BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-142I18
Chromosome1 (Build37)
Map Location 144,340,918 - 144,457,204
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC639376
Downstream geneLOC545369, Cdc73
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-142I18.bB6Ng01-142I18.g
ACCDH940719DH940720
length1,1501,056
definitionDH940719|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-142I18, 5' end.DH940720|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-142I18, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(144,340,918 - 144,342,076)(144,456,144 - 144,457,204)
sequence
gaattccttgatcttcctgctccacttctgacatgctggatttataattc
tgagtggtcacaagaacttcagttctaatctttacattaagaaaagtttt
atctctaaactctatagttttaaagactgtctggaatacaaaatattgtg
gataaaaacattcatttagggatactattaaattcttaaataaattgatt
actaaatacctatgtaaaagaatgttaattttcctctatgacaaagctag
tccaaaggcaagtatacttggtgtgactacaaaattccctataatataat
ggactatcaaattaaaaccatattattggaagcaggaacatctgtcccca
gcccccttttgaaacagacatataacatggagacagagataatcttcagt
tgttattcattactgcaaagttctgttgaaaaaaatctacaatattaatt
ctgaaaaaaattaattctgttgtagactagaacattgcaagaaaactaag
ctaagtaatatgaatgctaacccaggcaaaacataaagagtgatcgattt
ttaaaactatatactatcactccttaaattggatattttccttaacatat
tctcagttgtcttacttttgtttattttcactcatcaaacagttgatact
tgcacatcacagcttgtaccactcactcccccagtaattaaattagatga
attaaatccatatttgaaaatagacaaaggagtatctttaatgtggaaac
actggaaagagaaacaaaaggatccactgaaccttagttgtctttctaga
gtactgatattatattataacagatattgatgtctagtcacaattatgga
aacattttaataagaacaggaagtcttacaaattccttacatatatttat
ttgttaaccttagttgacatattgagatcatagtgacctggtagacaatc
tctggatatgtctgtagatattattttgatagattattgagttggtgatg
ttcactcataaagaagactgggctaggcttcaggattgataaaaaaggta
agattgactggagcacttaacatcatttccagacaggagatggacttgga
tcactattcaagggtctgctataccatgacttctcctgccatgggtggac

gaattcctgagctataatgtactgatgtctgtgtgtgtgtgtatgtgtgt
gtgtgtgtgtgtgtgtgcacgcgtgtatactgtcattttttttctgaaca
tataaaaataatttagtgctctcctaagcagttgtatgattccaacctac
attaattattttggttttgattgaatgttggtaacatctcactgccataa
ttttgatcctctagttaaaagtcaaacactacttttatgtatactgttat
gcttcatgttttcatctttgacacatacactgtactttattctaaggtat
ttatatcaccacatatgttttattacacacaactatccctctcttatctt
ccatcttaatacaaattatagcaaacattacctccgtatctgaggtgaaa
atataattcctgaattccattttcatatttttgcttgtttttttgtttgt
ttcttttctgagacatgaaaatccatgtaatatccagaggagattgaaaa
attttaaggaaatcaactttgttgaggtattaggcctctgcttccttcat
gaacccattttgtacatacattccagaatcctatttttttgtaatcctca
ttagacacctgttgtttcattcatatttctaatctttcccataataggtt
aaaatatgtagtttgaaataaattaactttcatattgacaaataattcta
taaggataaaacatgagtatatttactaatgaatttttcagtgttttaat
ttgaatgttatctttgaggttttctaaaactgttacttaaaaaagaatac
atattttaaaatatttaatggatttttgtataagcaatgactttatgttt
gtatattactatttctgtactaccctaactaatgaggtttatttctgcat
tagttctgatgaagcagccaaggcatttttttttagtatgttacatatat
ttgatggtgataaatagctgaggtgattaggagacccattattgactagc
aatatatcttatttcttaacttaagagcacggaactagaagttagtaaac
tagttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_144340918_144342076
seq2: B6Ng01-142I18.b_45_1194

seq1  GAATTCCTTGATCTTCCTGCTCCACTTCTGACATGCTGGATTTATAATTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTTGATCTTCCTGCTCCACTTCTGACATGCTGGATTTATAATTC  50

seq1  TGAGTGGTCACAAGAACTTCAGTTCTAATCTTTACATTAAGAAAAGTTTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTGGTCACAAGAACTTCAGTTCTAATCTTTACATTAAGAAAAGTTTT  100

seq1  ATCTCTAAACTCTATAGTTTTAAAGACTGTCTGGAATACAAAATATTGTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCTAAACTCTATAGTTTTAAAGACTGTCTGGAATACAAAATATTGTG  150

seq1  GATAAAAACATTCATTTAGGGATACTATTAAATTCTTAAATAAATTGATT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAAAAACATTCATTTAGGGATACTATTAAATTCTTAAATAAATTGATT  200

seq1  ACTAAATACCTATGTAAAAGAATGTTAATTTTCCTCTATGACAAAGCTAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAAATACCTATGTAAAAGAATGTTAATTTTCCTCTATGACAAAGCTAG  250

seq1  TCCAAAGGCAAGTATACTTGGTGTGACTACAAAATTCCCTATAATATAAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAAAGGCAAGTATACTTGGTGTGACTACAAAATTCCCTATAATATAAT  300

seq1  GGACTATCAAATTAAAACCATATTATTGGAAGCAGGAACATCTGTCCCCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACTATCAAATTAAAACCATATTATTGGAAGCAGGAACATCTGTCCCCA  350

seq1  GCCCCCTTTTGAAACAGACATATAACATGGAGACAGAGATAATCTTCAGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCCCTTTTGAAACAGACATATAACATGGAGACAGAGATAATCTTCAGT  400

seq1  TGTTATTCATTACTGCAAAGTTCTGTTGAAAAAAATCTACAATATTAATT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTATTCATTACTGCAAAGTTCTGTTGAAAAAAATCTACAATATTAATT  450

seq1  CTGAAAAAAATTAATTCTGTTGTAGACTAGAACATTGCAAGAAAACTAAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAAAAAATTAATTCTGTTGTAGACTAGAACATTGCAAGAAAACTAAG  500

seq1  CTAAGTAATATGAATGCTAACCCAGGCAAAACATAAAGAGTGATCGATTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGTAATATGAATGCTAACCCAGGCAAAACATAAAGAGTGATCGATTT  550

seq1  TTAAAACTATATACTATCACTCCTTAAATTGGATATTTTCCTTAACATAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAACTATATACTATCACTCCTTAAATTGGATATTTTCCTTAACATAT  600

seq1  TCTCAGTTGTCTTACTTTTGTTTATTTTCACTCATCAAACAGTTGATACT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAGTTGTCTTACTTTTGTTTATTTTCACTCATCAAACAGTTGATACT  650

seq1  TGCACATCACAGCTTGTACCACTCACTCCCCCAGTAATTAAATTAGATGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACATCACAGCTTGTACCACTCACTCCCCCAGTAATTAAATTAGATGA  700

seq1  ATTAAATCCATATTTGAAAATAGACAAAGGAGTATCTTTAATGTGGAAAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAATCCATATTTGAAAATAGACAAAGGAGTATCTTTAATGTGGAAAC  750

seq1  ACTGGAAAGAGAAACAAAAGGATCCACTGAACCTTAGTTGTCTTTCTAGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGAAAGAGAAACAAAAGGATCCACTGAACCTTAGTTGTCTTTCTAGA  800

seq1  GTACTGATATTATATTATAACAGAATATTGATGTCTAGTCACAATTATGG  850
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACTGATATTATATTATAACAG-ATATTGATGTCTAGTCACAATTATGG  849

seq1  AAACATTTTAATAAGAACAGGAAGTCTTACAAATTTCCTTTACATATATT  900
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||  | |||||||||||
seq2  AAACATTTTAATAAGAACAGGAAGTCTTACAAATT--CCTTACATATATT  897

seq1  TATTTGTTAACCTTAGTTGACATATTGAGATCAATAGTGACCTGGTAGAC  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  TATTTGTTAACCTTAGTTGACATATTGAGATC-ATAGTGACCTGGTAGAC  946

seq1  AAATCTCTGGATATGTCTGTAAGATATTATTTTGATTAGATTAATTGAGT  1000
       ||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| |||||||
seq2  -AATCTCTGGATATGTCTGT-AGATATTATTTTGA-TAGATT-ATTGAGT  992

seq1  T-GTGATGTTTCACTCATTATAGAAGACTGGGCTAGGCTTCAAGATTGAA  1049
      | |||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||| ||||| |
seq2  TGGTGATG-TTCACTCA-TAAAGAAGACTGGGCTAGGCTTCAGGATTG-A  1039

seq1  TAAAAAAGTTAAGA-TGACCTGAGCAC-TAACATTCATTTCACAGACAGC  1097
      |||||||| ||||| ||||  |||||| ||||| ||||||| ||||||| 
seq2  TAAAAAAGGTAAGATTGACTGGAGCACTTAACA-TCATTTC-CAGACAGG  1087

seq1  AGATGAACTATGATCACTATTTCAAGGTCCTGCTATACCATGACTTCT-C  1146
      ||||| |||  |||||||| |||||||  ||||||||||||||||||| |
seq2  AGATGGACTTGGATCACTA-TTCAAGGGTCTGCTATACCATGACTTCTCC  1136

seq1  TGCCAT-GGTGGAC  1159
      |||||| |||||||
seq2  TGCCATGGGTGGAC  1150

seq1: chr1_144456144_144457204
seq2: B6Ng01-142I18.g_68_1123 (reverse)

seq1  AAACTAGTTTTACTAAACTTCTAAGTTCCGTGCTCCTTAAGTT-AGAAAT  49
      ||||||| |||||| ||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||
seq2  AAACTAG-TTTACT-AACTTCT-AGTTCCGTGCT-CTTAAGTTAAGAAAT  46

seq1  TAGATATATTTGCTAGTCAATTATGGGTCCTTCTAATCACCTCAGCTATT  99
       ||||||| |||||||||||| |||||| || ||||||||||||||||||
seq2  AAGATATA-TTGCTAGTCAATAATGGGT-CTCCTAATCACCTCAGCTATT  94

seq1  TATCACCATCAAATATATGTAACATACTAAAAAATATATGCCTTGGCTGC  149
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||
seq2  TATCACCATCAAATATATGTAACATACTAAAAAA-AAATGCCTTGGCTGC  143

seq1  TTCATCAGAACTAATGCAGAAATAAACCTCATTAGTTAGGGTAGTACAGA  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATCAGAACTAATGCAGAAATAAACCTCATTAGTTAGGGTAGTACAGA  193

seq1  AATAGTAATATACAAACATAAAGTCATTGCTTATACAAAAATCCATTAAA  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGTAATATACAAACATAAAGTCATTGCTTATACAAAAATCCATTAAA  243

seq1  TATTTTAAAATATGTATTCTTTTTTAAGTAACAGTTTTAGAAAACCTCAA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTAAAATATGTATTCTTTTTTAAGTAACAGTTTTAGAAAACCTCAA  293

seq1  AGATAACATTCAAATTAAAACACTGAAAAATTCATTAGTAAATATACTCA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATAACATTCAAATTAAAACACTGAAAAATTCATTAGTAAATATACTCA  343

seq1  TG-TTTATCCTTATAGAATTATTTGTCAATATGAAAGTTAATTTATTTCA  398
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTTATCCTTATAGAATTATTTGTCAATATGAAAGTTAATTTATTTCA  393

seq1  AACTACATATTTTAACCTATTATGGGAAAGATTAGAAATATGAATGAAAC  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTACATATTTTAACCTATTATGGGAAAGATTAGAAATATGAATGAAAC  443

seq1  AACAGGTGTCTAATGAGGATTACAAAAAAATAGGATTCTGGAATGTATGT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGGTGTCTAATGAGGATTACAAAAAAATAGGATTCTGGAATGTATGT  493

seq1  ACAAAATGGGTTCATGAAGGAAGCAGAGGCCTAATACCTCAACAAAGTTG  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAATGGGTTCATGAAGGAAGCAGAGGCCTAATACCTCAACAAAGTTG  543

seq1  ATTTCCTTAAAATTTTTCAATCTCCTCTGGATATTACATGGATTTTCATG  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCCTTAAAATTTTTCAATCTCCTCTGGATATTACATGGATTTTCATG  593

seq1  TCTCAGAAAAGAAACAAACAAAAAAACAAGCAAAAATATGAAAATGGAAT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAGAAAAGAAACAAACAAAAAAACAAGCAAAAATATGAAAATGGAAT  643

seq1  TCAGGAATTATATTTTCACCTCAGATACGGAGGTAATGTTTGCTATAATT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGAATTATATTTTCACCTCAGATACGGAGGTAATGTTTGCTATAATT  693

seq1  TGTATTAAGATGGAAGATAAGAGAGGGATAGTTGTGTGTAATAAAACATA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATTAAGATGGAAGATAAGAGAGGGATAGTTGTGTGTAATAAAACATA  743

seq1  TGTGGTGATATAAATACCTTAGAATAAAGTACAGTGTATGTGTCAAAGAT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGTGATATAAATACCTTAGAATAAAGTACAGTGTATGTGTCAAAGAT  793

seq1  GAAAACATGAAGCATAACAGTATACATAAAAGTAGTGTTTGACTTTTAAC  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAACATGAAGCATAACAGTATACATAAAAGTAGTGTTTGACTTTTAAC  843

seq1  TAGAGGATCAAAATTATGGCAGTGAGATGTTACCAACATTCAATCAAAAC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGGATCAAAATTATGGCAGTGAGATGTTACCAACATTCAATCAAAAC  893

seq1  CAAAATAATTAATGTAGGTTGGAATCATACAACTGCTTAGGAGAGCACTA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAATAATTAATGTAGGTTGGAATCATACAACTGCTTAGGAGAGCACTA  943

seq1  AATTATTTTTATATGTTCAGAAAAAAAATGACAGTATACACGCGTGCACA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTATTTTTATATGTTCAGAAAAAAAATGACAGTATACACGCGTGCACA  993

seq1  CACACACACACACACACACATACACACACACACAGACATCAGTACATTAT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACACACACACACACATACACACACACACAGACATCAGTACATTAT  1043

seq1  AGCTCAGGAATTC  1061
      |||||||||||||
seq2  AGCTCAGGAATTC  1056