BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-130D16
Chromosome1 (Build37)
Map Location 81,507,704 - 81,667,112
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG621020
Upstream geneDock10, LOC665092, 9430031J16Rik
Downstream geneLOC433328, EG665145, Irs1, Rhbdd1, Col4a4, Col4a3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-130D16.bB6Ng01-130D16.g
ACCDH931597DH931598
length1,0511,136
definitionDH931597|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-130D16, 5' end.DH931598|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-130D16, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(81,507,704 - 81,508,759)(81,665,964 - 81,667,112)
sequence
gaattctttaaggaaaacatttaactcactgtagtcacagcatgtgatct
ctgagtctaagaattttatagctgctacaaccaccactgaacagaggttc
atgatgtatcctttaactttgcacttccaatgaatgatgttagagcatat
ggtgacatggaaacttaaggattctttggaaagtcagttggatagtgttt
gctggggcaaacacatgaaggaatgttttgttaaagtggacacatgtgta
aaaggctaaggcagactagtgaagactaaggcagactagtgaaggagtgt
tttgctgaaggagacataggaaagatgatgttctgctaaagtaagtaaac
agtctgaactggactgttggtggatttgtgaagtgtttgcaaatggattg
agttgccactgcctactaacctgtgaactgaactgctgatttccagacag
cacagatgggagtttgtccaaaaaacaaacaaacaaacaaacaaacaaac
aaaaccaaaataactttcttttttttaaattagtgaaaatttatgtgatt
ataatatgaaatacaaaattttaatacaagtaaaattttaatacaaattt
taatacaagtacaatgtacttgtatgttattttaagtgctattatgagag
tgcaacattaaatgagttaaagtacaaagtaaaagctacagacatgcaag
gttaatttctcgaaaagaattattttagcactaagtgtagcttagttata
tagtgtatacagtgtacagtaatgtgctagatgtgtgaatattcaccacc
agccatgtcaatctttccccctgttcatggtaaggtcctttactggcatt
aagtgttcactctttaagctgtattttacagtcctgtttttttttccatt
ttttattaggtatttagctcatttacatttccaatgctataccaaagtcc
cccatacccacccacccccactcccctgccacccactccccctttttggc
ccggggttcccctgtattggggaatataaaagttgcagtccaagggccta
t
gaattcaggtcttgtgcaacaatcgttttacccatttccccagttttcca
cacaggcttttatgtggacatagattgttaactacagaagcaaaagttga
acgaagtttgaggtggaaagggaaagactcagaaagccttggaagaaaaa
agccacacttggtgataaacataacaaacagttgtctgtgcttgccaagg
ctcacgtgacttttcagtctgtctcgtccatctgtgtgtcaaagggattg
agttttgttattatctaaggtaaattcttagatattggtaggatttgacc
tcaattggatctatggtttacacggactgtcaaggaactcacaagaagct
gttgcattctgcctggaccatccatggggacaacagtcctttcctaactg
ggattgggaaagagaacctctttgtttatggtgcaatcaaacagcaaata
atctgtgtggatatatgggcagaatacagccaaattacttgaacataaag
atactattgattgtttcataggaatgcctatatcagaaatagtttaggga
ttactttatataaaatacaaatttcttggggaccaaacactatgtcctgt
aatatctctgcatattagctattgtctgtagctgaaagtagtaaaaattt
attgataacattataaatctaaccacattgcattgtcaaattaaacttat
caaacatatataaaataagaagatgattgtcatttttaatattaatacca
cattttaagacaactgatataataggccagtaggtgatcatagtgtgcct
tattcaccaaactattcctcatttagctaacctctaatgccattttcaca
ctaagcatataaaaacaccaccattgagtgtcccagaactatgtaatatt
attagatgacattaagtacaatatcttccttagactcagatttaatatgt
attacacgaaagaataactatgtggacttgtttttatattttttataaac
tatataaaccataatcctagattcttttgaaatcaaatctgtgctagttg
gagctagagttatatgagtgtgagatcaaagaatgctttgggagctgggc
aacaaaccaggctctccattgatatgactggaatga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_81507704_81508759
seq2: B6Ng01-130D16.b_48_1098

seq1  GAATTCTTTAAGGAAAACATTTAACTCACTGTAGTCACAGCATGTGATCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTAAGGAAAACATTTAACTCACTGTAGTCACAGCATGTGATCT  50

seq1  CTGAGTCTAAGAATTTTATAGCTGCTACAACCACCACTGAACAGAGGTTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGTCTAAGAATTTTATAGCTGCTACAACCACCACTGAACAGAGGTTC  100

seq1  ATGATGTATCCTTTAACTTTGCACTTCCAATGAATGATGTTAGAGCATAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATGTATCCTTTAACTTTGCACTTCCAATGAATGATGTTAGAGCATAT  150

seq1  GGTGACATGGAAACTTAAGGATTCTTTGGAAAGTCAGTTGGATAGTGTTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGACATGGAAACTTAAGGATTCTTTGGAAAGTCAGTTGGATAGTGTTT  200

seq1  GCTGGGGCAAACACATGAAGGAATGTTTTGTTAAAGTGGACACATGTGTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGGGCAAACACATGAAGGAATGTTTTGTTAAAGTGGACACATGTGTA  250

seq1  AAAGGCTAAGGCAGACTAGTGAAGACTAAGGCAGACTAGTGAAGGAGTGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGCTAAGGCAGACTAGTGAAGACTAAGGCAGACTAGTGAAGGAGTGT  300

seq1  TTTGCTGAAGGAGACATAGGAAAGATGATGTTCTGCTAAAGTAAGTAAAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCTGAAGGAGACATAGGAAAGATGATGTTCTGCTAAAGTAAGTAAAC  350

seq1  AGTCTGAACTGGACTGTTGGTGGATTTGTGAAGTGTTTGCAAATGGATTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTGAACTGGACTGTTGGTGGATTTGTGAAGTGTTTGCAAATGGATTG  400

seq1  AGTTGCCACTGCCTACTAACCTGTGAACTGAACTGCTGATTTCCAGACAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGCCACTGCCTACTAACCTGTGAACTGAACTGCTGATTTCCAGACAG  450

seq1  CACAGATGGGAGTTTGTCCAAAAAACAAACAAACAAACAAACAAACAAAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGATGGGAGTTTGTCCAAAAAACAAACAAACAAACAAACAAACAAAC  500

seq1  AAAACCAAAATAACTTTCTTTTTTTTAAATTAGTGAAAATTTATGTGATT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACCAAAATAACTTTCTTTTTTTTAAATTAGTGAAAATTTATGTGATT  550

seq1  ATAATATGAAATACAAAATTTTAATACAAGTAAAATTTTAATACAAATTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATATGAAATACAAAATTTTAATACAAGTAAAATTTTAATACAAATTT  600

seq1  TAATACAAGTACAATGTACTTGTATGTTATTTTAAGTGCTATTATGAGAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATACAAGTACAATGTACTTGTATGTTATTTTAAGTGCTATTATGAGAG  650

seq1  TGCAACATTAAATGAGTTAAAGTACAAAGTAAAAGCTACAGACATGCAAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAACATTAAATGAGTTAAAGTACAAAGTAAAAGCTACAGACATGCAAG  700

seq1  GTTAATTTCTCGAAAAGAATTATTTTAGCACTAAGTGTAGCTTAGTTATA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAATTTCTCGAAAAGAATTATTTTAGCACTAAGTGTAGCTTAGTTATA  750

seq1  TAGTGTATACAGTGTACAGTAATGTGCTAGATGTGTGAATATTCACCACC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGTATACAGTGTACAGTAATGTGCTAGATGTGTGAATATTCACCACC  800

seq1  AGCCATGTCAATCTTTCCCCCTGTTCATGGTAAGGTCCTTTACTGGCATT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCATGTCAATCTTTCCCCCTGTTCATGGTAAGGTCCTTTACTGGCATT  850

seq1  AAGTGTTCACTCTTTAAGCTGTATTTTACAGTCCTGTTTTTTTTTCCATT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGTTCACTCTTTAAGCTGTATTTTACAGTCCTGTTTTTTTTTCCATT  900

seq1  TTTTATTAGGTATTTAGCTCATTTACATTTCCAATGCTATACCAAAAGTC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  TTTTATTAGGTATTTAGCTCATTTACATTTCCAATGCTATACC-AAAGTC  949

seq1  CCCCATACCCACCCACCCCCACTCCCCTGCCCACCCACTCCCCCTTTTTG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  CCCCATACCCACCCACCCCCACTCCCCTG-CCACCCACTCCCCCTTTTTG  998

seq1  GCCCTGGCGTTCCCCTGTACTGGGGCATATAAAGTTTGCAAGTCCAATGG  1050
      |||| || ||||||||||| ||||| |||||||  |||| ||||||| ||
seq2  GCCC-GGGGTTCCCCTGTATTGGGGAATATAAAAGTTGC-AGTCCAA-GG  1045

seq1  GCCTAT  1056
      ||||||
seq2  GCCTAT  1051

seq1: chr1_81665964_81667112
seq2: B6Ng01-130D16.g_69_1204 (reverse)

seq1  TCATCTCCAGTCATATCAAATGGAGAGCTGTGTTTGTTG-CCAGCTTCCC  49
      |||| |||||||||||| ||||||||||   |||||||| |||||| || 
seq2  TCAT-TCCAGTCATATC-AATGGAGAGCCTGGTTTGTTGCCCAGCTCCCA  48

seq1  AAGCATTTCTTTTGATCTTCACA-TCATTATACCTCTAGCTCAAACTAGC  98
      |||||||   ||||||| ||||| ||| |||| ||||||||| |||||||
seq2  AAGCATT--CTTTGATC-TCACACTCA-TATAACTCTAGCTCCAACTAGC  94

seq1  AACAGATTTGATTTTCAAAAGAATTCTAGGATTTATGGTTTATATAGTTT  148
       |||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||
seq2  -ACAGATTTGA-TTTCAAAAGAA-TCTAGGA-TTATGGTTTATATAGTTT  140

seq1  AATAAAAATATAAAAAC-AGTCACAATAG-TATTCTTTCGGTGTAATACA  196
      |  |||||||||||||| ||||   |||| ||||||||| ||||||||||
seq2  ATAAAAAATATAAAAACAAGTCCACATAGTTATTCTTTC-GTGTAATACA  189

seq1  TATTTAAATCCTGAGTCTAAGGAAGATTATTGTTACTTAATGTCATCTTA  246
      || |||||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||
seq2  TA-TTAAAT-CTGAGTCTAAGGAAGA-TATTG-TACTTAATGTCATC-TA  234

seq1  ATAATATTACATAGTTCTGGGACACTCAATGGTGGTGTTTTTATATGCTT  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATATTACATAGTTCTGGGACACTCAATGGTGGTGTTTTTATATGCTT  284

seq1  AGTGTTGAAAATGGCATTAGAGGTTAGCTAAATGAGGAATAGTTTGGTGA  346
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTG-TGAAAATGGCATTAGAGGTTAGCTAAATGAGGAATAGTTTGGTGA  333

seq1  ATAAGGCACACTATGATCACCTACTGGCCTATTATATCAGTTGTCTTAAA  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGGCACACTATGATCACCTACTGGCCTATTATATCAGTTGTCTTAAA  383

seq1  ATGTGGTATTAATATTAAAAATGACAATCATCTTCTTATTTTATATATGT  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGGTATTAATATTAAAAATGACAATCATCTTCTTATTTTATATATGT  433

seq1  TTGATAAGTTTAATTTGACAATGCAATGTGGTTAGATTTATAATGTTATC  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATAAGTTTAATTTGACAATGCAATGTGGTTAGATTTATAATGTTATC  483

seq1  AATAAATTTTTACTACTTTCAGCTACAGACAATAGCTAATATGCAGAGAT  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAATTTTTACTACTTTCAGCTACAGACAATAGCTAATATGCAGAGAT  533

seq1  ATTACAGGACATAGTGTTTGGTCCCCAAGAAATTTGTATTTTATATAAAG  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACAGGACATAGTGTTTGGTCCCCAAGAAATTTGTATTTTATATAAAG  583

seq1  TAATCCCTAAACTATTTCTGATATAGGCATTCCTATGAAACAATCAATAG  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATCCCTAAACTATTTCTGATATAGGCATTCCTATGAAACAATCAATAG  633

seq1  TATCTTTATGTTCAAGTAATTTGGCTGTATTCTGCCCATATATCCACACA  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTTTATGTTCAAGTAATTTGGCTGTATTCTGCCCATATATCCACACA  683

seq1  GATTATTTGCTGTTTGATTGCACCATAAACAAAGAGGTTCTCTTTCCCAA  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTATTTGCTGTTTGATTGCACCATAAACAAAGAGGTTCTCTTTCCCAA  733

seq1  TCCCAGTTAGGAAAGGACTGTTGTCCCCATGGATGGTCCAGGCAGAATGC  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCAGTTAGGAAAGGACTGTTGTCCCCATGGATGGTCCAGGCAGAATGC  783

seq1  AACAGCTTCTTGTGAGTTCCTTGACAGTCCGTGTAAACCATAGATCCAAT  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGCTTCTTGTGAGTTCCTTGACAGTCCGTGTAAACCATAGATCCAAT  833

seq1  TGAGGTCAAATCCTACCAATATCTAAGAATTTACCTTAGATAATAACAAA  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGTCAAATCCTACCAATATCTAAGAATTTACCTTAGATAATAACAAA  883

seq1  ACTCAATCCCTTTGACACACAGATGGACGAGACAGACTGAAAAGTCACGT  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCAATCCCTTTGACACACAGATGGACGAGACAGACTGAAAAGTCACGT  933

seq1  GAGCCTTGGCAAGCACAGACAACTGTTTGTTATGTTTATCACCAAGTGTG  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCTTGGCAAGCACAGACAACTGTTTGTTATGTTTATCACCAAGTGTG  983

seq1  GCTTTTTTCTTCCAAGGCTTTCTGAGTCTTTCCCTTTCCACCTCAAACTT  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTTTTCTTCCAAGGCTTTCTGAGTCTTTCCCTTTCCACCTCAAACTT  1033

seq1  CGTTCAACTTTTGCTTCTGTAGTTAACAATCTATGTCCACATAAAAGCCT  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTTCAACTTTTGCTTCTGTAGTTAACAATCTATGTCCACATAAAAGCCT  1083

seq1  GTGTGGAAAACTGGGGAAATGGGTAAAACGATTGTTGCACAAGACCTGAA  1146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGGAAAACTGGGGAAATGGGTAAAACGATTGTTGCACAAGACCTGAA  1133

seq1  TTC  1149
      |||
seq2  TTC  1136