BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-129G20
Chromosome1 (Build37)
Map Location 80,097,926 - 80,282,414
singlet/doubletdoublet
Overlap geneA830043J08Rik, 2310015K22Rik, Cul3
Upstream geneScg2, Ap1s3, Wdfy1, Mrpl44, Serpine2, EG433326, LOC665064, LOC100039325
Downstream geneEG620899, 1700016L21Rik, Dock10, LOC665092, 9430031J16Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-129G20.bB6Ng01-129G20.g
ACCDH931012DH931013
length1,1721,058
definitionDH931012|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-129G20, 5' end.DH931013|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-129G20, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(80,281,231 - 80,282,414)(80,097,926 - 80,098,988)
sequence
gaattcaggctcagcagcaggtgctttaaccccctgaccatctcacaggc
tcctagcacgcatcttgccaagggctagatatcagatattttaggttggt
gtactgctgcagtgaaaaagtcaccattgacagtgataccaaagcttggc
tgttaaataaaccacattatggacgtggaactcaggagctgaggaatgtt
tgaaattgctgggcaggcttgaatgccagtatttctgtaagctgcatgga
gatgtatgttatgaatatgtttggcgtatccattatggcaagcattctaa
gtagcagaaaagctactttaccatgcatgaatttgctctatttagttctt
attgttctccgcaggtagctacctgagatgctaaattagatttttttaat
tgccttttaacttccctgccctaccacttgaagcttaaatgaagaatatg
ctattgtgggggcccttgctcatgagcagtttttgtgtcagacacagttt
ctccgtcattctcataaatcagaaagtgaaagatatgaaaagatgtatac
attggtcattagatacagtgtgaattagtaagttcaaatgatatctctta
tcattggcttatttttaattgagtatagaggagtgataataatttttcaa
tgccagatattttttcattgctcacatttttatactatgccatgtattta
acatgggaatcagacaattcagtgagattatattgattaatatataacaa
aatgaacaaataagtaaaaattaaaacgaaagaacaaaatagacagtaga
aacagtttacttcaggtatttggcatgcaaaacattctctagtctataaa
ttgctattgtactttaatatgtactaaacatacacgttgctatatatagg
ttactcagaaatgtattatagataagaacttgtgtgatataacctgtgat
taaatcactgaaacaaatatagtgacctctgtgtatctttgctcaatatt
tttagaatacactatgttaaatttaggtactaatttgctctttaagtcaa
aatagacacatggcttgtggaatctggcctgattagcactttttatttat
ttaatagaatggaaataaatagccttcttttggaatgcctgttactgtgg
atggaccaactgatttacgtcc
gaattcacattttcctctaagaaaatggagcacacactttagtccataca
tttttaaaattgacctagctcaggtctggaactctatgagcatatccatc
ttcccagttctccatgaacagattaggggaatgccatttcaggctgggat
gcctataaaggagcttatattgctttgttcatatggaactgatttgagcc
aagaaaaaaaagatttttataagaccacacttttcacactttctaggtca
gcaagatttcaaagagtataatgtttcccaaggctgagctctccaagaac
ccagctatggtcactgggaagtgcttttctttcagctgagaccctatcac
cctatctcttccccacttgtaaattgttgtagaaatagataaataaatgt
cttgtttaaagactgaagcttaatttgataatttctttcatctacatggt
agtgttttatagttaaatataaacaagacatataaagggaatcttgttca
aattcacagttcacaattctgttgggttttcagtcaagttgggaagacag
aaatgacaaagaaaggtcagaaaagctgtaactgggtgttcatttgcggg
gttctcagttaaccctaaaatttattcattattatttatgctaaacataa
ggtgtaccacatgcattagttgttttaatatcttaccagagatggataaa
ttatcttacaagcctgattacatatattcattaagtgatgatatgtacat
acatatattatcactaaacataatacatttcatggagataaaaatttcta
agctgggagaatcaagaggaaggaggtgtttgggagctacatgtagcaga
ggaaatgagtgtatgtataggagacagagtatgacggggtatgctaagtc
cccacatctacaacttgcagagtcatgactattactagtgtctccaaatc
cccatgttttggacagagtaacaggacagacacatcatgcctaggggttg
gttatagttggagtgcttacagtctcccattacgtagttatgacctcatt
atttgtca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_80281231_80282414
seq2: B6Ng01-129G20.b_47_1218 (reverse)

seq1  GGACGTAAAATCAGTTTTGTCAT-CACAGTAAACAAGCATTCAAAAAGAA  49
      |||||| |||||||||    ||| |||||| |||| |||||| |||||||
seq2  GGACGT-AAATCAGTTGGTCCATCCACAGT-AACAGGCATTCCAAAAGAA  48

seq1  AGCTTATTATTTTCATTCTATTTAAATAAATAAAAAAAAGTGCTAATCA-  98
       |||  |||||| ||||||| ||||||||||   ||||||||||||||| 
seq2  GGCTATTTATTTCCATTCTA-TTAAATAAAT---AAAAAGTGCTAATCAG  94

seq1  GCCAGATTTCACAAGCCATGTTGTCTATTTTGGACTTTATAAGAGCAAAT  148
      |||||||| ||||||||||| |||||||||| |||||   ||||||||||
seq2  GCCAGATTCCACAAGCCATG-TGTCTATTTT-GACTT--AAAGAGCAAAT  140

seq1  TAGTACCTAAATTTAACATTGGTGTATTCTAAAAATAATGAGCAAAGATT  198
      |||||||||||||||||| | |||||||||||||||| |||||||||| |
seq2  TAGTACCTAAATTTAACA-TAGTGTATTCTAAAAATATTGAGCAAAGA-T  188

seq1  ACACAAGAGGTCACTAATATTTGTTTCAGTGATTTAATCACAGGTTATAT  248
      |||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAC-AGAGGTCACT-ATATTTGTTTCAGTGATTTAATCACAGGTTATAT  236

seq1  CAACACAAGTTCTTATCTATAATACATTTCTGAGTAACCTATATATAGCA  298
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  C-ACACAAGTTCTTATCTATAATACATTTCTGAGTAACCTATATATAGCA  285

seq1  ACGTGTATGTTTAGTACATATTAAAGTACAATAGCAATTTATAGACTAGA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGTGTATGTTTAGTACATATTAAAGTACAATAGCAATTTATAGACTAGA  335

seq1  GAATGTTTTGCATGCCAAATACCTGAAGTAAACTGTTTCTACTGTCTATT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGTTTTGCATGCCAAATACCTGAAGTAAACTGTTTCTACTGTCTATT  385

seq1  TTGTTCTTTCGTTTTAATTTTTACTTATTTGTTCA-TTTGTTATATATTA  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  TTGTTCTTTCGTTTTAATTTTTACTTATTTGTTCATTTTGTTATATATTA  435

seq1  ATCAATATAATCTCACTGAATTGTCTGATTCCCATGTTAAATACATGGCA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAATATAATCTCACTGAATTGTCTGATTCCCATGTTAAATACATGGCA  485

seq1  TAGTATAAAAATGTGAGCAATGAAAAAATATCTGGCATTGAAAAATTATT  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTATAAAAATGTGAGCAATGAAAAAATATCTGGCATTGAAAAATTATT  535

seq1  ATCACTCCTCTATACTCAATTAAAAATAAGCCAATGATAAGAGATATCAT  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACTCCTCTATACTCAATTAAAAATAAGCCAATGATAAGAGATATCAT  585

seq1  TTGAACTTACTAATTCACACTGTATCTAATGACCAATGTATACATCTTTT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAACTTACTAATTCACACTGTATCTAATGACCAATGTATACATCTTTT  635

seq1  CATATCTTTCACTTTCTGATTTATGAGAATGACGGAGAAACTGTGTCTGA  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATCTTTCACTTTCTGATTTATGAGAATGACGGAGAAACTGTGTCTGA  685

seq1  CACAAAAACTGCTCATGAGCAAGGGCCCCCACAATAGCATATTCTTCATT  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAAAAACTGCTCATGAGCAAGGGCCCCCACAATAGCATATTCTTCATT  735

seq1  TAAGCTTCAAGTGGTAGGGCAGGGAAGTTAAAAGGCAATTAAAAAAATCT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGCTTCAAGTGGTAGGGCAGGGAAGTTAAAAGGCAATTAAAAAAATCT  785

seq1  AATTTAGCATCTCAGGTAGCTACCTGCGGAGAACAATAAGAACTAAATAG  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTAGCATCTCAGGTAGCTACCTGCGGAGAACAATAAGAACTAAATAG  835

seq1  AGCAAATTCATGCATGGTAAAGTAGCTTTTCTGCTACTTAGAATGCTTGC  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAATTCATGCATGGTAAAGTAGCTTTTCTGCTACTTAGAATGCTTGC  885

seq1  CATAATGGATACGCCAAACATATTCATAACATACATCTCCATGCAGCTTA  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAATGGATACGCCAAACATATTCATAACATACATCTCCATGCAGCTTA  935

seq1  CAGAAATACTGGCATTCAAGCCTGCCCAGCAATTTCAAACATTCCTCAGC  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAATACTGGCATTCAAGCCTGCCCAGCAATTTCAAACATTCCTCAGC  985

seq1  TCCTGAGTTCCACGTCCATAATGTGGTTTATTTAACAGCCAAGCTTTGGT  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGAGTTCCACGTCCATAATGTGGTTTATTTAACAGCCAAGCTTTGGT  1035

seq1  ATCACTGTCAATGGTGACTTTTTCACTGCAGCAGTACACCAACCTAAAAT  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACTGTCAATGGTGACTTTTTCACTGCAGCAGTACACCAACCTAAAAT  1085

seq1  ATCTGATATCTAGCCCTTGGCAAGATGCGTGCTAGGAGCCTGTGAGATGG  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGATATCTAGCCCTTGGCAAGATGCGTGCTAGGAGCCTGTGAGATGG  1135

seq1  TCAGGGGGTTAAAGCACCTGCTGCTGAGCCTGAATTC  1184
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGGGGTTAAAGCACCTGCTGCTGAGCCTGAATTC  1172

seq1: chr1_80097926_80098988
seq2: B6Ng01-129G20.g_69_1126

seq1  GAATTCACATTTTCCTCTAAGAAAATGGAGCACACACTTTAGTCCATACA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACATTTTCCTCTAAGAAAATGGAGCACACACTTTAGTCCATACA  50

seq1  TTTTTAAAATTGACCTAGCTCAGGTCTGGAACTCTATGAGCATATCCATC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTAAAATTGACCTAGCTCAGGTCTGGAACTCTATGAGCATATCCATC  100

seq1  TTCCCAGTTCTCCATGAACAGATTAGGGGAATGCCATTTCAGGCTGGGAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCAGTTCTCCATGAACAGATTAGGGGAATGCCATTTCAGGCTGGGAT  150

seq1  GCCTATAAAGGAGCTTATATTGCTTTGTTCATATGGAACTGATTTGAGCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTATAAAGGAGCTTATATTGCTTTGTTCATATGGAACTGATTTGAGCC  200

seq1  AAGAAAAAAAAGATTTTTATAAGACCACACTTTTCACACTTTCTAGGTCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAAAAAAAGATTTTTATAAGACCACACTTTTCACACTTTCTAGGTCA  250

seq1  GCAAGATTTCAAAGAGTATAATGTTTCCCAAGGCTGAGCTCTCCAAGAAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGATTTCAAAGAGTATAATGTTTCCCAAGGCTGAGCTCTCCAAGAAC  300

seq1  CCAGCTATGGTCACTGGGAAGTGCTTTTCTTTCAGCTGAGACCCTATCAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCTATGGTCACTGGGAAGTGCTTTTCTTTCAGCTGAGACCCTATCAC  350

seq1  CCTATCTCTTCCCCACTTGTAAATTGTTGTAGAAATAGATAAATAAATGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATCTCTTCCCCACTTGTAAATTGTTGTAGAAATAGATAAATAAATGT  400

seq1  CTTGTTTAAAGACTGAAGCTTAATTTGATAATTTCTTTCATCTACATGGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTTTAAAGACTGAAGCTTAATTTGATAATTTCTTTCATCTACATGGT  450

seq1  AGTGTTTTATAGTTAAATATAAACAAGACATATAAAGGGAATCTTGTTCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTTTTATAGTTAAATATAAACAAGACATATAAAGGGAATCTTGTTCA  500

seq1  AATTCACAGTTCACAATTCTGTTGGGTTTTCAGTCAAGTTGGGAAGACAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCACAGTTCACAATTCTGTTGGGTTTTCAGTCAAGTTGGGAAGACAG  550

seq1  AAATGACAAAGAAAGGTCAGAAAAGCTGTAACTGGGTGTTCATTTGCGGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGACAAAGAAAGGTCAGAAAAGCTGTAACTGGGTGTTCATTTGCGGG  600

seq1  GTTCTCAGTTAACCCTAAAATTTATTCATTATTATTTATGCTAAACATAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTCAGTTAACCCTAAAATTTATTCATTATTATTTATGCTAAACATAA  650

seq1  GGTGTACCACATGCATTAGTTGTTTTAATATCTTACCAGAGATGGATAAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGTACCACATGCATTAGTTGTTTTAATATCTTACCAGAGATGGATAAA  700

seq1  TTATCTTACAAGCCTGATTACATATATTCATTAAGTGATGATATGTACAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCTTACAAGCCTGATTACATATATTCATTAAGTGATGATATGTACAT  750

seq1  ACATATATTATCACTAAACATAATACATTTCATGGAGATAAAAATTTCTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATATATTATCACTAAACATAATACATTTCATGGAGATAAAAATTTCTA  800

seq1  AGCTGGGAGAATCAAGAGGAAGGAGGTGTTTGGGAGCTACATGTAGCAGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGGGAGAATCAAGAGGAAGGAGGTGTTTGGGAGCTACATGTAGCAGA  850

seq1  GGAAATGAGTGTATGTATAGGAGACAGAGTATGACGGGGTATGCTAAGTC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAATGAGTGTATGTATAGGAGACAGAGTATGACGGGGTATGCTAAGTC  900

seq1  CCCACATCTACAACTTGCAGAGTCATGACTA-TACTAGTGTCTCCCAAAT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||
seq2  CCCACATCTACAACTTGCAGAGTCATGACTATTACTAGTGTCT-CCAAAT  949

seq1  CCCCATGTTCTGGACAGAGTAACAGGGACAGACACAGTCATGCCTTAGGG  999
      ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||
seq2  CCCCATGTTTTGGACAGAGTAACA-GGACAGACACA-TCATGCC-TAGGG  996

seq1  GTTGGTTATAG-TGGAGGTTGCTTACAGTCTCACCATTACATAGTTATGA  1048
      ||||||||||| |||||  ||||||||||||| ||||||| |||||||||
seq2  GTTGGTTATAGTTGGAG--TGCTTACAGTCTC-CCATTACGTAGTTATGA  1043

seq1  CCTACTATTTTGTCA  1063
      |||  |  |||||||
seq2  CCTCATTATTTGTCA  1058