BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-143C13
Chromosome1 (Build37)
Map Location 74,044,704 - 74,179,034
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTns1, Rufy4
Upstream geneTnp1, 1700027A15Rik, Pinc, LOC672208, LOC100043291
Downstream geneIl8rb, Il8ra, Arpc2, Gpbar1, Aamp, Pnkd, Tmbim1, 2410125D13Rik, Gm216, Slc11a1, Ctdsp1, Vil1, Usp37, Rqcd1, Plcd4, Zfp142, Bcs1l, Rnf25, Stk36, Ttll4, Cyp27a1, Prkag3, Wnt6, Wnt10a, LOC100042901, Cdk5r2, Fev, Cryba2, Ccdc108, Ihh, Nhej1, Slc23a3, 1810031K17Rik, BC038286, Zfand2b, Abcb6, Atg9a
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-143C13.bB6Ng01-143C13.g
ACCDH941168DH941169
length1,1821,107
definitionDH941168|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-143C13, 5' end.DH941169|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-143C13, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(74,177,833 - 74,179,034)(74,044,704 - 74,045,835)
sequence
gaattcctccaccttctcctttcaccttctctcctgcactcgattttgtc
tttctgcattctcatctataacaagggaacaagaattcttggtttgtaaa
acggtaatggaatcttagactaatgttcagtggtagagcacttgtctagt
atgggtggccctggatttgatcctcaacatagcaggggcaaggaagtctt
ccctgtacccctattttcccttggccatgtctatagcctctcctgatacc
agaggagttgttggctccaggaccacaagagggtgctcaaaagcttgggt
attcgatactcttctatagcatggtgtaaggctttgcatataaccaatgc
acatcctcctgtatgcttacgtcctttttagatggctttaatatcccaca
cattgtcaatgctttgtaagtagctgttataatgccttgcttgggagaac
atggagggcaagagaatgcacaatgttcagaacccatgcaataatttctt
ttctaaatattttgtttgtgtggttgggtgagtctacagatgcagaaccc
acagatgtgagtggctaactgcacacttagcatagattgcaatgtgttcc
tgatctgtctccatgaacaggccttgaactctttcaaggtccgaggccaa
gtactcaagtgccatatctggtgtcgggaagctcgtggaatgacaacaac
cttaagctgccacatcagaatggtgcaagagccaggaaggagccttgtgc
ttagtggcatgctggttgtctcaagccatctacacaactcccctaggagg
caggcaggaacttgcccaagggtcttcagctaggtttagaaccggtcaga
gctgggttgtgaattaattgggaaatcaagcactttagccactccttaac
tgacatagccaatttgaatacctagttcagggtttcagtagatgtatgct
ccctgcaagcctcaacaatctctattgcctctcctccgagagccccactg
cctcctatagatggcaccagtgttctcctgtctacttatggtgcttcctc
tggaaacaagactgcccaccccctcccatctgccctgccactgctccacc
tctgtccagtaagctctcttgcacacccaggagcctgtcccacctgggag
gtcaagatgggcagaacaaatcaggttaggtg
gaattcctgggctccaccaagccaccgttcctggctaccaaatgacagca
tccccttggaggcagcaaggctaaagtacttgcaaggacagagacataag
acagtggtgactcaccctaggagtttgatgatgcagcaggactcaaactc
tgacctggacttggtcacagagcctaagtagagagtgttgggctctgggg
tccagctccccatggagtacagagtcagggcccctggcttcaggaaggct
gtccaccctgctactgcggggctgctcagagctcagcagaacccacagtg
caaagaggcactaaacagggctgtccggaggaatgattctcagtctctca
gcatttctggccctaggactcagggttgcatgagtcaggctagggcaggg
gaggcggggaccaggagtgtttggttttcaaaaccctaaaccaagctgtt
ccaaaactccccaccccaaggcacacagaaagccaacacttcatctatcc
cattgcaacggtttctgatgaggaggccctgactctcctcaggccctggg
cctggctccaagccccagggccaccctgctataaatagcccctggggttt
catctgctatgtatccacagccactcttgaaggaagccaccacagctgct
tcgaacaactggaagccacaacttagccaaagcttatggtgccgccaaga
tcagggtcaggcacacgcaaggagcggggaggaagacaataggccaattg
agccagggctggcgaaggaagttgagagccaagcagcactgggagcctct
gaaggcacagggcaagggatgcacagacccagagaccatggtttccagcc
cagttccccaccatcccctgacaaggttattaacactccacattcctcac
tcccgactggacgataaatacttggccaaacagagtctggccctgctgcc
tcagaggtgtgataacaaaagtcaaacactcttaagctgggtgctgggac
agagatgcacaggaactgcctggcaggggatagggacaacagctggactg
tcaccctaatgatccaggctgattgcctgttacaacagggctctgtttcg
caaggtt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_74177833_74179034
seq2: B6Ng01-143C13.b_51_1232 (reverse)

seq1  CACCTTAACCTGATTTGTCTCTTGGCCATCTTTTGGAACTCCCAAGTTGA  50
      |||| ||||||||||||| || || |||||||   || |||||| || | 
seq2  CACC-TAACCTGATTTGT-TC-TGCCCATCTT---GACCTCCCAGGTGGG  44

seq1  GCAGGGCCTCCTGTGGGTGTGC-AGAGAGCTAACTGGGACAGAGGTGGAA  99
       ||||  ||||  ||||||||| |||||||| ||| |||||||||||| |
seq2  ACAGG--CTCC--TGGGTGTGCAAGAGAGCTTACT-GGACAGAGGTGG-A  88

seq1  GCAGTGTGCAAGGGGCAGATGGGAGGGGGTGAGCAGTCTTGTTTCCAGA-  148
      |||||| |||  ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| 
seq2  GCAGTG-GCA--GGGCAGATGGGAGGGGGTGGGCAGTCTTGTTTCCAGAG  135

seq1  GAAGCACAATAAGTAGGACAGGAGAACACTGGTGCCATCTATAGGAGGCA  198
      ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCACCATAAGTA-GACAGGAGAACACTGGTGCCATCTATAGGAGGCA  184

seq1  GTGGGGCTCTCGGGAGGAGAGGGCAATAGAGATGGTTGGAGGCTTGCAGG  248
      ||||||||||| |||||||| |||||||||||| ||| ||||||||||||
seq2  GTGGGGCTCTC-GGAGGAGA-GGCAATAGAGATTGTT-GAGGCTTGCAGG  231

seq1  GAGCATACATCTACTGAAACCCTGAACTAGGTATTCAAATTGGCCTATGT  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  GAGCATACATCTACTGAAACCCTGAACTAGGTATTCAAATTGG-CTATGT  280

seq1  CAGTTAAAGGAGTGGCTAAAGTGCTTGATTTCCCAATTAATTCACAACCC  348
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTT-AAGGAGTGGCTAAAGTGCTTGATTTCCCAATTAATTCACAACCC  329

seq1  AGCTCTGACCGGTTCTAAACCTAGCTGAAGACCCTTGGGCAAGTTCCTGC  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  AGCTCTGACCGGTTCTAAACCTAGCTGAAGACCCTTGGGCAAGTTCCTG-  378

seq1  CCTGCCTCCTAGGGGAGTTGTGTAGATGGCTTGAGACAACCAGCATGCCA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCCTCCTAGGGGAGTTGTGTAGATGGCTTGAGACAACCAGCATGCCA  428

seq1  CTAAGCACAAGGCTCCTTCCTGGCTCTTGCACCATTCTGATGTGGCAGCT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGCACAAGGCTCCTTCCTGGCTCTTGCACCATTCTGATGTGGCAGCT  478

seq1  TAAGGTTGTTGTCATTCCACGAGCTTCCCGACACCAGATATGGCACTTGA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGGTTGTTGTCATTCCACGAGCTTCCCGACACCAGATATGGCACTTGA  528

seq1  GTACTTGGCCTCGGACCTTGAAAGAGTTCAAGGCCTGTTCATGGAGACAG  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACTTGGCCTCGGACCTTGAAAGAGTTCAAGGCCTGTTCATGGAGACAG  578

seq1  ATCAGGAACACATTGCAATCTATGCTAAGTGTGCAGTTAGCCACTCACAT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGGAACACATTGCAATCTATGCTAAGTGTGCAGTTAGCCACTCACAT  628

seq1  CTGTGGGTTCTGCATCTGTAGACTCACCCAACCACACAAACAAAATATTT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGGGTTCTGCATCTGTAGACTCACCCAACCACACAAACAAAATATTT  678

seq1  AGAAAAGAAATTATTGCATGGGTTCTGAACATTGTGCATTCTCTTGCCCT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAAGAAATTATTGCATGGGTTCTGAACATTGTGCATTCTCTTGCCCT  728

seq1  CCATGTTCTCCCAAGCAAGGCATTATAACAGCTACTTACAAAGCATTGAC  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGTTCTCCCAAGCAAGGCATTATAACAGCTACTTACAAAGCATTGAC  778

seq1  AATGTGTGGGATATTAAAGCCATCTAAAAAGGACGTAAGCATACAGGAGG  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTGTGGGATATTAAAGCCATCTAAAAAGGACGTAAGCATACAGGAGG  828

seq1  ATGTGCATTGGTTATATGCAAAGCCTTACACCATGCTATAGAAGAGTATC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGCATTGGTTATATGCAAAGCCTTACACCATGCTATAGAAGAGTATC  878

seq1  GAATACCCAAGCTTTTGAGCACCCTCTTGTGGTCCTGGAGCCAACAACTC  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATACCCAAGCTTTTGAGCACCCTCTTGTGGTCCTGGAGCCAACAACTC  928

seq1  CTCTGGTATCAGGAGAGGCTATAGACATGGCCAAGGGAAAATAGGGGTAC  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGGTATCAGGAGAGGCTATAGACATGGCCAAGGGAAAATAGGGGTAC  978

seq1  AGGGAAGACTTCCTTGCCCCTGCTATGTTGAGGATCAAATCCAGGGCCAC  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAAGACTTCCTTGCCCCTGCTATGTTGAGGATCAAATCCAGGGCCAC  1028

seq1  CCATACTAGACAAGTGCTCTACCACTGAACATTAGTCTAAGATTCCATTA  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATACTAGACAAGTGCTCTACCACTGAACATTAGTCTAAGATTCCATTA  1078

seq1  CCGTTTTACAAACCAAGAATTCTTGTTCCCTTGTTATAGATGAGAATGCA  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGTTTTACAAACCAAGAATTCTTGTTCCCTTGTTATAGATGAGAATGCA  1128

seq1  GAAAGACAAAATCGAGTGCAGGAGAGAAGGTGAAAGGAGAAGGTGGAGGA  1198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGACAAAATCGAGTGCAGGAGAGAAGGTGAAAGGAGAAGGTGGAGGA  1178

seq1  ATTC  1202
      ||||
seq2  ATTC  1182

seq1: chr1_74044704_74045835
seq2: B6Ng01-143C13.g_69_1175

seq1  GAATTCCTGGGCTCCACCAAGCCACCGTTCCTGGCTACCAAATGACAGCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTGGGCTCCACCAAGCCACCGTTCCTGGCTACCAAATGACAGCA  50

seq1  TCCCCTTGGAGGCAGCAAGGCTAAAGTACTTGCAAGGACAGAGACATAAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCTTGGAGGCAGCAAGGCTAAAGTACTTGCAAGGACAGAGACATAAG  100

seq1  ACAGTGGTGACTCACCCTAGGAGTTTGATGATGCAGCAGGACTCAAACTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTGGTGACTCACCCTAGGAGTTTGATGATGCAGCAGGACTCAAACTC  150

seq1  TGACCTGGACTTGGTCACAGAGCCTAAGTAGAGAGTGTTGGGCTCTGGGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCTGGACTTGGTCACAGAGCCTAAGTAGAGAGTGTTGGGCTCTGGGG  200

seq1  TCCAGCTCCCCATGGAGTACAGAGTCAGGGCCCCTGGCTTCAGGAAGGCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGCTCCCCATGGAGTACAGAGTCAGGGCCCCTGGCTTCAGGAAGGCT  250

seq1  GTCCACCCTGCTACTGCGGGGCTGCTCAGAGCTCAGCAGAACCCACAGTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCACCCTGCTACTGCGGGGCTGCTCAGAGCTCAGCAGAACCCACAGTG  300

seq1  CAAAGAGGCACTAAACAGGGCTGTCCGGAGGAATGATTCTCAGTCTCTCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGAGGCACTAAACAGGGCTGTCCGGAGGAATGATTCTCAGTCTCTCA  350

seq1  GCATTTCTGGCCCTAGGACTCAGGGTTGCATGAGTCAGGCTAGGGCAGGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTTCTGGCCCTAGGACTCAGGGTTGCATGAGTCAGGCTAGGGCAGGG  400

seq1  GAGGCGGGGACCAGGAGTGTTTGGTTTTCAAAACCCTAAACCAAGCTGTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCGGGGACCAGGAGTGTTTGGTTTTCAAAACCCTAAACCAAGCTGTT  450

seq1  CCAAAACTCCCCACCCCAAGGCACACAGAAAGCCAACACTTCATCTATCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAAACTCCCCACCCCAAGGCACACAGAAAGCCAACACTTCATCTATCC  500

seq1  CATTGCAACGGTTTCTGATGAGGAGGCCCTGACTCTCCTCAGGCCCTGGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGCAACGGTTTCTGATGAGGAGGCCCTGACTCTCCTCAGGCCCTGGG  550

seq1  CCTGGCTCCAAGCCCCAGGGCCACCCTGCTATAAATAGCCCCTGGGGTTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGCTCCAAGCCCCAGGGCCACCCTGCTATAAATAGCCCCTGGGGTTT  600

seq1  CATCTGCTATGTATCCACAGCCACTCTTGAAGGAAGCCACCACAGCTGCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTGCTATGTATCCACAGCCACTCTTGAAGGAAGCCACCACAGCTGCT  650

seq1  TCGAACAACTGGAAGCCACAACTTAGCCAAAGCTTATGGTGCCGCCAAGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGAACAACTGGAAGCCACAACTTAGCCAAAGCTTATGGTGCCGCCAAGA  700

seq1  TCAGGGTCAGGCACACGCAAGGAGCGGGGAGGAAGACAATAGGCCAATTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGGTCAGGCACACGCAAGGAGCGGGGAGGAAGACAATAGGCCAATTG  750

seq1  AGCCAGGGCTGGCGAAGGAAGTTGAGAGCCAAGCAGCACTGGGAGCCTCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCAGGGCTGGCGAAGGAAGTTGAGAGCCAAGCAGCACTGGGAGCCTCT  800

seq1  GAAGGCACAGGGCAAGGGATGCACAAGACCCAGAGACCA-GGTTTCCAGC  849
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||
seq2  GAAGGCACAGGGCAAGGGATGCAC-AGACCCAGAGACCATGGTTTCCAGC  849

seq1  CCAGTTCCCCACCATCCCCTGGCCAAGGTTA-TAACACTCCACATTCCTC  898
      |||||||||||||||||||| | |||||||| ||||||||||||||||||
seq2  CCAGTTCCCCACCATCCCCT-GACAAGGTTATTAACACTCCACATTCCTC  898

seq1  ACTCCCGACTGGACGATAAATACTTGGCCCAAACAGAGTCTGGCCCTGCT  948
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCCGACTGGACGATAAATACTTGG-CCAAACAGAGTCTGGCCCTGCT  947

seq1  GCCTCCAGAGGTGTGATAACAAAAGTCCAAACACTCTTTACAGCTGGGGT  998
      |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||   |||||||  
seq2  GCCT-CAGAGGTGTGATAACAAAAGT-CAAACACTCTT--AAGCTGGG--  991

seq1  GGCTGGGACAGAGATGCACAGGGGAAACTGCCCTGGGCAGGGGATAGGGA  1048
       |||||||||||||||||||||   |||||||   |||||||||||||||
seq2  TGCTGGGACAGAGATGCACAGG---AACTGCC--TGGCAGGGGATAGGGA  1036

seq1  CCAACAGCTGGACTGTCACCCCCTGATGAATCACAGGGCTGGATTGCCCT  1098
       |||||||||||||||||  |||| ||||  ||   |||| |||||||  
seq2  -CAACAGCTGGACTGTCA--CCCTAATGATCCA---GGCT-GATTGCC--  1077

seq1  TGTACCAACAGGGCTTCCTGTTTTCTGCAAGGTT  1132
      |||  ||||||||||  ||||||   ||||||||
seq2  TGTTACAACAGGGCT--CTGTTT--CGCAAGGTT  1107