaacacaacccaacacaa
caatatgtactacagagaaagataggtatgtcagaattatgtattcggtg
agctattaaatggtgcatcaagaattgccgaggctgggatgacaggaggg
ttcactggataaaacctgacaacgtgggatccacttggtggaaagagaaa
atgacacctgcaaggttgggttttttctcttctgactccatatgctaagc
ccatgtcccacatgctaacacccatgtgcatgaacacacacacaaacaca
tggtttgttttaatacaaatattgttagctcttttgggatctgccgtctc
tgcctctctagcgatagacaaagtgtgcaccacgactgcccagcagctga
ctcttgctagacactgagatgatcatcaaggatgaaagggtcagtgggaa
gattcattaccagtcatgttaaaaaaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_181612383_181613390
seq2: B6Ng01-122K01.b_54_1062 (reverse)

seq1  GACATATACATGTAGGCAAATGCTCATAAAAT-AAAAATGTCTTTCTTTT  49
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||
seq2  GACATATACATGTAGGCAAATGCTCATAAAATAAAAAATTTCTTTCTTTT  50

seq1  TTTTCCAACCAGGGTTTCTC-TGTGTG-ACCCTGGCTGTTCTAGAACTCA  97
      |||||  | ||||||||||| |||||| |||||||||| |||||||||||
seq2  TTTTC--AACAGGGTTTCTCTTGTGTGAACCCTGGCTG-TCTAGAACTCA  97

seq1  CTCTATAGACCATCCTGGCCTCAAACTC-AGGGATTTACCTGGCTCTGCT  146
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  CTCTATAGACCATCCTGGCCTCAAACTCAAGGGATTTACCTGGCTCTGCT  147

seq1  TGAGTGCTGGGATTGAGTGCATGTGCCACCATCACCCAGCTAAACAAGTC  196
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTGCTGGGATTGAGTGCATGTGCCACCATCACCCAGCTAAACAAGTC  197

seq1  TTTTTTAAAAAATGTATACACTTAAGAATCCTGCCCTTTGCCTCAGAGAT  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTAAAAAATGTATACACTTAAGAATCCTGCCCTTTGCCTCAGAGAT  247

seq1  TTGATATGTTGCCTTCTGAACTCTCCCTGTCTCTCCTAGTCCATGTCTTC  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATATGTTGCCTTCTGAACTCTCCCTGTCTCTCCTAGTCCATGTCTTC  297

seq1  TTTTGCTGTTGAATCTGTTTATAATTTTGTCTTGTCAGTGTATTATAAGA  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGCTGTTGAATCTGTTTATAATTTTGTCTTGTCAGTGTATTATAAGA  347

seq1  AAGGCAGAGCCTATCATGTGCACATCTCAGGGCCTAAAATATTCTCTTGA  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCAGAGCCTATCATGTGCACATCTCAGGGCCTAAAATATTCTCTTGA  397

seq1  CCTTAGTTATGCTTGGTAAAAAACTTGTTAATCATGGTTAAATTCTTTTT  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTAGTTATGCTTGGTAAAAAACTTGTTAATCATGGTTAAATTCTTTTT  447

seq1  TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAGATTTATTTATTGATTATATG  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAGATTTATTTATTGATTATATG  497

seq1  TAAGTACACTGTAGCTGTCTTCAGACACTCCAGAAGAGGGAGTCAGATCT  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTACACTGTAGCTGTCTTCAGACACTCCAGAAGAGGGAGTCAGATCT  547

seq1  CTTTACGGATGGTTGTGAGCCACCATGTGGTTGCTGGGATTTGAACTCCG  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTACGGATGGTTGTGAGCCACCATGTGGTTGCTGGGATTTGAACTCCG  597

seq1  GACCTTCGGAAGAGCAGTCGGGTGCTCTTACCCACTGAGCCATCTCACCA  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCTTCGGAAGAGCAGTCGGGTGCTCTTACCCACTGAGCCATCTCACCA  647

seq1  GCCCATGGTTAAATTCTTTATCTCTTTGTTCCTCTTTTGGTCCGTTGAGC  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCATGGTTAAATTCTTTATCTCTTTGTTCCTCTTTTGGTCCGTTGAGC  697

seq1  TGTGTTAGCATAGCGCAGGCGTTGAGTGTGACACTTGAGCTGACTGTTTA  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTTAGCATAGCGCAGGCGTTGAGTGTGACACTTGAGCTGACTGTTTA  747

seq1  CATCTTTTCATCAGGGCCGTTGTAGTCACTGTTTGTTCCTTTTGTCCTGT  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTTTTCATCAGGGCCGTTGTAGTCACTGTTTGTTCCTTTTGTCCTGT  797

seq1  CAGGTAGATTCCTAAACCACGTAAGTGTGTTCTGTACTCCTTCCAAACAG  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTAGATTCCTAAACCACGTAAGTGTGTTCTGTACTCCTTCCAAACAG  847

seq1  GTCAGCACCAGCATTTCTTGCCTGTATAAGTGGTCCTGCCGTTCTCTAAG  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGCACCAGCATTTCTTGCCTGTATAAGTGGTCCTGCCGTTCTCTAAG  897

seq1  TCACAGTGTAGGATCACTTTTAAGCCAATGTTTTTCTTTTAATTATGTGT  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAGTGTAGGATCACTTTTAAGCCAATGTTTTTCTTTTAATTATGTGT  947

seq1  GGGGGTGTATGCACATGAGTGCAGGGGTCTGCAGAGGCTGGGCAAGGGCA  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGGTGTATGCACATGAGTGCAGGGGTCTGCAGAGGCTGGGCAAGGGCA  997

seq1  TTGGAGCCCATG  1008
      ||||||||||||
seq2  TTGGAGCCCATG  1009

seq1: chr1_181464214_181465365
seq2: B6Ng01-122K01.g_68_1195

seq1  GAATTCATTTCCCAACACAGCAAAGGGCCATTCACACCTTGTAAGAGTAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTTCCCAACACAGCAAAGGGCCATTCACACCTTGTAAGAGTAA  50

seq1  GCAATTAAATCGTGCATCTAGAATTGTTAAGCCTGTAACTCTAGCTCCAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAATTAAATCGTGCATCTAGAATTGTTAAGCCTGTAACTCTAGCTCCAG  100

seq1  GGAATCCAATGCCTTCTAGCTCTGCCAAGTAACTCACACACGCATGGCAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATCCAATGCCTTCTAGCTCTGCCAAGTAACTCACACACGCATGGCAT  150

seq1  AAACACATACATCTAAGTAAACAGCAATGAAAAGAAAACAAAAAAGCAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACACATACATCTAAGTAAACAGCAATGAAAAGAAAACAAAAAAGCAAA  200

seq1  ACAAACAAACCAACCCCCCACAGGCCAGAAAGATGGTTCTGTAGCTAAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAACAAACCAACCCCCCACAGGCCAGAAAGATGGTTCTGTAGCTAAAA  250

seq1  GCAATGGATGCTCTTCCAGAGGACCCAGACTCAAGAGGACCCACACGACA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAATGGATGCTCTTCCAGAGGACCCAGACTCAAGAGGACCCACACGACA  300

seq1  GGCCACAACTGTCTTATCATTCCAGACTCAGAGGATCTGATGCTCCTATC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCACAACTGTCTTATCATTCCAGACTCAGAGGATCTGATGCTCCTATC  350

seq1  TGGCCTCATCAAGCACTGCATGAATGTATGGACACAAACATACATTCAGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCCTCATCAAGCACTGCATGAATGTATGGACACAAACATACATTCAGG  400

seq1  CAAACAATCCTACACATGAAATAAATAAGAAAAGCTAAAATAAAAAATGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACAATCCTACACATGAAATAAATAAGAAAAGCTAAAATAAAAAATGT  450

seq1  ATAAAGACCAAGAATGGTAGCAAGCAACTATAACCTCAGCACTAGGGAGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAGACCAAGAATGGTAGCAAGCAACTATAACCTCAGCACTAGGGAGA  500

seq1  CTAAAGCAGAAGGATTCCATTGAATTCCAGGCTGGACTGGGCTACATAGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAAGCAGAAGGATTCCATTGAATTCCAGGCTGGACTGGGCTACATAGT  550

seq1  GAATCTGACAGCACCCCAGGTTACAGAGCAAGACCCTGTTTGAAAAAAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATCTGACAGCACCCCAGGTTACAGAGCAAGACCCTGTTTGAAAAAAAA  600

seq1  CAAACAAACACAAACCAGAAAAACTGATCATTGAGCTACAGACACAATTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACAAACACAAACCAGAAAAACTGATCATTGAGCTACAGACACAATTA  650

seq1  AGACAGAAACAATTCCTGCATTATGGATCCAACAACACAACCCAACACAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAGAAACAATTCCTGCATTATGGATCCAACAACACAACCCAACACAA  700

seq1  CAATATGTACTACAGAGAAAGATAGGTATGTCAGAATTATGTATTCGGTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATATGTACTACAGAGAAAGATAGGTATGTCAGAATTATGTATTCGGTG  750

seq1  AGCTATTAAATGGTGCATCAAGAATTGCCGAGGCTGGGATGACAGGAGGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTATTAAATGGTGCATCAAGAATTGCCGAGGCTGGGATGACAGGAGGG  800

seq1  TTCACTGGATAAAACCTGACAACGTGGGATCCACTTGGTGGAAGGAGAAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  TTCACTGGATAAAACCTGACAACGTGGGATCCACTTGGTGGAAAGAGAAA  850

seq1  ATGACACCTGCAAGGTTTGGGTTTTTTCTCTTCTGACTCCATATGCTAAG  900
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACACCTGCAAGG-TTGGGTTTTTTCTCTTCTGACTCCATATGCTAAG  899

seq1  CCCATGTCCCACATGCTAACACCCATGTGCATGAACACACACACAAACAC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATGTCCCACATGCTAACACCCATGTGCATGAACACACACACAAACAC  949

seq1  AATGGTTTGTTTTTAAATACAAATAATTGTTAAGGCTCTTTTGGGGATCT  1000
       ||||||||||||  ||||||||| |||||||  |||||||| |||||||
seq2  -ATGGTTTGTTTT--AATACAAAT-ATTGTTA--GCTCTTTT-GGGATCT  992

seq1  GCCCGTCTCTGCCTCTCTAGCGATAGGACAAAGGTGTGCACCACGACTGC  1050
      | ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||
seq2  G-CCGTCTCTGCCTCTCTAGCGATA-GACAAA-GTGTGCACCACGACTGC  1039

seq1  CCAGCAAGGCTGACTCTTGCTAGACACTGAGGATGATACCATCAGTGAAT  1100
      ||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||  |||||  | ||
seq2  CCAGCA--GCTGACTCTTGCTAGACACTGA-GATGAT--CATCA-AGGAT  1083

seq1  GAAAGGGGTCAGTGGGAAAGAATCCAATAACAAAGTCCATGGTTAAAAAA  1150
      |||| |||||||||||||   || || || |  ||| ||| |||||||||
seq2  GAAA-GGGTCAGTGGGAA--GATTCATTACC--AGT-CAT-GTTAAAAAA  1126

seq1  AA  1152
      ||
seq2  AA  1128