BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-142B05
Chromosome1 (Build37)
Map Location 25,373,146 - 25,516,464
singlet/doubletdoublet
Overlap geneBai3
Upstream geneCol19a1, LOC100040475, LOC665829, Lmbrd1, 4930472D16Rik, LOC669171
Downstream geneLOC665595
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-142B05.bB6Ng01-142B05.g
ACCDH940364DH940365
length1,1271,180
definitionDH940364|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-142B05, 5' end.DH940365|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-142B05, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(25,515,330 - 25,516,464)(25,373,146 - 25,374,346)
sequence
gaattcatctcatggtgttttttaccggaatgtcatgtgagcaagtaaca
aatggtattaggcattcttgtcagtggaaaaatcaggaatgtgtaatctg
tatgtttagttgtgacgtaggattagttctattctcgtttttataatata
ttttcaattggaatgattcttaacgatgttttttaagatgatggtttaga
attttaaaagaggttattttgtagcttttactaaaagtaattacagctac
atggtaagtatgcatgacacaaaatgtgactcctcaaaataaaagtaaaa
aaggaaaaggtgtttaaaacttaccaaaaataatccttgtgatcgctctt
tatcttcgagaagtagacttaacaaaaacaaccttgaaaatagatctcaa
tgtgactttagtaaaccaaatgaggaactctgacgtcagaatttgtaacc
gacgtacaattctgaaaaacatgccttggaaagcccgctggtcattcaac
aaccgcacttaagaagactcagaactgtatttagataaagatgtttctta
aattgtagcctaatagcatttgatatgtaaatgaagaaaatatctaatta
aaaaaatgaaaaaaaattgtagcctaaagtgaaagaagaatgtacttaat
agcagtgtaccctccctctcccgtgacatacgcatacacatacgtgcaca
tacaccaacaccatggcagtgggtttaaggcatgtaatttcttcaatagt
tcatattacaaagtccacccttatgtccctggcttatgagggtacaatcc
ctgttcagttaacctaatccatctaatgcctatcatgtaaataccactgt
gccctgcctgatctcaatgactgttctgcagcaaggacagaaaggacttg
tctatctgaagtccccatgatctggaatgtgtatatactgatcactaggc
ccttatcaaaaaccttgccagccctgctctatacactgaatggctattgg
gtagaaagagtatactgggctttagtatgtcaggaaagggttacaattta
aaaagacttaagcatatttgcaataggctggatgaattcttacgactact
actttcctaagtacggactctagtaaa
gaattccatttattgaatgtcattaatcagaacatgttccacaagaaaga
cttcaagtgattaaattgatctgtccttacactttttttcttcgtgggtt
aatttagaatagcctcaaaaattggccatggtctatgatggcactctgtg
atttgcataatccaaggacatctgtcttttttctactgctttgtttacta
aaggcaaggcttcatggaaatcacatctatggtctatagtttatttggtt
taggcttgaggctaattaagtgagagtcggagttcttccctatgtgggct
tggaccttggattcaatgcagcttcagaagacattccaaggcctgaccaa
ttgctcccctcaaacaaacaaacaaacaaacaaacacaaatcaactaaac
aacaaaccaaatctgaaaacaaaccccctaccccccaaaaagtgaaggat
aaaaagaaggattaaaagaaggatagagcccccacagcaaaattactgac
tgtacacagggtattttgcagtaatggtgacttagtggtatcattctaac
agtcccaagcaagacagtgaatagtcttcagttgagtacggctgtgtcaa
tctctggctcatgacagccaaaccaaatgagcagcaactttctggatgtg
tctctttaggactatagaaaggtgaattctcagtgggtacctttatgcag
gtatgcacacatcctaatacaggacatgatcaaataacagtgcattttca
gggagggaagggagaaaaaaaaaagagtgcattttctgttttctccccct
atacccttaaggaatgcagaatgtagctacaattcttatgaattgaccta
tttatatgctggggtctgggatttcagcaaacatcttaaggctactgttt
gccaattagtatgttgtactttgtttcaattcttgccccattctccaggc
tgttttgcttatatctgagatgccagatgctgaatgacagttttaaagag
agcttgctgaaagtgccagatgtgatgaatcactggttcccttaaggggc
agcatgtgatgcagcaagaaaagtgattcttcagtctgctcacactgtct
agcagctgggtgaccctggagatagagaacctcatctatgtaatttccta
tagccgtaattacaattgctggatagaaga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_25515330_25516464
seq2: B6Ng01-142B05.b_45_1171 (reverse)

seq1  TTTACTAGAGTACGTACTTAGGAAAATTAGTAGTCGTAAGAA-TCATCCA  49
      ||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||| |||||||
seq2  TTTACTAGAGTCCGTACTTAGG-AAAGTAGTAGTCGTAAGAATTCATCCA  49

seq1  GCCTATTGCAAATATGCTTAAGTCTTTTTAAATTGTAAACCCTTTCCTGA  99
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  GCCTATTGCAAATATGCTTAAGTCTTTTTAAATTGT-AACCCTTTCCTGA  98

seq1  CATACTAAAGGCCCAGTTATTAACTCTATCTACCCAATAGCCATTCAGTG  149
      ||||||||| |||||| |||  ||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  CATACTAAA-GCCCAG-TAT--ACTCTTTCTACCCAATAGCCATTCAGTG  144

seq1  TAATAGAGCAGGGCTGGCAAGGTTTTTTGATAAGGGCCTAGTGATCAGTA  199
      | |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  T-ATAGAGCAGGGCTGGCAAGG-TTTTTGATAAGGGCCTAGTGATCAGTA  192

seq1  TATTACACATTCCAGATCATGGGGACTTCAGATAGACAAGTCCTTTCTGT  249
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TA-TACACATTCCAGATCATGGGGACTTCAGATAGACAAGTCCTTTCTGT  241

seq1  CCTTGCTGCAGAACAGTCATTGAGATCAGGCAGGGCACAGTGGTATTTAC  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGCTGCAGAACAGTCATTGAGATCAGGCAGGGCACAGTGGTATTTAC  291

seq1  ATGATAGGCATTAGATGGATTAGGTTAACTGAACAGGGATTGTACCCTCA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATAGGCATTAGATGGATTAGGTTAACTGAACAGGGATTGTACCCTCA  341

seq1  TAAGCCAGGGACATAAGGGTGGACTTTGTAATATGAACTATTGAAGAAAT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGCCAGGGACATAAGGGTGGACTTTGTAATATGAACTATTGAAGAAAT  391

seq1  TACATGCCTTAAACCCACTGCCATGGTGTTGGTGTATGTGCACGTATGTG  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATGCCTTAAACCCACTGCCATGGTGTTGGTGTATGTGCACGTATGTG  441

seq1  TATGCGTATGTCACGGGAGAGGGAGGGTACACTGCTATTAAGTACATTCT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCGTATGTCACGGGAGAGGGAGGGTACACTGCTATTAAGTACATTCT  491

seq1  TCTTTCACTTTAGGCTACAATTTTTTTTCATTTTTTTAATTAGATATTTT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTCACTTTAGGCTACAATTTTTTTTCATTTTTTTAATTAGATATTTT  541

seq1  CTTCATTTACATATCAAATGCTATTAGGCTACAATTTAAGAAACATCTTT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCATTTACATATCAAATGCTATTAGGCTACAATTTAAGAAACATCTTT  591

seq1  ATCTAAATACAGTTCTGAGTCTTCTTAAGTGCGGTTGTTGAATGACCAGC  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTAAATACAGTTCTGAGTCTTCTTAAGTGCGGTTGTTGAATGACCAGC  641

seq1  GGGCTTTCCAAGGCATGTTTTTCAGAATTGTACGTCGGTTACAAATTCTG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTTTCCAAGGCATGTTTTTCAGAATTGTACGTCGGTTACAAATTCTG  691

seq1  ACGTCAGAGTTCCTCATTTGGTTTACTAAAGTCACATTGAGATCTATTTT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGTCAGAGTTCCTCATTTGGTTTACTAAAGTCACATTGAGATCTATTTT  741

seq1  CAAGGTTGTTTTTGTTAAGTCTACTTCTCGAAGATAAAGAGCGATCACAA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGTTGTTTTTGTTAAGTCTACTTCTCGAAGATAAAGAGCGATCACAA  791

seq1  GGATTATTTTTGGTAAGTTTTAAACACCTTTTCCTTTTTTACTTTTATTT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATTATTTTTGGTAAGTTTTAAACACCTTTTCCTTTTTTACTTTTATTT  841

seq1  TGAGGAGTCACATTTTGTGTCATGCATACTTACCATGTAGCTGTAATTAC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGAGTCACATTTTGTGTCATGCATACTTACCATGTAGCTGTAATTAC  891

seq1  TTTTAGTAAAAGCTACAAAATAACCTCTTTTAAAATTCTAAACCATCATC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAGTAAAAGCTACAAAATAACCTCTTTTAAAATTCTAAACCATCATC  941

seq1  TTAAAAAACATCGTTAAGAATCATTCCAATTGAAAATATATTATAAAAAC  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAAAACATCGTTAAGAATCATTCCAATTGAAAATATATTATAAAAAC  991

seq1  GAGAATAGAACTAATCCTACGTCACAACTAAACATACAGATTACACATTC  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAATAGAACTAATCCTACGTCACAACTAAACATACAGATTACACATTC  1041

seq1  CTGATTTTTCCACTGACAAGAATGCCTAATACCATTTGTTACTTGCTCAC  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATTTTTCCACTGACAAGAATGCCTAATACCATTTGTTACTTGCTCAC  1091

seq1  ATGACATTCCGGTAAAAAACACCATGAGATGAATTC  1135
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACATTCCGGTAAAAAACACCATGAGATGAATTC  1127

seq1: chr1_25373146_25374346
seq2: B6Ng01-142B05.g_69_1248

seq1  GAATTCCATTTATTGAATGTCATTAATCAGAACATGTTCCACAAGAAAGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATTTATTGAATGTCATTAATCAGAACATGTTCCACAAGAAAGA  50

seq1  CTTCAAGTGATTAAATTGATCTGTCCTTACACTTTTTTTCTTCGTGGGTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAAGTGATTAAATTGATCTGTCCTTACACTTTTTTTCTTCGTGGGTT  100

seq1  AATTTAGAATAGCCTCAAAAATTGGCCATGGTCTATGATGGCACTCTGTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTAGAATAGCCTCAAAAATTGGCCATGGTCTATGATGGCACTCTGTG  150

seq1  ATTTGCATAATCCAAGGACATCTGTCTTTTTTCTACTGCTTTGTTTACTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGCATAATCCAAGGACATCTGTCTTTTTTCTACTGCTTTGTTTACTA  200

seq1  AAGGCAAGGCTTCATGGAAATCACATCTATGGTCTATAGTTTATTTGGTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCAAGGCTTCATGGAAATCACATCTATGGTCTATAGTTTATTTGGTT  250

seq1  TAGGCTTGAGGCTAATTAAGTGAGAGTCGGAGTTCTTCCCTATGTGGGCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGCTTGAGGCTAATTAAGTGAGAGTCGGAGTTCTTCCCTATGTGGGCT  300

seq1  TGGACCTTGGATTCAATGCAGCTTCAGAAGACATTCCAAGGCCTGACCAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGACCTTGGATTCAATGCAGCTTCAGAAGACATTCCAAGGCCTGACCAA  350

seq1  TTGCTCCCCTCAAACAAACAAACAAACAAACAAACACAAATCAACTAAAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTCCCCTCAAACAAACAAACAAACAAACAAACACAAATCAACTAAAC  400

seq1  AACAAACCAAATCTGAAAACAAACCCCCTACCCCCCAAAAAGTGAAGGAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAACCAAATCTGAAAACAAACCCCCTACCCCCCAAAAAGTGAAGGAT  450

seq1  AAAAAGAAGGATTAAAAGAAGGATAGAGCCCCCACAGCAAAATTACTGAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAGAAGGATTAAAAGAAGGATAGAGCCCCCACAGCAAAATTACTGAC  500

seq1  TGTACACAGGGTATTTTGCAGTAATGGTGACTTAGTGGTATCATTCTAAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTACACAGGGTATTTTGCAGTAATGGTGACTTAGTGGTATCATTCTAAC  550

seq1  AGTCCCAAGCAAGACAGTGAATAGTCTTCAGTTGAGTACGGCTGTGTCAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCCAAGCAAGACAGTGAATAGTCTTCAGTTGAGTACGGCTGTGTCAA  600

seq1  TCTCTGGCTCATGACAGCCAAACCAAATGAGCAGCAACTTTCTGGATGTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTGGCTCATGACAGCCAAACCAAATGAGCAGCAACTTTCTGGATGTG  650

seq1  TCTCTTTAGGACTATAGAAAGGTGAATTCTCAGTGGGTACCTTTATGCAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTTTAGGACTATAGAAAGGTGAATTCTCAGTGGGTACCTTTATGCAG  700

seq1  GTATGCACACATCCTAATACAGGACATGATCAAATAACAGTGCATTTTCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGCACACATCCTAATACAGGACATGATCAAATAACAGTGCATTTTCA  750

seq1  GGGAGGGAAGGGAGAAAAAAAAAAGAGTGCATTTTCTGTTTTCTCCCCCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGGGAAGGGAGAAAAAAAAAAGAGTGCATTTTCTGTTTTCTCCCCCT  800

seq1  ATACCCTTAAGGAATGCAGAATGTAGCTACAATTCTTATGAATTGACCTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACCCTTAAGGAATGCAGAATGTAGCTACAATTCTTATGAATTGACCTA  850

seq1  TTTATATGCTGGGGTCT-GGAATTCAGCAAACAATCTTAAGGCTACTGTT  899
      ||||||||||||||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||
seq2  TTTATATGCTGGGGTCTGGGATTTCAGCAAAC-ATCTTAAGGCTACTGTT  899

seq1  TGCCAATTAGTATGTTGTTACTTTGTTTCAATTCTTGCCCCATTCTCCAG  949
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCAATTAGTATGTTG-TACTTTGTTTCAATTCTTGCCCCATTCTCCAG  948

seq1  GCTGTTTTGCTTATATCTGAGATGCCAAGATGCTGAATGGACAAGTTTTA  999
      |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||
seq2  GCTGTTTTGCTTATATCTGAGATGCC-AGATGCTGAAT-GAC-AGTTTTA  995

seq1  AAGGAGAGCTTGCTGGAAAGTGGCAGATGTGATGAATCACTGAGTTCCCT  1049
      || ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| |||||||
seq2  AA-GAGAGCTTGCT-GAAAGTGCCAGATGTGATGAATCACTG-GTTCCCT  1042

seq1  TTACAGGGGGCAGCATGTGATGCAAGCAAGAAAAGTGATTCCTCCAGTCT  1099
      |   | ||||||||||||||||| |||||||||||||||| || ||||||
seq2  T---AAGGGGCAGCATGTGATGC-AGCAAGAAAAGTGATT-CTTCAGTCT  1087

seq1  GCTCCACACTGCTAAGCAGTTGGGTGACCTTGAAG-TAGAGACACCTCAT  1148
      ||| |||||||   ||||| ||||||||| || || |||||| |||||| 
seq2  GCT-CACACTGTCTAGCAGCTGGGTGACCCTGGAGATAGAGA-ACCTCA-  1134

seq1  TTCTATGTATTTCTCTATAGCTGATAATATAACCAATATGGCTGGATAGA  1198
       |||||||| ||  ||||||| | |||| ||  ||  || ||||||||||
seq2  -TCTATGTAATTTCCTATAGCCG-TAAT-TA--CA--ATTGCTGGATAGA  1177

seq1  AGA  1201
      |||
seq2  AGA  1180