BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-157F14
Chromosome1 (Build37)
Map Location 60,408,522 - 60,533,133
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCyp20a1, Abi2
Upstream geneAls2cr7, Fzd7, Gm973, Sumo1, LOC100042476, Nol5, B430105G09Rik, LOC100043007, Bmpr2, Als2cr13, LOC100042496, Ica1l, Wdr12, Carf, Nbeal1
Downstream geneRaph1, LOC100043027, LOC100042533, Eif4a-ps4, Cd28, LOC667555, Rpl18-rs8, Ctla4, LOC100043049, Icos, LOC433313, LOC100042566
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-157F14.bB6Ng01-157F14.g
ACCDH951607DH951608
length997589
definitionDH951607|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-157F14, 5' end.DH951608|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-157F14, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(60,532,135 - 60,533,133)(60,408,522 - 60,409,110)
sequence
gaattcttacaagctaaagaccactatacagatactttgtctttcagaac
atatactgcattatgttaccaatttaatacatccataacaataaggtgct
aaaaaaaccaggacacttgatttagttcctctgtggtttttactagtttc
aatcacttggtaatgggccccttgaaccattatctcatataatctctggt
tcctagcattacatctaccctcaaaatttttaataaaatcagataactca
taacttaactcacattcacttaagacttagtctttgttccaaactcaagt
atgttctgcataccataaagaacttttttcaagaaaagtatctcatttgg
gccagcaatagatatggttggtaggtaaaggtactactgccaaccaagac
gaactaaattcaattcctggaacctacataaccaaagaagaaaatgcact
cctacaggtgatcttttgacatgtatacatacacatataaataaatgtat
tttttaattaagaaatatctccagctgttttttctaagcatacacactgt
aacttgtcttaaaacttgagggctgggatgtaacccagtggcagagccat
gagccctgtgtttctgaaccactttagtaaaagtctaatggcatctctca
tacataattatcttctattattgggatacactgaggacatcagaagccta
atttagaagagtcaaggtgtgtttctctatctatacacagttcagtgtaa
ttatatgacaagtttaggtgttaaaaaaattagaattaaagtatttagta
ctgccagtcaatctgtattttaagaaaaagcaagattcttggtacttaca
aaaatgtacccactgaaaagcaatccagaataactatttttctattggta
acatacagtaagttagtggacaactttactgggggttgtagatttagctt
agtggttcagttcatagcggaggaagggagggagggaagaagggagg
gaattctctgaatggccaacttagcgtaatcagtgcgctccacatccaag
tgagagatcttgcttcaaaaatcaaggacaacaccagtgttgatctctgg
gctctacatgcacccacatacacccacatacatggaccagtaaccaaaca
tgcaggcatgcacgtgcacacacacaggatatacgtgatatggttaactg
gtagtagtttaaattctcagaatatcttttgagaatttgacagtggaaaa
ctatgaaccatattcatattttgatgaagatgtagatgttttcttttgat
gtagagtccttagagtctactgaattgtaaagttgtttaaggtcctggag
atggcttggttgagcttgtagagctcttaagatctgtgacagtttaccac
atgctcctaagcccttttgttgttgttgttcttttccatgtaggcttccc
ggcaagcttcaggaattccagggcttactccaactgaagaaaagtaagga
tgtttgtttggttttgttttatgaagtagagacatttcttctttttttgg
tatcaaaacaaaactataattttgtgggggggggggttg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_60532135_60533133
seq2: B6Ng01-157F14.b_45_1041 (reverse)

seq1  CCTCCCTTCTTCCCTCCCTCCCTTCCTTCCGCTATGGACTGAACCACTAA  50
      |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||
seq2  CCTCCCTTCTTCCCTCCCTCCCTTCC-TCCGCTATGAACTGAACCACTAA  49

seq1  GCTAAATCTACAACCCCCAGTAAAGTTGTCCACTAACTTACTGTATTGTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  GCTAAATCTACAACCCCCAGTAAAGTTGTCCACTAACTTACTGTA-TGTT  98

seq1  ACCAATAGAAAAATAGTTATTCTGGATTGCTTTTCAGTGGGTACATTTTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAATAGAAAAATAGTTATTCTGGATTGCTTTTCAGTGGGTACATTTTT  148

seq1  GTAAGTACCAAGAATCTTGCTTTTTCTTAAAATACAGATTGACTGGCAGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAGTACCAAGAATCTTGCTTTTTCTTAAAATACAGATTGACTGGCAGT  198

seq1  ACTAAATACTTTAATTCTAATTTTTTTAACACCTAAACTTGTCATATAAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAAATACTTTAATTCTAATTTTTTTAACACCTAAACTTGTCATATAAT  248

seq1  TACACTGAACTGTGTATAGATAGAGAAACACACCTTGACTCTTCTAAATT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACTGAACTGTGTATAGATAGAGAAACACACCTTGACTCTTCTAAATT  298

seq1  AGGCTTCTGATGTCCTCAGTGTATCCCAATAATAGAAGATAATTATGTAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTTCTGATGTCCTCAGTGTATCCCAATAATAGAAGATAATTATGTAT  348

seq1  GAGAGATGCCATTAGACTTTTACTAAAGTGGTTCAGAAACACAGGGCTCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGATGCCATTAGACTTTTACTAAAGTGGTTCAGAAACACAGGGCTCA  398

seq1  TGGCTCTGCCACTGGGTTACATCCCAGCCCTCAAGTTTTAAGACAAGTTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTCTGCCACTGGGTTACATCCCAGCCCTCAAGTTTTAAGACAAGTTA  448

seq1  CAGTGTGTATGCTTAGAAAAAACAGCTGGAGATATTTCTTAATTAAAAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGTGTATGCTTAGAAAAAACAGCTGGAGATATTTCTTAATTAAAAAA  498

seq1  TACATTTATTTATATGTGTATGTATACATGTCAAAAGATCACCTGTAGGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATTTATTTATATGTGTATGTATACATGTCAAAAGATCACCTGTAGGA  548

seq1  GTGCATTTTCTTCTTTGGTTATGTAGGTTCCAGGAATTGAATTTAGTTCG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCATTTTCTTCTTTGGTTATGTAGGTTCCAGGAATTGAATTTAGTTCG  598

seq1  TCTTGGTTGGCAGTAGTACCTTTACCTACCAACCATATCTATTGCTGGCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGGTTGGCAGTAGTACCTTTACCTACCAACCATATCTATTGCTGGCC  648

seq1  CAAATGAGATACTTTTCTTGAAAAAAGTTCTTTATGGTATGCAGAACATA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATGAGATACTTTTCTTGAAAAAAGTTCTTTATGGTATGCAGAACATA  698

seq1  CTTGAGTTTGGAACAAAGACTAAGTCTTAAGTGAATGTGAGTTAAGTTAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGAGTTTGGAACAAAGACTAAGTCTTAAGTGAATGTGAGTTAAGTTAT  748

seq1  GAGTTATCTGATTTTATTAAAAATTTTGAGGGTAGATGTAATGCTAGGAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTATCTGATTTTATTAAAAATTTTGAGGGTAGATGTAATGCTAGGAA  798

seq1  CCAGAGATTATATGAGATAATGGTTCAAGGGGCCCATTACCAAGTGATTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAGATTATATGAGATAATGGTTCAAGGGGCCCATTACCAAGTGATTG  848

seq1  AAACTAGTAAAAACCACAGAGGAACTAAATCAAGTGTCCTGGTTTTTTTA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTAGTAAAAACCACAGAGGAACTAAATCAAGTGTCCTGGTTTTTTTA  898

seq1  GCACCTTATTGTTATGGATGTATTAAATTGGTAACATAATGCAGTATATG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACCTTATTGTTATGGATGTATTAAATTGGTAACATAATGCAGTATATG  948

seq1  TTCTGAAAGACAAAGTATCTGTATAGTGGTCTTTAGCTTGTAAGAATTC  999
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGAAAGACAAAGTATCTGTATAGTGGTCTTTAGCTTGTAAGAATTC  997

seq1: chr1_60408522_60409110
seq2: B6Ng01-157F14.g_68_656

seq1  GAATTCTCTGAATGGCCAACTTAGCGTAATCAGTGCGCTCCACATCCAAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTGAATGGCCAACTTAGCGTAATCAGTGCGCTCCACATCCAAG  50

seq1  TGAGAGATCTTGCTTCAAAAATCAAGGACAACACCAGTGTTGATCTCTGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAGATCTTGCTTCAAAAATCAAGGACAACACCAGTGTTGATCTCTGG  100

seq1  GCTCTACATGCACCCACATACACCCACATACATGGACCAGTAACCAAACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTACATGCACCCACATACACCCACATACATGGACCAGTAACCAAACA  150

seq1  TGCAGGCATGCACGTGCACACACACAGGATATACGTGATATGGTTAACTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGGCATGCACGTGCACACACACAGGATATACGTGATATGGTTAACTG  200

seq1  GTAGTAGTTTAAATTCTCAGAATATCTTTTGAGAATTTGACAGTGGAAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGTAGTTTAAATTCTCAGAATATCTTTTGAGAATTTGACAGTGGAAAA  250

seq1  CTATGAACCATATTCATATTTTGATGAAGATGTAGATGTTTTCTTTTGAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGAACCATATTCATATTTTGATGAAGATGTAGATGTTTTCTTTTGAT  300

seq1  GTAGAGTCCTTAGAGTCTACTGAATTGTAAAGTTGTTTAAGGTCCTGGAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGAGTCCTTAGAGTCTACTGAATTGTAAAGTTGTTTAAGGTCCTGGAG  350

seq1  ATGGCTTGGTTGAGCTTGTAGAGCTCTTAAGATCTGTGACAGTTTACCAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCTTGGTTGAGCTTGTAGAGCTCTTAAGATCTGTGACAGTTTACCAC  400

seq1  ATGCTCCTAAGCCCTTTTGTTGTTGTTGTTCTTTTCCATGTAGGCTTCCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTCCTAAGCCCTTTTGTTGTTGTTGTTCTTTTCCATGTAGGCTTCCC  450

seq1  GGCAAGCTTCAGGAATTCCAGGGCTTACTCCAACTGAAGAAAAGTAAGGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAAGCTTCAGGAATTCCAGGGCTTACTCCAACTGAAGAAAAGTAAGGA  500

seq1  TGTTTGTTTGGTTTTGTTTTATGAAGTAGAGACATTTCTTCTTTTTTTGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTGTTTGGTTTTGTTTTATGAAGTAGAGACATTTCTTCTTTTTTTGG  550

seq1  TATCAAAACAAAACTATAATTTTGTGGGGGGGGGGGTTG  589
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCAAAACAAAACTATAATTTTGTGGGGGGGGGGGTTG  589