BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-142H12
Chromosome1 (Build37)
Map Location 77,163,554 - 77,289,924
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100039137, Tfdp1-ps
Downstream geneEpha4, LOC100039330, Pax3, LOC100039210
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-142H12.bB6Ng01-142H12.g
ACCDH940660DH940661
length1,1261,090
definitionDH940660|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-142H12, 5' end.DH940661|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-142H12, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(77,288,771 - 77,289,924)(77,163,554 - 77,164,665)
sequence
gaattcatgagtgctggatgatagtgagtgaatgccagtttccatatgct
atggaagctgtggtctgtacccaggggataagaaaggtatcaatgattca
agttgctttctgccaaaaggccagggtgggaatcttcatacaggcatgca
tgtctctgggtggctgctgggactcatagaattaatatttgtaattctga
gtatctcagagttccatgagggaaaaacacttgatgttttgatgaagtat
atatactagttcttttttttttccttttaaaattacaaagcgaggttttt
gaggctggttactttggggggaagccatatcgatttggcatttcacagtg
aaatggaggagcatgcaggagagagagctcatctcctaggcaagggggct
gggaaagatcacatccatttatacagactgtctttagagagaaccaacca
ggaactgctttaatccatccctctgagactctgactcagagacataaaca
tcttccactaggtacactaaagatgtcaccacacctaggaccaagctgct
aacacacttggctcatcttagtgtataaatgcttaaactgtgctcaccta
gtgtgacataaatgagcaaatggcttagttgatgggaacacccagaggat
ttctctacatcccagtggcaactagtctttgttttctgccagtctcaccc
tagtgagaatttcctgcagcgatcacagttccagtttttctgtagaaaag
aaacgtggaagaggagtaaaggagagggaagagatgttaaaaatagattc
ttgtttttaaataaaagaaaggttatcttgggctggagatagagagatgc
cttagctgttaagagcactagctgctgttgctaaggacccaggttccagt
cccagtatttacatggtagcttgcgatatccatactcaagttcaggggac
cagcatccttttctgcgatgcagacatacatgctgcgtacatatttacat
ggatcaaacagttacacacataaataatctgagagagagcatctaaatgt
gattctgatctcagcatgccggaatccaccagtaggctcacttttttatg
taggagtagacctaagctctgagaat
gaattccttggcgttccctgaactgcacacatcaaacaaaataaaacccg
acaaagggaacaagccaactgacttgattctttgtgcacataggttcaac
tcactcagactatgcatactagcatgaagccctatagcttgagttatatc
cctcagcacccaaaggagaggtcaaatccatcagcatttcttccttgttc
acctaagtttcttgtcaccaacgccacggagaaggtgcagaagtttaaag
aaagcaattgcaaaatcaggagagaaacctaggttcaagccacatccagc
ctcagagagctaaacaagcaggcttctctgctgagtaatagtggaaacta
tcatgtacctggggttcagatctcaagccagccatctaagactcaaatta
ataagttgatgaattctaaatttgccttatgaggatatgggtaaaaatgg
gaaaacaatgacttggaaagtattagccaatcaaattctattattgctac
taaggttgaatgagtctatgtttatccagatgagatccaatatgggccaa
ccacttatgttaagtttggctggaggcaaggggggacataatgacaaggt
gccctagtacctagcacatgcattcattgctgcatttaccaagtgccgac
tgtatgccaagtgctatgctaagacctggacagatacaaataatcaaaca
catccctgttcttgtgttccttagcttcacatgcaacaagtgatattact
ggtttcatttgtgttcccagttatacacacggctttagtgctttgtccac
cccaagtttggaagacattaggttggaagtactctctctcttctgcgtca
gcactgtttactgctttgcatctattaacagagttgatgtgaatatccaa
tgaaacagctgcttacatgatccccaatttcatggcagtagcacacgaga
tcacgatatgtccagttatgtcatggtttttgtacttgtgtgtgtgttta
gttctgaagtacatatttctcagctttcttctttttcttttttagcctgt
ctacattccgatactaagagttttacatgttttgcttgtt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_77288771_77289924
seq2: B6Ng01-142H12.b_47_1172 (reverse)

seq1  ATTCTCATGTAGCTTTAGGTCTTACTCCTACATAAAAATATGTTGAGCTT  50
      |||||||   ||| ||||||| ||||||||||||||||     |||||  
seq2  ATTCTCA--GAGC-TTAGGTC-TACTCCTACATAAAAA---AGTGAGC-C  42

seq1  TACTGTGGTGATTCTGGGCCATTGCTGAGATCAGAATCAACATTTTATGA  100
      ||||| |  ||||| ||  || |||||||||||||||| ||||||   ||
seq2  TACTG-GTGGATTCCGG--CA-TGCTGAGATCAGAATC-ACATTT--AGA  85

seq1  TGGCTCTTCTCTTCAGATTTATTTTATGTGTGTAACTGTTTTGATTCCAT  150
      | |||| |||| |||||||   |||||||||||||||| ||||| |||||
seq2  T-GCTC-TCTC-TCAGATT--ATTTATGTGTGTAACTG-TTTGA-TCCAT  128

seq1  GTAAATATGTACGCAGCATGTATGTCTGGCATCCGCAGAAAAGGATGCTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| 
seq2  GTAAATATGTACGCAGCATGTATGTCT-GCAT-CGCAGAAAAGGATGCT-  175

seq1  GGTCCCCTGGAACTTGAGTTATGGATAATCGCAAGCTACCATGTAAATAC  250
      |||||||| ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCCCCT-GAACTTGAG-TATGGAT-ATCGCAAGCTACCATGTAAATAC  222

seq1  TGGGACTGGAACCTGGGTCCTTAGCAACAGCAGCTAGTGCTCTTAACAGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGACTGGAACCTGGGTCCTTAGCAACAGCAGCTAGTGCTCTTAACAGC  272

seq1  TAAGGCATCTCTCTATCTCCAGCCCAAGATAACCTTTCTTTTATTTAAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGGCATCTCTCTATCTCCAGCCCAAGATAACCTTTCTTTTATTTAAAA  322

seq1  ACAAGAATCTATTTTTAACATCTCTTCCCTCTCCTTTACTCCTCTTCCAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGAATCTATTTTTAACATCTCTTCCCTCTCCTTTACTCCTCTTCCAC  372

seq1  GTTTCTTTTCTACAGAAAAACTGGAACTGTGATCGCTGCAGGAAATTCTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCTTTTCTACAGAAAAACTGGAACTGTGATCGCTGCAGGAAATTCTC  422

seq1  ACTAGGGTGAGACTGGCAGAAAACAAAGACTAGTTGCCACTGGGATGTAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAGGGTGAGACTGGCAGAAAACAAAGACTAGTTGCCACTGGGATGTAG  472

seq1  AGAAATCCTCTGGGTGTTCCCATCAACTAAGCCATTTGCTCATTTATGTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAATCCTCTGGGTGTTCCCATCAACTAAGCCATTTGCTCATTTATGTC  522

seq1  ACACTAGGTGAGCACAGTTTAAGCATTTATACACTAAGATGAGCCAAGTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTAGGTGAGCACAGTTTAAGCATTTATACACTAAGATGAGCCAAGTG  572

seq1  TGTTAGCAGCTTGGTCCTAGGTGTGGTGACATCTTTAGTGTACCTAGTGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTAGCAGCTTGGTCCTAGGTGTGGTGACATCTTTAGTGTACCTAGTGG  622

seq1  AAGATGTTTATGTCTCTGAGTCAGAGTCTCAGAGGGATGGATTAAAGCAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATGTTTATGTCTCTGAGTCAGAGTCTCAGAGGGATGGATTAAAGCAG  672

seq1  TTCCTGGTTGGTTCTCTCTAAAGACAGTCTGTATAAATGGATGTGATCTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTGGTTGGTTCTCTCTAAAGACAGTCTGTATAAATGGATGTGATCTT  722

seq1  TCCCAGCCCCCTTGCCTAGGAGATGAGCTCTCTCTCCTGCATGCTCCTCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCAGCCCCCTTGCCTAGGAGATGAGCTCTCTCTCCTGCATGCTCCTCC  772

seq1  ATTTCACTGTGAAATGCCAAATCGATATGGCTTCCCCCCAAAGTAACCAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCACTGTGAAATGCCAAATCGATATGGCTTCCCCCCAAAGTAACCAG  822

seq1  CCTCAAAAACCTCGCTTTGTAATTTTAAAAGGAAAAAAAAAAGAACTAGT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCAAAAACCTCGCTTTGTAATTTTAAAAGGAAAAAAAAAAGAACTAGT  872

seq1  ATATATACTTCATCAAAACATCAAGTGTTTTTCCCTCATGGAACTCTGAG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATACTTCATCAAAACATCAAGTGTTTTTCCCTCATGGAACTCTGAG  922

seq1  ATACTCAGAATTACAAATATTAATTCTATGAGTCCCAGCAGCCACCCAGA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTCAGAATTACAAATATTAATTCTATGAGTCCCAGCAGCCACCCAGA  972

seq1  GACATGCATGCCTGTATGAAGATTCCCACCCTGGCCTTTTGGCAGAAAGC  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATGCATGCCTGTATGAAGATTCCCACCCTGGCCTTTTGGCAGAAAGC  1022

seq1  AACTTGAATCATTGATACCTTTCTTATCCCCTGGGTACAGACCACAGCTT  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTGAATCATTGATACCTTTCTTATCCCCTGGGTACAGACCACAGCTT  1072

seq1  CCATAGCATATGGAAACTGGCATTCACTCACTATCATCCAGCACTCATGA  1150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATAGCATATGGAAACTGGCATTCACTCACTATCATCCAGCACTCATGA  1122

seq1  ATTC  1154
      ||||
seq2  ATTC  1126

seq1: chr1_77163554_77164665
seq2: B6Ng01-142H12.g_68_1157

seq1  GAATTCCTTGGCGTTCCCTGAACTGCACACATCAAACAAAATAAAACCCG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTTGGCGTTCCCTGAACTGCACACATCAAACAAAATAAAACCCG  50

seq1  ACAAAGGGAACAAGCCAACTGACTTGATTCTTTGTGCACATAGGTTCAAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAGGGAACAAGCCAACTGACTTGATTCTTTGTGCACATAGGTTCAAC  100

seq1  TCACTCAGACTATGCATACTAGCATGAAGCCCTATAGCTTGAGTTATATC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTCAGACTATGCATACTAGCATGAAGCCCTATAGCTTGAGTTATATC  150

seq1  CCTCAGCACCCAAAGGAGAGGTCAAATCCATCAGCATTTCTTCCTTGTTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCAGCACCCAAAGGAGAGGTCAAATCCATCAGCATTTCTTCCTTGTTC  200

seq1  ACCTAAGTTTCTTGTCACCAACGCCACGGAGAAGGTGCAGAAGTTTAAAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTAAGTTTCTTGTCACCAACGCCACGGAGAAGGTGCAGAAGTTTAAAG  250

seq1  AAAGCAATTGCAAAATCAGGAGAGAAACCTAGGTTCAAGCCACATCCAGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCAATTGCAAAATCAGGAGAGAAACCTAGGTTCAAGCCACATCCAGC  300

seq1  CTCAGAGAGCTAAACAAGCAGGCTTCTCTGCTGAGTAATAGTGGAAACTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGAGAGCTAAACAAGCAGGCTTCTCTGCTGAGTAATAGTGGAAACTA  350

seq1  TCATGTACCTGGGGTTCAGATCTCAAGCCAGCCATCTAAGACTCAAATTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGTACCTGGGGTTCAGATCTCAAGCCAGCCATCTAAGACTCAAATTA  400

seq1  ATAAGTTGATGAATTCTAAATTTGCCTTATGAGGATATGGGTAAAAATGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGTTGATGAATTCTAAATTTGCCTTATGAGGATATGGGTAAAAATGG  450

seq1  GAAAACAATGACTTGGAAAGTATTAGCCAATCAAATTCTATTATTGCTAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAACAATGACTTGGAAAGTATTAGCCAATCAAATTCTATTATTGCTAC  500

seq1  TAAGGTTGAATGAGTCTATGTTTATCCAGATGAGATCCAATATGGGCCAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGGTTGAATGAGTCTATGTTTATCCAGATGAGATCCAATATGGGCCAA  550

seq1  CCACTTATGTTAAGTTTGGCTGGAGGCAAGGGGGGACATAATGACAAGGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTTATGTTAAGTTTGGCTGGAGGCAAGGGGGGACATAATGACAAGGT  600

seq1  GCCCTAGTACCTAGCACATGCATTCATTGCTGCATTTACCAAGTGCCGAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTAGTACCTAGCACATGCATTCATTGCTGCATTTACCAAGTGCCGAC  650

seq1  TGTATGCCAAGTGCTATGCTAAGACCTGGACAGATACAAATAATCAAACA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATGCCAAGTGCTATGCTAAGACCTGGACAGATACAAATAATCAAACA  700

seq1  CATCCCTGTTCTTGTGTTCCTTAGCTTCACATGCAACAAGTGATATTACT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCCTGTTCTTGTGTTCCTTAGCTTCACATGCAACAAGTGATATTACT  750

seq1  GGTTTCATTTGTGTTCCCAGTTATACACACGGCTTTAGTGCTTTGTCCAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTCATTTGTGTTCCCAGTTATACACACGGCTTTAGTGCTTTGTCCAC  800

seq1  CCCAAGTTTGGAAGACATTAGGTTGGAAGTACTCTCTCTCTTCTGCGTCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAAGTTTGGAAGACATTAGGTTGGAAGTACTCTCTCTCTTCTGCGTCA  850

seq1  GGCACTGTTTACTGCTTTGCATCTATTAACAAGAGTTGATGTGAATATCC  900
       ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  -GCACTGTTTACTGCTTTGCATCTATTAAC-AGAGTTGATGTGAATATCC  898

seq1  AATGAAACAGCTGCTTACATGATCCCCAATTTCATGGCCAAGTAGGCACA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| |||| 
seq2  AATGAAACAGCTGCTTACATGATCCCCAATTTCATGGC--AGTA-GCAC-  944

seq1  ACGAGATCAAGGAATATGTCCAAGGTTATGTCATGGGTTTTTTGGTACTT  1000
      ||||||||| |  |||||||||  ||||||||||||   |||| |||| |
seq2  ACGAGATCACG--ATATGTCCA--GTTATGTCATGG---TTTTTGTAC-T  986

seq1  TGTGTGTGTGTTTAGTTTCTGAAAGTACATATTTTCTCAGCTTTTCTCTT  1050
      ||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||||  ||||
seq2  TGTGTGTGTGTTTAG-TTCTG-AAGTACATA-TTTCTCAGCTTTCTTCTT  1033

seq1  TTTCTTTTTTTAGCCTGTCTACATTTTCCCCGATAACTAAAGTGTTTTAC  1100
      |||| ||||||||||||||||||||    ||||| ||| ||| |||||||
seq2  TTTC-TTTTTTAGCCTGTCTACATT----CCGAT-ACT-AAGAGTTTTAC  1076

seq1  ATGTTTT--TTGTT  1112
      |||||||  |||||
seq2  ATGTTTTGCTTGTT  1090