BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-143E09
Chromosome1 (Build37)
Map Location 77,837,313 - 77,932,627
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100039137, Tfdp1-ps, Epha4, LOC100039330
Downstream genePax3, LOC100039210, Sgpp2, LOC100039382, Farsb, Mogat1, Acsl3, Utp14b, LOC620521, Kcne4, LOC100039260
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-143E09.bB6Ng01-143E09.g
ACCDH941253DH941254
length1,1741,120
definitionDH941253|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-143E09, 5' end.DH941254|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-143E09, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(77,931,428 - 77,932,627)(77,837,313 - 77,838,444)
sequence
gaattctaaccatcggtgatgtacatctatgcaagaataatttctcaccc
cctgtaagagacacatatgtgacctggggcatgcaagctaccttttgctc
aaacagcctgattaacataaggagacagtgtaccaggtcaatgcactgtt
ctaatctgtctgcgttatgtcaaaagctaggtgttgatgtagtccagggg
acaacctttccacatgcatgttctctgctgttaaactgcaaactatattt
tacctcctttttggatagaaatgaacaatttcaccaaatccatggccaca
ctctatgtgacaaagctaccctatctagcaatcaaggctgagcttatagt
ggtctgtggttgtcctcaggactgattcttctgtactcaggtctgatcag
gactctgatttgacatcctcttgatcggtcagtaggcaggtcatgcatgt
tctctgtcgatagggatgcagttcttttcttcttaattaattagttatcc
tggtcaaactgtctgtttcggagaccctcttcatctccattttgatagct
cttgctctatggaacaacctgccaacatccaagcatgttgatttaaacat
tatctttggcacaagacaactgtactaagtggctctatggactcactgtg
actttaaattccagacatgctggagactgctaggttgacatggcttccat
gcgccctcattctagcttactagaaagcctgatggtgctttgcgcattgg
ggattgttgctaactcctagactgtatgatgtcacccttgagatgtccga
gcagtgtacgtcctccactgcacagttactcatgcaagtgaccccagttt
ccttcataatggggctgcagacactctacactgtactatcggaaggatag
tgcgatgcccatctctgctcattaactggtggatctctcatgtctgaaag
ctggctcacattgaatctgtgaaagagatgctgccacttgttgggatgac
tgcttctgctgctgctaccttgattattttttggctgaataaacgagtgt
atcccttcaactgtcaccatcagcccctaagctacccagctcttattatc
ctggtcccttgctgcacctcaaacctggtcaggattcccgatgtgacatt
gaggctgaaactgagcctctgctt
gaattccccattgccacacccagaagctgtgctccacacccacggcattt
tagcagcagcagcatacaggggacgctccctgttttttctgtgataatct
gaaaaccacgtggcattctaagtaggtgtgaagtggagaactgaaacctc
tacgaatattttttttgtaaatccccttgtaatgggcaagttagaaattg
ttctagatagtgtgctaaacggaacaaaccctctttaaaacagtgtcctg
tcctccggtcaagaggtgtgccttactgaacaagaagatgcaaacgttcc
agtatgaaccgttccaggttcaagataaggtatcttcatggctttggctg
tgaagccaagttaaatgagtatttcacaaccttctgggatgaactttgtg
attacagaaattaggggtagagcacatgtgatgttgatgaaagtgagata
cagtggcactgtaaggcaactgatcttgataacaaatatgctgacctcat
acttctcaaggagtggtacctcccacaaggagttatcttgggaagctggg
agcttaagcaggttgcagcatattcctaagaagactttttgttccttttg
ctcagtcgctagggataacactctattgttctgaacatcctccagaatac
caatgctttgacacataaaaaatgcacgttcgtgtttgaaaaatcaaagt
ttgttgaaagcaagcctagagactgaggcagtgaataaagctgaagaacg
ctggcttggtttgaaaatgagttgcaaataggctctagcacgataaactt
atgagtcctttgaaactggatctgctgacaattacaaagaattacaaagt
aattaatataataataatatattaataataaatatttgttggaataaaga
ttgccagtcactttttgaagtaaaaatagataagcctcacttttgttgca
aaaggtatatataaaaatactgagttgcatacctaactggtgaaataaca
atatataccagataaaaattgtacttggactagccatttcatttaagaac
ctatgtttagccactaagattaaccatgtaaactatgtactgctaatggt
taaaaaattgaaccctacta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_77931428_77932627
seq2: B6Ng01-143E09.b_46_1219 (reverse)

seq1  AAGCAAGAGGCTCAAATGTCACAGCCTCAAATGTCACATCTGGGGATTCC  50
      |||| |||||||||   ||  ||||||| |||||||||||  |||| |||
seq2  AAGC-AGAGGCTCA---GTTTCAGCCTC-AATGTCACATC--GGGAATCC  43

seq1  TGACAGGGTTTGAGTGGCAGCCAAGGGACCAGTGATGATAAGAGGCTGTG  100
      ||||  ||||||||  |||| ||||||||||| ||| |||||| |||| |
seq2  TGACCAGGTTTGAGGTGCAG-CAAGGGACCAG-GATAATAAGA-GCTG-G  89

seq1  GTAGCTCTGGGGGCTGAATGGGTGGACAGTTGAAGGGATACCACTCCGTT  150
      |||||| | ||||||| ||||   |||||||||||||||| |||| ||||
seq2  GTAGCT-TAGGGGCTG-ATGG--TGACAGTTGAAGGGATA-CACT-CGTT  133

seq1  TATTCCAGCCAAAAAAATAATCAAAGGTAGCCAGGCAGCCAGAAGCAGTC  200
      |||| ||||| ||||||||||| ||||||||   |||| |||||||||||
seq2  TATT-CAGCC-AAAAAATAATC-AAGGTAGC--AGCAG-CAGAAGCAGTC  177

seq1  ATTCCCAACAAGTGGCAGCAATCTCTTTCACAGATTCCAATGTGAGCCAG  250
      | ||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  A-TCCCAACAAGTGGCAGC-ATCTCTTTCACAGATT-CAATGTGAGCCAG  224

seq1  CTTTCAGACATGAGAGATCCACCAGTTAATGAGCAGAGATGGGCATCGCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCAGACATGAGAGATCCACCAGTTAATGAGCAGAGATGGGCATCGCA  274

seq1  CTATCCTTCCGATAGTACAGTGTAGAGTGTCTGCAGCCCCATTATGAAGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCCTTCCGATAGTACAGTGTAGAGTGTCTGCAGCCCCATTATGAAGG  324

seq1  AAACTGGGGTCACTTGCATGAGTAACTGTGCAGTGGAGGACGTACACTGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTGGGGTCACTTGCATGAGTAACTGTGCAGTGGAGGACGTACACTGC  374

seq1  TCGGACATCTCAAGGGTGACATCATACAGTCTAGGAGTTAGCAACAATCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGGACATCTCAAGGGTGACATCATACAGTCTAGGAGTTAGCAACAATCC  424

seq1  CCAATGCGCAAAGCACCATCAGGCTTTCTAGTAAGCTAGAATGAGGGCGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAATGCGCAAAGCACCATCAGGCTTTCTAGTAAGCTAGAATGAGGGCGC  474

seq1  ATGGAAGCCATGTCAACCTAGCAGTCTCCAGCATGTCTGGAATTTAAAGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAAGCCATGTCAACCTAGCAGTCTCCAGCATGTCTGGAATTTAAAGT  524

seq1  CACAGTGAGTCCATAGAGCCACTTAGTACAGTTGTCTTGTGCCAAAGATA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGTGAGTCCATAGAGCCACTTAGTACAGTTGTCTTGTGCCAAAGATA  574

seq1  ATGTTTAAATCAACATGCTTGGATGTTGGCAGGTTGTTCCATAGAGCAAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTTAAATCAACATGCTTGGATGTTGGCAGGTTGTTCCATAGAGCAAG  624

seq1  AGCTATCAAAATGGAGATGAAGAGGGTCTCCGAAACAGACAGTTTGACCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTATCAAAATGGAGATGAAGAGGGTCTCCGAAACAGACAGTTTGACCA  674

seq1  GGATAACTAATTAATTAAGAAGAAAAGAACTGCATCCCTATCGACAGAGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATAACTAATTAATTAAGAAGAAAAGAACTGCATCCCTATCGACAGAGA  724

seq1  ACATGCATGACCTGCCTACTGACCGATCAAGAGGATGTCAAATCAGAGTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGCATGACCTGCCTACTGACCGATCAAGAGGATGTCAAATCAGAGTC  774

seq1  CTGATCAGACCTGAGTACAGAAGAATCAGTCCTGAGGACAACCACAGACC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATCAGACCTGAGTACAGAAGAATCAGTCCTGAGGACAACCACAGACC  824

seq1  ACTATAAGCTCAGCCTTGATTGCTAGATAGGGTAGCTTTGTCACATAGAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATAAGCTCAGCCTTGATTGCTAGATAGGGTAGCTTTGTCACATAGAG  874

seq1  TGTGGCCATGGATTTGGTGAAATTGTTCATTTCTATCCAAAAAGGAGGTA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGCCATGGATTTGGTGAAATTGTTCATTTCTATCCAAAAAGGAGGTA  924

seq1  AAATATAGTTTGCAGTTTAACAGCAGAGAACATGCATGTGGAAAGGTTGT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATAGTTTGCAGTTTAACAGCAGAGAACATGCATGTGGAAAGGTTGT  974

seq1  CCCCTGGACTACATCAACACCTAGCTTTTGACATAACGCAGACAGATTAG  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTGGACTACATCAACACCTAGCTTTTGACATAACGCAGACAGATTAG  1024

seq1  AACAGTGCATTGACCTGGTACACTGTCTCCTTATGTTAATCAGGCTGTTT  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGTGCATTGACCTGGTACACTGTCTCCTTATGTTAATCAGGCTGTTT  1074

seq1  GAGCAAAAGGTAGCTTGCATGCCCCAGGTCACATATGTGTCTCTTACAGG  1150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCAAAAGGTAGCTTGCATGCCCCAGGTCACATATGTGTCTCTTACAGG  1124

seq1  GGGTGAGAAATTATTCTTGCATAGATGTACATCACCGATGGTTAGAATTC  1200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTGAGAAATTATTCTTGCATAGATGTACATCACCGATGGTTAGAATTC  1174

seq1: chr1_77837313_77838444
seq2: B6Ng01-143E09.g_67_1186

seq1  GAATTCCCCATTGCCACACCCAGAAGCTGTGCTCCACACCCACGGCATTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCCATTGCCACACCCAGAAGCTGTGCTCCACACCCACGGCATTT  50

seq1  TAGCAGCAGCAGCATACAGGGGACGCTCCCTGTTTTTTCTGTGATAATCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCAGCAGCAGCATACAGGGGACGCTCCCTGTTTTTTCTGTGATAATCT  100

seq1  GAAAACCACGTGGCATTCTAAGTAGGTGTGAAGTGGAGAACTGAAACCTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAACCACGTGGCATTCTAAGTAGGTGTGAAGTGGAGAACTGAAACCTC  150

seq1  TACGAATATTTTTTTTGTAAATCCCCTTGTAATGGGCAAGTTAGAAATTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACGAATATTTTTTTTGTAAATCCCCTTGTAATGGGCAAGTTAGAAATTG  200

seq1  TTCTAGATAGTGTGCTAAACGGAACAAACCCTCTTTAAAACAGTGTCCTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTAGATAGTGTGCTAAACGGAACAAACCCTCTTTAAAACAGTGTCCTG  250

seq1  TCCTCCGGTCAAGAGGTGTGCCTTACTGAACAAGAAGATGCAAACGTTCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCCGGTCAAGAGGTGTGCCTTACTGAACAAGAAGATGCAAACGTTCC  300

seq1  AGTATGAACCGTTCCAGGTTCAAGATAAGGTATCTTCATGGCTTTGGCTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATGAACCGTTCCAGGTTCAAGATAAGGTATCTTCATGGCTTTGGCTG  350

seq1  TGAAGCCAAGTTAAATGAGTATTTCACAACCTTCTGGGATGAACTTTGTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGCCAAGTTAAATGAGTATTTCACAACCTTCTGGGATGAACTTTGTG  400

seq1  ATTACAGAAATTAGGGGTAGAGCACATGTGATGTTGATGAAAGTGAGATA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACAGAAATTAGGGGTAGAGCACATGTGATGTTGATGAAAGTGAGATA  450

seq1  CAGTGGCACTGTAAGGCAACTGATCTTGATAACAAATATGCTGACCTCAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGGCACTGTAAGGCAACTGATCTTGATAACAAATATGCTGACCTCAT  500

seq1  ACTTCTCAAGGAGTGGTACCTCCCACAAGGAGTTATCTTGGGAAGCTGGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCTCAAGGAGTGGTACCTCCCACAAGGAGTTATCTTGGGAAGCTGGG  550

seq1  AGCTTAAGCAGGTTGCAGCATATTCCTAAGAAGACTTTTTGTTCCTTTTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTAAGCAGGTTGCAGCATATTCCTAAGAAGACTTTTTGTTCCTTTTG  600

seq1  CTCAGTCGCTAGGGATAACACTCTATTGTTCTGAACATCCTCCAGAATAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGTCGCTAGGGATAACACTCTATTGTTCTGAACATCCTCCAGAATAC  650

seq1  CAATGCTTTGACACAT-AAAAATGCACGTTCGTGTTTGAAAAATCAAAGT  699
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGCTTTGACACATAAAAAATGCACGTTCGTGTTTGAAAAATCAAAGT  700

seq1  TTGTTGAAAGCAAGCCTAGAGACTGAGGCAGTGAATAAAGCTGAAGAACG  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTGAAAGCAAGCCTAGAGACTGAGGCAGTGAATAAAGCTGAAGAACG  750

seq1  CTGGCTTGGTTTGAAAATGAGTTGCAAATAGGCTCTAGCACGATAAACTT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCTTGGTTTGAAAATGAGTTGCAAATAGGCTCTAGCACGATAAACTT  800

seq1  ATGAGTCCTTTGAAACTGGATCTGCTGACAATTACAAAGAATTACAAAGT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGTCCTTTGAAACTGGATCTGCTGACAATTACAAAGAATTACAAAGT  850

seq1  AATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAAATAATTTGTTGGAAATAA  899
      ||| |  ||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||| |||||
seq2  AATTAATATAATAATAAT-ATATTAATAATAAAT-ATTTGTTGG-AATAA  897

seq1  AGATTGCCAGTCACTTTTTGAAGGTAAAATAGATAAGCCTCAC-TTTGTT  948
      |||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| ||||||
seq2  AGATTGCCAGTCACTTTTTGAAGTAAAAATAGATAAGCCTCACTTTTGTT  947

seq1  GCAAAAAGGTTATATATAAAAATACTGATGTTGCATACCTAACT-GTGAA  997
      ||||||  | |||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||
seq2  GCAAAA--GGTATATATAAAAATACTGA-GTTGCATACCTAACTGGTGAA  994

seq1  ATAACAATATATACCAGAATAAAAAATGTACTTTGACCTAGCCATTTCAT  1047
      ||||||||||||||||| ||||||| ||||||| || |||||||||||||
seq2  ATAACAATATATACCAG-ATAAAAATTGTACTTGGA-CTAGCCATTTCAT  1042

seq1  TTTATAGACCTATGTTTAGACACTAAGA-TAAACATGTAAAACTATTTAC  1096
      || | | |||||||||||| |||||||| ||| ||||| ||||||| |||
seq2  TTAAGA-ACCTATGTTTAGCCACTAAGATTAACCATGT-AAACTATGTAC  1090

seq1  TGCTAAATTGGTTTAAAAAAAATTGAAAACCTACTA  1132
      ||||||  |||||   ||||||||| || |||||||
seq2  TGCTAA--TGGTT---AAAAAATTG-AACCCTACTA  1120