BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-155F11
Chromosome1 (Build37)
Map Location 54,096,430 - 54,274,450
singlet/doubletdoublet
Overlap geneHecw2
Upstream geneGdf8, 1700019A02Rik, Pms1, LOC671024, Ormdl1, Osgepl1, Asnsd1, EG627858, EG627866, LOC100042162, Dnahc7, Stk17b
Downstream gene4930511H11Rik, Gtf3c3, EG627915, D230012E17Rik, Ankrd44, Sf3b1, Coq10b, Hspd1, Hspe1, LOC381258, Prei3, EG627998, Rftn2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-155F11.bB6Ng01-155F11.g
ACCDH950152DH950153
length1,1501,111
definitionDH950152|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-155F11, 5' end.DH950153|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-155F11, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(54,096,430 - 54,097,593)(54,273,309 - 54,274,450)
sequence
gccagcctggtctacagagtgagttccaggacagccagggctacacagag
aaaccctgtctcaaaaaacaaacaaacaaaaaggaagaagaaataacaac
taacttgtattttctgggatatttcattcatcattcattcacatatgaat
aacagatttgaatatagttaaacaaagctgggactgttttctcaaaacaa
ataggtaatatttcccattcataaaaagataccccaggctgcagattgtt
ttaagtgaaatcaacctgtggagaacgcaaactgttttcctatcagttta
acagtgttcataggtgttaaggaccccctctttccaagtcatgacggtgt
ctcaagaacaacaataaagggaagagaaaatccagcggtgcccacagggg
ctgacatttagtttggtagaaatagaaccacaagatgcttgtaaaggaac
agctgcctctcctcccaaggaacaaagaatgtgcccagaatctgctttgt
ctatttgtgtatgaaaaccttctcttcctttttatggcagcagaaaacac
agaacattaccatctcagagttaaaagccatgctgagccacatgcaagtc
ttcacccagactcacctatgtgatagagtcctatccaatcgctggggtca
acctcttccttaatgtcccagaagataatgaggttctgggcttgccccag
cgtgtattcgtacatgctggcagtcaggctggagcggctctcagaagtca
ccagatccgtgtcactgttggcccgctgtagggccatgttctcgggcatt
gagttctgggctgccaggctctggaggttctctgggctcagtgtgtaccg
catctgtggatttcgacgccgcacaaaaagcaaatgctcccgggctgagc
tagccatcttgtctgcctctctgaggttgttttcctacaaagctgcagag
acagaacaagcataaaacatcagtgctaaagttgaggagttagtattaac
atcccagattataaagcctgagattttatatgctcagcatacaatatcta
ctgtggaaataaagaacccattctacagtcactgataatttcagaataac
gtctagacagagatccaagatgccagctgtatcacctcttggtcctggtt

gaattcacacatggccttggcaagagcctttgtgattcaatcacctcttt
ctggatctagctgtgaaccaagcctttaatacggaaaccataaaggccat
tttatttctaaaccataaggtgctcttaatctggtcagaatcagcgcaac
ctaagacgaccttgtaggcacctcaggaaaggaggttttccttcttatcc
ctctgtacttaaggacattggatatgaggaaggtggcattgctttcgtca
tcttgcttggctgatgatgcagcacaagaacttaactcagggtgtgcttg
atgcaggtttcagttatagatgtgggttggtttaaatatgcttggcccag
ggagtggcactattaggaggtatggccttgttggagtgggtgcggcctta
ttggaggaattgaaaccttcctcctagcttcctggaagtcagtcttctag
cagccgttggaacaagaggtagaactcttaactcctccagtgtatgcctg
cctggatgctgccatgcttcccaccataatgataatggactaaacctctg
aacctgtaagcaagctccaattaaatgtttgcccttaaaagagttgctgt
ggtcattgtctcttcacagcaatgaaaccctaataagataaggggtccat
cctgtcactgctaaatctaccttaatatcacaagaaatgcagaggcacat
aaagcactgggactttcaacaaatagtgtcagaacaactggtgccaaaca
aggttgtcagtttcagttaggtaagaattgttttggtctatagtaacata
gatgaggatagtggctatgtctcagtctttattctgtcatgtataataaa
tccagagcttggcagtttagttttgtagcatagtttgcaaagctactttg
gcttcactacccttagacatgaattacactcctcagtctgttacattcct
cagtatgattacttgcattttttgaggcagagagtttgagcaaaagatac
acatacattgtagctcatcacattctttaacgctcttccagagagtcttc
cccttcactatcattgccatatttataagagcttgcagaatgtcagatga
atgcttcatac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_54096430_54097593
seq2: B6Ng01-155F11.b_58_1207

seq1  GCCAGCCTGGTCTACAGAGTGAGTTCCAGGACAGCCAGGGCTACACAGAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGCCTGGTCTACAGAGTGAGTTCCAGGACAGCCAGGGCTACACAGAG  50

seq1  AAACCCTGTCTCAAAAAACAAACAAACAAAAAGGAAGAAGAAATAACAAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCCTGTCTCAAAAAACAAACAAACAAAAAGGAAGAAGAAATAACAAC  100

seq1  TAACTTGTATTTTCTGGGATATTTCATTCATCATTCATTCACATATGAAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTTGTATTTTCTGGGATATTTCATTCATCATTCATTCACATATGAAT  150

seq1  AACAGATTTGAATATAGTTAAACAAAGCTGGGACTGTTTTCTCAAAACAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGATTTGAATATAGTTAAACAAAGCTGGGACTGTTTTCTCAAAACAA  200

seq1  ATAGGTAATATTTCCCATTCATAAAAAGATACCCCAGGCTGCAGATTGTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGGTAATATTTCCCATTCATAAAAAGATACCCCAGGCTGCAGATTGTT  250

seq1  TTAAGTGAAATCAACCTGTGGAGAACGCAAACTGTTTTCCTATCAGTTTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGTGAAATCAACCTGTGGAGAACGCAAACTGTTTTCCTATCAGTTTA  300

seq1  ACAGTGTTCATAGGTGTTAAGGACCCCCTCTTTCCAAGTCATGACGGTGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTGTTCATAGGTGTTAAGGACCCCCTCTTTCCAAGTCATGACGGTGT  350

seq1  CTCAAGAACAACAATAAAGGGAAGAGAAAATCCAGCGGTGCCCACAGGGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAAGAACAACAATAAAGGGAAGAGAAAATCCAGCGGTGCCCACAGGGG  400

seq1  CTGACATTTAGTTTGGTAGAAATAGAACCACAAGATGCTTGTAAAGGAAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACATTTAGTTTGGTAGAAATAGAACCACAAGATGCTTGTAAAGGAAC  450

seq1  AGCTGCCTCTCCTCCCAAGGAACAAAGAATGTGCCCAGAATCTGCTTTGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGCCTCTCCTCCCAAGGAACAAAGAATGTGCCCAGAATCTGCTTTGT  500

seq1  CTATTTGTGTATGAAAACCTTCTCTTCCTTTTTATGGCAGCAGAAAACAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTTGTGTATGAAAACCTTCTCTTCCTTTTTATGGCAGCAGAAAACAC  550

seq1  AGAACATTACCATCTCAGAGTTAAAAGCCATGCTGAGCCACATGCAAGTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACATTACCATCTCAGAGTTAAAAGCCATGCTGAGCCACATGCAAGTC  600

seq1  TTCACCCAGACTCACCTATGTGATAGAGTCCTATCCAATCGCTGGGGTCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACCCAGACTCACCTATGTGATAGAGTCCTATCCAATCGCTGGGGTCA  650

seq1  ACCTCTTCCTTAATGTCCCAGAAGATAATGAGGTTCTGGGCTTGCCCCAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCTTCCTTAATGTCCCAGAAGATAATGAGGTTCTGGGCTTGCCCCAG  700

seq1  CGTGTATTCGTACATGCTGGCAGTCAGGCTGGAGCGGCTCTCAGAAGTCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGTATTCGTACATGCTGGCAGTCAGGCTGGAGCGGCTCTCAGAAGTCA  750

seq1  CCAGATCCGTGTCACTGTTGGCCCGCTGTAGGGCCATGTTCTCGGGCATT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGATCCGTGTCACTGTTGGCCCGCTGTAGGGCCATGTTCTCGGGCATT  800

seq1  GAGTTCTGGGCTGCCAGGCTCTGGAGGTTCTCTGGGCTCAGTGTGTACCG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTCTGGGCTGCCAGGCTCTGGAGGTTCTCTGGGCTCAGTGTGTACCG  850

seq1  CATCTGTGGATTTCGACGCCGCACAAAAAGCAAATGCTCCCGGGCTGAGC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTGTGGATTTCGACGCCGCACAAAAAGCAAATGCTCCCGGGCTGAGC  900

seq1  TAGCCATCTTGTCTGCCTCTCTGAGGTTGTTTTCCTACAAAGCTGCAAGA  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  TAGCCATCTTGTCTGCCTCTCTGAGGTTGTTTTCCTACAAAGCTGC-AGA  949

seq1  GACAG-ACAAGCATAAAACATCAGTGCTAAAAGGTGAGGAGTTAGTATTA  999
      ||||| |||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| 
seq2  GACAGAACAAGCATAAAACATCAGTGCT-AAAGTTGAGGAGTTAGTATT-  997

seq1  AACATCCCAGA-TATAAAGCCTGAGATTTTATTAAAGCCTCAGCATACAA  1048
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||   |  ||||||||||||
seq2  AACATCCCAGATTATAAAGCCTGAGATTTTAT---ATGCTCAGCATACAA  1044

seq1  TAATCTACTGTGGAAATAAAAGACACCATCCTACAGTCACCTGATAATAT  1098
      | ||||||||||||||| |||||  |||| ||||||||| |||||||| |
seq2  T-ATCTACTGTGGAAAT-AAAGAACCCATTCTACAGTCA-CTGATAATTT  1091

seq1  CAGAAATAACGTCTAGGACAGAGATCACAAGATGGCCAGGCTGTCATACA  1148
      ||| ||||||||||| |||||||||| |||||| |||| ||||| || ||
seq2  CAG-AATAACGTCTA-GACAGAGATC-CAAGAT-GCCA-GCTGT-AT-CA  1134

seq1  CCTCTGGCCCCTGGTT  1164
      ||||| |  |||||||
seq2  CCTCTTGGTCCTGGTT  1150

seq1: chr1_54273309_54274450
seq2: B6Ng01-155F11.g_67_1177 (reverse)

seq1  GTATGGCAAGCACTTCATCTGACCCATCTCTGCAAGCCTCCTATTAAAAT  50
      |||||  ||||| |||||||||  ||| |||||||| ||| |||  ||||
seq2  GTATG--AAGCA-TTCATCTGA--CAT-TCTGCAAG-CTCTTAT--AAAT  41

seq1  ATGGCCAAATGATTTGGTGAGGGGGGAGACTCTTCTGGGAAGAGCGGTTT  100
      |||||  |||||  | |||| |||| |||||| ||| |||||||||  ||
seq2  ATGGC--AATGA--TAGTGAAGGGGAAGACTC-TCT-GGAAGAGCG--TT  83

seq1  AAAG-ATGTGGATTGAGCTACAATGTAATGTGTTATCCTTTTTGCTTCAA  149
      |||| |||||   ||||||||||||| ||||| ||||  |||||| ||||
seq2  AAAGAATGTG--ATGAGCTACAATGT-ATGTG-TATC--TTTTGC-TCAA  126

seq1  ACTCTTCTGCCTCAAAAAATTGGCAAGTAATCATACCTGAGGAATGTAAC  199
      |||| |||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  ACTC-TCTGCCTCAAAAAAT--GCAAGTAATCATA-CTGAGGAATGTAAC  172

seq1  AGACCTGAGGAGTGTAATTCATGTCT-AGGGTAGTGAAGCCAAAAGTAGC  248
      ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| 
seq2  AGA-CTGAGGAGTGTAATTCATGTCTAAGGGTAGTGAAGCC-AAAGTAG-  219

seq1  CTTTGCAAACTATGCTACAAAACCTAAACTGCCAAGCTCTGGATTTATTA  298
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGCAAACTATGCTACAAAA-CTAAACTGCCAAGCTCTGGATTTATTA  268

seq1  TACATGACAGAATAAAGACTGAGACATAAGCCACTATCCTCATCTATGTT  348
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  TACATGACAGAATAAAGACTGAGACAT-AGCCACTATCCTCATCTATGTT  317

seq1  ACTATAGACCAAAACAATTCTTACCTAACTGAAACTGACAACCTTGTTTG  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATAGACCAAAACAATTCTTACCTAACTGAAACTGACAACCTTGTTTG  367

seq1  GCACCAGTTGTTCTGACACTATTTGTTGAAAGTCCCAGTGCTTTATGTGC  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACCAGTTGTTCTGACACTATTTGTTGAAAGTCCCAGTGCTTTATGTGC  417

seq1  CTCTGCATTTCTTGTGATATTAAGGTAGATTTAGCAGTGACAGGATGGAC  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGCATTTCTTGTGATATTAAGGTAGATTTAGCAGTGACAGGATGGAC  467

seq1  CCCTTATCTTATTAGGGTTTCATTGCTGTGAAGAGACAATGACCACAGCA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTATCTTATTAGGGTTTCATTGCTGTGAAGAGACAATGACCACAGCA  517

seq1  ACTCTTTTAAGGGCAAACATTTAATTGGAGCTTGCTTACAGGTTCAGAGG  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTTTTAAGGGCAAACATTTAATTGGAGCTTGCTTACAGGTTCAGAGG  567

seq1  TTTAGTCCATTATCATTATGGTGGGAAGCATGGCAGCATCCAGGCAGGCA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGTCCATTATCATTATGGTGGGAAGCATGGCAGCATCCAGGCAGGCA  617

seq1  TACACTGGAGGAGTTAAGAGTTCTACCTCTTGTTCCAACGGCTGCTAGAA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACTGGAGGAGTTAAGAGTTCTACCTCTTGTTCCAACGGCTGCTAGAA  667

seq1  GACTGACTTCCAGGAAGCTAGGAGGAAGGTTTCAATTCCTCCAATAAGGC  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGACTTCCAGGAAGCTAGGAGGAAGGTTTCAATTCCTCCAATAAGGC  717

seq1  CGCACCCACTCCAACAAGGCCATACCTCCTAATAGTGCCACTCCCTGGGC  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCACCCACTCCAACAAGGCCATACCTCCTAATAGTGCCACTCCCTGGGC  767

seq1  CAAGCATATTTAAACCAACCCACATCTATAACTGAAACCTGCATCAAGCA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCATATTTAAACCAACCCACATCTATAACTGAAACCTGCATCAAGCA  817

seq1  CACCCTGAGTTAAGTTCTTGTGCTGCATCATCAGCCAAGCAAGATGACGA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCTGAGTTAAGTTCTTGTGCTGCATCATCAGCCAAGCAAGATGACGA  867

seq1  AAGCAATGCCACCTTCCTCATATCCAATGTCCTTAAGTACAGAGGGATAA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAATGCCACCTTCCTCATATCCAATGTCCTTAAGTACAGAGGGATAA  917

seq1  GAAGGAAAACCTCCTTTCCTGAGGTGCCTACAAGGTCGTCTTAGGTTGCG  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGAAAACCTCCTTTCCTGAGGTGCCTACAAGGTCGTCTTAGGTTGCG  967

seq1  CTGATTCTGACCAGATTAAGAGCACCTTATGGTTTAGAAATAAAATGGCC  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATTCTGACCAGATTAAGAGCACCTTATGGTTTAGAAATAAAATGGCC  1017

seq1  TTTATGGTTTCCGTATTAAAGGCTTGGTTCACAGCTAGATCCAGAAAGAG  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATGGTTTCCGTATTAAAGGCTTGGTTCACAGCTAGATCCAGAAAGAG  1067

seq1  GTGATTGAATCACAAAGGCTCTTGCCAAGGCCATGTGTGAATTC  1142
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATTGAATCACAAAGGCTCTTGCCAAGGCCATGTGTGAATTC  1111