BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-152F03
Chromosome1 (Build37)
Map Location 89,864,316 - 90,029,881
singlet/doubletdoublet
Overlap geneUsp40, LOC545344, LOC677561, Ugt1a@, Ugt1a10, Ugt1a9, Ugt1a7c
Upstream gene4930429A22Rik, LOC208256, Akp5, Alpi, Akp3, Ecel1, 1700027L20Rik, Chrnd, Chrng, Eif4e2, Efhd1, Tnrc15, LOC100040600, LOC100040591, 3110079O15Rik, Ngef, LOC620454, Neu2, Inpp5d, Atg16l1, Sag
Downstream geneUgt1a6a, Ugt1a6b, Ugt1a5, Ugt1a2, Dnajb3, Ugt1a1, LOC100040766, 6430706D22Rik, LOC100038822, Trpm8, Spp2, Glrp1, Arl4c, LOC100040127, 2410088K16Rik, LOC208347, Sh3bp4
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-152F03.bB6Ng01-152F03.g
ACCDH947923DH947924
length1,1491,061
definitionDH947923|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-152F03, 5' end.DH947924|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-152F03, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(90,028,731 - 90,029,881)(89,864,316 - 89,865,404)
sequence
gaattcccttctcaggaactcacccttccagatccttcagatacctaagc
ccaggaattagaggcccaggacctacaagatgacagaagacctacagaac
aatttcagacttgaaaaatctcaattcagaacacaaaaaaaggcaaaacc
aaatccatgaatttccctggttttgtttctgctgctgtggtaaaatactc
tgataaacagaagcttagcggacacaggcttattttacttgcaagtcaga
ttctagtccatccttatggagaaggtaagatggcagaacctgaaacagca
gacagaagatcttcaagcaagggcagagaaaaatgaacatgtgcacgatt
aggacttagctagctttctctattcgtatgctgttcagggacccaaagca
gggaatgatgcttctcgctctcaggtgggatctacatcaattgcagcaag
cagaaccatctgctacggatggacactgccataggccaacccaaagtaga
taatctaggtgagtctgggttgtatcaagttggtgatgaaaccaacagtt
cttttaaagtttaaacacacatgtgtataattataggcacataaggatat
actcaactcaattcatcaagttacttaaacaatccatgcaaatttagaac
ctgagtttggacccccaatgtttacaagaaacttgaaacgtagggagtgt
gagcagcccccagtgagtgtagtgcctggtgaatgagtattttgacatga
gcatgacctgtctaggattctgagaattatccatgacaaattggcaaagt
cattatccacattggtgagctaggaagcagagaaccttgagtaatcccag
cattgttgtgttgtgtgcctgtcctgtcttcttcctctcatcaccacccc
ctagccaggcatctggtacccaagcgaatcaggaagcagcatcctgacac
cacagcatggacttgcaatcccagctctggggaggcagagaagaaagagt
cctggtgctcactggctagccagtctagatgggttgataagtacagttac
agtgagagagagattgtgactgagaaggtaacacgagtacaatgtgatgt
cgtctttcatgcttattacacgcatacaacaccatacatgctcctcact
gaattccacccagcaccaccacaccattattagatttttatacacacact
agagaaaagagtattaagaggaaaaggtgagttgtgcttcatgttgaagt
agcacatgtactgtggttatgtttaattttcacattcctacagtactctc
attaccttgtaccacaatgctaagaaacatgatttatacttaataaatat
gacttggccaaagacttatttacatgaatttaaaaatctgtatggtggac
ttgcttcatccacatttgaagttgtgatagtgagtaacatcagtcattag
actcatctatgatgtattcagggctgatctcaagaggggtcagaaaagta
ggaagcaaagactattcataatggtgtgccaatgaaatgaacaagcagag
agacctaagaggtcaagctacaaagaccctagactacaccatgaccacaa
caaggtcggaggcatcagaaagagcttttaagaaaacagagattttctgt
aagtctctctgtaaggagtaagctatttggatagaaatacatccagaagt
cagtttcccgaggtaacttaggaatgtgagctgtgggaaccattatttac
catacatatgttctgaatgagaacctgctagtctttgaaagctgcctaga
tttacctggacaaagaagcttcccgtttctatcaatgggtctcaaacagc
tgttctcagctgtgaatgaaaagaaggtggttaactactaagtaaaaagc
tctaaagtaatattctaccatgttgattacagtaggtacaagaggctacc
ctccgtctccaaggcaaagctccagatgagcacggtggctgtgtgttctg
tactcagtgctcactcaggacgccagggaaaaggagtcacgattcaaagc
cggcttcattacacaatgaggtgctgtcctcaaacaaacaaacagacaga
acaatcaatagatactccacatcaaaacaaacaaacaaccacaaacaaat
ctcccaacactcaatgtggataatctcacttgcagttatgcactactata
taaatcgctaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_90028731_90029881
seq2: B6Ng01-152F03.b_45_1193 (reverse)

seq1  AGTGAGTGTGCATGTATGTGTG-TGTATGCGTGT-ATAAGCATGAAAGAC  48
      |||||| | ||||||||| ||| ||||||||||| |||||||||||||||
seq2  AGTGAG-GAGCATGTATG-GTGTTGTATGCGTGTAATAAGCATGAAAGAC  48

seq1  GACATCACATTGTACTCCGTGTTACTTTCTTCAGTCACCATCTCTCTCTC  98
      |||||||||||||||| |||||||| ||| |||||||| |||||||||||
seq2  GACATCACATTGTACT-CGTGTTACCTTC-TCAGTCACAATCTCTCTCTC  96

seq1  ACTGTAACTGTACTTATCAACCCATCTAGACTGGCTAGCCAGTGAGCACC  148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTAACTGTACTTATCAACCCATCTAGACTGGCTAGCCAGTGAGCACC  146

seq1  AGGACTCTTTCTTTCTCTGCCTCCCCAGAGCTGGGATTGCAAGTCCATGC  198
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACTCTTTC-TTCTCTGCCTCCCCAGAGCTGGGATTGCAAGTCCATGC  195

seq1  TGTGGTGTCAGGATGCTGCTTCCTGATTCGCTTGGGTACCAGATGCCTGG  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGTGTCAGGATGCTGCTTCCTGATTCGCTTGGGTACCAGATGCCTGG  245

seq1  CTA-GGGGTGGTGATGAGAGGAAGAAGACAGGACAGGCACACAACACAAC  297
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGGGGGTGGTGATGAGAGGAAGAAGACAGGACAGGCACACAACACAAC  295

seq1  AATGCTGGGATTACTCAAGGTTCTCTGCTTCCTAGCTCACCAATGTGGAT  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGCTGGGATTACTCAAGGTTCTCTGCTTCCTAGCTCACCAATGTGGAT  345

seq1  AATGACTTTGCCAATTTGTCATGGATAATTCTCAGAATCCTAGACAGGTC  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGACTTTGCCAATTTGTCATGGATAATTCTCAGAATCCTAGACAGGTC  395

seq1  ATGCTCATGTCAAAATACTCATTCACCAGGCACTACACTCACTGGGGGCT  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTCATGTCAAAATACTCATTCACCAGGCACTACACTCACTGGGGGCT  445

seq1  GCTCACACTCCCTACGTTTCAAGTTTCTTGTAAACATTGGGGGTCCAAAC  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCACACTCCCTACGTTTCAAGTTTCTTGTAAACATTGGGGGTCCAAAC  495

seq1  TCAGGTTCTAAATTTGCATGGATTGTTTAAGTAACTTGATGAATTGAGTT  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGTTCTAAATTTGCATGGATTGTTTAAGTAACTTGATGAATTGAGTT  545

seq1  GAGTATATCCTTATGTGCCTATAATTATACACATGTGTGTTTAAACTTTA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTATATCCTTATGTGCCTATAATTATACACATGTGTGTTTAAACTTTA  595

seq1  AAAGAACTGTTGGTTTCATCACCAACTTGATACAACCCAGACTCACCTAG  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAACTGTTGGTTTCATCACCAACTTGATACAACCCAGACTCACCTAG  645

seq1  ATTATCTACTTTGGGTTGGCCTATGGCAGTGTCCATCCGTAGCAGATGGT  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATCTACTTTGGGTTGGCCTATGGCAGTGTCCATCCGTAGCAGATGGT  695

seq1  TCTGCTTGCTGCAATTGATGTAGATCCCACCTGAGAGCGAGAAGCATCAT  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCTTGCTGCAATTGATGTAGATCCCACCTGAGAGCGAGAAGCATCAT  745

seq1  TCCCTGCTTTGGGTCCCTGAACAGCATACGAATAGAGAAAGCTAGCTAAG  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTGCTTTGGGTCCCTGAACAGCATACGAATAGAGAAAGCTAGCTAAG  795

seq1  TCCTAATCGTGCACATGTTCATTTTTCTCTGCCCTTGCTTGAAGATCTTC  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTAATCGTGCACATGTTCATTTTTCTCTGCCCTTGCTTGAAGATCTTC  845

seq1  TGTCTGCTGTTTCAGGTTCTGCCATCTTACCTTCTCCATAAGGATGGACT  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTGCTGTTTCAGGTTCTGCCATCTTACCTTCTCCATAAGGATGGACT  895

seq1  AGAATCTGACTTGCAAGTAAAATAAGCCTGTGTCCGCTAAGCTTCTGTTT  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATCTGACTTGCAAGTAAAATAAGCCTGTGTCCGCTAAGCTTCTGTTT  945

seq1  ATCAGAGTATTTTACCACAGCAGCAGAAACAAAACCAGGGAAATTCATGG  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGAGTATTTTACCACAGCAGCAGAAACAAAACCAGGGAAATTCATGG  995

seq1  ATTTGGTTTTGCCTTTTTTTGTGTTCTGAATTGAGATTTTTCAAGTCTGA  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGGTTTTGCCTTTTTTTGTGTTCTGAATTGAGATTTTTCAAGTCTGA  1045

seq1  AATTGTTCTGTAGGTCTTCTGTCATCTTGTAGGTCCTGGGCCTCTAATTC  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGTTCTGTAGGTCTTCTGTCATCTTGTAGGTCCTGGGCCTCTAATTC  1095

seq1  CTGGGCTTAGGTATCTGAAGGATCTGGAAGGGTGAGTTCCTGAGAAGGGA  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGCTTAGGTATCTGAAGGATCTGGAAGGGTGAGTTCCTGAGAAGGGA  1145

seq1  ATTC  1151
      ||||
seq2  ATTC  1149

seq1: chr1_89864316_89865404
seq2: B6Ng01-152F03.g_69_1129

seq1  GAATTCCACCCAGCACCACCACACCATTATTAGATTTTTATACACACACT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCACCCAGCACCACCACACCATTATTAGATTTTTATACACACACT  50

seq1  AGAGAAAAGAGTATTAAGAGGAAAAGGTGAGTTGTGCTTCATGTTGAAGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAAAAGAGTATTAAGAGGAAAAGGTGAGTTGTGCTTCATGTTGAAGT  100

seq1  AGCACATGTACTGTGGTTATGTTTAATTTTCACATTCCTACAGTACTCTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACATGTACTGTGGTTATGTTTAATTTTCACATTCCTACAGTACTCTC  150

seq1  ATTACCTTGTACCACAATGCTAAGAAACATGATTTATACTTAATAAATAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACCTTGTACCACAATGCTAAGAAACATGATTTATACTTAATAAATAT  200

seq1  GACTTGGCCAAAGACTTATTTACATGAATTTAAAAATCTGTATGGTGGAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTGGCCAAAGACTTATTTACATGAATTTAAAAATCTGTATGGTGGAC  250

seq1  TTGCTTCATCCACATTTGAAGTTGTGATAGTGAGTAACATCAGTCATTAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTTCATCCACATTTGAAGTTGTGATAGTGAGTAACATCAGTCATTAG  300

seq1  ACTCATCTATGATGTATTCAGGGCTGATCTCAAGAGGGGTCAGAAAAGTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCATCTATGATGTATTCAGGGCTGATCTCAAGAGGGGTCAGAAAAGTA  350

seq1  GGAAGCAAAGACTATTCATAATGGTGTGCCAATGAAATGAACAAGCAGAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGCAAAGACTATTCATAATGGTGTGCCAATGAAATGAACAAGCAGAG  400

seq1  AGACCTAAGAGGTCAAGCTACAAAGACCCTAGACTACACCATGACCACAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACCTAAGAGGTCAAGCTACAAAGACCCTAGACTACACCATGACCACAA  450

seq1  CAAGGTCGGAGGCATCAGAAAGAGCTTTTAAGAAAACAGAGATTTTCTGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGTCGGAGGCATCAGAAAGAGCTTTTAAGAAAACAGAGATTTTCTGT  500

seq1  AAGTCTCTCTGTAAGGAGTAAGCTATTTGGATAGAAATACATCCAGAAGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCTCTCTGTAAGGAGTAAGCTATTTGGATAGAAATACATCCAGAAGT  550

seq1  CAGTTTCCCGAGGTAACTTAGGAATGTGAGCTGTGGGAACCATTATTTAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTTCCCGAGGTAACTTAGGAATGTGAGCTGTGGGAACCATTATTTAC  600

seq1  CATACATATGTTCTGAATGAGAACCTGCTAGTCTTTGAAAGCTGCCTAGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACATATGTTCTGAATGAGAACCTGCTAGTCTTTGAAAGCTGCCTAGA  650

seq1  TTTACCTGGACAAAGAAGCTTCCCGTTTCTATCAATGGGTCTCAAACAGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACCTGGACAAAGAAGCTTCCCGTTTCTATCAATGGGTCTCAAACAGC  700

seq1  TGTTCTCAGCTGTGAATGAAAAGAAGGTGGTTAACTACTAAGTAAAAAGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCTCAGCTGTGAATGAAAAGAAGGTGGTTAACTACTAAGTAAAAAGC  750

seq1  TCTAAAGTAATATTCTACCATGTTGATTACAGTAGGTACAAGAGGCTACC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAAAGTAATATTCTACCATGTTGATTACAGTAGGTACAAGAGGCTACC  800

seq1  CTCCGTCCCCAAGGCAAAGCTCCAGATGAGCACGGTGGCTGTGTGTTCTG  850
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCGTCTCCAAGGCAAAGCTCCAGATGAGCACGGTGGCTGTGTGTTCTG  850

seq1  TACTCAGTGCTCACTCAGGACGCCAGGGAAAAGGAGTCACGATTCAAAGC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTCAGTGCTCACTCAGGACGCCAGGGAAAAGGAGTCACGATTCAAAGC  900

seq1  CGGCTTCAATTACACAATGAGGTGCTGTCCCCAAAACAAAACAAAACAGA  950
      ||||||| |||||||||||||||||||||| | |||||||   |||||| 
seq2  CGGCTTC-ATTACACAATGAGGTGCTGTCCTC-AAACAAA--CAAACAG-  945

seq1  ACAGAACAAAACAAAATAGAATACTCCAACAATCAAAAAACAAAACAAAA  1000
      |||||||||     ||||| ||||||||   |||||||    ||||||| 
seq2  ACAGAACAA---TCAATAG-ATACTCCA--CATCAAAA---CAAACAAA-  985

seq1  CAAACCACAAAAACAAAAATCTTCCCCAAACAACCTCAAATGTGGATAAT  1050
        ||||||  |||||||     || || ||||  ||| ||||||||||||
seq2  -CAACCAC--AAACAAA-----TCTCCCAACA--CTC-AATGTGGATAAT  1024

seq1  CTTCACTTTGCAGTTATGCACTACTATATAAATCGCTAA  1089
      | |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  C-TCAC-TTGCAGTTATGCACTACTATATAAATCGCTAA  1061